# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 18:53:02 2020
#   Inital geometry file: a 47 line input string
#   Ligand name: 4-(5-chlorothiophen-2-yl)-1H-pyrazole
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Clc1sc(cc1)c2c[nH]nc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QG  8QG  4-(5-chlorothiophen-2-yl)-1H-pyrazole  ligand  16  11  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8QG
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QG  C11  C   CR15  0  -0.118  -2.8389  -1.0595   0.0307
 8QG  C02  C   CR5   0  -0.269   2.0970  -0.1722  -0.0306
 8QG  C03  C   CR15  0  -0.107   1.6930  -1.4675  -0.0488
 8QG  C04  C   CR15  0  -0.278   0.2775  -1.5780  -0.0358
 8QG  C05  C   CR5   0  -0.208  -0.3670  -0.3730  -0.0072
 8QG  C07  C   CR5   0  -0.057  -1.7903  -0.1127   0.0113
 8QG  C08  C   CR15  0  -0.008  -2.4462   1.1046   0.0125
 8QG  N09  N   NR15  0  -0.422  -3.7561   0.8275   0.0315
 8QG  N10  N   N     0  -0.253  -4.0182  -0.4730   0.0424
 8QG  S06  S   S2    0   0.266   0.7738   0.9285   0.0046
 8QG  H1   H   HCR5  0   0.261  -2.7648  -2.1364   0.0371
 8QG  H2   H   HCR5  0   0.288   2.3694  -2.3088  -0.0720
 8QG  H3   H   HCR5  0   0.265  -0.2390  -2.5274  -0.0486
 8QG  H4   H   HCR5  0   0.296  -2.0812   2.1192   0.0012
 8QG  H5   H   HNR5  0   0.427  -4.5127   1.4929   0.0346
 8QG  CL   CL  CL    0  -0.083   3.7010   0.4143  -0.0382

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QG  C04  C03  aromatic  1.420  0.020  1.420
 8QG  C04  C05  aromatic  1.367  0.020  1.367
 8QG  C03  C02  aromatic  1.357  0.020  1.357
 8QG  C11  N10  aromatic  1.317  0.020  1.317
 8QG  C11  C07  aromatic  1.413  0.020  1.413
 8QG  N10  N09  aromatic  1.327  0.020  1.327
 8QG  C05  C07  single    1.447  0.020  1.447
 8QG  C05  S06  aromatic  1.731  0.020  1.731
 8QG  C07  C08  aromatic  1.383  0.020  1.383
 8QG  C02  CL   single    1.708  0.020  1.708
 8QG  C02  S06  aromatic  1.722  0.020  1.722
 8QG  N09  C08  aromatic  1.339  0.020  1.339
 8QG  C11  H1   single    0.930  0.020  1.080
 8QG  C03  H2   single    0.930  0.020  1.080
 8QG  C04  H3   single    0.930  0.020  1.080
 8QG  C08  H4   single    0.930  0.020  1.080
 8QG  N09  H5   single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QG  H1   C11  N10  120.37  3.000
 8QG  H1   C11  C07  128.14  3.000
 8QG  N10  C11  C07  111.48  3.000
 8QG  CL   C02  S06  120.16  3.000
 8QG  S06  C02  C03  112.44  3.000
 8QG  CL   C02  C03  127.40  3.000
 8QG  H2   C03  C04  124.34  3.000
 8QG  H2   C03  C02  123.88  3.000
 8QG  C04  C03  C02  111.78  3.000
 8QG  H3   C04  C05  123.32  3.000
 8QG  H3   C04  C03  123.00  3.000
 8QG  C05  C04  C03  113.68  3.000
 8QG  S06  C05  C07  120.86  3.000
 8QG  S06  C05  C04  110.63  3.000
 8QG  C07  C05  C04  128.51  3.000
 8QG  C08  C07  C05  128.68  3.000
 8QG  C08  C07  C11  103.76  3.000
 8QG  C05  C07  C11  127.56  3.000
 8QG  H4   C08  N09  121.73  3.000
 8QG  H4   C08  C07  131.89  3.000
 8QG  N09  C08  C07  106.37  3.000
 8QG  H5   N09  N10  119.93  3.000
 8QG  H5   N09  C08  126.73  3.000
 8QG  N10  N09  C08  113.34  3.000
 8QG  N09  N10  C11  105.04  3.000
 8QG  C05  S06  C02   91.47  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QG  CONST_01  C08  N09  N10  C11    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_02  C04  C05  C07  C11    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_03  S06  C05  C07  C11  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_04  N09  C08  C07  C11    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_05  C05  C04  C03  C02    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_06  C04  C05  S06  C02    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_07  C07  C05  S06  C02  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_08  C07  C05  C04  C03  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_09  S06  C05  C04  C03    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_10  C05  S06  C02  C03    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_11  S06  C02  C03  C04    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_12  C08  C07  C05  C04  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_13  N10  C11  C07  C05  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_14  N09  C08  C07  C05  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_15  N09  N10  C11  C07    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_16  N10  N09  C08  C07    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_17  N10  C11  C07  C08    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_18  S06  C05  C07  C08    0.00  0.0  0
 8QG  CONST_19  CL   C02  C03  C04  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_20  CL   C02  S06  C05  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_21  H5   N09  N10  C11  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_22  H4   C08  C07  C11  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_23  H3   C04  C03  C02  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_24  H2   C03  C04  C05  180.00  0.0  0
 8QG  CONST_25  H1   C11  C07  C05    0.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QG  plan-1  C11  0.020
 8QG  plan-1  C05  0.020
 8QG  plan-1  C07  0.020
 8QG  plan-1  C08  0.020
 8QG  plan-1  N09  0.020
 8QG  plan-1  N10  0.020
 8QG  plan-1  H1   0.020
 8QG  plan-1  H4   0.020
 8QG  plan-1  H5   0.020
 8QG  plan-2  C02  0.020
 8QG  plan-2  C03  0.020
 8QG  plan-2  C04  0.020
 8QG  plan-2  C05  0.020
 8QG  plan-2  C07  0.020
 8QG  plan-2  S06  0.020
 8QG  plan-2  H2   0.020
 8QG  plan-2  H3   0.020
 8QG  plan-2  CL   0.020

