# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 10 13:37:39 2020
#   Inital geometry file: a 67 line input string
#   Ligand name: (3~{a}~{R},4~{R},5~{S},6~{R},7~{R},7~{a}~{S})-7-(hydroxymethyl)-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{a},4,5,6,7,7~{a}-hexahydrobenzo[d][1,3,2]dioxathiole-4,5,6-triol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]2O[S](=O)(=O)O[C@@H]12
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 94E  94E  (3~{a}~{R},4~{R},5~{S},6~{R},7~{R},7~{a}~{S})-7-(hydroxymethyl)-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{a},4,5,6,7,7~{a}-hexahydrobenzo[d][1,3,2]dioxathiole-4,5,6-triol  ligand  28  16  .  2022-07-24  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_94E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 94E  C1   C  CR15  0  -0.038   0.5280  -1.0559   0.8088
 94E  C3   C  CH1   0  -0.017  -1.7222  -1.2182  -0.3025
 94E  C6   C  CR15  0  -0.035   0.2760   0.4290   1.0575
 94E  C2   C  CH1   0   0.010  -0.7239  -1.8822   0.6377
 94E  C4   C  CH1   0   0.062  -2.0661   0.1761   0.2222
 94E  C5   C  CH1   0  -0.327  -0.8258   1.0686   0.2076
 94E  C7   C  CH2   0  -0.129  -1.0779   2.4840   0.7271
 94E  O6   O  O     0  -0.570   1.5594   1.0177   0.7414
 94E  O1   O  O     0  -0.574   1.3014  -1.0545  -0.4133
 94E  O7   O  OH1   0  -0.661  -1.7072   3.2600  -0.2608
 94E  O4   O  OH1   0  -0.659  -3.0642   0.7708  -0.5599
 94E  O3   O  OH1   0  -0.680  -2.9101  -1.9821  -0.3356
 94E  O2   O  OH1   0  -0.663  -0.3389  -3.1621   0.2211
 94E  S14  S  S     0   1.651   2.2968   0.1982  -0.4246
 94E  O15  O  OS    0  -0.605   3.6017  -0.1706   0.0490
 94E  O16  O  OS    0  -0.604   2.1648   0.8623  -1.6919
 94E  H1   H  HCR5  0   0.317   1.1434  -1.4775   1.6096
 94E  H2   H  HCH1  0   0.241  -1.2923  -1.1274  -1.3084
 94E  H3   H  HCR5  0   0.321   0.1106   0.6103   2.1206
 94E  H4   H  HCH1  0   0.247  -1.1831  -1.9099   1.6388
 94E  H5   H  HCH1  0   0.208  -2.4061   0.0693   1.2680
 94E  H6   H  HCH1  0   0.262  -0.4779   1.1445  -0.8299
 94E  H7   H  HCH2  0   0.199  -1.6776   2.4215   1.6471
 94E  H8   H  HCH2  0   0.216  -0.1175   2.9307   1.0118
 94E  H9   H  HOH1  0   0.455  -1.7254   4.1693   0.0509
 94E  H10  H  HOH1  0   0.446  -3.7813   0.1304  -0.6343
 94E  H11  H  HOH1  0   0.468  -2.9577  -2.4600  -1.1678
 94E  H12  H  HOH1  0   0.460  -1.0997  -3.7466   0.3000

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 94E  O2   C2   single  1.400  0.020  1.400
 94E  O15  S14  double  1.436  0.020  1.436
 94E  C2   C1   single  1.510  0.020  1.510
 94E  C2   C3   single  1.524  0.020  1.524
 94E  C1   O1   single  1.446  0.020  1.446
 94E  C1   C6   single  1.527  0.020  1.527
 94E  O1   S14  single  1.600  0.020  1.600
 94E  O3   C3   single  1.413  0.020  1.413
 94E  S14  O6   single  1.605  0.020  1.605
 94E  S14  O16  double  1.437  0.020  1.437
 94E  C3   C4   single  1.529  0.020  1.529
 94E  C6   O6   single  1.447  0.020  1.447
 94E  C6   C5   single  1.531  0.020  1.531
 94E  C4   C5   single  1.528  0.020  1.528
 94E  C4   O4   single  1.401  0.020  1.401
 94E  C5   C7   single  1.529  0.020  1.529
 94E  O7   C7   single  1.405  0.020  1.405
 94E  C1   H1   single  0.970  0.020  1.090
 94E  C3   H2   single  0.970  0.020  1.090
 94E  C6   H3   single  0.970  0.020  1.090
 94E  C2   H4   single  0.970  0.020  1.090
 94E  C4   H5   single  0.970  0.020  1.090
 94E  C5   H6   single  0.970  0.020  1.090
 94E  C7   H7   single  0.970  0.020  1.090
 94E  C7   H8   single  0.970  0.020  1.090
 94E  O7   H9   single  0.850  0.020  0.980
 94E  O4   H10  single  0.850  0.020  0.980
 94E  O3   H11  single  0.850  0.020  0.980
 94E  O2   H12  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 94E  H1   C1   O1   108.54  3.000
 94E  H1   C1   C2   109.78  3.000
 94E  O1   C1   C2   110.38  3.000
 94E  H1   C1   C6   110.38  3.000
 94E  O1   C1   C6   103.00  3.000
 94E  C2   C1   C6   114.46  3.000
 94E  H2   C3   O3   110.64  3.000
 94E  H2   C3   C4   109.10  3.000
 94E  O3   C3   C4   108.18  3.000
 94E  H2   C3   C2   110.18  3.000
 94E  C4   C3   C2   109.45  3.000
 94E  O3   C3   C2   109.25  3.000
 94E  H3   C6   O6   106.24  3.000
 94E  H3   C6   C5   111.24  3.000
 94E  O6   C6   C5   110.30  3.000
 94E  H3   C6   C1   110.20  3.000
 94E  C5   C6   C1   115.76  3.000
 94E  O6   C6   C1   102.35  3.000
 94E  H4   C2   O2   111.23  3.000
 94E  H4   C2   C3   107.37  3.000
 94E  O2   C2   C3   113.26  3.000
 94E  H4   C2   C1   104.86  3.000
 94E  C3   C2   C1   112.01  3.000
 94E  O2   C2   C1   107.82  3.000
 94E  H5   C4   O4   110.50  3.000
 94E  H5   C4   C5   108.38  3.000
 94E  O4   C4   C5   108.97  3.000
 94E  H5   C4   C3   107.81  3.000
 94E  O4   C4   C3   110.85  3.000
 94E  C5   C4   C3   110.29  3.000
 94E  H6   C5   C7   108.04  3.000
 94E  H6   C5   C4   107.87  3.000
 94E  C7   C5   C4   113.81  3.000
 94E  H6   C5   C6   109.00  3.000
 94E  C7   C5   C6   108.47  3.000
 94E  C4   C5   C6   109.56  3.000
 94E  H8   C7   H7   106.47  3.000
 94E  H8   C7   O7   110.47  3.000
 94E  H7   C7   O7   112.04  3.000
 94E  H8   C7   C5   108.71  3.000
 94E  H7   C7   C5   108.76  3.000
 94E  O7   C7   C5   110.26  3.000
 94E  S14  O6   C6   111.01  3.000
 94E  S14  O1   C1   109.84  3.000
 94E  H9   O7   C7   107.63  3.000
 94E  H10  O4   C4   106.92  3.000
 94E  H11  O3   C3   109.32  3.000
 94E  H12  O2   C2   108.26  3.000
 94E  O16  S14  O15  119.53  3.000
 94E  O16  S14  O1   108.12  3.000
 94E  O15  S14  O1   111.21  3.000
 94E  O16  S14  O6   111.26  3.000
 94E  O1   S14  O6    96.25  3.000
 94E  O15  S14  O6   108.00  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 94E  Var_01  O6  S14  O1  C1  -16.58  30.0  1
 94E  Var_02  O1  S14  O6  C6  -11.01  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 94E  chir_01  C1  C2  O1  C6  negativ
 94E  chir_02  C3  O3  C2  C4  positiv
 94E  chir_03  C6  O6  C5  C1  negativ
 94E  chir_04  C2  O2  C3  C1  positiv
 94E  chir_05  C4  O4  C5  C3  positiv
 94E  chir_06  C5  C6  C4  C7  negativ

