# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 30 11:37:29 2021
#   Inital geometry file: a 119 line input string
#   Ligand name: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2~{S},3~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)O[P](O)(=O)OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)n2cnc3c(N)ncnc23
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QN  8QN  '[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2~{S},3~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoate'  ligand  51  30  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8QN
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QN  O2P  O  OH1   0  -0.720  54.1319  1.1135  31.1253
 8QN  P10  P  P     0   1.495  54.7531  2.5676  31.1641
 8QN  O1P  O  O     0  -0.677  53.9681  3.6864  30.6223
 8QN  O3P  O  O2    0  -0.577  56.1435  2.4605  30.3032
 8QN  C    C  C     0   0.584  57.1182  1.5399  30.4839
 8QN  CA   C  CH1   0  -0.221  58.2277  1.6164  29.4369
 8QN  N    N  NH2   0  -0.781  58.0470  2.5527  28.3607
 8QN  CB   C  CH1   0   0.027  59.5398  1.8732  30.1941
 8QN  OG1  O  OH1   0  -0.705  59.3978  3.1209  30.8394
 8QN  CG2  C  CH3   0  -0.670  60.7480  1.8448  29.2734
 8QN  O    O  O     0  -0.419  57.0893  0.7425  31.3779
 8QN  O5'  O  O2    0  -0.579  55.1902  2.6533  32.6866
 8QN  C5'  C  CH2   0  -0.189  55.7095  3.8664  33.2414
 8QN  C4'  C  CH1   0  -0.010  55.7299  3.7319  34.7453
 8QN  C3'  C  CH1   0  -0.003  56.3499  4.9652  35.4105
 8QN  O3'  O  OH1   0  -0.655  55.3593  5.9019  35.6955
 8QN  C2'  C  CH1   0  -0.060  57.0589  4.3550  36.6226
 8QN  O2'  O  OH1   0  -0.657  56.1017  4.1098  37.6123
 8QN  C1'  C  CH1   0   0.158  57.5358  3.0267  36.0237
 8QN  O4'  O  O2    0  -0.487  56.5230  2.6208  35.1590
 8QN  N9   N  NR5   0  -0.546  58.7744  3.1772  35.2499
 8QN  C4   C  CR56  0   0.484  59.9575  3.7401  35.6465
 8QN  C5   C  CR56  0   0.041  60.8113  3.5956  34.5642
 8QN  N7   N  N     0  -0.515  60.1799  2.9447  33.5375
 8QN  C8   C  CR15  0   0.129  58.9819  2.7040  33.9893
 8QN  N3   N  N     0  -0.459  60.2598  4.3076  36.8128
 8QN  C2   C  CR16  0   0.044  61.5037  4.7525  36.8365
 8QN  N1   N  N     0  -0.472  62.4228  4.6929  35.8767
 8QN  C6   C  CR6   0   0.469  62.1111  4.1149  34.7123
 8QN  N6   N  NH2   0  -0.814  63.0247  4.0540  33.7442
 8QN  H1   H  HOH1  0   0.513  53.2767  1.0666  30.6745
 8QN  H2   H  HCH1  0   0.291  58.2856  0.6083  29.0121
 8QN  H3   H  HNH2  0   0.359  57.2037  2.3537  27.8409
 8QN  H4   H  HNH2  0   0.349  57.9675  3.4995  28.7071
 8QN  H6   H  HCH1  0   0.223  59.6528  1.0685  30.9306
 8QN  H7   H  HOH1  0   0.467  59.8897  3.1009  31.6793
 8QN  H8   H  HCH3  0   0.229  61.6644  1.9648  29.8535
 8QN  H9   H  HCH3  0   0.221  60.8136  0.8911  28.7474
 8QN  H10  H  HCH3  0   0.230  60.7008  2.6397  28.5310
 8QN  H11  H  HCH2  0   0.242  56.7101  4.0602  32.8451
 8QN  H12  H  HCH2  0   0.271  55.0733  4.7153  32.9789
 8QN  H13  H  HCH1  0   0.268  54.7079  3.5806  35.1089
 8QN  H14  H  HCH1  0   0.246  57.1184  5.3896  34.7494
 8QN  H15  H  HOH1  0   0.464  55.7785  6.7481  35.8791
 8QN  H16  H  HCH1  0   0.277  57.8833  4.9727  36.9893
 8QN  H17  H  HOH1  0   0.463  56.5535  3.8192  38.4111
 8QN  H18  H  HCH1  0   0.299  57.6978  2.2572  36.7821
 8QN  H19  H  HCR5  0   0.303  58.2186  2.1718  33.4458
 8QN  H20  H  HCR6  0   0.255  61.8219  5.2290  37.7573
 8QN  H21  H  HNH2  0   0.406  63.9517  4.4122  33.8975
 8QN  H22  H  HNH2  0   0.409  62.8350  3.5822  32.8775

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QN  N    CA   single    1.438  0.020  1.438
 8QN  CG2  CB   single    1.519  0.020  1.519
 8QN  CA   CB   single    1.536  0.020  1.536
 8QN  CA   C    single    1.527  0.020  1.527
 8QN  CB   OG1  single    1.412  0.020  1.412
 8QN  O3P  C    single    1.353  0.020  1.353
 8QN  O3P  P10  single    1.639  0.020  1.639
 8QN  C    O    double    1.198  0.020  1.198
 8QN  O1P  P10  double    1.470  0.020  1.470
 8QN  O2P  P10  single    1.582  0.020  1.582
 8QN  P10  O5'  single    1.586  0.020  1.586
 8QN  O5'  C5'  single    1.431  0.020  1.431
 8QN  C5'  C4'  single    1.510  0.020  1.510
 8QN  N7   C8   aromatic  1.303  0.020  1.303
 8QN  N7   C5   aromatic  1.370  0.020  1.370
 8QN  C8   N9   aromatic  1.362  0.020  1.362
 8QN  O4'  C4'  single    1.426  0.020  1.426
 8QN  O4'  C1'  single    1.392  0.020  1.392
 8QN  C4'  C3'  single    1.532  0.020  1.532
 8QN  N6   C6   single    1.333  0.020  1.333
 8QN  C5   C6   aromatic  1.408  0.020  1.408
 8QN  C5   C4   aromatic  1.386  0.020  1.386
 8QN  N9   C1'  single    1.468  0.020  1.468
 8QN  N9   C4   aromatic  1.369  0.020  1.369
 8QN  C3'  O3'  single    1.393  0.020  1.393
 8QN  C3'  C2'  single    1.531  0.020  1.531
 8QN  C1'  C2'  single    1.533  0.020  1.533
 8QN  C6   N1   aromatic  1.337  0.020  1.337
 8QN  C4   N3   aromatic  1.332  0.020  1.332
 8QN  C2'  O2'  single    1.399  0.020  1.399
 8QN  N1   C2   aromatic  1.330  0.020  1.330
 8QN  N3   C2   aromatic  1.321  0.020  1.321
 8QN  O2P  H1   single    0.850  0.020  0.980
 8QN  CA   H2   single    0.970  0.020  1.090
 8QN  N    H3   single    0.890  0.020  1.040
 8QN  N    H4   single    0.890  0.020  1.040
 8QN  CB   H6   single    0.970  0.020  1.090
 8QN  OG1  H7   single    0.850  0.020  0.980
 8QN  CG2  H8   single    0.970  0.020  1.090
 8QN  CG2  H9   single    0.970  0.020  1.090
 8QN  CG2  H10  single    0.970  0.020  1.090
 8QN  C5'  H11  single    0.970  0.020  1.090
 8QN  C5'  H12  single    0.970  0.020  1.090
 8QN  C4'  H13  single    0.970  0.020  1.090
 8QN  C3'  H14  single    0.970  0.020  1.090
 8QN  O3'  H15  single    0.850  0.020  0.980
 8QN  C2'  H16  single    0.970  0.020  1.090
 8QN  O2'  H17  single    0.850  0.020  0.980
 8QN  C1'  H18  single    0.970  0.020  1.090
 8QN  C8   H19  single    0.930  0.020  1.080
 8QN  C2   H20  single    0.930  0.020  1.080
 8QN  N6   H21  single    0.860  0.020  1.020
 8QN  N6   H22  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QN  H1   O2P  P10  113.76  3.000
 8QN  O5'  P10  O3P  105.90  3.000
 8QN  O5'  P10  O1P  117.37  3.000
 8QN  O3P  P10  O1P  108.01  3.000
 8QN  O5'  P10  O2P  100.45  3.000
 8QN  O1P  P10  O2P  118.74  3.000
 8QN  O3P  P10  O2P  105.08  3.000
 8QN  C    O3P  P10  125.84  3.000
 8QN  O    C    CA   124.21  3.000
 8QN  O    C    O3P  122.35  3.000
 8QN  CA   C    O3P  113.43  3.000
 8QN  H2   CA   CB   107.44  3.000
 8QN  H2   CA   N    108.40  3.000
 8QN  CB   CA   N    111.56  3.000
 8QN  H2   CA   C    104.96  3.000
 8QN  CB   CA   C    106.91  3.000
 8QN  N    CA   C    117.02  3.000
 8QN  H4   N    H3   107.16  3.000
 8QN  H4   N    CA   111.29  3.000
 8QN  H3   N    CA   111.21  3.000
 8QN  H6   CB   CG2  108.14  3.000
 8QN  H6   CB   OG1  110.60  3.000
 8QN  CG2  CB   OG1  111.93  3.000
 8QN  H6   CB   CA   107.24  3.000
 8QN  OG1  CB   CA   106.68  3.000
 8QN  CG2  CB   CA   112.17  3.000
 8QN  H7   OG1  CB   108.99  3.000
 8QN  H10  CG2  H9   108.18  3.000
 8QN  H10  CG2  H8   108.57  3.000
 8QN  H9   CG2  H8   107.57  3.000
 8QN  H10  CG2  CB   111.42  3.000
 8QN  H9   CG2  CB   110.87  3.000
 8QN  H8   CG2  CB   110.10  3.000
 8QN  C5'  O5'  P10  121.18  3.000
 8QN  H12  C5'  H11  107.93  3.000
 8QN  H12  C5'  C4'  108.44  3.000
 8QN  H11  C5'  C4'  111.37  3.000
 8QN  H12  C5'  O5'  110.73  3.000
 8QN  H11  C5'  O5'  109.98  3.000
 8QN  C4'  C5'  O5'  108.39  3.000
 8QN  H13  C4'  O4'  108.36  3.000
 8QN  H13  C4'  C3'  110.16  3.000
 8QN  O4'  C4'  C3'  106.02  3.000
 8QN  H13  C4'  C5'  109.29  3.000
 8QN  C3'  C4'  C5'  111.48  3.000
 8QN  O4'  C4'  C5'  111.45  3.000
 8QN  H14  C3'  C2'  107.84  3.000
 8QN  H14  C3'  O3'  111.14  3.000
 8QN  C2'  C3'  O3'  115.81  3.000
 8QN  H14  C3'  C4'  109.43  3.000
 8QN  C2'  C3'  C4'  102.14  3.000
 8QN  O3'  C3'  C4'  110.02  3.000
 8QN  H15  O3'  C3'  108.70  3.000
 8QN  H16  C2'  C1'  112.70  3.000
 8QN  H16  C2'  O2'  112.19  3.000
 8QN  C1'  C2'  O2'  109.72  3.000
 8QN  H16  C2'  C3'  112.92  3.000
 8QN  O2'  C2'  C3'  108.25  3.000
 8QN  C1'  C2'  C3'  100.37  3.000
 8QN  H17  O2'  C2'  108.60  3.000
 8QN  H18  C1'  N9   108.24  3.000
 8QN  H18  C1'  O4'  109.49  3.000
 8QN  N9   C1'  O4'  108.44  3.000
 8QN  H18  C1'  C2'  112.66  3.000
 8QN  N9   C1'  C2'  112.30  3.000
 8QN  O4'  C1'  C2'  105.60  3.000
 8QN  C1'  O4'  C4'  110.95  3.000
 8QN  C8   N9   C4   106.22  3.000
 8QN  C4   N9   C1'  128.22  3.000
 8QN  C8   N9   C1'  125.49  3.000
 8QN  N3   C4   C5   126.04  3.000
 8QN  N3   C4   N9   128.69  3.000
 8QN  C5   C4   N9   105.27  3.000
 8QN  C6   C5   N7   132.83  3.000
 8QN  C6   C5   C4   116.63  3.000
 8QN  N7   C5   C4   110.54  3.000
 8QN  C8   N7   C5   104.58  3.000
 8QN  H19  C8   N7   124.59  3.000
 8QN  H19  C8   N9   122.03  3.000
 8QN  N7   C8   N9   113.37  3.000
 8QN  C2   N3   C4   111.89  3.000
 8QN  H20  C2   N1   115.44  3.000
 8QN  H20  C2   N3   116.06  3.000
 8QN  N1   C2   N3   128.49  3.000
 8QN  C6   N1   C2   119.13  3.000
 8QN  N6   C6   N1   119.52  3.000
 8QN  N1   C6   C5   117.80  3.000
 8QN  N6   C6   C5   122.67  3.000
 8QN  H22  N6   H21  118.22  3.000
 8QN  H22  N6   C6   121.24  3.000
 8QN  H21  N6   C6   120.33  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QN  CONST_01  C5   N7   C8   N9     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_02  N7   C5   C4   N9     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_03  C6   C5   C4   N9   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_04  C2   N3   C4   N9   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_05  C8   N7   C5   C4     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_06  N1   C6   C5   C4     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_07  N7   C8   N9   C4     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_08  N1   C2   N3   C4     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_09  C2   N1   C6   C5     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_10  C8   N9   C4   C5     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_11  C2   N3   C4   C5     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_12  N1   C6   C5   N7   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_13  N3   C4   C5   N7   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_14  C6   C5   N7   C8   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_15  N3   C4   N9   C8   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_16  C6   C5   C4   N3     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_17  C6   N1   C2   N3     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_18  N7   C8   N9   C1'  180.00   0.0  0
 8QN  CONST_19  C5   C4   N9   C1'  180.00   0.0  0
 8QN  CONST_20  N3   C4   N9   C1'    0.00   0.0  0
 8QN  CONST_21  N6   C6   C5   C4   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_22  N6   C6   C5   N7     0.00   0.0  0
 8QN  CONST_23  N6   C6   N1   C2   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_24  H19  C8   N9   C1'    0.00   0.0  0
 8QN  CONST_25  H20  C2   N3   C4   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_26  H21  N6   C6   C5   180.00   0.0  0
 8QN  CONST_27  H22  N6   C6   C5     0.00   0.0  0
 8QN  Var_01    C4'  C5'  O5'  P10  167.13  30.0  3
 8QN  Var_02    CA   C    O3P  P10  174.38  30.0  3
 8QN  Var_03    O5'  P10  O3P  C     54.71  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QN  chir_02  CA   N    CB   C    negativ
 8QN  chir_03  CB   OG1  CA   CG2  negativ
 8QN  chir_04  C4'  O4'  C5'  C3'  positiv
 8QN  chir_05  C3'  O3'  C4'  C2'  positiv
 8QN  chir_06  C2'  O2'  C3'  C1'  positiv
 8QN  chir_07  C1'  O4'  N9   C2'  negativ
 8QN  chir_08  P10  O1P  O2P  O5'  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QN  plan-1  C1'  0.020
 8QN  plan-1  N9   0.020
 8QN  plan-1  C4   0.020
 8QN  plan-1  C5   0.020
 8QN  plan-1  N7   0.020
 8QN  plan-1  C8   0.020
 8QN  plan-1  N3   0.020
 8QN  plan-1  C2   0.020
 8QN  plan-1  N1   0.020
 8QN  plan-1  C6   0.020
 8QN  plan-1  N6   0.020
 8QN  plan-1  H19  0.020
 8QN  plan-1  H20  0.020
 8QN  plan-2  C6   0.020
 8QN  plan-2  N6   0.020
 8QN  plan-2  H21  0.020
 8QN  plan-2  H22  0.020
 8QN  plan-3  O3P  0.020
 8QN  plan-3  C    0.020
 8QN  plan-3  CA   0.020
 8QN  plan-3  O    0.020

