# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 01:39:28 2020
#   Inital geometry file: a 81 line input string
#   Ligand name: (2~{S})-6-methyl-~{N}-propan-2-yl-heptan-2-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)CCC[C@H](C)NC(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AE  9AE  (2~{S})-6-methyl-~{N}-propan-2-yl-heptan-2-amine  ligand  37  12  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_9AE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AE  N1   N  NH1   0  -0.609  -1.9167  -0.1104   0.5878
 9AE  C2   C  CH1   0  -0.050  -1.4486   1.0680  -0.1430
 9AE  C3   C  CH2   0  -0.442   0.0018   1.3877   0.2199
 9AE  C4   C  CH2   0  -0.427   1.0213   0.3685  -0.2781
 9AE  C6   C  CH1   0  -0.232   3.5340  -0.1854  -0.4203
 9AE  C7   C  CH3   0  -0.651   4.9103   0.3173   0.0050
 9AE  C8   C  CH3   0  -0.658   3.3534  -1.6447  -0.0119
 9AE  C9   C  CH3   0  -0.647  -2.3385   2.2732   0.1471
 9AE  C10  C  CH1   0  -0.078  -2.6241  -1.1129  -0.1990
 9AE  C12  C  CH3   0  -0.671  -2.8324  -2.3517   0.6613
 9AE  C11  C  CH3   0  -0.655  -3.9601  -0.5845  -0.7030
 9AE  C5   C  CH2   0  -0.393   2.4410   0.7147   0.1574
 9AE  H1   H  HNH1  0   0.342  -1.1258  -0.5654   1.0257
 9AE  H3   H  HCH1  0   0.195  -1.4793   0.8727  -1.2272
 9AE  H4   H  HCH2  0   0.224   0.2560   2.3693  -0.1908
 9AE  H5   H  HCH2  0   0.213   0.0781   1.4867   1.3099
 9AE  H6   H  HCH2  0   0.211   0.7609  -0.6317   0.0807
 9AE  H7   H  HCH2  0   0.211   0.9728   0.3189  -1.3718
 9AE  H8   H  HCH1  0   0.209   3.4734  -0.1265  -1.5140
 9AE  H9   H  HCH3  0   0.211   5.0278   0.2553   1.0899
 9AE  H10  H  HCH3  0   0.223   5.7092  -0.2726  -0.4476
 9AE  H11  H  HCH3  0   0.222   5.0622   1.3591  -0.2834
 9AE  H12  H  HCH3  0   0.210   3.3603  -1.7444   1.0769
 9AE  H13  H  HCH3  0   0.227   2.4145  -2.0637  -0.3759
 9AE  H14  H  HCH3  0   0.224   4.1610  -2.2658  -0.4040
 9AE  H15  H  HCH3  0   0.210  -2.2920   2.5358   1.2060
 9AE  H16  H  HCH3  0   0.210  -2.0200   3.1433  -0.4304
 9AE  H17  H  HCH3  0   0.230  -3.3814   2.0744  -0.0993
 9AE  H18  H  HCH1  0   0.187  -2.0328  -1.4090  -1.0829
 9AE  H19  H  HCH3  0   0.218  -3.4365  -2.1138   1.5389
 9AE  H20  H  HCH3  0   0.227  -3.3445  -3.1331   0.0991
 9AE  H21  H  HCH3  0   0.225  -1.8814  -2.7619   1.0084
 9AE  H22  H  HCH3  0   0.229  -3.8368   0.2588  -1.3833
 9AE  H23  H  HCH3  0   0.225  -4.4953  -1.3647  -1.2460
 9AE  H24  H  HCH3  0   0.213  -4.5852  -0.2576   0.1309
 9AE  H25  H  HCH2  0   0.213   2.6534   1.7507  -0.1292
 9AE  H26  H  HCH2  0   0.203   2.4998   0.6862   1.2525

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AE  C9   C2   single  1.526  0.020  1.526
 9AE  C2   N1   single  1.464  0.020  1.464
 9AE  C2   C3   single  1.529  0.020  1.529
 9AE  C11  C10  single  1.523  0.020  1.523
 9AE  C7   C6   single  1.526  0.020  1.526
 9AE  N1   C10  single  1.458  0.020  1.458
 9AE  C3   C4   single  1.525  0.020  1.525
 9AE  C4   C5   single  1.525  0.020  1.525
 9AE  C6   C5   single  1.529  0.020  1.529
 9AE  C6   C8   single  1.526  0.020  1.526
 9AE  C10  C12  single  1.523  0.020  1.523
 9AE  N1   H1   single  0.890  0.020  1.040
 9AE  C2   H3   single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C3   H4   single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C3   H5   single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C4   H6   single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C4   H7   single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C6   H8   single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C7   H9   single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C7   H10  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C7   H11  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C8   H12  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C8   H13  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C8   H14  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C9   H15  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C9   H16  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C9   H17  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C10  H18  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C12  H19  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C12  H20  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C12  H21  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C11  H22  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C11  H23  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C11  H24  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C5   H25  single  0.970  0.020  1.090
 9AE  C5   H26  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AE  H1   N1   C10  107.67  3.000
 9AE  H1   N1   C2   109.16  3.000
 9AE  C10  N1   C2   116.07  3.000
 9AE  H3   C2   C9   108.10  3.000
 9AE  H3   C2   C3   107.28  3.000
 9AE  C9   C2   C3   110.06  3.000
 9AE  H3   C2   N1   109.86  3.000
 9AE  C3   C2   N1   110.68  3.000
 9AE  C9   C2   N1   110.76  3.000
 9AE  H5   C3   H4   106.01  3.000
 9AE  H5   C3   C4   109.77  3.000
 9AE  H4   C3   C4   108.77  3.000
 9AE  H5   C3   C2   108.70  3.000
 9AE  H4   C3   C2   108.60  3.000
 9AE  C4   C3   C2   114.64  3.000
 9AE  H7   C4   H6   105.99  3.000
 9AE  H7   C4   C5   109.66  3.000
 9AE  H6   C4   C5   109.60  3.000
 9AE  H7   C4   C3   109.06  3.000
 9AE  H6   C4   C3   110.16  3.000
 9AE  C5   C4   C3   112.17  3.000
 9AE  H8   C6   C5   107.79  3.000
 9AE  H8   C6   C8   108.16  3.000
 9AE  C5   C6   C8   112.16  3.000
 9AE  H8   C6   C7   108.06  3.000
 9AE  C8   C6   C7   110.32  3.000
 9AE  C5   C6   C7   110.21  3.000
 9AE  H11  C7   H10  107.72  3.000
 9AE  H11  C7   H9   107.54  3.000
 9AE  H10  C7   H9   107.60  3.000
 9AE  H11  C7   C6   111.49  3.000
 9AE  H10  C7   C6   111.51  3.000
 9AE  H9   C7   C6   110.79  3.000
 9AE  H14  C8   H13  107.36  3.000
 9AE  H14  C8   H12  107.52  3.000
 9AE  H13  C8   H12  107.62  3.000
 9AE  H14  C8   C6   111.12  3.000
 9AE  H13  C8   C6   112.33  3.000
 9AE  H12  C8   C6   110.67  3.000
 9AE  H17  C9   H16  107.76  3.000
 9AE  H17  C9   H15  107.69  3.000
 9AE  H16  C9   H15  107.99  3.000
 9AE  H17  C9   C2   111.78  3.000
 9AE  H16  C9   C2   111.02  3.000
 9AE  H15  C9   C2   110.45  3.000
 9AE  H18  C10  C11  107.34  3.000
 9AE  H18  C10  C12  107.91  3.000
 9AE  C11  C10  C12  110.45  3.000
 9AE  H18  C10  N1   110.90  3.000
 9AE  C12  C10  N1   108.72  3.000
 9AE  C11  C10  N1   111.46  3.000
 9AE  H21  C12  H20  107.68  3.000
 9AE  H21  C12  H19  107.95  3.000
 9AE  H20  C12  H19  108.11  3.000
 9AE  H21  C12  C10  111.47  3.000
 9AE  H20  C12  C10  110.86  3.000
 9AE  H19  C12  C10  110.65  3.000
 9AE  H24  C11  H23  108.25  3.000
 9AE  H24  C11  H22  108.03  3.000
 9AE  H23  C11  H22  107.34  3.000
 9AE  H24  C11  C10  110.69  3.000
 9AE  H23  C11  C10  110.31  3.000
 9AE  H22  C11  C10  112.07  3.000
 9AE  H26  C5   H25  105.97  3.000
 9AE  H26  C5   C6   108.88  3.000
 9AE  H25  C5   C6   108.62  3.000
 9AE  H26  C5   C4   109.21  3.000
 9AE  H25  C5   C4   108.69  3.000
 9AE  C6   C5   C4   115.09  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AE  Var_01  C11  C10  N1   C2   -67.13  30.0  3
 9AE  Var_02  C5   C4   C3   C2  -177.92  30.0  3
 9AE  Var_03  C6   C5   C4   C3  -174.22  30.0  3
 9AE  Var_04  C7   C6   C5   C4   175.99  30.0  1
 9AE  Var_05  H22  C11  C10  N1    63.31  30.0  3
 9AE  Var_06  H19  C12  C10  N1    61.09  30.0  3
 9AE  Var_07  H12  C8   C6   C7    64.64  30.0  3
 9AE  Var_08  H9   C7   C6   C8   -60.60  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 9AE  chir_01  C2  C9  N1  C3  positiv

