# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Jul 30 09:09:43 2022
#   Inital geometry file: a 124 line input string
#   Ligand name: N-[(2S)-2-(dimethylamino)-3-(4-hydroxyphenyl)propyl]-N'-[(2S)-1-(thiophen-3-yl)propan-2-yl]urea
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](Cc1cscc1)NC(=O)NC[C@H](Cc2ccc(O)cc2)N(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QY  8QY  "N-[(2S)-2-(dimethylamino)-3-(4-hydroxyphenyl)propyl]-N'-[(2S)-1-(thiophen-3-yl)propan-2-yl]urea"
  ligand  52  25  .  2022-09-16  2022-09-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8QY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QY  C02  C  C     0   0.728  110.6620  140.8567  136.7905
 8QY  C04  C  CH1   0  -0.081  110.3305  140.4381  139.1882
 8QY  C05  C  CH2   0  -0.526  111.4620  139.4223  139.4454
 8QY  C06  C  CR5   0   0.183  111.0649  138.0077  139.1543
 8QY  C07  C  CR15  0  -0.567  111.0751  137.4441  137.9098
 8QY  C09  C  CR15  0  -0.465  110.2424  135.8790  139.6236
 8QY  C10  C  CR15  0  -0.214  110.5794  137.0927  140.1373
 8QY  C11  C  CH3   0  -0.671  109.1374  140.2225  140.1066
 8QY  C13  C  CH2   0  -0.296  111.0919  140.6836  134.3889
 8QY  C14  C  CH1   0  -0.083  112.4020  139.8823  134.3480
 8QY  C15  C  CH2   0  -0.539  113.1042  140.0928  132.9903
 8QY  C16  C  CR6   0   0.118  113.4922  141.5242  132.7444
 8QY  C17  C  CR16  0  -0.289  114.5265  142.1197  133.4626
 8QY  C18  C  CR16  0  -0.367  114.8778  143.4473  133.2674
 8QY  C19  C  CR6   0   0.335  114.1919  144.2197  132.3330
 8QY  C21  C  CR16  0  -0.322  113.1566  143.6416  131.6039
 8QY  C22  C  CR16  0  -0.301  112.8196  142.3132  131.8141
 8QY  N03  N  NH1   0  -0.668  109.8766  140.4061  137.8125
 8QY  N12  N  NH1   0  -0.664  110.2710  140.4543  135.5511
 8QY  N23  N  NT    0  -0.406  112.1936  138.4897  134.7113
 8QY  O01  O  O     0  -0.536  111.6157  141.6066  136.9730
 8QY  O20  O  OH1   0  -0.633  114.4876  145.5153  132.0944
 8QY  S08  S  S2    0   0.193  110.5080  135.8260  137.9312
 8QY  H1   H  HCH1  0   0.246  110.7380  141.4313  139.3842
 8QY  H2   H  HCH2  0   0.252  112.3218  139.7042  138.8349
 8QY  H3   H  HCH2  0   0.248  111.7775  139.5130  140.4878
 8QY  H4   H  HCR5  0   0.310  111.3876  137.8953  136.9753
 8QY  H5   H  HCR5  0   0.288  109.8571  135.0179  140.1474
 8QY  H6   H  HCR5  0   0.258  110.4906  137.3394  141.1869
 8QY  H7   H  HCH3  0   0.235  109.4526  140.2406  141.1497
 8QY  H8   H  HCH3  0   0.241  108.3922  141.0048  139.9628
 8QY  H9   H  HCH3  0   0.228  108.6579  139.2593  139.9220
 8QY  H10  H  HCH2  0   0.254  111.3339  141.7441  134.3193
 8QY  H11  H  HCH2  0   0.242  110.4791  140.4599  133.5131
 8QY  H12  H  HCH1  0   0.238  113.0552  140.2970  135.1220
 8QY  H13  H  HCH2  0   0.242  112.4548  139.7482  132.1807
 8QY  H14  H  HCH2  0   0.252  113.9983  139.4642  132.9603
 8QY  H15  H  HCR6  0   0.248  115.0764  141.5357  134.1921
 8QY  H16  H  HCR6  0   0.265  115.6903  143.8797  133.8417
 8QY  H17  H  HCR6  0   0.256  112.6187  144.2330  130.8730
 8QY  H18  H  HCR6  0   0.245  112.0093  141.8824  131.2369
 8QY  H19  H  HCH3  0   0.236  110.4612  138.2191  133.5490
 8QY  H20  H  HCH3  0   0.203  111.9050  137.4927  132.8345
 8QY  H21  H  HCH3  0   0.234  111.1408  136.7579  134.2444
 8QY  H22  H  HCH3  0   0.232  113.9714  138.3767  135.8022
 8QY  H23  H  HCH3  0   0.232  113.1692  136.8345  135.5186
 8QY  H24  H  HCH3  0   0.205  114.0815  137.5972  134.2158
 8QY  H25  H  HNH1  0   0.382  109.2106  139.6783  137.6001
 8QY  H26  H  HNH1  0   0.387  109.6222  139.6865  135.4892
 8QY  H28  H  HOH1  0   0.470  115.2181  145.8019  132.6540
 8QY  C24  C  CH3   0  -0.535  111.3982  137.7139  133.7847
 8QY  C25  C  CH3   0  -0.528  113.4121  137.7979  135.0656

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QY  C22  C21  aromatic  1.387  0.020  1.387
 8QY  C22  C16  aromatic  1.393  0.020  1.393
 8QY  C21  C19  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8QY  C15  C16  single    1.503  0.020  1.503
 8QY  C15  C14  single    1.543  0.020  1.543
 8QY  C16  C17  aromatic  1.393  0.020  1.393
 8QY  C24  N23  single    1.447  0.020  1.447
 8QY  C19  O20  single    1.350  0.020  1.350
 8QY  C19  C18  aromatic  1.393  0.020  1.393
 8QY  C25  N23  single    1.445  0.020  1.445
 8QY  N23  C14  single    1.454  0.020  1.454
 8QY  C17  C18  aromatic  1.387  0.020  1.387
 8QY  C14  C13  single    1.536  0.020  1.536
 8QY  C13  N12  single    1.441  0.020  1.441
 8QY  N12  C02  single    1.360  0.020  1.360
 8QY  O01  C02  double    1.227  0.020  1.227
 8QY  C02  N03  single    1.365  0.020  1.365
 8QY  N03  C04  single    1.449  0.020  1.449
 8QY  C04  C11  single    1.521  0.020  1.521
 8QY  C04  C05  single    1.542  0.020  1.542
 8QY  C07  S08  aromatic  1.715  0.020  1.715
 8QY  C07  C06  aromatic  1.366  0.020  1.366
 8QY  S08  C09  aromatic  1.714  0.020  1.714
 8QY  C05  C06  single    1.498  0.020  1.498
 8QY  C06  C10  aromatic  1.428  0.020  1.428
 8QY  C09  C10  aromatic  1.360  0.020  1.360
 8QY  C04  H1   single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C05  H2   single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C05  H3   single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C07  H4   single    0.930  0.020  1.080
 8QY  C09  H5   single    0.930  0.020  1.080
 8QY  C10  H6   single    0.930  0.020  1.080
 8QY  C11  H7   single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C11  H8   single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C11  H9   single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C13  H10  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C13  H11  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C14  H12  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C15  H13  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C15  H14  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C17  H15  single    0.930  0.020  1.080
 8QY  C18  H16  single    0.930  0.020  1.080
 8QY  C21  H17  single    0.930  0.020  1.080
 8QY  C22  H18  single    0.930  0.020  1.080
 8QY  C24  H19  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C24  H20  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C24  H21  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C25  H22  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C25  H23  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  C25  H24  single    0.970  0.020  1.090
 8QY  N03  H25  single    0.890  0.020  1.040
 8QY  N12  H26  single    0.890  0.020  1.040
 8QY  O20  H28  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QY  O01  C02  N12  122.67  3.000
 8QY  O01  C02  N03  122.51  3.000
 8QY  N12  C02  N03  114.77  3.000
 8QY  H1   C04  N03  107.91  3.000
 8QY  H1   C04  C11  108.27  3.000
 8QY  N03  C04  C11  108.93  3.000
 8QY  H1   C04  C05  107.19  3.000
 8QY  C11  C04  C05  112.42  3.000
 8QY  N03  C04  C05  111.94  3.000
 8QY  H3   C05  H2   106.53  3.000
 8QY  H3   C05  C06  109.89  3.000
 8QY  H2   C05  C06  110.12  3.000
 8QY  H3   C05  C04  108.44  3.000
 8QY  H2   C05  C04  108.33  3.000
 8QY  C06  C05  C04  113.28  3.000
 8QY  C10  C06  C07  111.42  3.000
 8QY  C10  C06  C05  124.16  3.000
 8QY  C07  C06  C05  124.38  3.000
 8QY  H4   C07  S08  119.93  3.000
 8QY  H4   C07  C06  128.01  3.000
 8QY  S08  C07  C06  112.05  3.000
 8QY  H5   C09  S08  120.67  3.000
 8QY  H5   C09  C10  128.10  3.000
 8QY  S08  C09  C10  111.23  3.000
 8QY  H6   C10  C09  123.34  3.000
 8QY  H6   C10  C06  123.34  3.000
 8QY  C09  C10  C06  113.32  3.000
 8QY  H9   C11  H8   108.10  3.000
 8QY  H9   C11  H7   107.67  3.000
 8QY  H8   C11  H7   108.18  3.000
 8QY  H9   C11  C04  111.57  3.000
 8QY  H8   C11  C04  110.79  3.000
 8QY  H7   C11  C04  110.41  3.000
 8QY  H11  C13  H10  105.82  3.000
 8QY  H11  C13  N12  107.13  3.000
 8QY  H10  C13  N12  109.43  3.000
 8QY  H11  C13  C14  110.51  3.000
 8QY  H10  C13  C14  108.45  3.000
 8QY  N12  C13  C14  115.10  3.000
 8QY  H12  C14  N23  105.77  3.000
 8QY  H12  C14  C15  107.40  3.000
 8QY  N23  C14  C15  114.56  3.000
 8QY  H12  C14  C13  107.01  3.000
 8QY  N23  C14  C13  111.75  3.000
 8QY  C15  C14  C13  109.90  3.000
 8QY  H14  C15  H13  106.51  3.000
 8QY  H14  C15  C16  109.38  3.000
 8QY  H13  C15  C16  109.40  3.000
 8QY  H14  C15  C14  108.53  3.000
 8QY  H13  C15  C14  109.77  3.000
 8QY  C16  C15  C14  113.04  3.000
 8QY  C22  C16  C17  117.44  3.000
 8QY  C17  C16  C15  120.95  3.000
 8QY  C22  C16  C15  121.60  3.000
 8QY  H15  C17  C18  118.80  3.000
 8QY  H15  C17  C16  119.56  3.000
 8QY  C18  C17  C16  121.64  3.000
 8QY  H16  C18  C19  120.19  3.000
 8QY  H16  C18  C17  119.78  3.000
 8QY  C19  C18  C17  120.03  3.000
 8QY  O20  C19  C21  117.96  3.000
 8QY  O20  C19  C18  122.88  3.000
 8QY  C21  C19  C18  119.17  3.000
 8QY  H17  C21  C22  120.32  3.000
 8QY  H17  C21  C19  119.73  3.000
 8QY  C22  C21  C19  119.95  3.000
 8QY  H18  C22  C21  118.79  3.000
 8QY  H18  C22  C16  119.44  3.000
 8QY  C21  C22  C16  121.78  3.000
 8QY  H25  N03  C04  114.99  3.000
 8QY  H25  N03  C02  117.39  3.000
 8QY  C04  N03  C02  121.54  3.000
 8QY  H26  N12  C13  116.02  3.000
 8QY  H26  N12  C02  117.82  3.000
 8QY  C13  N12  C02  121.59  3.000
 8QY  C25  N23  C24  111.34  3.000
 8QY  C25  N23  C14  113.50  3.000
 8QY  C24  N23  C14  115.61  3.000
 8QY  H28  O20  C19  110.41  3.000
 8QY  C09  S08  C07   91.97  3.000
 8QY  H21  C24  H20  107.25  3.000
 8QY  H21  C24  H19  107.11  3.000
 8QY  H20  C24  H19  107.61  3.000
 8QY  H21  C24  N23  109.24  3.000
 8QY  H20  C24  N23  114.08  3.000
 8QY  H19  C24  N23  111.25  3.000
 8QY  H24  C25  H23  107.15  3.000
 8QY  H24  C25  H22  107.84  3.000
 8QY  H23  C25  H22  107.58  3.000
 8QY  H24  C25  N23  114.26  3.000
 8QY  H23  C25  N23  109.66  3.000
 8QY  H22  C25  N23  110.11  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 8QY  CONST_02  S08  C09  C10  C06     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_03  C10  C09  S08  C07     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_04  C09  C10  C06  C07     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_05  S08  C07  C06  C10     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_06  C19  C21  C22  C16     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_07  C19  C18  C17  C16     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_08  C21  C22  C16  C17     0.00   0.0  0
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 8QY  CONST_10  C22  C21  C19  C18     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_11  C22  C16  C17  C18     0.00   0.0  0
 8QY  CONST_12  S08  C07  C06  C05   180.00   0.0  0
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 8QY  CONST_14  C21  C22  C16  C15   180.00   0.0  0
 8QY  CONST_15  C18  C17  C16  C15   180.00   0.0  0
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 8QY  CONST_21  H4   C07  S08  C09   180.00   0.0  0
 8QY  CONST_22  H4   C07  C06  C10   180.00   0.0  0
 8QY  CONST_23  H17  C21  C22  C16   180.00   0.0  0
 8QY  CONST_24  H16  C18  C17  C16   180.00   0.0  0
 8QY  CONST_25  H18  C22  C16  C17   180.00   0.0  0
 8QY  CONST_26  H17  C21  C19  C18   180.00   0.0  0
 8QY  CONST_27  H18  C22  C21  C19   180.00   0.0  0
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 8QY  CONST_31  H6   C10  C09  S08   180.00   0.0  0
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 8QY  CONST_39  H25  N03  C02  N12     0.00   0.0  0
 8QY  Var_01    C07  C06  C05  C04    82.59  30.0  2
 8QY  Var_02    C10  C06  C05  C04   -94.95  30.0  2
 8QY  Var_03    C22  C16  C15  C14  -107.84  30.0  2
 8QY  Var_04    C17  C16  C15  C14    70.86  30.0  2
 8QY  Var_05    H2   C05  C06  C07   -38.90  30.0  2
 8QY  Var_06    H3   C05  C06  C07  -155.96  30.0  2
 8QY  Var_07    H2   C05  C06  C10   143.56  30.0  2
 8QY  Var_08    H3   C05  C06  C10    26.51  30.0  2
 8QY  Var_09    H13  C15  C16  C17  -166.50  30.0  2
 8QY  Var_10    H14  C15  C16  C17   -50.19  30.0  2
 8QY  Var_11    H13  C15  C16  C22    14.80  30.0  2
 8QY  Var_12    H14  C15  C16  C22   131.11  30.0  2
 8QY  Var_13    C14  C13  N12  C02    68.01  30.0  1
 8QY  Var_14    H10  C13  N12  C02   -54.39  30.0  1
 8QY  Var_15    H11  C13  N12  C02  -168.67  30.0  1
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 8QY  Var_18    H21  C24  N23  C14  -168.83  30.0  3
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 8QY  Var_22    H26  N12  C13  C14   -87.47  30.0  3
 8QY  Var_23    H22  C25  N23  C24  -177.16  30.0  3
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 8QY  Var_25    H24  C25  N23  C24    61.32  30.0  3
 8QY  Var_26    H19  C24  N23  C25   177.75  30.0  3
 8QY  Var_27    H20  C24  N23  C25   -60.29  30.0  3
 8QY  Var_28    H21  C24  N23  C25    59.71  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QY  chir_01  C04  N03  C11  C05  negativ
 8QY  chir_02  C14  C15  N23  C13  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QY  plan-1  C05  0.020
 8QY  plan-1  C06  0.020
 8QY  plan-1  C07  0.020
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 8QY  plan-1  S08  0.020
 8QY  plan-1  H4   0.020
 8QY  plan-1  H5   0.020
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 8QY  plan-2  H17  0.020
 8QY  plan-2  H18  0.020
 8QY  plan-3  C02  0.020
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 8QY  plan-3  H26  0.020

