# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 01:35:48 2020
#   Inital geometry file: a 40 line input string
#   Ligand name: N-prop-2-en-1-ylthioformamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C=CCNC=S
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AI  9AI  N-prop-2-en-1-ylthioformamide  ligand  13  6  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_9AI
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AI  C6  C  CH2   0  -0.359  -0.7097   0.5127   0.2518
 9AI  C5  C  C1    0  -0.164  -1.9501   0.0317  -0.4385
 9AI  C4  C  C2    0  -0.518  -3.1769   0.2298   0.0261
 9AI  C1  C  C1    0  -0.101   1.0949  -1.0892  -0.2145
 9AI  N1  N  NH1   0  -0.486   0.1808  -0.5834   0.5852
 9AI  S6  S  S1    0  -0.370   1.4504  -0.5985  -1.7553
 9AI  H1  H  HCH2  0   0.265  -0.1617   1.2059  -0.3888
 9AI  H2  H  HCH2  0   0.277  -0.9584   1.0319   1.1768
 9AI  H3  H  H     0   0.255  -1.7995  -0.5000  -1.3727
 9AI  H5  H  H     0   0.241  -3.3572   0.7566   0.9559
 9AI  H6  H  H     0   0.246  -4.0479  -0.1210  -0.5114
 9AI  H8  H  H     0   0.291   1.6410  -1.9100   0.2447
 9AI  H4  H  HNH1  0   0.424   0.0567  -1.0187   1.4870

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AI  C1  N1  single  1.316  0.020  1.316
 9AI  C1  S6  double  1.656  0.020  1.656
 9AI  N1  C6  single  1.451  0.020  1.451
 9AI  C5  C6  single  1.499  0.020  1.499
 9AI  C5  C4  double  1.327  0.020  1.327
 9AI  C6  H1  single  0.970  0.020  1.090
 9AI  C6  H2  single  0.970  0.020  1.090
 9AI  C5  H3  single  0.930  0.020  1.080
 9AI  C4  H5  single  0.930  0.020  1.080
 9AI  C4  H6  single  0.930  0.020  1.080
 9AI  C1  H8  single  0.930  0.020  1.080
 9AI  N1  H4  single  0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AI  H2  C6  H1  108.08  3.000
 9AI  H2  C6  N1  107.76  3.000
 9AI  H1  C6  N1  107.85  3.000
 9AI  H2  C6  C5  110.80  3.000
 9AI  H1  C6  C5  110.43  3.000
 9AI  N1  C6  C5  111.79  3.000
 9AI  H3  C5  C4  120.20  3.000
 9AI  H3  C5  C6  116.02  3.000
 9AI  C4  C5  C6  123.78  3.000
 9AI  H6  C4  H5  116.74  3.000
 9AI  H6  C4  C5  121.46  3.000
 9AI  H5  C4  C5  121.80  3.000
 9AI  H8  C1  S6  120.58  3.000
 9AI  H8  C1  N1  112.48  3.000
 9AI  S6  C1  N1  126.94  3.000
 9AI  H4  N1  C1  117.57  3.000
 9AI  H4  N1  C6  117.11  3.000
 9AI  C1  N1  C6  125.25  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AI  Var_01  S6  C1  N1  C6    0.57  30.0  2
 9AI  Var_02  C1  N1  C6  C5   86.78  30.0  1
 9AI  Var_03  N1  C6  C5  C4  120.64  30.0  3
 9AI  Var_04  H5  C4  C5  C6   -0.44   0.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AI  plan-1  C1  0.020
 9AI  plan-1  N1  0.020
 9AI  plan-1  S6  0.020
 9AI  plan-1  H8  0.020
 9AI  plan-2  C6  0.020
 9AI  plan-2  C5  0.020
 9AI  plan-2  C4  0.020
 9AI  plan-2  H3  0.020
 9AI  plan-2  H5  0.020
 9AI  plan-2  H6  0.020

