# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 23:02:06 2020
#   Inital geometry file: a 124 line input string
#   Ligand name: (2~{R},3~{S})-3-[[9-propan-2-yl-6-(pyridin-3-ylmethylamino)purin-2-yl]amino]pentan-2-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC[C@H](Nc1nc(NCc2cccnc2)c3ncn(C(C)C)c3n1)[C@@H](C)O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QT  8QT  (2~{R},3~{S})-3-[[9-propan-2-yl-6-(pyridin-3-ylmethylamino)purin-2-yl]amino]pentan-2-ol  ligand  54  27  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_8QT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QT  C4   C  CR6   0   0.598  -1.4230   0.8705  -0.1894
 8QT  C14  C  CH1   0  -0.132  -4.3139  -2.3924  -0.0423
 8QT  C5   C  CR6   0   0.506   0.2269  -0.7086   0.1289
 8QT  C11  C  CR16  0  -0.081   4.6407  -1.0468  -0.7402
 8QT  C7   C  CR6   0  -0.044   3.9090  -0.6612   0.3781
 8QT  C8   C  CR16  0  -0.169   4.4526  -0.9401   1.6262
 8QT  C9   C  CR16  0  -0.320   5.6815  -1.5761   1.7005
 8QT  C10  C  CR16  0  -0.066   6.3224  -1.9160   0.5182
 8QT  C12  C  CR56  0  -0.049  -0.7760  -1.6980   0.1552
 8QT  C13  C  CR15  0   0.085  -2.0093  -3.4070   0.2440
 8QT  N1   N  NH1   0  -0.670  -1.7300   2.1751  -0.3639
 8QT  N2   N  N     0  -0.533  -0.1258   0.5594  -0.0399
 8QT  C3   C  CH1   0  -0.105  -0.7935   3.2674  -0.4817
 8QT  N3   N  NH1   0  -0.659   1.5260  -1.0058   0.2640
 8QT  C2   C  CH2   0  -0.410  -0.7616   3.8085  -1.9132
 8QT  N4   N  N     0  -0.402   5.8169  -1.6578  -0.6825
 8QT  N5   N  N     0  -0.455  -0.7566  -3.0621   0.3071
 8QT  N6   N  NR5   0  -0.500  -2.8586  -2.3484   0.0576
 8QT  C15  C  CH3   0  -0.652  -4.7491  -3.2221  -1.2418
 8QT  C16  C  CH3   0  -0.649  -4.9270  -2.8875   1.2606
 8QT  C17  C  CR56  0   0.490  -2.0739  -1.2357  -0.0030
 8QT  N7   N  N     0  -0.533  -2.4569   0.0245  -0.1793
 8QT  C18  C  CH1   0   0.071  -1.1481   4.3404   0.5569
 8QT  C19  C  CH3   0  -0.687  -1.1055   3.7974   1.9775
 8QT  O1   O  OH1   0  -0.673  -0.2266   5.3996   0.3888
 8QT  H1   H  HCH1  0   0.265  -4.6182  -1.3574  -0.2042
 8QT  H2   H  HCH2  0   0.254   2.4193   0.7300   1.0273
 8QT  H3   H  HCH2  0   0.254   2.5247   0.5517  -0.7125
 8QT  H5   H  HCR6  0   0.273   3.9247  -0.6596   2.5296
 8QT  H6   H  HCR6  0   0.274   6.1377  -1.8036   2.6539
 8QT  H7   H  HCR6  0   0.266   7.2843  -2.4160   0.5430
 8QT  H8   H  HCR5  0   0.285  -2.3767  -4.4193   0.3250
 8QT  H9   H  HNH1  0   0.376  -2.7013   2.3680  -0.5526
 8QT  H10  H  HCH1  0   0.253   0.1928   2.8679  -0.2352
 8QT  H11  H  HNH1  0   0.403   1.7796  -1.9686   0.4122
 8QT  H15  H  HCH2  0   0.208  -1.7473   4.2120  -2.1705
 8QT  H16  H  HCH2  0   0.228  -0.0644   4.6459  -1.9613
 8QT  H17  H  HCH3  0   0.242  -5.8319  -3.1696  -1.3537
 8QT  H18  H  HCH3  0   0.244  -4.2957  -2.8530  -2.1614
 8QT  H19  H  HCH3  0   0.229  -4.4800  -4.2730  -1.1234
 8QT  H20  H  HCH3  0   0.228  -4.6589  -3.9265   1.4591
 8QT  H21  H  HCH3  0   0.243  -4.6004  -2.2807   2.1052
 8QT  H22  H  HCH3  0   0.242  -6.0139  -2.8312   1.2044
 8QT  H23  H  HCH1  0   0.188  -2.1718   4.6899   0.3468
 8QT  H24  H  HCH3  0   0.232  -1.3282   4.5875   2.6980
 8QT  H25  H  HCH3  0   0.230  -1.8407   3.0080   2.1256
 8QT  H26  H  HCH3  0   0.221  -0.1186   3.3931   2.2122
 8QT  H27  H  HOH1  0   0.451  -0.4542   6.0979   1.0101
 8QT  C1   C  CH3   0  -0.667  -0.3520   2.7540  -2.9317
 8QT  C6   C  CH2   0  -0.313   2.5696  -0.0018   0.2294
 8QT  H4   H  HCR6  0   0.263   4.2495  -0.8433  -1.7327
 8QT  H12  H  HCH3  0   0.229  -0.2747   3.1878  -3.9294
 8QT  H13  H  HCH3  0   0.218   0.6175   2.3200  -2.6810
 8QT  H14  H  HCH3  0   0.220  -1.0719   1.9371  -2.9847

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QT  C1   C2   single    1.522  0.020  1.522
 8QT  N4   C10  aromatic  1.328  0.020  1.328
 8QT  N4   C11  aromatic  1.327  0.020  1.327
 8QT  C10  C9   aromatic  1.387  0.020  1.387
 8QT  C2   C3   single    1.531  0.020  1.531
 8QT  C11  C7   aromatic  1.391  0.020  1.391
 8QT  C9   C8   aromatic  1.386  0.020  1.386
 8QT  C3   N1   single    1.444  0.020  1.444
 8QT  C3   C18  single    1.535  0.020  1.535
 8QT  N1   C4   single    1.352  0.020  1.352
 8QT  C7   C8   aromatic  1.390  0.020  1.390
 8QT  C7   C6   single    1.500  0.020  1.500
 8QT  O1   C18  single    1.414  0.020  1.414
 8QT  C19  C18  single    1.521  0.020  1.521
 8QT  N2   C4   aromatic  1.342  0.020  1.342
 8QT  N2   C5   aromatic  1.327  0.020  1.327
 8QT  C4   N7   aromatic  1.336  0.020  1.336
 8QT  C6   N3   single    1.449  0.020  1.449
 8QT  N7   C17  aromatic  1.329  0.020  1.329
 8QT  C5   N3   single    1.340  0.020  1.340
 8QT  C5   C12  aromatic  1.409  0.020  1.409
 8QT  C17  C12  aromatic  1.387  0.020  1.387
 8QT  C17  N6   aromatic  1.363  0.020  1.363
 8QT  C12  N5   aromatic  1.373  0.020  1.373
 8QT  C16  C14  single    1.523  0.020  1.523
 8QT  N6   C14  single    1.459  0.020  1.459
 8QT  N6   C13  aromatic  1.370  0.020  1.370
 8QT  N5   C13  aromatic  1.301  0.020  1.301
 8QT  C14  C15  single    1.522  0.020  1.522
 8QT  C14  H1   single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C6   H2   single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C6   H3   single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C11  H4   single    0.930  0.020  1.080
 8QT  C8   H5   single    0.930  0.020  1.080
 8QT  C9   H6   single    0.930  0.020  1.080
 8QT  C10  H7   single    0.930  0.020  1.080
 8QT  C13  H8   single    0.930  0.020  1.080
 8QT  N1   H9   single    0.860  0.020  1.020
 8QT  C3   H10  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  N3   H11  single    0.860  0.020  1.020
 8QT  C1   H12  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C1   H13  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C1   H14  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C2   H15  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C2   H16  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C15  H17  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C15  H18  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C15  H19  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C16  H20  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C16  H21  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C16  H22  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C18  H23  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C19  H24  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C19  H25  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  C19  H26  single    0.970  0.020  1.090
 8QT  O1   H27  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QT  N7   C4   N2   126.89  3.000
 8QT  N7   C4   N1   115.87  3.000
 8QT  N2   C4   N1   117.23  3.000
 8QT  H1   C14  C16  108.85  3.000
 8QT  H1   C14  C15  108.69  3.000
 8QT  C16  C14  C15  112.46  3.000
 8QT  H1   C14  N6   105.05  3.000
 8QT  C15  C14  N6   110.82  3.000
 8QT  C16  C14  N6   110.66  3.000
 8QT  N3   C5   N2   118.86  3.000
 8QT  N3   C5   C12  122.19  3.000
 8QT  N2   C5   C12  118.96  3.000
 8QT  H4   C11  N4   116.46  3.000
 8QT  H4   C11  C7   119.56  3.000
 8QT  N4   C11  C7   123.99  3.000
 8QT  C8   C7   C11  117.43  3.000
 8QT  C8   C7   C6   121.77  3.000
 8QT  C11  C7   C6   120.78  3.000
 8QT  H5   C8   C9   120.42  3.000
 8QT  H5   C8   C7   120.42  3.000
 8QT  C9   C8   C7   119.16  3.000
 8QT  H6   C9   C10  120.34  3.000
 8QT  H6   C9   C8   121.20  3.000
 8QT  C10  C9   C8   118.45  3.000
 8QT  H7   C10  N4   116.61  3.000
 8QT  H7   C10  C9   120.22  3.000
 8QT  N4   C10  C9   123.17  3.000
 8QT  C17  C12  N5   110.92  3.000
 8QT  N5   C12  C5   133.61  3.000
 8QT  C17  C12  C5   115.46  3.000
 8QT  H8   C13  N6   121.57  3.000
 8QT  H8   C13  N5   124.93  3.000
 8QT  N6   C13  N5   113.50  3.000
 8QT  H9   N1   C3   117.71  3.000
 8QT  H9   N1   C4   115.33  3.000
 8QT  C3   N1   C4   126.41  3.000
 8QT  C5   N2   C4   119.51  3.000
 8QT  H10  C3   C18  108.16  3.000
 8QT  H10  C3   C2   108.75  3.000
 8QT  C18  C3   C2   112.99  3.000
 8QT  H10  C3   N1   106.89  3.000
 8QT  C18  C3   N1   108.90  3.000
 8QT  C2   C3   N1   110.93  3.000
 8QT  H11  N3   C6   119.01  3.000
 8QT  H11  N3   C5   118.12  3.000
 8QT  C6   N3   C5   122.86  3.000
 8QT  H16  C2   H15  106.37  3.000
 8QT  H16  C2   C1   109.29  3.000
 8QT  H15  C2   C1   109.88  3.000
 8QT  H16  C2   C3   109.02  3.000
 8QT  H15  C2   C3   109.33  3.000
 8QT  C1   C2   C3   112.74  3.000
 8QT  C10  N4   C11  117.80  3.000
 8QT  C13  N5   C12  104.15  3.000
 8QT  C17  N6   C13  106.26  3.000
 8QT  C13  N6   C14  127.18  3.000
 8QT  C17  N6   C14  126.56  3.000
 8QT  H19  C15  H18  108.37  3.000
 8QT  H19  C15  H17  107.61  3.000
 8QT  H18  C15  H17  108.08  3.000
 8QT  H19  C15  C14  111.65  3.000
 8QT  H18  C15  C14  111.19  3.000
 8QT  H17  C15  C14  109.80  3.000
 8QT  H22  C16  H21  108.06  3.000
 8QT  H22  C16  H20  107.67  3.000
 8QT  H21  C16  H20  108.39  3.000
 8QT  H22  C16  C14  109.92  3.000
 8QT  H21  C16  C14  111.18  3.000
 8QT  H20  C16  C14  111.49  3.000
 8QT  N7   C17  N6   127.89  3.000
 8QT  N6   C17  C12  105.17  3.000
 8QT  N7   C17  C12  126.94  3.000
 8QT  C17  N7   C4   112.24  3.000
 8QT  H23  C18  O1   110.19  3.000
 8QT  H23  C18  C19  108.50  3.000
 8QT  O1   C18  C19  111.11  3.000
 8QT  H23  C18  C3   107.90  3.000
 8QT  C19  C18  C3   112.08  3.000
 8QT  O1   C18  C3   107.02  3.000
 8QT  H26  C19  H25  108.22  3.000
 8QT  H26  C19  H24  108.08  3.000
 8QT  H25  C19  H24  107.28  3.000
 8QT  H26  C19  C18  110.98  3.000
 8QT  H25  C19  C18  111.52  3.000
 8QT  H24  C19  C18  110.61  3.000
 8QT  H27  O1   C18  108.22  3.000
 8QT  H14  C1   H13  107.45  3.000
 8QT  H14  C1   H12  107.48  3.000
 8QT  H13  C1   H12  107.78  3.000
 8QT  H14  C1   C2   111.96  3.000
 8QT  H13  C1   C2   111.15  3.000
 8QT  H12  C1   C2   110.83  3.000
 8QT  H3   C6   H2   106.52  3.000
 8QT  H3   C6   N3   109.99  3.000
 8QT  H2   C6   N3   110.34  3.000
 8QT  H3   C6   C7   110.15  3.000
 8QT  H2   C6   C7   110.16  3.000
 8QT  N3   C6   C7   109.64  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QT  CONST_01  C12  C5   N2   C4      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_02  C12  C17  N7   C4      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_03  N6   C17  N7   C4    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_04  N7   C4   N2   C5      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_05  N7   C17  C12  C5      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_06  N6   C17  C12  C5    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_07  C13  N5   C12  C5    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_08  C9   C10  N4   C11     0.00   0.0  0
 8QT  CONST_09  C9   C8   C7   C11     0.00   0.0  0
 8QT  CONST_10  C10  N4   C11  C7      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_11  C10  C9   C8   C7      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_12  N4   C10  C9   C8      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_13  N4   C11  C7   C8      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_14  C13  N6   C17  C12     0.00   0.0  0
 8QT  CONST_15  N6   C13  N5   C12     0.00   0.0  0
 8QT  CONST_16  N7   C17  N6   C13   180.00   0.0  0
 8QT  CONST_17  C17  C12  N5   C13     0.00   0.0  0
 8QT  CONST_18  C17  N7   C4   N2      0.00   0.0  0
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 8QT  CONST_20  N5   C12  C5   N2    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_21  N7   C17  C12  N5    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_22  N6   C17  C12  N5      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_23  C17  N6   C13  N5      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_24  N3   C5   N2   C4    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_25  N7   C17  N6   C14     0.00   0.0  0
 8QT  CONST_26  C12  C17  N6   C14   180.00   0.0  0
 8QT  CONST_27  N5   C13  N6   C14   180.00   0.0  0
 8QT  CONST_28  N1   C4   N2   C5    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_29  N4   C11  C7   C6    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_30  C9   C8   C7   C6    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_31  C17  N7   C4   N1    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_32  C17  C12  C5   N3    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_33  N5   C12  C5   N3      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_34  H7   C10  N4   C11   180.00   0.0  0
 8QT  CONST_35  H5   C8   C7   C11   180.00   0.0  0
 8QT  CONST_36  H6   C9   C8   C7    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_37  H4   C11  C7   C8    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_38  H8   C13  N5   C12   180.00   0.0  0
 8QT  CONST_39  N2   C5   N3   C6      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_40  C12  C5   N3   C6    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_41  C3   N1   C4   N2      0.00   0.0  0
 8QT  CONST_42  N7   C4   N1   C3    180.00   0.0  0
 8QT  CONST_43  H11  N3   C5   C12     0.00   0.0  0
 8QT  CONST_44  H9   N1   C4   N2    180.00   0.0  0
 8QT  Var_01    C7   C6   N3   C5   -178.75  30.0  1
 8QT  Var_02    N3   C6   C7   C11    92.41  30.0  2
 8QT  Var_03    C16  C14  N6   C13    63.63  30.0  2
 8QT  Var_04    H20  C16  C14  N6    -65.73  30.0  3
 8QT  Var_05    H17  C15  C14  N6   -174.89  30.0  3
 8QT  Var_06    H12  C1   C2   C3   -176.21  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QT  chir_01  C3   C2  N1  C18  positiv
 8QT  chir_02  C18  O1  C3  C19  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QT  plan-1  C11  0.020
 8QT  plan-1  C7   0.020
 8QT  plan-1  C8   0.020
 8QT  plan-1  C9   0.020
 8QT  plan-1  C10  0.020
 8QT  plan-1  N4   0.020
 8QT  plan-1  H5   0.020
 8QT  plan-1  H6   0.020
 8QT  plan-1  H7   0.020
 8QT  plan-1  C6   0.020
 8QT  plan-1  H4   0.020
 8QT  plan-2  C4   0.020
 8QT  plan-2  C14  0.020
 8QT  plan-2  C5   0.020
 8QT  plan-2  C12  0.020
 8QT  plan-2  C13  0.020
 8QT  plan-2  N1   0.020
 8QT  plan-2  N2   0.020
 8QT  plan-2  N3   0.020
 8QT  plan-2  N5   0.020
 8QT  plan-2  N6   0.020
 8QT  plan-2  C17  0.020
 8QT  plan-2  N7   0.020
 8QT  plan-2  H8   0.020
 8QT  plan-3  C4   0.020
 8QT  plan-3  N1   0.020
 8QT  plan-3  C3   0.020
 8QT  plan-3  H9   0.020
 8QT  plan-4  C5   0.020
 8QT  plan-4  N3   0.020
 8QT  plan-4  H11  0.020
 8QT  plan-4  C6   0.020

