# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 18 03:16:31 2020
#   Inital geometry file: a 169 line input string
#   Ligand name: (2~{R})-2-(4-fluorophenyl)-~{N}-[4-[2-[(2-methoxy-4-methylsulfonyl-phenyl)amino]-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-6-yl]phenyl]propanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cc(ccc1Nc2nn3cc(ccc3n2)c4ccc(NC(=O)[C@H](C)c5ccc(F)cc5)cc4)[S](C)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QW  8QW  (2~{R})-2-(4-fluorophenyl)-~{N}-[4-[2-[(2-methoxy-4-methylsulfonyl-phenyl)amino]-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-6-yl]phenyl]propanamide  ligand  66  40  .  2022-07-24  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_8QW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QW  C1   C  CR56  0   0.616   -2.0960  -0.4670   1.2672
 8QW  C2   C  CR16  0  -0.178    0.0569  -0.7909   2.2263
 8QW  C4   C  CR6   0  -0.065    0.6567  -0.0918   1.1477
 8QW  C6   C  CR16  0   0.018   -0.1540   0.4026   0.1598
 8QW  C12  C  CR6   0   0.294   -5.9896   0.1187  -0.3854
 8QW  C13  C  CR16  0  -0.248   -7.6689  -0.9017   1.0208
 8QW  C14  C  CR16  0  -0.312   -6.3391  -0.6184   0.7428
 8QW  C15  C  CR6   0  -0.219   -8.6554  -0.4440   0.1697
 8QW  C16  C  CR6   0   0.344   -7.0180   0.5720  -1.2500
 8QW  C36  C  CR6   0   0.512   11.4391  -1.1578  -1.6506
 8QW  C38  C  CR16  0  -0.398   11.1368  -1.4429  -0.3347
 8QW  C37  C  CR16  0  -0.289   10.2034  -0.6461   0.3148
 8QW  C34  C  CR16  0  -0.400   10.8440  -0.1103  -2.3271
 8QW  C35  C  CR16  0  -0.284    9.9141   0.6730  -1.6593
 8QW  C26  C  CR6   0   0.162    9.5810   0.4184  -0.3305
 8QW  C25  C  CH1   0  -0.500    8.5684   1.2525   0.4132
 8QW  C39  C  CH3   0  -0.644    8.7731   2.7600   0.2277
 8QW  C24  C  C     0   0.572    7.1536   0.8948  -0.0304
 8QW  O33  O  O     0  -0.453    6.8575   0.7810  -1.2043
 8QW  C20  C  CR6   0   0.368    4.8961   0.5385   0.9553
 8QW  C22  C  CR16  0  -0.334    4.2194   0.5648   2.1774
 8QW  C21  C  CR16  0  -0.298    2.8561   0.3544   2.2386
 8QW  C10  C  CR6   0   0.075    2.1139   0.1110   1.0825
 8QW  C19  C  CR16  0  -0.301    2.7989   0.0751  -0.1297
 8QW  C18  C  CR16  0  -0.298    4.1668   0.2854  -0.2073
 8QW  N5   N  N     0  -0.368   -1.4852   0.2000   0.2418
 8QW  C3   C  CR16  0  -0.411   -1.2954  -0.9810   2.2963
 8QW  N8   N  N     0  -0.554   -3.4082  -0.4796   1.0524
 8QW  C9   C  CR5   0   0.581   -3.5298   0.1890  -0.1007
 8QW  N7   N  N     0  -0.347   -2.3979   0.6266  -0.6409
 8QW  N11  N  NH1   0  -0.791   -4.7029   0.4500  -0.7435
 8QW  O31  O  O2    0  -0.483   -6.5950   1.2685  -2.3197
 8QW  C32  C  CH3   0  -0.439   -7.5535   1.7670  -3.2344
 8QW  C17  C  CR16  0  -0.366   -8.3398   0.2916  -0.9723
 8QW  S27  S  S     0   1.214  -10.3504  -0.7602   0.5443
 8QW  C30  C  CH3   0  -0.787  -10.8228   0.5968   1.5937
 8QW  O29  O  OS    0  -0.674  -11.1254  -0.6658  -0.6930
 8QW  O28  O  OS    0  -0.673  -10.4352  -1.9905   1.3303
 8QW  H1   H  HCR6  0   0.277    0.6857  -1.1991   3.0063
 8QW  H2   H  HCR6  0   0.316    0.1915   0.9697  -0.6920
 8QW  H3   H  HCR6  0   0.279   -7.9116  -1.4783   1.9028
 8QW  H4   H  HCR6  0   0.302   -5.5692  -0.9736   1.4088
 8QW  H6   H  HCR6  0   0.264    9.9609  -0.8604   1.3486
 8QW  H7   H  HCR6  0   0.278   11.1011   0.0932  -3.3583
 8QW  H8   H  HCR6  0   0.259    9.4564   1.4946  -2.1936
 8QW  H9   H  HCH1  0   0.281    8.6760   1.0314   1.4786
 8QW  H10  H  HCH3  0   0.247    8.0676   3.3240   0.8381
 8QW  H11  H  HCH3  0   0.251    9.7803   3.0395   0.5342
 8QW  H12  H  HCH3  0   0.237    8.6353   3.0643  -0.8093
 8QW  H14  H  HCR6  0   0.275    4.7660   0.7651   3.0912
 8QW  H15  H  HCR6  0   0.262    2.3662   0.4038   3.2030
 8QW  H16  H  HCR6  0   0.260    2.2635  -0.1433  -1.0456
 8QW  H17  H  HCR6  0   0.284    4.6496   0.2394  -1.1690
 8QW  H18  H  HCR6  0   0.289   -1.7553  -1.5177   3.1132
 8QW  H19  H  HNH1  0   0.418   -4.6017   0.9819  -1.5950
 8QW  H20  H  HCH3  0   0.237   -8.1255   0.9602  -3.6983
 8QW  H21  H  HCH3  0   0.236   -8.2440   2.4636  -2.7534
 8QW  H22  H  HCH3  0   0.268   -6.9978   2.2952  -4.0040
 8QW  H23  H  HCR6  0   0.305   -9.1267   0.6315  -1.6322
 8QW  H24  H  HCH3  0   0.293  -10.7115   1.5307   1.0478
 8QW  H25  H  HCH3  0   0.307  -11.8656   0.4481   1.8729
 8QW  H26  H  HCH3  0   0.293  -10.1950   0.6011   2.4816
 8QW  N23  N  NH1   0  -0.742    6.2739   0.7634   0.9947
 8QW  H5   H  HCR6  0   0.279   11.6177  -2.2661   0.1771
 8QW  F40  F  F     0  -0.317   12.3422  -1.9178  -2.2931
 8QW  H13  H  HNH1  0   0.420    6.6531   0.8869   1.9216

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QW  C38  C37  aromatic  1.389  0.020  1.389
 8QW  C38  C36  aromatic  1.380  0.020  1.380
 8QW  C37  C26  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8QW  C3   C2   aromatic  1.367  0.020  1.367
 8QW  C3   C1   aromatic  1.402  0.020  1.402
 8QW  C2   C4   aromatic  1.418  0.020  1.418
 8QW  F40  C36  single    1.344  0.020  1.344
 8QW  C18  C19  aromatic  1.386  0.020  1.386
 8QW  C18  C20  aromatic  1.396  0.020  1.396
 8QW  C19  C10  aromatic  1.393  0.020  1.393
 8QW  C36  C34  aromatic  1.382  0.020  1.382
 8QW  N23  C20  single    1.397  0.020  1.397
 8QW  N23  C24  single    1.357  0.020  1.357
 8QW  C26  C25  single    1.508  0.020  1.508
 8QW  C26  C35  aromatic  1.393  0.020  1.393
 8QW  C1   N8   aromatic  1.330  0.020  1.330
 8QW  C1   N5   aromatic  1.367  0.020  1.367
 8QW  C4   C10  single    1.473  0.020  1.473
 8QW  C4   C6   aromatic  1.370  0.020  1.370
 8QW  C10  C21  aromatic  1.395  0.020  1.395
 8QW  C20  C22  aromatic  1.397  0.020  1.397
 8QW  N8   C9   aromatic  1.338  0.020  1.338
 8QW  C25  C24  single    1.525  0.020  1.525
 8QW  C25  C39  single    1.533  0.020  1.533
 8QW  C34  C35  aromatic  1.387  0.020  1.387
 8QW  C24  O33  double    1.216  0.020  1.216
 8QW  N5   C6   aromatic  1.349  0.020  1.349
 8QW  N5   N7   aromatic  1.340  0.020  1.340
 8QW  C21  C22  aromatic  1.381  0.020  1.381
 8QW  C9   N7   aromatic  1.328  0.020  1.328
 8QW  C9   N11  single    1.363  0.020  1.363
 8QW  N11  C12  single    1.376  0.020  1.376
 8QW  O31  C32  single    1.416  0.020  1.416
 8QW  O31  C16  single    1.345  0.020  1.345
 8QW  C12  C16  aromatic  1.418  0.020  1.418
 8QW  C12  C14  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8QW  C16  C17  aromatic  1.379  0.020  1.379
 8QW  C14  C13  aromatic  1.388  0.020  1.388
 8QW  C17  C15  aromatic  1.395  0.020  1.395
 8QW  C13  C15  aromatic  1.381  0.020  1.381
 8QW  C15  S27  single    1.764  0.020  1.764
 8QW  S27  O29  double    1.463  0.020  1.463
 8QW  S27  C30  single    1.779  0.020  1.779
 8QW  S27  O28  double    1.462  0.020  1.462
 8QW  C2   H1   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C6   H2   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C13  H3   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C14  H4   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C38  H5   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C37  H6   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C34  H7   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C35  H8   single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C25  H9   single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C39  H10  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C39  H11  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C39  H12  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  N23  H13  single    0.860  0.020  1.020
 8QW  C22  H14  single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C21  H15  single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C19  H16  single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C18  H17  single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C3   H18  single    0.930  0.020  1.080
 8QW  N11  H19  single    0.860  0.020  1.020
 8QW  C32  H20  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C32  H21  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C32  H22  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C17  H23  single    0.930  0.020  1.080
 8QW  C30  H24  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C30  H25  single    0.970  0.020  1.090
 8QW  C30  H26  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QW  N8   C1   C3   132.76  3.000
 8QW  N8   C1   N5   108.93  3.000
 8QW  C3   C1   N5   118.32  3.000
 8QW  H1   C2   C3   119.04  3.000
 8QW  H1   C2   C4   119.24  3.000
 8QW  C3   C2   C4   121.71  3.000
 8QW  C10  C4   C6   120.26  3.000
 8QW  C6   C4   C2   118.42  3.000
 8QW  C10  C4   C2   121.33  3.000
 8QW  H2   C6   N5   116.25  3.000
 8QW  H2   C6   C4   124.67  3.000
 8QW  N5   C6   C4   119.07  3.000
 8QW  N11  C12  C16  116.27  3.000
 8QW  C16  C12  C14  118.77  3.000
 8QW  N11  C12  C14  124.96  3.000
 8QW  H3   C13  C15  121.27  3.000
 8QW  H3   C13  C14  119.17  3.000
 8QW  C15  C13  C14  119.57  3.000
 8QW  H4   C14  C13  119.56  3.000
 8QW  H4   C14  C12  119.72  3.000
 8QW  C13  C14  C12  120.73  3.000
 8QW  S27  C15  C17  119.06  3.000
 8QW  S27  C15  C13  119.74  3.000
 8QW  C17  C15  C13  121.19  3.000
 8QW  C17  C16  O31  124.53  3.000
 8QW  C17  C16  C12  120.48  3.000
 8QW  O31  C16  C12  114.99  3.000
 8QW  C34  C36  C38  121.95  3.000
 8QW  C34  C36  F40  118.95  3.000
 8QW  C38  C36  F40  119.09  3.000
 8QW  H5   C38  C37  120.94  3.000
 8QW  H5   C38  C36  120.72  3.000
 8QW  C37  C38  C36  118.34  3.000
 8QW  H6   C37  C26  119.58  3.000
 8QW  H6   C37  C38  118.91  3.000
 8QW  C26  C37  C38  121.51  3.000
 8QW  H7   C34  C35  120.79  3.000
 8QW  H7   C34  C36  120.45  3.000
 8QW  C35  C34  C36  118.75  3.000
 8QW  H8   C35  C26  120.58  3.000
 8QW  H8   C35  C34  118.34  3.000
 8QW  C26  C35  C34  121.08  3.000
 8QW  C25  C26  C35  121.99  3.000
 8QW  C35  C26  C37  118.36  3.000
 8QW  C25  C26  C37  119.65  3.000
 8QW  H9   C25  C24  109.10  3.000
 8QW  H9   C25  C39  107.68  3.000
 8QW  C24  C25  C39  108.62  3.000
 8QW  H9   C25  C26  107.62  3.000
 8QW  C39  C25  C26  113.25  3.000
 8QW  C24  C25  C26  110.46  3.000
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 8QW  H12  C39  C25  111.91  3.000
 8QW  H11  C39  C25  109.99  3.000
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 8QW  O33  C24  C25  121.91  3.000
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 8QW  H14  C22  C20  119.79  3.000
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 8QW  H15  C21  C10  120.35  3.000
 8QW  H15  C21  C22  118.64  3.000
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 8QW  C19  C10  C21  117.65  3.000
 8QW  C21  C10  C4   120.91  3.000
 8QW  C19  C10  C4   121.44  3.000
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 8QW  H16  C19  C10  119.87  3.000
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 8QW  H18  C3   C1   119.62  3.000
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 8QW  H13  N23  C24  116.00  3.000
 8QW  C20  N23  C24  129.33  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 8QW  Var_03    O29  S27  C15  C13  -158.00  30.0  2
 8QW  Var_04    C17  C16  O31  C32     0.45  30.0  2
 8QW  Var_05    H24  C30  S27  C15    61.29  30.0  3
 8QW  Var_06    H20  C32  O31  C16   -61.54  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QW  chir_01  C25  C26  C24  C39  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QW  plan-1  C12  0.020
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 8QW  plan-5  N23  0.020
 8QW  plan-5  H13  0.020

