# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar  9 10:08:45 2022
#   Inital geometry file: a 46 line input string
#   Ligand name: (2S,3R)-2-amino-3-hydroxy-butanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](O)[C@H](N)C(N)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AT  9AT  (2S,3R)-2-amino-3-hydroxy-butanamide  L-peptide  18  8  .  2019-03-22  2022-03-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_9AT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AT  N     N  NH2   0  -0.816  20.2502  -7.7238  -14.9208
 9AT  CA    C  CH1   0  -0.239  20.5240  -6.9838  -16.1382
 9AT  C     C  C     0   0.511  21.6315  -5.9623  -15.8786
 9AT  O     O  O     0  -0.475  22.1375  -5.8145  -14.7770
 9AT  CB    C  CH1   0   0.040  19.2211  -6.2726  -16.5635
 9AT  OG1   O  OH1   0  -0.669  18.7643  -5.4932  -15.4847
 9AT  CG2   C  CH3   0  -0.682  18.1725  -7.2720  -17.0320
 9AT  NXT   N  NH2   0  -0.800  22.0080  -5.2539  -16.9534
 9AT  HN1   H  HNH2  0   0.361  19.9841  -8.6747  -15.1323
 9AT  HN2   H  HNH2  0   0.360  21.0709  -7.7603  -14.3320
 9AT  HA    H  HCH1  0   0.259  20.8593  -7.6220  -16.9675
 9AT  HB    H  HCH1  0   0.227  19.4291  -5.5840  -17.3874
 9AT  HXT1  H  HNH2  0   0.408  21.6378  -5.4310  -17.8714
 9AT  HXT2  H  HNH2  0   0.401  22.7487  -4.5757  -16.8791
 9AT  HG1   H  HOH1  0   0.432  18.8629  -6.0693  -14.7106
 9AT  HG21  H  HCH3  0   0.223  18.5271  -7.8308  -17.8993
 9AT  HG22  H  HCH3  0   0.224  17.9196  -7.9879  -16.2480
 9AT  HG23  H  HCH3  0   0.236  17.2567  -6.7555  -17.3210

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AT  N    CA    single  1.458  0.019  1.458
 9AT  CA   C     single  1.525  0.021  1.525
 9AT  CA   CB    single  1.521  0.033  1.521
 9AT  C    O     double  1.231  0.020  1.231
 9AT  C    NXT   single  1.341  0.020  1.341
 9AT  CB   OG1   single  1.407  0.020  1.407
 9AT  CB   CG2   single  1.522  0.020  1.522
 9AT  N    HN1   single  0.890  0.020  1.040
 9AT  N    HN2   single  0.890  0.020  1.040
 9AT  CA   HA    single  0.970  0.020  0.970
 9AT  CB   HB    single  0.970  0.020  1.090
 9AT  NXT  HXT1  single  0.860  0.020  1.020
 9AT  NXT  HXT2  single  0.860  0.020  1.020
 9AT  OG1  HG1   single  0.850  0.020  0.980
 9AT  CG2  HG21  single  0.970  0.020  1.090
 9AT  CG2  HG22  single  0.970  0.020  1.090
 9AT  CG2  HG23  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AT  HN2   N    HN1   107.58  3.000
 9AT  HN2   N    CA    110.73  3.000
 9AT  HN1   N    CA    110.75  3.000
 9AT  HA    CA   CB    109.00  3.000
 9AT  HA    CA   C     110.00  3.000
 9AT  CB    CA   C     110.50  1.500
 9AT  HA    CA   N     110.00  3.000
 9AT  CB    CA   N     110.40  1.500
 9AT  C     CA   N     111.00  2.800
 9AT  NXT   C    O     122.87  3.000
 9AT  NXT   C    CA    114.84  3.000
 9AT  O     C    CA    120.80  1.700
 9AT  HB    CB   CG2   108.21  3.000
 9AT  HB    CB   OG1   106.89  3.000
 9AT  CG2   CB   OG1   112.08  3.000
 9AT  HB    CB   CA    109.70  3.000
 9AT  CG2   CB   CA    111.32  3.000
 9AT  OG1   CB   CA    108.53  3.000
 9AT  HG1   OG1  CB    104.47  3.000
 9AT  HG23  CG2  HG22  107.85  3.000
 9AT  HG23  CG2  HG21  107.76  3.000
 9AT  HG22  CG2  HG21  108.09  3.000
 9AT  HG23  CG2  CB    110.43  3.000
 9AT  HG22  CG2  CB    111.67  3.000
 9AT  HG21  CG2  CB    110.91  3.000
 9AT  HXT2  NXT  HXT1  117.18  3.000
 9AT  HXT2  NXT  C     120.20  3.000
 9AT  HXT1  NXT  C     122.36  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AT  CONST_01  HXT1  NXT  C  CA    0.00  0.0  0
 9AT  CONST_02  HXT2  NXT  C  CA  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 9AT  chir_01  CA  N    C   CB   positiv
 9AT  chir_02  CB  OG1  CA  CG2  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AT  plan-1  CA    0.020
 9AT  plan-1  C     0.020
 9AT  plan-1  O     0.020
 9AT  plan-1  NXT   0.020
 9AT  plan-1  HXT1  0.020
 9AT  plan-1  HXT2  0.020

