# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 21:19:30 2020
#   Inital geometry file: a 113 line input string
#   Ligand name: (3~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{S},14~{R})-10,13-dimethyl-2,3,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthrene-3,6-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@]12CCC[C@@H]1[C@@H]3C[C@H](O)C4=C[C@@H](O)CC[C@]4(C)[C@H]3CC2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QL  8QL  (3~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{S},14~{R})-10,13-dimethyl-2,3,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthrene-3,6-diol  ligand  51  21  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8QL
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QL  C4   C  CH3   0  -0.674   1.2434  -1.1364   1.9206
 8QL  C5   C  C     0   0.150   1.9046   0.5992   0.2600
 8QL  C6   C  CH1   0   0.037   1.2245   1.7978   0.8663
 8QL  C7   C  CH2   0  -0.456  -0.1891   1.9266   0.3118
 8QL  C8   C  CH1   0  -0.243  -0.9961   0.6597   0.5593
 8QL  C10  C  CH2   0  -0.445  -1.1466  -1.8159   0.1853
 8QL  C13  C  CH3   0  -0.656  -3.6959  -0.7128   1.6677
 8QL  C15  C  CH2   0  -0.455  -2.5906   1.2009  -1.4246
 8QL  C17  C  CH2   0  -0.415  -4.5189  -0.1003  -0.6402
 8QL  O1   O  OH1   0  -0.670   1.9859   2.9609   0.6396
 8QL  C18  C  C1    0  -0.389   3.0751   0.7025  -0.3685
 8QL  C    C  CH1   0   0.058   3.8502  -0.4482  -0.9461
 8QL  O    O  OH1   0  -0.677   5.2360  -0.3161  -0.6788
 8QL  C14  C  CR15  0  -0.184  -2.4343   0.8167   0.0585
 8QL  C16  C  CH2   0  -0.451  -3.9570   0.6330  -1.8666
 8QL  C12  C  CR5   0  -0.073  -3.2992  -0.4446   0.2205
 8QL  C11  C  CH2   0  -0.412  -2.5558  -1.6495  -0.3731
 8QL  C9   C  CH1   0  -0.187  -0.2976  -0.5637  -0.0419
 8QL  C3   C  CT    0  -0.123   1.1730  -0.7248   0.4397
 8QL  C2   C  CH2   0  -0.443   1.8522  -1.8064  -0.4182
 8QL  C1   C  CH2   0  -0.470   3.3696  -1.7566  -0.3564
 8QL  H1   H  HCH3  0   0.233   0.8619  -2.1476   2.0665
 8QL  H2   H  HCH3  0   0.236   2.2750  -1.1252   2.2749
 8QL  H3   H  HCH3  0   0.233   0.6688  -0.4775   2.5717
 8QL  H4   H  HCH1  0   0.208   1.1416   1.6155   1.9504
 8QL  H5   H  HCH2  0   0.228  -0.6920   2.7815   0.7783
 8QL  H6   H  HCH2  0   0.226  -0.1298   2.1346  -0.7618
 8QL  H7   H  HCH1  0   0.218  -1.0560   0.5144   1.6467
 8QL  H8   H  HCH2  0   0.217  -1.2023  -2.0382   1.2549
 8QL  H9   H  HCH2  0   0.236  -0.6779  -2.6859  -0.2807
 8QL  H10  H  HCH3  0   0.222  -4.3946  -1.5505   1.7302
 8QL  H11  H  HCH3  0   0.224  -2.8426  -0.9572   2.3030
 8QL  H12  H  HCH3  0   0.220  -4.1875   0.1599   2.1031
 8QL  H13  H  HCH2  0   0.231  -2.5326   2.2818  -1.5604
 8QL  H14  H  HCH2  0   0.223  -1.7892   0.7744  -2.0321
 8QL  H15  H  HCH2  0   0.217  -5.1813   0.5628  -0.0748
 8QL  H16  H  HCH2  0   0.221  -5.1048  -0.9849  -0.9046
 8QL  H17  H  HOH1  0   0.452   1.5547   3.6856   1.1028
 8QL  H18  H  H     0   0.240   3.5331   1.6799  -0.4856
 8QL  H19  H  HCH1  0   0.202   3.6857  -0.4760  -2.0348
 8QL  H20  H  HOH1  0   0.447   5.5548   0.4774  -1.1205
 8QL  H21  H  HCR5  0   0.216  -2.8989   1.6125   0.6566
 8QL  H22  H  HCH2  0   0.228  -4.6337   1.4166  -2.2103
 8QL  H23  H  HCH2  0   0.223  -3.8309  -0.0527  -2.7059
 8QL  H24  H  HCH2  0   0.223  -2.4939  -1.5465  -1.4619
 8QL  H25  H  HCH2  0   0.222  -3.1385  -2.5579  -0.1901
 8QL  H26  H  HCH1  0   0.211  -0.2303  -0.4035  -1.1275
 8QL  H27  H  HCH2  0   0.237   1.5047  -2.7935  -0.1082
 8QL  H28  H  HCH2  0   0.225   1.5381  -1.6852  -1.4616
 8QL  H29  H  HCH2  0   0.236   3.7999  -2.6026  -0.8975
 8QL  H30  H  HCH2  0   0.222   3.7104  -1.8335   0.6811

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QL  C13  C12  single  1.524  0.020  1.524
 8QL  C11  C12  single  1.535  0.020  1.535
 8QL  C11  C10  single  1.525  0.020  1.525
 8QL  C17  C12  single  1.532  0.020  1.532
 8QL  C17  C16  single  1.535  0.020  1.535
 8QL  C12  C14  single  1.538  0.020  1.538
 8QL  C10  C9   single  1.530  0.020  1.530
 8QL  C16  C15  single  1.544  0.020  1.544
 8QL  C2   C1   single  1.520  0.020  1.520
 8QL  C2   C3   single  1.539  0.020  1.539
 8QL  C9   C3   single  1.556  0.020  1.556
 8QL  C9   C8   single  1.532  0.020  1.532
 8QL  C14  C15  single  1.540  0.020  1.540
 8QL  C14  C8   single  1.531  0.020  1.531
 8QL  C1   C    single  1.514  0.020  1.514
 8QL  C3   C4   single  1.539  0.020  1.539
 8QL  C3   C5   single  1.523  0.020  1.523
 8QL  C8   C7   single  1.522  0.020  1.522
 8QL  C    O    single  1.418  0.020  1.418
 8QL  C    C18  single  1.503  0.020  1.503
 8QL  C5   C18  double  1.333  0.020  1.333
 8QL  C5   C6   single  1.506  0.020  1.506
 8QL  C7   C6   single  1.524  0.020  1.524
 8QL  C6   O1   single  1.408  0.020  1.408
 8QL  C4   H1   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C4   H2   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C4   H3   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C6   H4   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C7   H5   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C7   H6   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C8   H7   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C10  H8   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C10  H9   single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C13  H10  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C13  H11  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C13  H12  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C15  H13  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C15  H14  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C17  H15  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C17  H16  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  O1   H17  single  0.850  0.020  0.980
 8QL  C18  H18  single  0.930  0.020  1.080
 8QL  C    H19  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  O    H20  single  0.850  0.020  0.980
 8QL  C14  H21  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C16  H22  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C16  H23  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C11  H24  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C11  H25  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C9   H26  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C2   H27  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C2   H28  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C1   H29  single  0.970  0.020  1.090
 8QL  C1   H30  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QL  H3   C4   H2   107.35  3.000
 8QL  H3   C4   H1   107.22  3.000
 8QL  H2   C4   H1   107.27  3.000
 8QL  H3   C4   C3   112.89  3.000
 8QL  H2   C4   C3   110.69  3.000
 8QL  H1   C4   C3   111.15  3.000
 8QL  C3   C5   C18  123.02  3.000
 8QL  C18  C5   C6   121.67  3.000
 8QL  C3   C5   C6   115.31  3.000
 8QL  H4   C6   O1   109.60  3.000
 8QL  H4   C6   C7   107.58  3.000
 8QL  O1   C6   C7   111.91  3.000
 8QL  H4   C6   C5   107.36  3.000
 8QL  O1   C6   C5   110.39  3.000
 8QL  C7   C6   C5   109.86  3.000
 8QL  H6   C7   H5   107.09  3.000
 8QL  H6   C7   C8   110.25  3.000
 8QL  H5   C7   C8   109.67  3.000
 8QL  H6   C7   C6   108.81  3.000
 8QL  H5   C7   C6   109.68  3.000
 8QL  C8   C7   C6   111.24  3.000
 8QL  H7   C8   C9   107.92  3.000
 8QL  H7   C8   C14  106.63  3.000
 8QL  C9   C8   C14  112.46  3.000
 8QL  H7   C8   C7   107.44  3.000
 8QL  C14  C8   C7   111.07  3.000
 8QL  C9   C8   C7   111.05  3.000
 8QL  H9   C10  H8   106.08  3.000
 8QL  H9   C10  C9   110.51  3.000
 8QL  H8   C10  C9   109.86  3.000
 8QL  H9   C10  C11  109.10  3.000
 8QL  H8   C10  C11  109.46  3.000
 8QL  C9   C10  C11  111.67  3.000
 8QL  H12  C13  H11  107.38  3.000
 8QL  H12  C13  H10  107.57  3.000
 8QL  H11  C13  H10  107.16  3.000
 8QL  H12  C13  C12  110.79  3.000
 8QL  H11  C13  C12  112.87  3.000
 8QL  H10  C13  C12  110.83  3.000
 8QL  H14  C15  H13  106.18  3.000
 8QL  H14  C15  C16  110.27  3.000
 8QL  H13  C15  C16  112.08  3.000
 8QL  H14  C15  C14  111.33  3.000
 8QL  H13  C15  C14  111.20  3.000
 8QL  C16  C15  C14  105.89  3.000
 8QL  H16  C17  H15  106.90  3.000
 8QL  H16  C17  C12  112.37  3.000
 8QL  H15  C17  C12  109.13  3.000
 8QL  H16  C17  C16  112.91  3.000
 8QL  H15  C17  C16  110.17  3.000
 8QL  C12  C17  C16  105.35  3.000
 8QL  H17  O1   C6   107.59  3.000
 8QL  H18  C18  C    115.49  3.000
 8QL  H18  C18  C5   119.42  3.000
 8QL  C    C18  C5   125.09  3.000
 8QL  H19  C    C1   108.42  3.000
 8QL  H19  C    O    109.55  3.000
 8QL  C1   C    O    108.51  3.000
 8QL  H19  C    C18  108.80  3.000
 8QL  O    C    C18  111.12  3.000
 8QL  C1   C    C18  110.39  3.000
 8QL  H20  O    C    108.31  3.000
 8QL  H21  C14  C12  107.39  3.000
 8QL  H21  C14  C15  107.50  3.000
 8QL  C12  C14  C15  104.42  3.000
 8QL  H21  C14  C8   107.07  3.000
 8QL  C15  C14  C8   115.85  3.000
 8QL  C12  C14  C8   114.19  3.000
 8QL  H23  C16  H22  106.30  3.000
 8QL  H23  C16  C17  110.89  3.000
 8QL  H22  C16  C17  111.57  3.000
 8QL  H23  C16  C15  110.43  3.000
 8QL  H22  C16  C15  112.01  3.000
 8QL  C17  C16  C15  105.71  3.000
 8QL  C11  C12  C14  109.30  3.000
 8QL  C14  C12  C17  101.78  3.000
 8QL  C11  C12  C17  110.16  3.000
 8QL  C14  C12  C13  113.00  3.000
 8QL  C17  C12  C13  111.46  3.000
 8QL  C11  C12  C13  110.80  3.000
 8QL  H25  C11  H24  105.93  3.000
 8QL  H25  C11  C12  109.20  3.000
 8QL  H24  C11  C12  109.75  3.000
 8QL  H25  C11  C10  109.88  3.000
 8QL  H24  C11  C10  108.78  3.000
 8QL  C12  C11  C10  113.05  3.000
 8QL  H26  C9   C3   105.24  3.000
 8QL  H26  C9   C10  107.44  3.000
 8QL  C3   C9   C10  113.20  3.000
 8QL  H26  C9   C8   107.40  3.000
 8QL  C3   C9   C8   113.10  3.000
 8QL  C10  C9   C8   110.02  3.000
 8QL  C2   C3   C9   108.51  3.000
 8QL  C9   C3   C5   109.11  3.000
 8QL  C2   C3   C5   109.46  3.000
 8QL  C5   C3   C4   108.91  3.000
 8QL  C9   C3   C4   111.65  3.000
 8QL  C2   C3   C4   109.17  3.000
 8QL  H28  C2   H27  106.21  3.000
 8QL  H28  C2   C1   108.74  3.000
 8QL  H27  C2   C1   109.63  3.000
 8QL  H28  C2   C3   109.05  3.000
 8QL  H27  C2   C3   109.68  3.000
 8QL  C1   C2   C3   113.27  3.000
 8QL  H30  C1   H29  107.00  3.000
 8QL  H30  C1   C2   110.32  3.000
 8QL  H29  C1   C2   110.35  3.000
 8QL  H30  C1   C    109.33  3.000
 8QL  H29  C1   C    110.57  3.000
 8QL  C2   C1   C    109.24  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QL  Var_01  C    C18  C5   C6   177.10  30.0  1
 8QL  Var_02  C12  C17  C16  C15  -23.04  30.0  1
 8QL  Var_03  C14  C15  C16  C17   -1.93  30.0  1
 8QL  Var_04  C3   C2   C1   C    -63.98  30.0  1
 8QL  Var_05  C9   C10  C11  C12  -57.40  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QL  chir_01  C6   C5   C7   O1   positiv
 8QL  chir_02  C8   C7   C14  C9   negativ
 8QL  chir_03  C    O    C18  C1   positiv
 8QL  chir_04  C14  C12  C15  C8   positiv
 8QL  chir_05  C12  C11  C17  C14  positiv
 8QL  chir_06  C9   C10  C3   C8   positiv
 8QL  chir_07  C3   C5   C9   C2   negativ

