# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 22:14:05 2020
#   Inital geometry file: a 108 line input string
#   Ligand name: (4~{Z})-6,7-bis(chloranyl)-4-[[(4-methylphenyl)amino]methylidene]-8-oxidanyl-1,2-dihydrodibenzofuran-3-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1ccc(N\C=C2/C(=O)CCc3c2oc4c(Cl)c(Cl)c(O)cc34)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QH  8QH  (4~{Z})-6,7-bis(chloranyl)-4-[[(4-methylphenyl)amino]methylidene]-8-oxidanyl-1,2-dihydrodibenzofuran-3-one  ligand  41  26  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_8QH
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QH  CAA  C   CH3   0  -0.722   7.7383  -2.9080  -0.1675
 8QH  CAF  C   C1    0   0.072   2.0932   0.5749  -0.0145
 8QH  CAG  C   CR16  0  -0.280   6.7885  -0.5930   0.1382
 8QH  CAH  C   CR16  0  -0.293   5.2819  -2.3651  -0.3692
 8QH  CAI  C   CR16  0  -0.333   5.7306   0.2971   0.1888
 8QH  CAJ  C   CR16  0  -0.311   4.2095  -1.4860  -0.3291
 8QH  CAK  C   CR16  0  -0.493  -3.8551   1.5565  -0.3287
 8QH  CAL  C   CH2   0  -0.588   0.2529   3.9104   0.3863
 8QH  CAM  C   CH2   0  -0.516  -1.0527   3.5409  -0.3224
 8QH  CAP  C   C     0   0.387   1.4154   2.9625   0.1607
 8QH  CAQ  C   C     0  -0.268   1.1158   1.5415   0.0452
 8QH  CAR  C   CR6   0   0.081   6.5880  -1.9447  -0.1369
 8QH  CAS  C   CR6   0   0.441  -4.7493   0.4942  -0.3059
 8QH  CAT  C   CR6   0   0.382   4.4271  -0.1422  -0.0407
 8QH  CAU  C   CR6   0  -0.203  -4.2803  -0.8233  -0.1503
 8QH  CAV  C   CR6   0  -0.156  -2.9210  -1.0955  -0.0176
 8QH  CAW  C   CR5   0  -0.019  -1.3055   2.0822  -0.1672
 8QH  CAX  C   CR5   0   0.361  -0.2815   1.2079  -0.0087
 8QH  CAY  C   CR56  0   0.079  -2.4967   1.2915  -0.1939
 8QH  CAZ  C   CR56  0   0.474  -2.0566  -0.0269  -0.0429
 8QH  NAN  N   NH1   0  -0.718   3.4023   0.8054   0.0208
 8QH  OAC  O   OH1   0  -0.621  -6.0555   0.7762  -0.4353
 8QH  OAO  O   O     0  -0.475  -0.7105  -0.0792   0.0718
 8QH  CL1  CL  CL    0  -0.084  -5.4223  -2.1164  -0.1252
 8QH  CL2  CL  CL    0  -0.073  -2.3251  -2.6907   0.1679
 8QH  H1   H   HCH3  0   0.248   8.1051  -3.1167   0.8394
 8QH  H2   H   HCH3  0   0.244   7.4500  -3.8581  -0.6156
 8QH  H3   H   HCH3  0   0.245   8.5784  -2.5101  -0.7376
 8QH  H4   H   H     0   0.300   1.7942  -0.4630  -0.0879
 8QH  H5   H   HCR6  0   0.255   7.7911  -0.2244   0.3198
 8QH  H6   H   HCR6  0   0.256   5.0876  -3.4063  -0.5961
 8QH  H7   H   HCR6  0   0.271   5.9172   1.3417   0.4084
 8QH  H8   H   HCR6  0   0.275   3.2198  -1.8687  -0.5396
 8QH  H9   H   HCR6  0   0.270  -4.2260   2.5660  -0.4507
 8QH  H10  H   HCH2  0   0.273   0.5682   4.9199   0.1226
 8QH  H11  H   HCH2  0   0.280   0.0779   3.9063   1.4688
 8QH  H12  H   HCH2  0   0.260  -1.8694   4.1312   0.0958
 8QH  H13  H   HCH2  0   0.258  -0.9929   3.8032  -1.3833
 8QH  H14  H   HNH1  0   0.427   3.6706   1.7811   0.1085
 8QH  H15  H   HOH1  0   0.470  -6.5956  -0.0239  -0.4188
 8QH  OAB  O   O     0  -0.456   2.5669   3.3875   0.1535

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QH  CAA  CAR  single    1.501  0.020  1.501
 8QH  CAR  CAG  aromatic  1.394  0.020  1.394
 8QH  CAR  CAH  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8QH  CAG  CAI  aromatic  1.383  0.020  1.383
 8QH  CAH  CAJ  aromatic  1.387  0.020  1.387
 8QH  CAI  CAT  aromatic  1.395  0.020  1.395
 8QH  CAJ  CAT  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8QH  CAT  NAN  single    1.397  0.020  1.397
 8QH  NAN  CAF  single    1.330  0.020  1.330
 8QH  CAF  CAQ  double    1.376  0.020  1.376
 8QH  CL2  CAV  single    1.713  0.020  1.713
 8QH  CAQ  CAX  single    1.437  0.020  1.437
 8QH  CAQ  CAP  single    1.457  0.020  1.457
 8QH  OAO  CAX  aromatic  1.359  0.020  1.359
 8QH  OAO  CAZ  aromatic  1.352  0.020  1.352
 8QH  OAB  CAP  double    1.227  0.020  1.227
 8QH  CAX  CAW  aromatic  1.356  0.020  1.356
 8QH  CAP  CAL  single    1.517  0.020  1.517
 8QH  CAV  CAZ  aromatic  1.375  0.020  1.375
 8QH  CAV  CAU  aromatic  1.393  0.020  1.393
 8QH  CAZ  CAY  aromatic  1.398  0.020  1.398
 8QH  CAW  CAY  aromatic  1.430  0.020  1.430
 8QH  CAW  CAM  single    1.488  0.020  1.488
 8QH  CAL  CAM  single    1.531  0.020  1.531
 8QH  CL1  CAU  single    1.725  0.020  1.725
 8QH  CAU  CAS  aromatic  1.407  0.020  1.407
 8QH  CAY  CAK  aromatic  1.391  0.020  1.391
 8QH  CAS  CAK  aromatic  1.389  0.020  1.389
 8QH  CAS  OAC  single    1.343  0.020  1.343
 8QH  CAA  H1   single    0.970  0.020  1.090
 8QH  CAA  H2   single    0.970  0.020  1.090
 8QH  CAA  H3   single    0.970  0.020  1.090
 8QH  CAF  H4   single    0.930  0.020  1.080
 8QH  CAG  H5   single    0.930  0.020  1.080
 8QH  CAH  H6   single    0.930  0.020  1.080
 8QH  CAI  H7   single    0.930  0.020  1.080
 8QH  CAJ  H8   single    0.930  0.020  1.080
 8QH  CAK  H9   single    0.930  0.020  1.080
 8QH  CAL  H10  single    0.970  0.020  1.090
 8QH  CAL  H11  single    0.970  0.020  1.090
 8QH  CAM  H12  single    0.970  0.020  1.090
 8QH  CAM  H13  single    0.970  0.020  1.090
 8QH  NAN  H14  single    0.860  0.020  1.020
 8QH  OAC  H15  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QH  H3   CAA  H2   107.88  3.000
 8QH  H3   CAA  H1   107.04  3.000
 8QH  H2   CAA  H1   107.56  3.000
 8QH  H3   CAA  CAR  111.53  3.000
 8QH  H2   CAA  CAR  111.43  3.000
 8QH  H1   CAA  CAR  111.19  3.000
 8QH  H4   CAF  NAN  116.10  3.000
 8QH  H4   CAF  CAQ  118.70  3.000
 8QH  NAN  CAF  CAQ  125.20  3.000
 8QH  H5   CAG  CAR  119.74  3.000
 8QH  H5   CAG  CAI  118.85  3.000
 8QH  CAR  CAG  CAI  121.41  3.000
 8QH  H6   CAH  CAR  119.58  3.000
 8QH  H6   CAH  CAJ  118.46  3.000
 8QH  CAR  CAH  CAJ  121.96  3.000
 8QH  H7   CAI  CAT  119.87  3.000
 8QH  H7   CAI  CAG  119.73  3.000
 8QH  CAT  CAI  CAG  120.40  3.000
 8QH  H8   CAJ  CAT  121.67  3.000
 8QH  H8   CAJ  CAH  118.52  3.000
 8QH  CAT  CAJ  CAH  119.80  3.000
 8QH  H9   CAK  CAY  121.56  3.000
 8QH  H9   CAK  CAS  119.64  3.000
 8QH  CAY  CAK  CAS  118.80  3.000
 8QH  H11  CAL  H10  106.77  3.000
 8QH  H11  CAL  CAP  105.47  3.000
 8QH  H10  CAL  CAP  108.73  3.000
 8QH  H11  CAL  CAM  108.66  3.000
 8QH  H10  CAL  CAM  110.99  3.000
 8QH  CAP  CAL  CAM  115.71  3.000
 8QH  H13  CAM  H12  106.42  3.000
 8QH  H13  CAM  CAW  110.20  3.000
 8QH  H12  CAM  CAW  111.29  3.000
 8QH  H13  CAM  CAL  110.14  3.000
 8QH  H12  CAM  CAL  109.29  3.000
 8QH  CAW  CAM  CAL  109.46  3.000
 8QH  OAB  CAP  CAQ  122.02  3.000
 8QH  OAB  CAP  CAL  120.23  3.000
 8QH  CAQ  CAP  CAL  117.63  3.000
 8QH  CAX  CAQ  CAP  115.42  3.000
 8QH  CAP  CAQ  CAF  122.86  3.000
 8QH  CAX  CAQ  CAF  121.73  3.000
 8QH  CAH  CAR  CAG  117.44  3.000
 8QH  CAH  CAR  CAA  121.47  3.000
 8QH  CAG  CAR  CAA  121.08  3.000
 8QH  OAC  CAS  CAU  122.12  3.000
 8QH  OAC  CAS  CAK  117.66  3.000
 8QH  CAU  CAS  CAK  120.22  3.000
 8QH  NAN  CAT  CAJ  123.33  3.000
 8QH  NAN  CAT  CAI  117.69  3.000
 8QH  CAJ  CAT  CAI  118.98  3.000
 8QH  CL1  CAU  CAV  119.88  3.000
 8QH  CL1  CAU  CAS  118.86  3.000
 8QH  CAV  CAU  CAS  121.26  3.000
 8QH  CL2  CAV  CAZ  120.47  3.000
 8QH  CAZ  CAV  CAU  117.39  3.000
 8QH  CL2  CAV  CAU  122.13  3.000
 8QH  CAY  CAW  CAX  105.95  3.000
 8QH  CAY  CAW  CAM  132.95  3.000
 8QH  CAX  CAW  CAM  121.05  3.000
 8QH  OAO  CAX  CAW  112.28  3.000
 8QH  CAW  CAX  CAQ  126.08  3.000
 8QH  OAO  CAX  CAQ  121.62  3.000
 8QH  CAZ  CAY  CAW  104.90  3.000
 8QH  CAW  CAY  CAK  135.25  3.000
 8QH  CAZ  CAY  CAK  119.84  3.000
 8QH  OAO  CAZ  CAY  111.04  3.000
 8QH  CAY  CAZ  CAV  122.49  3.000
 8QH  OAO  CAZ  CAV  126.47  3.000
 8QH  H14  NAN  CAT  117.49  3.000
 8QH  H14  NAN  CAF  115.40  3.000
 8QH  CAT  NAN  CAF  127.11  3.000
 8QH  H15  OAC  CAS  111.62  3.000
 8QH  CAZ  OAO  CAX  105.82  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QH  CONST_01  CAJ  CAH  CAR  CAG     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_02  CAJ  CAT  CAI  CAG     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_03  CAI  CAG  CAR  CAH     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_04  CAI  CAT  CAJ  CAH     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_05  OAO  CAZ  CAY  CAK   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_06  CAV  CAZ  CAY  CAK     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_07  CAX  CAW  CAY  CAK   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_08  CAV  CAU  CAS  CAK     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_09  CAT  CAI  CAG  CAR     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_10  CAT  CAJ  CAH  CAR     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_11  CAZ  CAV  CAU  CAS     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_12  CAZ  CAY  CAK  CAS     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_13  CAW  CAY  CAK  CAS   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_14  OAO  CAZ  CAV  CAU   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_15  CAY  CAZ  CAV  CAU     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_16  CAY  CAK  CAS  CAU     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_17  CAX  OAO  CAZ  CAV   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_18  CAW  CAY  CAZ  CAV   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_19  CAZ  OAO  CAX  CAW     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_20  OAO  CAZ  CAY  CAW     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_21  CAY  CAZ  OAO  CAX     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_22  CAZ  CAY  CAW  CAX     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_23  OAO  CAX  CAW  CAY     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_24  CAI  CAG  CAR  CAA   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_25  CAJ  CAH  CAR  CAA   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_26  NAN  CAT  CAI  CAG   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_27  NAN  CAT  CAJ  CAH   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_28  CL1  CAU  CAS  CAK   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_29  CL2  CAV  CAU  CAS   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_30  OAC  CAS  CAU  CAV   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_31  CL2  CAV  CAZ  CAY   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_32  OAC  CAS  CAK  CAY   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_33  CL1  CAU  CAV  CAZ   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_34  CL2  CAV  CAZ  OAO     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_35  H6   CAH  CAR  CAG   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_36  H5   CAG  CAR  CAH   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_37  H8   CAJ  CAT  CAI   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_38  H7   CAI  CAT  CAJ   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_39  H9   CAK  CAS  CAU   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_40  CAI  CAT  NAN  CAF   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_41  CAJ  CAT  NAN  CAF     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_42  CAT  NAN  CAF  CAQ   180.00   0.0  0
 8QH  CONST_43  H14  NAN  CAT  CAI     0.00   0.0  0
 8QH  CONST_44  H4   CAF  NAN  CAT     0.00   0.0  0
 8QH  Var_01    CAX  CAQ  CAP  CAL     7.50  30.0  1
 8QH  Var_02    CAX  CAW  CAM  CAL   -27.80  30.0  1
 8QH  Var_03    CAQ  CAP  CAL  CAM   -35.63  30.0  1
 8QH  Var_04    OAO  CAX  CAQ  CAP  -170.67  30.0  1
 8QH  Var_05    CAW  CAM  CAL  CAP    43.98  30.0  1
 8QH  Var_06    NAN  CAF  CAQ  CAP    -0.19  30.0  2
 8QH  Var_07    H1   CAA  CAR  CAG    73.14  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QH  plan-1  CAA  0.020
 8QH  plan-1  CAG  0.020
 8QH  plan-1  CAH  0.020
 8QH  plan-1  CAI  0.020
 8QH  plan-1  CAJ  0.020
 8QH  plan-1  CAR  0.020
 8QH  plan-1  CAT  0.020
 8QH  plan-1  NAN  0.020
 8QH  plan-1  H5   0.020
 8QH  plan-1  H6   0.020
 8QH  plan-1  H7   0.020
 8QH  plan-1  H8   0.020
 8QH  plan-2  CAK  0.020
 8QH  plan-2  CAM  0.020
 8QH  plan-2  CAQ  0.020
 8QH  plan-2  CAS  0.020
 8QH  plan-2  CAU  0.020
 8QH  plan-2  CAV  0.020
 8QH  plan-2  CAW  0.020
 8QH  plan-2  CAX  0.020
 8QH  plan-2  CAY  0.020
 8QH  plan-2  CAZ  0.020
 8QH  plan-2  OAC  0.020
 8QH  plan-2  OAO  0.020
 8QH  plan-2  CL1  0.020
 8QH  plan-2  CL2  0.020
 8QH  plan-2  H9   0.020
 8QH  plan-3  CAF  0.020
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 8QH  plan-3  H14  0.020
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 8QH  plan-4  OAB  0.020

