# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 02:34:36 2020
#   Inital geometry file: a 51 line input string
#   Ligand name: 4-methylbenzene-1,2-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1ccc(N)c(N)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AY  9AY  4-methylbenzene-1,2-diamine  ligand  19  9  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_9AY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AY  C8   C  CR16  0  -0.314   0.1843   1.5963   0.0929
 9AY  C2   C  CR6   0   0.080  -1.6069  -0.0221   0.0359
 9AY  C9   C  CR16  0  -0.333  -1.1749   1.2943   0.1051
 9AY  C3   C  CR16  0  -0.367  -0.6399  -1.0280  -0.0157
 9AY  C1   C  CH3   0  -0.725  -3.0685  -0.3698   0.0109
 9AY  C6   C  CR6   0   0.212   1.1461   0.5979   0.0245
 9AY  C4   C  CR6   0   0.250   0.7207  -0.7465  -0.0154
 9AY  N5   N  NH2   0  -0.859   1.6854  -1.7487  -0.1053
 9AY  N7   N  NH2   0  -0.857   2.5149   0.8703   0.0499
 9AY  H1   H  HCR6  0   0.246   0.5023   2.6325   0.1310
 9AY  H2   H  HCR6  0   0.234  -1.8967   2.1005   0.1567
 9AY  H3   H  HCR6  0   0.240  -0.9552  -2.0668  -0.0480
 9AY  H4   H  HCH3  0   0.238  -3.3761  -0.7327  -0.9721
 9AY  H5   H  HCH3  0   0.236  -3.3099  -1.1545   0.7297
 9AY  H6   H  HCH3  0   0.238  -3.6862   0.4965   0.2460
 9AY  H7   H  HNH2  0   0.369   2.4748  -1.6048   0.5100
 9AY  H8   H  HNH2  0   0.373   1.3133  -2.6759   0.0358
 9AY  H9   H  HNH2  0   0.371   2.7275   1.8443  -0.1073
 9AY  H10  H  HNH2  0   0.367   3.0457   0.3067  -0.6008

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AY  N5  C4   single    1.394  0.020  1.394
 9AY  C4  C6   aromatic  1.411  0.020  1.411
 9AY  C4  C3   aromatic  1.389  0.020  1.389
 9AY  N7  C6   single    1.396  0.020  1.396
 9AY  C6  C8   aromatic  1.388  0.020  1.388
 9AY  C3  C2   aromatic  1.396  0.020  1.396
 9AY  C8  C9   aromatic  1.392  0.020  1.392
 9AY  C2  C9   aromatic  1.387  0.020  1.387
 9AY  C2  C1   single    1.503  0.020  1.503
 9AY  C8  H1   single    0.930  0.020  1.080
 9AY  C9  H2   single    0.930  0.020  1.080
 9AY  C3  H3   single    0.930  0.020  1.080
 9AY  C1  H4   single    0.970  0.020  1.090
 9AY  C1  H5   single    0.970  0.020  1.090
 9AY  C1  H6   single    0.970  0.020  1.090
 9AY  N5  H7   single    0.890  0.020  1.040
 9AY  N5  H8   single    0.890  0.020  1.040
 9AY  N7  H9   single    0.890  0.020  1.040
 9AY  N7  H10  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AY  H1   C8  C6  119.07  3.000
 9AY  H1   C8  C9  119.55  3.000
 9AY  C6   C8  C9  121.38  3.000
 9AY  C1   C2  C3  120.42  3.000
 9AY  C1   C2  C9  121.56  3.000
 9AY  C3   C2  C9  118.03  3.000
 9AY  H2   C9  C2  120.07  3.000
 9AY  H2   C9  C8  119.30  3.000
 9AY  C2   C9  C8  120.62  3.000
 9AY  H3   C3  C4  118.56  3.000
 9AY  H3   C3  C2  119.29  3.000
 9AY  C4   C3  C2  122.15  3.000
 9AY  H6   C1  H5  107.71  3.000
 9AY  H6   C1  H4  107.39  3.000
 9AY  H5   C1  H4  106.96  3.000
 9AY  H6   C1  C2  111.34  3.000
 9AY  H5   C1  C2  111.76  3.000
 9AY  H4   C1  C2  111.46  3.000
 9AY  N7   C6  C4  118.83  3.000
 9AY  N7   C6  C8  122.56  3.000
 9AY  C4   C6  C8  118.56  3.000
 9AY  N5   C4  C6  118.58  3.000
 9AY  C6   C4  C3  119.24  3.000
 9AY  N5   C4  C3  122.14  3.000
 9AY  H8   N5  H7  109.49  3.000
 9AY  H8   N5  C4  113.36  3.000
 9AY  H7   N5  C4  113.50  3.000
 9AY  H10  N7  H9  109.09  3.000
 9AY  H10  N7  C6  113.22  3.000
 9AY  H9   N7  C6  113.08  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AY  CONST_01  C3  C4  C6  C8    0.00   0.0  0
 9AY  CONST_02  C3  C2  C9  C8    0.00   0.0  0
 9AY  CONST_03  C6  C4  C3  C2    0.00   0.0  0
 9AY  CONST_04  C6  C8  C9  C2    0.00   0.0  0
 9AY  CONST_05  C4  C6  C8  C9    0.00   0.0  0
 9AY  CONST_06  C4  C3  C2  C9    0.00   0.0  0
 9AY  CONST_07  N5  C4  C6  C8  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_08  C1  C2  C9  C8  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_09  N5  C4  C3  C2  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_10  N7  C6  C8  C9  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_11  N7  C6  C4  C3  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_12  C4  C3  C2  C1  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_13  H1  C8  C9  C2  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_14  H3  C3  C2  C9  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_15  H2  C9  C2  C3  180.00   0.0  0
 9AY  CONST_16  H9  N7  C6  C8    0.00   0.0  0
 9AY  CONST_19  H8  N5  C4  C3    0.00   0.0  0
 9AY  Var_01    H4  C1  C2  C9  108.88  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AY  plan-1  C8   0.020
 9AY  plan-1  C2   0.020
 9AY  plan-1  C9   0.020
 9AY  plan-1  C3   0.020
 9AY  plan-1  C1   0.020
 9AY  plan-1  C6   0.020
 9AY  plan-1  C4   0.020
 9AY  plan-1  N5   0.020
 9AY  plan-1  N7   0.020
 9AY  plan-1  H1   0.020
 9AY  plan-1  H2   0.020
 9AY  plan-1  H3   0.020
 9AY  plan-2  C4   0.020
 9AY  plan-2  N5   0.020
 9AY  plan-2  H7   0.020
 9AY  plan-2  H8   0.020
 9AY  plan-3  C6   0.020
 9AY  plan-3  N7   0.020
 9AY  plan-3  H9   0.020
 9AY  plan-3  H10  0.020

