# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar  9 08:51:54 2022
#   Inital geometry file: a 69 line input string
#   Ligand name: acridine-9-carbaldehyde
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O=Cc1c2ccccc2nc3ccccc13
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AC  9AC  'acridine-9-carbaldehyde  '  ligand  25  16  .  2022-03-11  2022-03-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_9AC
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AC  C1   C  CR16  0  -0.341  -2.4933  -1.1460  -0.0151
 9AC  C2   C  CR16  0  -0.235  -3.6850  -0.4890  -0.0247
 9AC  C3   C  CR16  0  -0.262  -3.7413   0.9289  -0.0077
 9AC  C4   C  CR16  0  -0.279  -2.5936   1.6541   0.0101
 9AC  C5   C  CR16  0  -0.282   2.0858   2.0787   0.0407
 9AC  C6   C  CR16  0  -0.260   3.3482   1.5788   0.0586
 9AC  C7   C  CR16  0  -0.232   3.5533   0.1754   0.0677
 9AC  C8   C  CR16  0  -0.327   2.5038  -0.6927   0.0486
 9AC  C9   C  CR6   0   0.039   0.0115  -1.0279   0.0247
 9AC  N10  N  N     0  -0.460  -0.2426   1.7694   0.0257
 9AC  C11  C  CR66  0   0.160   0.9601   1.2059   0.0270
 9AC  C12  C  CR66  0   0.097   1.1604  -0.2146   0.0201
 9AC  C13  C  CR66  0   0.103  -1.2607  -0.4275   0.0208
 9AC  C14  C  CR66  0   0.168  -1.3256   1.0035   0.0202
 9AC  C15  C  C1    0   0.101   0.0872  -2.5089   0.0582
 9AC  O16  O  O     0  -0.363   1.0133  -3.1700  -0.3455
 9AC  H1   H  HCR6  0   0.262  -2.5050  -2.2252  -0.0488
 9AC  H2   H  HCR6  0   0.273  -4.6061  -1.0557  -0.0519
 9AC  H3   H  HCR6  0   0.271  -4.7032   1.4238  -0.0156
 9AC  H4   H  HCR6  0   0.269  -2.6063   2.7360   0.0136
 9AC  H5   H  HCR6  0   0.268   1.8995   3.1447   0.0418
 9AC  H6   H  HCR6  0   0.270   4.2000   2.2450   0.0712
 9AC  H7   H  HCR6  0   0.270   4.5632  -0.2121   0.0925
 9AC  H8   H  HCR6  0   0.270   2.7006  -1.7518   0.0492
 9AC  H9   H  H     0   0.219  -0.7845  -3.0092   0.5034

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AC  C1   C2   aromatic  1.361  0.020  1.361
 9AC  C1   C13  aromatic  1.427  0.020  1.427
 9AC  C1   H1   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C2   C3   aromatic  1.419  0.020  1.419
 9AC  C2   H2   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C3   C4   aromatic  1.358  0.020  1.358
 9AC  C3   H3   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C4   C14  aromatic  1.425  0.020  1.425
 9AC  C4   H4   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C5   C6   aromatic  1.358  0.020  1.358
 9AC  C5   C11  aromatic  1.425  0.020  1.425
 9AC  C5   H5   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C6   C7   aromatic  1.418  0.020  1.418
 9AC  C6   H6   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C7   C8   aromatic  1.362  0.020  1.362
 9AC  C7   H7   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C8   C12  aromatic  1.426  0.020  1.426
 9AC  C8   H8   single    0.930  0.020  1.080
 9AC  C9   C12  aromatic  1.408  0.020  1.408
 9AC  C9   C13  aromatic  1.407  0.020  1.407
 9AC  C9   C15  single    1.483  0.020  1.483
 9AC  N10  C11  aromatic  1.328  0.020  1.328
 9AC  N10  C14  aromatic  1.326  0.020  1.326
 9AC  C11  C12  aromatic  1.435  0.020  1.435
 9AC  C13  C14  aromatic  1.432  0.020  1.432
 9AC  C15  O16  double    1.207  0.020  1.207
 9AC  C15  H9   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AC  H1   C1   C13  120.89  3.000
 9AC  H1   C1   C2   118.22  3.000
 9AC  C13  C1   C2   120.89  3.000
 9AC  H2   C2   C3   119.33  3.000
 9AC  H2   C2   C1   119.53  3.000
 9AC  C3   C2   C1   121.14  3.000
 9AC  H3   C3   C4   120.49  3.000
 9AC  H3   C3   C2   119.49  3.000
 9AC  C4   C3   C2   120.02  3.000
 9AC  H4   C4   C14  117.83  3.000
 9AC  H4   C4   C3   121.61  3.000
 9AC  C14  C4   C3   120.55  3.000
 9AC  H5   C5   C11  117.87  3.000
 9AC  H5   C5   C6   121.51  3.000
 9AC  C11  C5   C6   120.61  3.000
 9AC  H6   C6   C7   119.71  3.000
 9AC  H6   C6   C5   120.37  3.000
 9AC  C7   C6   C5   119.92  3.000
 9AC  H7   C7   C8   119.42  3.000
 9AC  H7   C7   C6   119.31  3.000
 9AC  C8   C7   C6   121.27  3.000
 9AC  H8   C8   C12  120.11  3.000
 9AC  H8   C8   C7   119.07  3.000
 9AC  C12  C8   C7   120.82  3.000
 9AC  C15  C9   C13  118.19  3.000
 9AC  C15  C9   C12  122.36  3.000
 9AC  C13  C9   C12  119.44  3.000
 9AC  C14  N10  C11  119.63  3.000
 9AC  C12  C11  N10  123.13  3.000
 9AC  C12  C11  C5   119.76  3.000
 9AC  N10  C11  C5   117.11  3.000
 9AC  C11  C12  C9   117.27  3.000
 9AC  C11  C12  C8   117.60  3.000
 9AC  C9   C12  C8   125.10  3.000
 9AC  C14  C13  C9   117.86  3.000
 9AC  C14  C13  C1   117.64  3.000
 9AC  C9   C13  C1   124.49  3.000
 9AC  C13  C14  N10  122.68  3.000
 9AC  C13  C14  C4   119.76  3.000
 9AC  N10  C14  C4   117.57  3.000
 9AC  H9   C15  O16  119.63  3.000
 9AC  H9   C15  C9   115.03  3.000
 9AC  O16  C15  C9   125.33  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AC  CONST_01  C4   C3   C2   C1     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_02  C12  C9   C13  C1   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_03  C4   C14  C13  C1     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_04  N10  C14  C13  C1   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_05  C9   C13  C1   C2   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_06  C14  C13  C1   C2     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_07  C14  C4   C3   C2     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_08  C13  C1   C2   C3     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_09  N10  C14  C4   C3   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_10  C13  C14  C4   C3     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_11  C11  N10  C14  C4   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_12  C9   C13  C14  C4   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_13  C8   C7   C6   C5     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_14  C14  N10  C11  C5   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_15  C8   C12  C11  C5     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_16  C9   C12  C11  C5   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_17  N10  C11  C5   C6   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_18  C12  C11  C5   C6     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_19  C12  C8   C7   C6     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_20  C11  C5   C6   C7     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_21  C9   C12  C8   C7   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_22  C11  C12  C8   C7     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_23  C13  C9   C12  C8   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_24  N10  C11  C12  C8   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_25  N10  C11  C12  C9     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_26  N10  C14  C13  C9     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_27  C13  C14  N10  C11    0.00   0.0  0
 9AC  CONST_28  C13  C9   C12  C11    0.00   0.0  0
 9AC  CONST_29  C14  C13  C9   C12    0.00   0.0  0
 9AC  CONST_30  C14  N10  C11  C12    0.00   0.0  0
 9AC  CONST_31  C15  C9   C13  C1     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_32  C15  C9   C12  C8     0.00   0.0  0
 9AC  CONST_33  C15  C9   C12  C11  180.00   0.0  0
 9AC  CONST_34  C15  C9   C13  C14  180.00   0.0  0
 9AC  CONST_35  H3   C3   C2   C1   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_36  H4   C4   C3   C2   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_37  H1   C1   C2   C3   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_38  H2   C2   C3   C4   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_39  H7   C7   C6   C5   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_40  H8   C8   C7   C6   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_41  H5   C5   C6   C7   180.00   0.0  0
 9AC  CONST_42  H6   C6   C7   C8   180.00   0.0  0
 9AC  Var_01    O16  C15  C9   C12  -25.82  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AC  plan-1  C1   0.020
 9AC  plan-1  C2   0.020
 9AC  plan-1  C3   0.020
 9AC  plan-1  C4   0.020
 9AC  plan-1  C5   0.020
 9AC  plan-1  C6   0.020
 9AC  plan-1  C7   0.020
 9AC  plan-1  C8   0.020
 9AC  plan-1  C9   0.020
 9AC  plan-1  N10  0.020
 9AC  plan-1  C11  0.020
 9AC  plan-1  C12  0.020
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 9AC  plan-1  C15  0.020
 9AC  plan-1  H1   0.020
 9AC  plan-1  H2   0.020
 9AC  plan-1  H3   0.020
 9AC  plan-1  H4   0.020
 9AC  plan-1  H5   0.020
 9AC  plan-1  H6   0.020
 9AC  plan-1  H7   0.020
 9AC  plan-1  H8   0.020
 9AC  plan-2  C9   0.020
 9AC  plan-2  C15  0.020
 9AC  plan-2  O16  0.020
 9AC  plan-2  H9   0.020

