# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 03:02:44 2020
#   Inital geometry file: a 81 line input string
#   Ligand name: N-methyl-1-(4-phenoxyphenyl)methanamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNCc1ccc(Oc2ccccc2)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AG  9AG  N-methyl-1-(4-phenoxyphenyl)methanamine  ligand  31  16  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_9AG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AG  C13  C  CR16  0  -0.252   4.4147  -0.9724  -1.0123
 9AG  C15  C  CR16  0  -0.252   4.0477  -0.3853   1.2883
 9AG  C01  C  CH3   0  -0.521  -6.0439  -0.8750  -0.0909
 9AG  N02  N  NH1   0  -0.581  -4.6822  -0.4918  -0.4046
 9AG  C04  C  CR6   0   0.085  -2.4574   0.0371   0.4225
 9AG  C05  C  CR16  0  -0.280  -2.1501   1.2860  -0.1163
 9AG  C06  C  CR16  0  -0.319  -0.8585   1.6075  -0.4940
 9AG  C07  C  CR16  0  -0.298  -1.4283  -0.8859   0.5559
 9AG  C08  C  CR16  0  -0.325  -0.1248  -0.5870   0.1754
 9AG  C09  C  CR6   0   0.344   0.1573   0.6654  -0.3517
 9AG  O10  O  O2    0  -0.513   1.3955   1.0416  -0.7842
 9AG  C11  C  CR6   0   0.316   2.5008   0.3305  -0.3950
 9AG  C12  C  CR16  0  -0.319   3.2516  -0.3034  -1.3735
 9AG  C14  C  CR16  0  -0.261   4.8137  -1.0205   0.3168
 9AG  C16  C  CR16  0  -0.303   2.8914   0.2980   0.9381
 9AG  H1   H  HCR6  0   0.263   5.0064  -1.4613  -1.7748
 9AG  H2   H  HCR6  0   0.264   4.3508  -0.4203   2.3267
 9AG  H3   H  HCH3  0   0.222  -6.5511  -0.0564   0.4245
 9AG  H4   H  HCH3  0   0.233  -6.5936  -1.0752  -1.0108
 9AG  H5   H  HCH3  0   0.194  -6.1247  -1.7651   0.5497
 9AG  H6   H  HNH1  0   0.343  -4.2581  -1.2134  -0.9751
 9AG  H8   H  HCH2  0   0.232  -4.3155   0.4920   1.3816
 9AG  H9   H  HCH2  0   0.208  -3.8705  -1.2059   1.4361
 9AG  H10  H  HCR6  0   0.251  -2.9324   2.0271  -0.2308
 9AG  H11  H  HCR6  0   0.266  -0.6318   2.5827  -0.9070
 9AG  H12  H  HCR6  0   0.254  -1.6424  -1.8684   0.9604
 9AG  H13  H  HCR6  0   0.276   0.6461  -1.3383   0.2844
 9AG  H14  H  HCR6  0   0.270   2.9328  -0.2673  -2.4077
 9AG  H15  H  HCR6  0   0.260   5.7173  -1.5468   0.5948
 9AG  H16  H  HCR6  0   0.277   2.3058   0.8062   1.6938
 9AG  C03  C  CH2   0  -0.333  -3.8718  -0.3153   0.7893

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AG  C01  N02  single    1.449  0.020  1.449
 9AG  C07  C08  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9AG  C07  C04  aromatic  1.389  0.020  1.389
 9AG  C03  N02  single    1.454  0.020  1.454
 9AG  C03  C04  single    1.503  0.020  1.503
 9AG  C08  C09  aromatic  1.388  0.020  1.388
 9AG  C04  C05  aromatic  1.395  0.020  1.395
 9AG  C09  O10  single    1.364  0.020  1.364
 9AG  C09  C06  aromatic  1.393  0.020  1.393
 9AG  C05  C06  aromatic  1.384  0.020  1.384
 9AG  O10  C11  single    1.371  0.020  1.371
 9AG  C11  C12  aromatic  1.387  0.020  1.387
 9AG  C11  C16  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9AG  C12  C13  aromatic  1.390  0.020  1.390
 9AG  C16  C15  aromatic  1.388  0.020  1.388
 9AG  C13  C14  aromatic  1.389  0.020  1.389
 9AG  C15  C14  aromatic  1.391  0.020  1.391
 9AG  C13  H1   single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C15  H2   single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C01  H3   single    0.970  0.020  1.090
 9AG  C01  H4   single    0.970  0.020  1.090
 9AG  C01  H5   single    0.970  0.020  1.090
 9AG  N02  H6   single    0.890  0.020  1.040
 9AG  C03  H8   single    0.970  0.020  1.090
 9AG  C03  H9   single    0.970  0.020  1.090
 9AG  C05  H10  single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C06  H11  single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C07  H12  single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C08  H13  single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C12  H14  single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C14  H15  single    0.930  0.020  1.080
 9AG  C16  H16  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AG  H1   C13  C14  120.12  3.000
 9AG  H1   C13  C12  119.48  3.000
 9AG  C14  C13  C12  120.40  3.000
 9AG  H2   C15  C16  119.42  3.000
 9AG  H2   C15  C14  120.08  3.000
 9AG  C16  C15  C14  120.50  3.000
 9AG  H5   C01  H4   107.81  3.000
 9AG  H5   C01  H3   107.32  3.000
 9AG  H4   C01  H3   107.56  3.000
 9AG  H5   C01  N02  114.16  3.000
 9AG  H4   C01  N02  109.86  3.000
 9AG  H3   C01  N02  109.90  3.000
 9AG  H6   N02  C03  108.40  3.000
 9AG  H6   N02  C01  109.09  3.000
 9AG  C03  N02  C01  112.22  3.000
 9AG  C07  C04  C05  117.97  3.000
 9AG  C05  C04  C03  120.77  3.000
 9AG  C07  C04  C03  121.20  3.000
 9AG  H10  C05  C06  119.09  3.000
 9AG  H10  C05  C04  119.62  3.000
 9AG  C06  C05  C04  121.29  3.000
 9AG  H11  C06  C09  119.70  3.000
 9AG  H11  C06  C05  120.58  3.000
 9AG  C09  C06  C05  119.72  3.000
 9AG  H12  C07  C08  118.83  3.000
 9AG  H12  C07  C04  119.47  3.000
 9AG  C08  C07  C04  121.70  3.000
 9AG  H13  C08  C09  121.34  3.000
 9AG  H13  C08  C07  119.41  3.000
 9AG  C09  C08  C07  119.24  3.000
 9AG  O10  C09  C08  123.62  3.000
 9AG  O10  C09  C06  116.29  3.000
 9AG  C08  C09  C06  120.07  3.000
 9AG  C11  O10  C09  119.92  3.000
 9AG  C16  C11  C12  120.94  3.000
 9AG  C16  C11  O10  120.74  3.000
 9AG  C12  C11  O10  118.25  3.000
 9AG  H14  C12  C11  119.95  3.000
 9AG  H14  C12  C13  120.72  3.000
 9AG  C11  C12  C13  119.33  3.000
 9AG  H15  C14  C15  120.17  3.000
 9AG  H15  C14  C13  120.19  3.000
 9AG  C15  C14  C13  119.64  3.000
 9AG  H16  C16  C11  120.44  3.000
 9AG  H16  C16  C15  120.37  3.000
 9AG  C11  C16  C15  119.19  3.000
 9AG  H9   C03  H8   106.21  3.000
 9AG  H9   C03  C04  109.39  3.000
 9AG  H8   C03  C04  109.90  3.000
 9AG  H9   C03  N02  112.64  3.000
 9AG  H8   C03  N02  107.93  3.000
 9AG  C04  C03  N02  110.65  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AG  CONST_01  C16  C11  C12  C13     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_02  C16  C15  C14  C13     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_03  C12  C11  C16  C15     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_04  C12  C13  C14  C15     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_05  C09  C08  C07  C04     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_06  C09  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_07  C08  C07  C04  C05     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_08  C08  C09  C06  C05     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_09  C07  C08  C09  C06     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_10  C07  C04  C05  C06     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_11  C14  C13  C12  C11     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_12  C14  C15  C16  C11     0.00   0.0  0
 9AG  CONST_13  O10  C11  C12  C13   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_14  O10  C11  C16  C15   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_15  C08  C07  C04  C03   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_16  C06  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_17  O10  C09  C06  C05   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_18  O10  C09  C08  C07   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_19  H2   C15  C14  C13   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_20  H1   C13  C14  C15   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_21  H13  C08  C07  C04   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_22  H11  C06  C05  C04   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_23  H12  C07  C04  C05   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_24  H10  C05  C04  C07   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_25  H16  C16  C11  C12   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_26  H15  C14  C13  C12   180.00   0.0  0
 9AG  CONST_27  H14  C12  C13  C14   180.00   0.0  0
 9AG  Var_01    C12  C11  O10  C09   117.53  30.0  2
 9AG  Var_02    C07  C04  C03  N02  -106.59  30.0  2
 9AG  Var_03    C04  C03  N02  C01   178.15  30.0  1
 9AG  Var_04    H3   C01  N02  C03    66.41  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AG  plan-1  C04  0.020
 9AG  plan-1  C05  0.020
 9AG  plan-1  C06  0.020
 9AG  plan-1  C07  0.020
 9AG  plan-1  C08  0.020
 9AG  plan-1  C09  0.020
 9AG  plan-1  O10  0.020
 9AG  plan-1  H10  0.020
 9AG  plan-1  H11  0.020
 9AG  plan-1  H12  0.020
 9AG  plan-1  H13  0.020
 9AG  plan-1  C03  0.020
 9AG  plan-2  C13  0.020
 9AG  plan-2  C15  0.020
 9AG  plan-2  O10  0.020
 9AG  plan-2  C11  0.020
 9AG  plan-2  C12  0.020
 9AG  plan-2  C14  0.020
 9AG  plan-2  C16  0.020
 9AG  plan-2  H1   0.020
 9AG  plan-2  H2   0.020
 9AG  plan-2  H14  0.020
 9AG  plan-2  H15  0.020
 9AG  plan-2  H16  0.020

