# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 12:58:22 2020
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 4-cyclopropylbenzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1ccc(cc1)C2CC2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QM  8QM  '4-cyclopropylbenzoic acid'  ligand  22  12  .  2022-09-16  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8QM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QM  C10  C  CH1   0  -0.373  -2.8854  -0.5226  -0.0486
 8QM  O01  O  OH1   0  -0.596   3.5305  -0.9250  -0.1531
 8QM  O03  O  O     0  -0.444   3.3614   1.2724   0.1777
 8QM  C04  C  CR6   0  -0.105   1.3745  -0.0198  -0.0010
 8QM  C05  C  CR16  0  -0.243   0.8023  -1.2765  -0.1897
 8QM  C06  C  CR16  0  -0.311  -0.5748  -1.4209  -0.2013
 8QM  C07  C  CR6   0   0.231  -1.4207  -0.3251  -0.0280
 8QM  C08  C  CR16  0  -0.343  -0.8372   0.9310   0.1588
 8QM  C09  C  CR16  0  -0.235   0.5360   1.0814   0.1727
 8QM  C11  C  CH2   0  -0.474  -3.7938   0.3062   0.8225
 8QM  C12  C  CH2   0  -0.474  -3.7983   0.5150  -0.6508
 8QM  H1   H  HCH1  0   0.266  -3.1890  -1.5528  -0.1957
 8QM  H2   H  HOH1  0   0.486   4.4791  -0.7312  -0.1322
 8QM  H3   H  HCR6  0   0.266   1.4202  -2.1528  -0.3302
 8QM  H4   H  HCR6  0   0.258  -1.0005  -2.4055  -0.3514
 8QM  H5   H  HCR6  0   0.257  -1.4579   1.8086   0.2940
 8QM  H6   H  HCR6  0   0.263   0.9603   2.0654   0.3209
 8QM  H7   H  HCH2  0   0.265  -4.6371  -0.1977   1.2764
 8QM  H8   H  HCH2  0   0.256  -3.3382   1.0635   1.4492
 8QM  H9   H  HCH2  0   0.257  -3.3421   1.4147  -1.0446
 8QM  H10  H  HCH2  0   0.265  -4.6448   0.1560  -1.2215
 8QM  C02  C  C     0   0.528   2.8381   0.1939   0.0200

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QM  O03  C02  double    1.209  0.020  1.209
 8QM  C05  C06  aromatic  1.385  0.020  1.385
 8QM  C05  C04  aromatic  1.394  0.020  1.394
 8QM  C02  O01  single    1.327  0.020  1.327
 8QM  C02  C04  single    1.479  0.020  1.479
 8QM  C06  C07  aromatic  1.395  0.020  1.395
 8QM  C04  C09  aromatic  1.395  0.020  1.395
 8QM  C12  C11  single    1.488  0.020  1.488
 8QM  C12  C10  single    1.508  0.020  1.508
 8QM  C07  C10  single    1.478  0.020  1.478
 8QM  C07  C08  aromatic  1.397  0.020  1.397
 8QM  C09  C08  aromatic  1.381  0.020  1.381
 8QM  C11  C10  single    1.507  0.020  1.507
 8QM  C10  H1   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  O01  H2   single    0.850  0.020  0.980
 8QM  C05  H3   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C08  H5   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C09  H6   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C11  H7   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  C11  H8   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  C12  H9   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  C12  H10  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QM  H1   C10  C12  115.49  3.000
 8QM  H1   C10  C11  115.61  3.000
 8QM  C12  C10  C11   59.16  3.000
 8QM  H1   C10  C07  113.98  3.000
 8QM  C11  C10  C07  121.05  3.000
 8QM  C12  C10  C07  120.91  3.000
 8QM  H2   O01  C02  109.85  3.000
 8QM  C09  C04  C05  118.81  3.000
 8QM  C09  C04  C02  118.62  3.000
 8QM  C05  C04  C02  122.58  3.000
 8QM  H3   C05  C06  118.86  3.000
 8QM  H3   C05  C04  120.91  3.000
 8QM  C06  C05  C04  120.23  3.000
 8QM  H4   C06  C07  119.53  3.000
 8QM  H4   C06  C05  119.13  3.000
 8QM  C07  C06  C05  121.34  3.000
 8QM  C08  C07  C06  118.00  3.000
 8QM  C08  C07  C10  122.39  3.000
 8QM  C06  C07  C10  119.61  3.000
 8QM  H5   C08  C09  118.69  3.000
 8QM  H5   C08  C07  120.37  3.000
 8QM  C09  C08  C07  120.94  3.000
 8QM  H6   C09  C08  119.36  3.000
 8QM  H6   C09  C04  119.95  3.000
 8QM  C08  C09  C04  120.69  3.000
 8QM  H8   C11  H7   114.24  3.000
 8QM  H8   C11  C12  118.42  3.000
 8QM  H7   C11  C12  118.58  3.000
 8QM  H8   C11  C10  117.73  3.000
 8QM  H7   C11  C10  117.14  3.000
 8QM  C12  C11  C10   60.44  3.000
 8QM  H10  C12  H9   114.42  3.000
 8QM  H10  C12  C11  118.55  3.000
 8QM  H9   C12  C11  118.38  3.000
 8QM  H10  C12  C10  117.13  3.000
 8QM  H9   C12  C10  117.51  3.000
 8QM  C11  C12  C10   60.40  3.000
 8QM  C04  C02  O03  123.98  3.000
 8QM  C04  C02  O01  113.11  3.000
 8QM  O03  C02  O01  122.90  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QM  CONST_01  C07  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_02  C07  C08  C09  C04     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_03  C08  C07  C06  C05     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_04  C08  C09  C04  C05     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_05  C09  C04  C05  C06     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_06  C09  C08  C07  C06     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_07  C05  C06  C07  C10   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_08  C09  C08  C07  C10   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_09  C06  C05  C04  C02   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_10  C08  C09  C04  C02   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_11  H4   C06  C07  C10     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_12  H5   C08  C07  C10     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_13  H6   C09  C04  C05   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_14  H3   C05  C06  C07   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_15  H2   O01  C02  C04   180.00   0.0  0
 8QM  Var_01    C12  C10  C07  C06  -144.11  30.0  2
 8QM  Var_02    C11  C12  C10  C07  -110.04  30.0  1
 8QM  Var_03    H7   C11  C12  C10  -106.75  30.0  1
 8QM  Var_04    C05  C04  C02  O01    -0.21  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QM  chir_01  C10  C12  C07  C11  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QM  plan-1  C10  0.020
 8QM  plan-1  C04  0.020
 8QM  plan-1  C05  0.020
 8QM  plan-1  C06  0.020
 8QM  plan-1  C07  0.020
 8QM  plan-1  C08  0.020
 8QM  plan-1  C09  0.020
 8QM  plan-1  H3   0.020
 8QM  plan-1  H4   0.020
 8QM  plan-1  H5   0.020
 8QM  plan-1  H6   0.020
 8QM  plan-1  C02  0.020
 8QM  plan-2  O01  0.020
 8QM  plan-2  O03  0.020
 8QM  plan-2  C04  0.020
 8QM  plan-2  H2   0.020
 8QM  plan-2  C02  0.020

