# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 19:30:39 2020
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 4-cyclopropylbenzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1ccc(cc1)C2CC2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QM  8QM  '4-cyclopropylbenzoic acid'  ligand  21  12  .  2022-09-16  2023-02-02
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_8QM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QM  C10  C  CH1    0  -0.366  -2.9045  -0.5483  -0.0542
 8QM  O01  O  OC    -1  -0.597   3.5686  -0.8944  -0.1812
 8QM  O03  O  O      0  -0.596   3.3180   1.2902   0.1767
 8QM  C04  C  CR6    0  -0.120   1.3756  -0.0373  -0.0140
 8QM  C05  C  CR16   0  -0.276   0.7927  -1.2843  -0.2192
 8QM  C06  C  CR16   0  -0.317  -0.5863  -1.4381  -0.2292
 8QM  C07  C  CR6    0   0.211  -1.4357  -0.3496  -0.0347
 8QM  C08  C  CR16   0  -0.346  -0.8504   0.9011   0.1711
 8QM  C09  C  CR16   0  -0.270   0.5270   1.0509   0.1810
 8QM  C11  C  CH2    0  -0.476  -3.8146   0.2613   0.8306
 8QM  C12  C  CH2    0  -0.476  -3.8227   0.4903  -0.6424
 8QM  H1   H  HCH1   0   0.258  -3.2048  -1.5781  -0.2140
 8QM  H3   H  HCR6   0   0.239   1.4255  -2.1484  -0.3752
 8QM  H4   H  HCR6   0   0.240  -1.0105  -2.4223  -0.3942
 8QM  H5   H  HCR6   0   0.240  -1.4732   1.7757   0.3237
 8QM  H6   H  HCR6   0   0.239   0.9531   2.0323   0.3437
 8QM  H7   H  HCH2   0   0.259  -4.6581  -0.2473   1.2789
 8QM  H8   H  HCH2   0   0.252  -3.3613   1.0145   1.4641
 8QM  H9   H  HCH2   0   0.252  -3.3712   1.3983  -1.0222
 8QM  H10  H  HCH2   0   0.259  -4.6721   0.1402  -1.2147
 8QM  C02  C  C      0   0.391   2.8869   0.1347  -0.0053

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QM  O03  C02  deloc     1.247  0.020  1.247
 8QM  C05  C06  aromatic  1.388  0.020  1.388
 8QM  C05  C04  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8QM  C02  O01  deloc     1.247  0.020  1.247
 8QM  C02  C04  single    1.521  0.020  1.521
 8QM  C06  C07  aromatic  1.394  0.020  1.394
 8QM  C04  C09  aromatic  1.394  0.020  1.394
 8QM  C12  C11  single    1.491  0.020  1.491
 8QM  C12  C10  single    1.506  0.020  1.506
 8QM  C07  C10  single    1.482  0.020  1.482
 8QM  C07  C08  aromatic  1.396  0.020  1.396
 8QM  C09  C08  aromatic  1.386  0.020  1.386
 8QM  C11  C10  single    1.506  0.020  1.506
 8QM  C10  H1   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  C05  H3   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C08  H5   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C09  H6   single    0.930  0.020  1.080
 8QM  C11  H7   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  C11  H8   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  C12  H9   single    0.970  0.020  1.090
 8QM  C12  H10  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QM  H1   C10  C12  115.37  3.000
 8QM  H1   C10  C11  115.46  3.000
 8QM  C12  C10  C11   59.34  3.000
 8QM  H1   C10  C07  113.80  3.000
 8QM  C11  C10  C07  121.27  3.000
 8QM  C12  C10  C07  121.12  3.000
 8QM  C09  C04  C05  117.73  3.000
 8QM  C09  C04  C02  121.05  3.000
 8QM  C05  C04  C02  121.22  3.000
 8QM  H3   C05  C06  119.44  3.000
 8QM  H3   C05  C04  119.45  3.000
 8QM  C06  C05  C04  121.11  3.000
 8QM  H4   C06  C07  119.44  3.000
 8QM  H4   C06  C05  119.37  3.000
 8QM  C07  C06  C05  121.19  3.000
 8QM  C08  C07  C06  117.68  3.000
 8QM  C08  C07  C10  122.51  3.000
 8QM  C06  C07  C10  119.81  3.000
 8QM  H5   C08  C09  118.86  3.000
 8QM  H5   C08  C07  120.17  3.000
 8QM  C09  C08  C07  120.97  3.000
 8QM  H6   C09  C08  119.37  3.000
 8QM  H6   C09  C04  119.30  3.000
 8QM  C08  C09  C04  121.32  3.000
 8QM  H8   C11  H7   114.24  3.000
 8QM  H8   C11  C12  118.24  3.000
 8QM  H7   C11  C12  118.51  3.000
 8QM  H8   C11  C10  117.68  3.000
 8QM  H7   C11  C10  117.51  3.000
 8QM  C12  C11  C10   60.34  3.000
 8QM  H10  C12  H9   114.39  3.000
 8QM  H10  C12  C11  118.50  3.000
 8QM  H9   C12  C11  118.24  3.000
 8QM  H10  C12  C10  117.51  3.000
 8QM  H9   C12  C10  117.46  3.000
 8QM  C11  C12  C10   60.32  3.000
 8QM  C04  C02  O03  116.70  3.000
 8QM  C04  C02  O01  116.68  3.000
 8QM  O03  C02  O01  126.62  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QM  CONST_01  C07  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_02  C07  C08  C09  C04     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_03  C08  C07  C06  C05     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_04  C08  C09  C04  C05     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_05  C09  C04  C05  C06     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_06  C09  C08  C07  C06     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_07  C05  C06  C07  C10   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_08  C09  C08  C07  C10   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_09  C06  C05  C04  C02   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_10  C08  C09  C04  C02   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_11  H4   C06  C07  C10     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_12  H5   C08  C07  C10     0.00   0.0  0
 8QM  CONST_13  H6   C09  C04  C05   180.00   0.0  0
 8QM  CONST_14  H3   C05  C06  C07   180.00   0.0  0
 8QM  Var_01    C12  C10  C07  C06  -143.67  30.0  2
 8QM  Var_02    C11  C12  C10  C07  -110.30  30.0  1
 8QM  Var_03    H7   C11  C12  C10  -107.19  30.0  1
 8QM  Var_04    C05  C04  C02  O01    -0.47  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QM  chir_01  C10  C12  C07  C11  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QM  plan-1  C10  0.020
 8QM  plan-1  C04  0.020
 8QM  plan-1  C05  0.020
 8QM  plan-1  C06  0.020
 8QM  plan-1  C07  0.020
 8QM  plan-1  C08  0.020
 8QM  plan-1  C09  0.020
 8QM  plan-1  H3   0.020
 8QM  plan-1  H4   0.020
 8QM  plan-1  H5   0.020
 8QM  plan-1  H6   0.020
 8QM  plan-1  C02  0.020
 8QM  plan-2  O01  0.020
 8QM  plan-2  O03  0.020
 8QM  plan-2  C04  0.020
 8QM  plan-2  C02  0.020

