# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 20:52:34 2020
#   Inital geometry file: a 206 line input string
#   Ligand name: dimethyl 4-{3-[({3-[4-(3-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]propyl}carbamoyl)amino]phenyl}-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COC(=O)C1=C(C)NC(=C(C1c2cccc(NC(=O)NCCCN3CCC(CC3)c4cccc(OC)c4)c2)C(=O)OC)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AF  9AF  'dimethyl 4-{3-[({3-[4-(3-methoxyphenyl)piperidin-1-yl]propyl}carbamoyl)amino]phenyl}-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate'  ligand  85  43  .  2021-08-06  2023-02-02
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_9AF
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AF  C1   C  C     0   0.575    6.3175   2.5417  -1.1369
 9AF  C10  C  CH1   0  -0.404    6.0331   0.1038  -0.6718
 9AF  C11  C  CR6   0   0.225    5.1121   0.1340   0.5374
 9AF  C12  C  CR16  0  -0.327    5.6266   0.2776   1.8240
 9AF  C13  C  CR16  0  -0.235    4.7682   0.2880   2.9117
 9AF  C2   C  C     0  -0.166    6.9535   1.3039  -0.6885
 9AF  C3   C  C     0   0.362    8.2335   1.1925  -0.2567
 9AF  C4   C  CH3   0  -0.735    9.2493   2.2800  -0.0706
 9AF  C5   C  C     0   0.366    8.0974  -1.2331  -0.2780
 9AF  C6   C  CH3   0  -0.735    8.9906  -2.4276  -0.1126
 9AF  C7   C  C     0  -0.164    6.8150  -1.1934  -0.7187
 9AF  C8   C  C     0   0.575    6.0674  -2.3400  -1.2335
 9AF  C9   C  CH3   0  -0.420    6.0590  -4.6423  -1.7314
 9AF  N2   N  NH1   0  -0.690   -0.7565   0.1244   1.4010
 9AF  O1   O  O     0  -0.471    5.1514   2.5992  -1.4691
 9AF  O2   O  O     0  -0.473    4.9310  -2.2563  -1.6527
 9AF  O3   O  O2    0  -0.464    6.7302  -3.4935  -1.2247
 9AF  O4   O  O     0  -0.525    0.6073   1.0058   2.9736
 9AF  C16  C  C     0   0.728    0.4610   0.3840   1.9304
 9AF  C15  C  CR6   0   0.388    2.8686   0.0305   1.4662
 9AF  C14  C  CR16  0  -0.326    3.3951   0.1593   2.7515
 9AF  C32  C  CR16  0  -0.413    3.7402   0.0175   0.3750
 9AF  N    N  NH1   0  -0.717    8.7128  -0.0538   0.0525
 9AF  O    O  O2    0  -0.464    7.1145   3.6062  -1.1671
 9AF  C    C  CH3   0  -0.421    6.5471   4.8414  -1.5912
 9AF  C17  C  CH2   0  -0.228   -1.9607   0.6999   1.9592
 9AF  C18  C  CH2   0  -0.498   -3.1920   0.1242   1.2778
 9AF  C19  C  CH2   0  -0.252   -4.4595   0.7403   1.8552
 9AF  N3   N  NT    0  -0.420   -5.6802   0.1748   1.3129
 9AF  C31  C  CH2   0  -0.282   -6.8253   0.5178   2.1386
 9AF  C30  C  CH2   0  -0.418   -8.0919  -0.1672   1.6499
 9AF  C22  C  CH1   0  -0.347   -8.3785   0.1959   0.1931
 9AF  C21  C  CH2   0  -0.414   -7.1374  -0.1144  -0.6450
 9AF  C20  C  CH2   0  -0.289   -5.9090   0.5701  -0.0663
 9AF  C23  C  CR6   0   0.214   -9.6177  -0.4738  -0.3422
 9AF  C29  C  CR16  0  -0.439  -10.6678   0.2920  -0.8251
 9AF  C27  C  CR6   0   0.402  -11.8269  -0.3028  -1.3313
 9AF  O5   O  O2    0  -0.475  -12.7810   0.5423  -1.7712
 9AF  C28  C  CH3   0  -0.435  -13.9682  -0.0037  -2.3089
 9AF  C26  C  CR16  0  -0.403  -11.9351  -1.6895  -1.3540
 9AF  C25  C  CR16  0  -0.225  -10.8797  -2.4564  -0.8687
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 9AF  H5   H  HCH3  0   0.267    8.8678   3.0883   0.5476
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 9AF  H7   H  HCH3  0   0.270    9.5481   2.7079  -1.0261
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 9AF  H22  H  HCH3  0   0.247    7.3478   5.5724  -1.5267
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 9AF  H25  H  HCH2  0   0.237   -3.1242   0.3100   0.2020
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 9AF  H44  H  HCR6  0   0.255  -10.9661  -3.5355  -0.8869
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 9AF  H4   H  HNH1  0   0.412    9.6605  -0.1097   0.3886
 9AF  N1   N  NH1   0  -0.788    1.5065  -0.1339   1.2029

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AF  C28  O5   single    1.413  0.020  1.413
 9AF  O5   C27  single    1.348  0.020  1.348
 9AF  C27  C26  aromatic  1.391  0.020  1.391
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 9AF  C23  C24  aromatic  1.398  0.020  1.398
 9AF  C23  C22  single    1.507  0.020  1.507
 9AF  C21  C22  single    1.529  0.020  1.529
 9AF  C21  C20  single    1.521  0.020  1.521
 9AF  C22  C30  single    1.528  0.020  1.528
 9AF  C20  N3   single    1.453  0.020  1.453
 9AF  C30  C31  single    1.521  0.020  1.521
 9AF  C18  C17  single    1.520  0.020  1.520
 9AF  C18  C19  single    1.523  0.020  1.523
 9AF  N3   C31  single    1.453  0.020  1.453
 9AF  N3   C19  single    1.451  0.020  1.451
 9AF  C17  N2   single    1.447  0.020  1.447
 9AF  N2   C16  single    1.353  0.020  1.353
 9AF  C16  O4   double    1.223  0.020  1.223
 9AF  C16  N1   single    1.375  0.020  1.375
 9AF  N1   C15  single    1.397  0.020  1.397
 9AF  C15  C14  aromatic  1.395  0.020  1.395
 9AF  C15  C32  aromatic  1.397  0.020  1.397
 9AF  C14  C13  aromatic  1.388  0.020  1.388
 9AF  C32  C11  aromatic  1.386  0.020  1.386
 9AF  C13  C12  aromatic  1.386  0.020  1.386
 9AF  C    O    single    1.424  0.020  1.424
 9AF  O    C1   single    1.330  0.020  1.330
 9AF  C11  C12  aromatic  1.393  0.020  1.393
 9AF  C11  C10  single    1.520  0.020  1.520
 9AF  O1   C1   double    1.214  0.020  1.214
 9AF  C2   C10  single    1.512  0.020  1.512
 9AF  C2   C3   double    1.355  0.020  1.355
 9AF  C10  C7   single    1.515  0.020  1.515
 9AF  C4   C3   single    1.500  0.020  1.500
 9AF  C3   N    single    1.371  0.020  1.371
 9AF  C7   C5   double    1.357  0.020  1.357
 9AF  N    C5   single    1.371  0.020  1.371
 9AF  O2   C8   double    1.214  0.020  1.214
 9AF  C5   C6   single    1.501  0.020  1.501
 9AF  C8   O3   single    1.330  0.020  1.330
 9AF  O3   C9   single    1.424  0.020  1.424
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 9AF  C13  H3   single    0.930  0.020  1.080
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 9AF  C9   H15  single    0.970  0.020  1.090
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 9AF  C14  H18  single    0.930  0.020  1.080
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
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 9AF  Var_02    N    C5   C7   C10    -7.80  30.0  1
 9AF  Var_03    C5   N    C3   C2     13.28  30.0  1
 9AF  Var_04    C7   C5   N    C3    -12.89  30.0  1
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 9AF  Var_06    C22  C30  C31  N3    -57.39  30.0  1
 9AF  Var_07    C21  C20  N3   C31   -59.47  30.0  1
 9AF  Var_08    C20  N3   C31  C30    59.44  30.0  1
 9AF  Var_09    O    C1   C2   C10  -179.54  30.0  2
 9AF  Var_10    O2   C8   C7   C10     3.38  30.0  2
 9AF  Var_11    C26  C27  O5   C28    -0.83  30.0  2
 9AF  Var_12    H5   C4   C3   C2     52.66  30.0  3
 9AF  Var_13    H9   C6   C5   C7   -173.80  30.0  3
 9AF  Var_14    N3   C19  C18  C17  -176.22  30.0  3
 9AF  Var_15    H40  C28  O5   C27  -179.94  30.0  3
 9AF  Var_16    C19  C18  C17  N2   -179.42  30.0  2
 9AF  Var_17    C18  C17  N2   C16  -173.61  30.0  1
 9AF  Var_18    H20  C    O    C1    -62.26  30.0  3
 9AF  Var_19    H13  C9   O3   C8    179.19  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 9AF  chir_01  C10  C11  C2   C7   negativ
 9AF  chir_02  C22  C23  C21  C30  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AF  plan-1  C1   0.020
 9AF  plan-1  C2   0.020
 9AF  plan-1  O1   0.020
 9AF  plan-1  O    0.020
 9AF  plan-2  C7   0.020
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 9AF  plan-2  O2   0.020
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 9AF  plan-6  N    0.020
 9AF  plan-6  H4   0.020

