# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 02:35:30 2020
#   Inital geometry file: a 94 line input string
#   Ligand name: 8-[4,5,6,7-tetrakis(bromanyl)benzimidazol-1-yl]octanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)CCCCCCCn1cnc2c(Br)c(Br)c(Br)c(Br)c12
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 9AB  9AB  '8-[4,5,6,7-tetrakis(bromanyl)benzimidazol-1-yl]octanoic acid'  ligand  38  23  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_9AB
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 9AB  CBA  C   CR15   0   0.132    0.2640   3.1171  -0.9561
 9AB  CBD  C   CH2    0  -0.411   -5.0139   0.9487   0.0898
 9AB  CBE  C   CH2    0  -0.410   -6.3757   0.4880  -0.4138
 9AB  CBF  C   CH2    0  -0.423   -3.9651   1.0310  -1.0115
 9AB  CBG  C   CH2    0  -0.401   -7.4427   0.4637   0.6741
 9AB  CBI  C   CH2    0  -0.429   -2.5847   1.4100  -0.4916
 9AB  CBJ  C   CH2    0  -0.582   -8.7935  -0.0148   0.1686
 9AB  CBL  C   CH2    0  -0.325   -1.6189   1.6776  -1.6373
 9AB  CCH  C   C      0   0.410   -9.9323  -0.0445   1.2035
 9AB  CCO  C   CR6    0  -0.106    3.0882  -0.1455   0.1283
 9AB  CCP  C   CR6    0  -0.122    2.0186  -0.9565  -0.3109
 9AB  CCQ  C   CR6    0  -0.208    2.9724   1.2334   0.1032
 9AB  CCR  C   CR6    0  -0.144    0.8301  -0.4008  -0.7763
 9AB  CCS  C   CR56   0   0.206    1.7884   1.7993  -0.3596
 9AB  CCT  C   CR56   0   0.437    0.7212   0.9902  -0.7953
 9AB  NBS  N   N      0  -0.434    1.4707   3.1182  -0.4726
 9AB  NDB  N   NR5    0  -0.519   -0.2493   1.8832  -1.1823
 9AB  OAI  O   O      0  -0.610   -9.6692   0.3032   2.3716
 9AB  BR2  BR  BR     0   0.037    4.6739  -0.9255   0.7471
 9AB  BR3  BR  BR     0   0.041    2.2072  -2.8201  -0.2671
 9AB  BR1  BR  BR     0   0.031    4.3295   2.3845   0.6625
 9AB  BR4  BR  BR     0   0.045   -0.5688  -1.5000  -1.3600
 9AB  H1   H   HCR5   0   0.306   -0.3140   4.0024  -1.1786
 9AB  H2   H   HCH2   0   0.210   -5.1118   1.9314   0.5641
 9AB  H3   H   HCH2   0   0.210   -4.6684   0.2674   0.8752
 9AB  H4   H   HCH2   0   0.203   -6.7015   1.1435  -1.2298
 9AB  H5   H   HCH2   0   0.203   -6.2783  -0.5110  -0.8539
 9AB  H6   H   HCH2   0   0.218   -3.9012   0.0689  -1.5312
 9AB  H7   H   HCH2   0   0.218   -4.2884   1.7599  -1.7625
 9AB  H8   H   HCH2   0   0.200   -7.1063  -0.1779   1.4943
 9AB  H9   H   HCH2   0   0.200   -7.5417   1.4661   1.1011
 9AB  H10  H   HCH2   0   0.236   -2.6463   2.3054   0.1344
 9AB  H11  H   HCH2   0   0.233   -2.1990   0.6104   0.1452
 9AB  H12  H   HCH2   0   0.215   -9.1138   0.6090  -0.6746
 9AB  H13  H   HCH2   0   0.216   -8.6936  -1.0223  -0.2538
 9AB  H14  H   HCH2   0   0.273   -1.6384   0.8842  -2.3801
 9AB  H15  H   HCH2   0   0.281   -1.9064   2.5914  -2.1577
 9AB  OXT  O   OC    -1  -0.635  -11.0457  -0.4234   0.7806

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 9AB  OAI  CCH  deloc     1.247  0.020  1.247
 9AB  CCH  CBJ  single    1.539  0.020  1.539
 9AB  CBJ  CBG  single    1.520  0.020  1.520
 9AB  CBG  CBE  single    1.524  0.020  1.524
 9AB  CBE  CBD  single    1.523  0.020  1.523
 9AB  CBD  CBF  single    1.523  0.020  1.523
 9AB  CBF  CBI  single    1.523  0.020  1.523
 9AB  CBI  CBL  single    1.522  0.020  1.522
 9AB  CBL  NDB  single    1.458  0.020  1.458
 9AB  CBA  NDB  aromatic  1.355  0.020  1.355
 9AB  CBA  NBS  aromatic  1.300  0.020  1.300
 9AB  NDB  CCT  aromatic  1.375  0.020  1.375
 9AB  NBS  CCS  aromatic  1.361  0.020  1.361
 9AB  CCT  CCS  aromatic  1.408  0.020  1.408
 9AB  CCT  CCR  aromatic  1.395  0.020  1.395
 9AB  BR4  CCR  single    1.872  0.020  1.872
 9AB  CCS  CCQ  aromatic  1.392  0.020  1.392
 9AB  CCR  CCP  aromatic  1.392  0.020  1.392
 9AB  CCQ  BR1  single    1.865  0.020  1.865
 9AB  CCQ  CCO  aromatic  1.384  0.020  1.384
 9AB  CCP  CCO  aromatic  1.412  0.020  1.412
 9AB  CCP  BR3  single    1.874  0.020  1.874
 9AB  CCO  BR2  single    1.872  0.020  1.872
 9AB  CBA  H1   single    0.930  0.020  1.080
 9AB  CBD  H2   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBD  H3   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBE  H4   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBE  H5   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBF  H6   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBF  H7   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBG  H8   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBG  H9   single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBI  H10  single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBI  H11  single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBJ  H12  single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBJ  H13  single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBL  H14  single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CBL  H15  single    0.970  0.020  1.090
 9AB  CCH  OXT  deloc     1.250  0.020  1.250

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 9AB  H1   CBA  NDB  120.59  3.000
 9AB  H1   CBA  NBS  124.93  3.000
 9AB  NDB  CBA  NBS  114.48  3.000
 9AB  H3   CBD  H2   106.00  3.000
 9AB  H3   CBD  CBF  109.56  3.000
 9AB  H2   CBD  CBF  109.04  3.000
 9AB  H3   CBD  CBE  109.32  3.000
 9AB  H2   CBD  CBE  109.54  3.000
 9AB  CBF  CBD  CBE  113.13  3.000
 9AB  H5   CBE  H4   105.81  3.000
 9AB  H5   CBE  CBG  109.53  3.000
 9AB  H4   CBE  CBG  109.44  3.000
 9AB  H5   CBE  CBD  109.21  3.000
 9AB  H4   CBE  CBD  109.33  3.000
 9AB  CBG  CBE  CBD  113.25  3.000
 9AB  H7   CBF  H6   106.05  3.000
 9AB  H7   CBF  CBI  109.63  3.000
 9AB  H6   CBF  CBI  109.13  3.000
 9AB  H7   CBF  CBD  109.17  3.000
 9AB  H6   CBF  CBD  109.62  3.000
 9AB  CBI  CBF  CBD  113.00  3.000
 9AB  H9   CBG  H8   105.81  3.000
 9AB  H9   CBG  CBJ  109.75  3.000
 9AB  H8   CBG  CBJ  109.75  3.000
 9AB  H9   CBG  CBE  109.11  3.000
 9AB  H8   CBG  CBE  109.22  3.000
 9AB  CBJ  CBG  CBE  112.95  3.000
 9AB  H11  CBI  H10  106.57  3.000
 9AB  H11  CBI  CBL  110.09  3.000
 9AB  H10  CBI  CBL  108.81  3.000
 9AB  H11  CBI  CBF  109.68  3.000
 9AB  H10  CBI  CBF  110.36  3.000
 9AB  CBL  CBI  CBF  111.22  3.000
 9AB  H13  CBJ  H12  104.65  3.000
 9AB  H13  CBJ  CCH  107.97  3.000
 9AB  H12  CBJ  CCH  108.17  3.000
 9AB  H13  CBJ  CBG  109.66  3.000
 9AB  H12  CBJ  CBG  109.65  3.000
 9AB  CCH  CBJ  CBG  116.11  3.000
 9AB  H15  CBL  H14  106.31  3.000
 9AB  H15  CBL  NDB  106.17  3.000
 9AB  H14  CBL  NDB  109.45  3.000
 9AB  H15  CBL  CBI  109.84  3.000
 9AB  H14  CBL  CBI  112.00  3.000
 9AB  NDB  CBL  CBI  112.71  3.000
 9AB  OXT  CCH  OAI  126.12  3.000
 9AB  OXT  CCH  CBJ  115.95  3.000
 9AB  OAI  CCH  CBJ  117.93  3.000
 9AB  BR2  CCO  CCQ  119.47  3.000
 9AB  BR2  CCO  CCP  120.33  3.000
 9AB  CCQ  CCO  CCP  120.21  3.000
 9AB  BR3  CCP  CCR  119.39  3.000
 9AB  BR3  CCP  CCO  119.19  3.000
 9AB  CCR  CCP  CCO  121.42  3.000
 9AB  BR1  CCQ  CCS  117.89  3.000
 9AB  BR1  CCQ  CCO  123.26  3.000
 9AB  CCS  CCQ  CCO  118.84  3.000
 9AB  BR4  CCR  CCT  121.51  3.000
 9AB  BR4  CCR  CCP  120.51  3.000
 9AB  CCT  CCR  CCP  117.98  3.000
 9AB  NBS  CCS  CCT  110.74  3.000
 9AB  CCT  CCS  CCQ  120.93  3.000
 9AB  NBS  CCS  CCQ  128.33  3.000
 9AB  NDB  CCT  CCS  104.41  3.000
 9AB  CCS  CCT  CCR  120.63  3.000
 9AB  NDB  CCT  CCR  134.96  3.000
 9AB  CCS  NBS  CBA  104.28  3.000
 9AB  CCT  NDB  CBL  131.27  3.000
 9AB  CCT  NDB  CBA  106.09  3.000
 9AB  CBL  NDB  CBA  122.43  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 9AB  CONST_01  CCS  CCT  NDB  CBA     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_02  CCR  CCT  NDB  CBA   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_03  CCT  CCS  NBS  CBA     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_04  CCQ  CCS  NBS  CBA   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_05  NBS  CCS  CCQ  CCO   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_06  CCT  CCS  CCQ  CCO     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_07  CCT  CCR  CCP  CCO     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_08  NDB  CCT  CCR  CCP   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_09  CCS  CCT  CCR  CCP     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_10  CCS  CCQ  CCO  CCP     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_11  NDB  CCT  CCS  CCQ   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_12  CCR  CCT  CCS  CCQ     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_13  CCR  CCP  CCO  CCQ     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_14  NBS  CCS  CCT  CCR   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_15  NDB  CBA  NBS  CCS     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_16  NBS  CBA  NDB  CCT     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_17  NDB  CCT  CCS  NBS     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_18  NBS  CBA  NDB  CBL   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_19  CCS  CCT  NDB  CBL   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_20  CCR  CCT  NDB  CBL     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_21  BR4  CCR  CCP  CCO   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_22  BR1  CCQ  CCO  CCP   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_23  BR3  CCP  CCO  CCQ   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_24  BR2  CCO  CCP  CCR   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_25  BR4  CCR  CCT  CCS   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_26  BR2  CCO  CCQ  CCS   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_27  BR1  CCQ  CCS  CCT   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_28  BR3  CCP  CCR  CCT   180.00   0.0  0
 9AB  CONST_29  BR1  CCQ  CCS  NBS     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_30  BR4  CCR  CCT  NDB     0.00   0.0  0
 9AB  CONST_31  H1   CBA  NBS  CCS   180.00   0.0  0
 9AB  Var_01    CBI  CBL  NDB  CBA   -94.99  30.0  2
 9AB  Var_02    NDB  CBL  CBI  CBF  -172.98  30.0  3
 9AB  Var_03    CBJ  CBG  CBE  CBD  -179.22  30.0  1
 9AB  Var_04    CBL  CBI  CBF  CBD  -171.77  30.0  3
 9AB  Var_05    CCH  CBJ  CBG  CBE  -178.97  30.0  1
 9AB  Var_06    CBI  CBF  CBD  CBE  -176.51  30.0  3
 9AB  Var_07    CBG  CBE  CBD  CBF  -177.46  30.0  1
 9AB  Var_08    OAI  CCH  CBJ  CBG    -0.93  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 9AB  plan-1  CBA  0.020
 9AB  plan-1  CBL  0.020
 9AB  plan-1  CCO  0.020
 9AB  plan-1  CCP  0.020
 9AB  plan-1  CCQ  0.020
 9AB  plan-1  CCR  0.020
 9AB  plan-1  CCS  0.020
 9AB  plan-1  CCT  0.020
 9AB  plan-1  NBS  0.020
 9AB  plan-1  NDB  0.020
 9AB  plan-1  BR2  0.020
 9AB  plan-1  BR3  0.020
 9AB  plan-1  BR1  0.020
 9AB  plan-1  BR4  0.020
 9AB  plan-1  H1   0.020
 9AB  plan-2  CBJ  0.020
 9AB  plan-2  CCH  0.020
 9AB  plan-2  OAI  0.020
 9AB  plan-2  OXT  0.020

