# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 05:07:52 2020
#   Inital geometry file: a 93 line input string
#   Ligand name: 5-(acetylamino)-9-amino-2,6-anhydro-3,5,9-trideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)C=C(O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)CN)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AM  9AM  '5-(acetylamino)-9-amino-2,6-anhydro-3,5,9-trideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid'  D-saccharide  37  20  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_9AM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AM  C1    C  C      0   0.374  -3.3027   0.2480  -1.4511
 9AM  C2    C  C      0   0.182  -2.2156  -0.0589  -0.4253
 9AM  C3    C  C1     0  -0.422  -2.4660  -0.4817   0.8139
 9AM  C4    C  CH1    0   0.084  -1.3957  -0.7190   1.8365
 9AM  C5    C  CH1    0  -0.136  -0.0984  -0.0686   1.3697
 9AM  C6    C  CH1    0   0.028   0.1018  -0.3931  -0.1151
 9AM  C7    C  CH1    0  -0.025   1.3923   0.1847  -0.6886
 9AM  C8    C  CH1    0   0.010   1.6001  -0.1965  -2.1658
 9AM  C9    C  CH2    0  -0.298   2.9351   0.3148  -2.6914
 9AM  C11   C  CH3    0  -0.782   2.8527  -0.4494   3.7165
 9AM  N5    N  NH1    0  -0.638   1.0223  -0.5185   2.1534
 9AM  O1A   O  O      0  -0.590  -4.4752   0.0745  -1.0718
 9AM  O1B   O  OC    -1  -0.592  -2.9117   0.6410  -2.5617
 9AM  O4    O  OH1    0  -0.664  -1.7265  -0.1685   3.0932
 9AM  O6    O  O2     0  -0.482  -0.9598   0.1396  -0.8897
 9AM  O7    O  OH1    0  -0.661   1.4574   1.5788  -0.5063
 9AM  O8    O  OH1    0  -0.666   1.4797  -1.5933  -2.3519
 9AM  N9    N  NH2    0  -0.800   3.0630   0.0429  -4.1134
 9AM  O10   O  O      0  -0.499   1.5157   1.4492   3.1608
 9AM  H3    H  H      0   0.251  -3.4955  -0.6553   1.0972
 9AM  H4    H  HCH1   0   0.211  -1.2212  -1.8018   1.9385
 9AM  H5    H  HCH1   0   0.269  -0.1814   1.0126   1.4917
 9AM  H6    H  HCH1   0   0.234   0.1168  -1.4856  -0.2327
 9AM  H7    H  HCH1   0   0.240   2.2243  -0.2342  -0.1115
 9AM  H8    H  HCH1   0   0.230   0.8017   0.2483  -2.7688
 9AM  H91   H  HCH2   0   0.230   2.9841   1.3940  -2.5421
 9AM  H92   H  HCH2   0   0.189   3.7443  -0.1197  -2.0801
 9AM  H111  H  HCH3   0   0.264   2.7873  -0.2430   4.7840
 9AM  H112  H  HCH3   0   0.247   2.8568  -1.5278   3.5704
 9AM  H113  H  HCH3   0   0.267   3.8076  -0.0551   3.3675
 9AM  HN5   H  HNH1   0   0.397   1.2460  -1.5009   2.1169
 9AM  HO4   H  HOH1   0   0.452  -2.4654  -0.6688   3.4535
 9AM  HO7   H  HOH1   0   0.444   0.7096   1.9795  -0.9643
 9AM  HO8   H  HOH1   0   0.444   2.2040  -2.0282  -1.8875
 9AM  HN91  H  HNH2   0   0.348   3.9293   0.4393  -4.4531
 9AM  HN92  H  HNH2   0   0.338   3.1393  -0.9549  -4.2630
 9AM  C10   C  C      0   0.524   1.7321   0.2581   2.9949

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AM  C1   C2    single  1.526  0.020  1.526
 9AM  C1   O1A   deloc   1.244  0.020  1.244
 9AM  C1   O1B   deloc   1.241  0.020  1.241
 9AM  C2   C3    double  1.333  0.020  1.333
 9AM  C2   O6    single  1.354  0.020  1.354
 9AM  C3   C4    single  1.499  0.020  1.499
 9AM  C3   H3    single  0.930  0.020  1.080
 9AM  C4   C5    single  1.524  0.020  1.524
 9AM  C4   O4    single  1.411  0.020  1.411
 9AM  C4   H4    single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C5   C6    single  1.533  0.020  1.533
 9AM  C5   N5    single  1.440  0.020  1.440
 9AM  C5   H5    single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C6   C7    single  1.526  0.020  1.526
 9AM  C6   O6    single  1.418  0.020  1.418
 9AM  C6   H6    single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C7   C8    single  1.540  0.020  1.540
 9AM  C7   O7    single  1.407  0.020  1.407
 9AM  C7   H7    single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C8   C9    single  1.523  0.020  1.523
 9AM  C8   O8    single  1.414  0.020  1.414
 9AM  C8   H8    single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C9   N9    single  1.453  0.020  1.453
 9AM  C9   H91   single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C9   H92   single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C10  C11   single  1.509  0.020  1.509
 9AM  C10  N5    single  1.347  0.020  1.347
 9AM  C10  O10   double  1.222  0.020  1.222
 9AM  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 9AM  C11  H113  single  0.970  0.020  1.090
 9AM  N5   HN5   single  0.860  0.020  1.020
 9AM  O4   HO4   single  0.850  0.020  0.980
 9AM  O7   HO7   single  0.850  0.020  0.980
 9AM  O8   HO8   single  0.850  0.020  0.980
 9AM  N9   HN91  single  0.890  0.020  1.040
 9AM  N9   HN92  single  0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AM  O1B   C1   O1A   127.86  3.000
 9AM  O1B   C1   C2    116.15  3.000
 9AM  O1A   C1   C2    116.00  3.000
 9AM  O6    C2   C3    122.67  3.000
 9AM  O6    C2   C1    113.63  3.000
 9AM  C3    C2   C1    123.70  3.000
 9AM  H3    C3   C4    118.39  3.000
 9AM  H3    C3   C2    118.24  3.000
 9AM  C4    C3   C2    123.38  3.000
 9AM  H4    C4   O4    109.76  3.000
 9AM  H4    C4   C5    108.24  3.000
 9AM  O4    C4   C5    107.80  3.000
 9AM  H4    C4   C3    109.39  3.000
 9AM  O4    C4   C3    112.22  3.000
 9AM  C5    C4   C3    109.34  3.000
 9AM  H5    C5   N5    107.94  3.000
 9AM  H5    C5   C6    109.15  3.000
 9AM  N5    C5   C6    111.06  3.000
 9AM  H5    C5   C4    108.90  3.000
 9AM  N5    C5   C4    111.25  3.000
 9AM  C6    C5   C4    108.51  3.000
 9AM  H6    C6   O6    108.98  3.000
 9AM  H6    C6   C7    108.95  3.000
 9AM  O6    C6   C7    106.59  3.000
 9AM  H6    C6   C5    108.42  3.000
 9AM  O6    C6   C5    110.59  3.000
 9AM  C7    C6   C5    113.23  3.000
 9AM  H7    C7   O7    105.98  3.000
 9AM  H7    C7   C8    107.95  3.000
 9AM  O7    C7   C8    111.30  3.000
 9AM  H7    C7   C6    107.42  3.000
 9AM  O7    C7   C6    111.44  3.000
 9AM  C8    C7   C6    112.40  3.000
 9AM  H8    C8   O8    105.47  3.000
 9AM  H8    C8   C9    108.22  3.000
 9AM  O8    C8   C9    111.15  3.000
 9AM  H8    C8   C7    109.23  3.000
 9AM  O8    C8   C7    111.05  3.000
 9AM  C9    C8   C7    111.48  3.000
 9AM  H92   C9   H91   106.32  3.000
 9AM  H92   C9   N9    113.82  3.000
 9AM  H91   C9   N9    108.37  3.000
 9AM  H92   C9   C8    108.63  3.000
 9AM  H91   C9   C8    108.93  3.000
 9AM  N9    C9   C8    110.60  3.000
 9AM  H113  C11  H112  108.18  3.000
 9AM  H113  C11  H111  107.32  3.000
 9AM  H112  C11  H111  108.63  3.000
 9AM  H113  C11  C10   109.13  3.000
 9AM  H112  C11  C10   113.78  3.000
 9AM  H111  C11  C10   109.59  3.000
 9AM  HN5   N5   C10   117.86  3.000
 9AM  HN5   N5   C5    117.23  3.000
 9AM  C10   N5   C5    124.75  3.000
 9AM  HO4   O4   C4    108.10  3.000
 9AM  C6    O6   C2    116.87  3.000
 9AM  HO7   O7   C7    108.32  3.000
 9AM  HO8   O8   C8    108.55  3.000
 9AM  HN92  N9   HN91  105.79  3.000
 9AM  HN92  N9   C9    109.62  3.000
 9AM  HN91  N9   C9    109.31  3.000
 9AM  O10   C10  N5    123.60  3.000
 9AM  O10   C10  C11   121.57  3.000
 9AM  N5    C10  C11   114.82  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AM  CONST_01  C11   C10  N5   C5    180.00   0.0  0
 9AM  CONST_02  O10   C10  N5   C5      0.00   0.0  0
 9AM  CONST_03  HN5   N5   C10  C11     0.00   0.0  0
 9AM  Var_01    O6    C2   C3   C4      2.93  30.0  1
 9AM  Var_02    O1A   C1   C2   C3     -0.37  30.0  2
 9AM  Var_03    HN91  N9   C9   C8    176.59  30.0  3
 9AM  Var_04    H111  C11  C10  N5   -129.94  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 9AM  chir_01  C4  C3  C5  O4  negativ
 9AM  chir_02  C5  N5  C6  C4  negativ
 9AM  chir_03  C6  O6  C5  C7  positiv
 9AM  chir_04  C7  O7  C6  C8  negativ
 9AM  chir_05  C8  O8  C7  C9  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AM  plan-1  C5   0.020
 9AM  plan-1  C11  0.020
 9AM  plan-1  N5   0.020
 9AM  plan-1  O10  0.020
 9AM  plan-1  HN5  0.020
 9AM  plan-1  C10  0.020
 9AM  plan-2  C1   0.020
 9AM  plan-2  C2   0.020
 9AM  plan-2  O1A  0.020
 9AM  plan-2  O1B  0.020

