# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Sep 21 04:11:23 2022
#   Inital geometry file: a 205 line input string
#   Ligand name: [(2~{S},3~{S},5~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{R},17~{R})-17-[(2~{R})-6,6-dimethylheptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3-disulfooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-6-yl] hydrogen sulfate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H](CCCC(C)(C)C)[C@H]1CC[C@@H]2[C@@H]3C[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@H]4C[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@H](C[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]12C)O[S](O)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QF  8QF  "[(2~{S},3~{S},5~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{R},17~{R})-17-[(2~{R})-6,6-dimethylheptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3-disulfooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-6-yl] hydrogen sulfate"  ligand  93  43  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_8QF
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QF  C1   C  CH1   0  -0.227  55.8302  52.5996   0.0795
 8QF  C2   C  CH1   0  -0.172  55.6306  51.0756   0.0402
 8QF  C3   C  CH2   0  -0.448  54.9177  50.4769   1.2618
 8QF  O1   O  OS    0  -0.707  48.8456  46.8755  -0.5721
 8QF  C4   C  CH2   0  -0.438  54.3823  49.1410   0.7699
 8QF  O2   O  OS    0  -0.617  48.9026  44.4972  -0.0900
 8QF  O3   O  OS    0  -0.632  49.0885  45.2939  -2.4602
 8QF  O4   O  OC2   0  -0.581  53.8456  44.6064  -5.5404
 8QF  C5   C  CH1   0  -0.183  53.7967  49.5412  -0.5795
 8QF  C6   C  CT    0  -0.036  54.8813  50.4582  -1.2053
 8QF  C7   C  CH3   0  -0.684  54.1998  51.4709  -2.1254
 8QF  O5   O  OS    0  -0.611  53.5361  44.6969  -7.9057
 8QF  C8   C  CH2   0  -0.426  55.8863  49.6135  -2.0047
 8QF  C9   C  CH2   0  -0.443  55.2537  48.6307  -2.9786
 8QF  C10  C  CH1   0  -0.191  54.3559  47.6495  -2.2262
 8QF  C11  C  CH1   0  -0.251  53.2610  48.4361  -1.4982
 8QF  O6   O  OS    0  -0.703  54.4699  42.6180  -6.8942
 8QF  O7   O  OS    0  -0.626  55.8660  44.5591  -6.9876
 8QF  O11  O  OS    0  -0.619  53.2132  41.0299  -1.5787
 8QF  S2   S  S     0   1.647  54.4856  41.5207  -2.0420
 8QF  O9   O  OS    0  -0.690  55.5385  41.5898  -0.8720
 8QF  O10  O  OS    0  -0.622  55.1527  40.8722  -3.1379
 8QF  O8   O  OC2   0  -0.589  54.3762  43.0831  -2.3193
 8QF  C19  C  CH1   0  -0.034  53.5831  43.5308  -3.4530
 8QF  C20  C  CH2   0  -0.450  52.4155  44.3471  -2.9385
 8QF  C14  C  CH1   0  -0.249  52.8859  45.6136  -2.2229
 8QF  C13  C  CH1   0   0.035  51.7535  46.4373  -1.6275
 8QF  O    O  OC2   0  -0.587  50.9223  45.5576  -0.8022
 8QF  S    S  S     0   1.646  49.3689  45.4520  -1.0541
 8QF  C12  C  CH2   0  -0.429  52.3084  47.5215  -0.7294
 8QF  C18  C  CH1   0  -0.016  54.5498  44.3500  -4.2999
 8QF  S1   S  S     0   1.658  54.4744  44.2053  -6.9363
 8QF  C17  C  CH2   0  -0.441  54.9346  45.6627  -3.6455
 8QF  C15  C  CT    0  -0.064  53.7676  46.5224  -3.1204
 8QF  C16  C  CH3   0  -0.703  52.9714  47.1285  -4.2899
 8QF  C    C  CH3   0  -0.676  56.8921  53.0311  -0.9334
 8QF  C21  C  CH2   0  -0.400  56.2288  53.0651   1.4850
 8QF  C22  C  CH2   0  -0.433  56.4752  54.5648   1.6209
 8QF  C23  C  CH2   0  -0.379  56.6324  54.9715   3.0837
 8QF  C24  C  CT    0  -0.086  56.9631  56.4466   3.3636
 8QF  C27  C  CH3   0  -0.634  56.9822  56.6481   4.8807
 8QF  C26  C  CH3   0  -0.641  58.3395  56.8092   2.8035
 8QF  C25  C  CH3   0  -0.644  55.9018  57.3656   2.7564
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 8QF  H3   H  HCH2  0   0.228  55.5767  50.3905   2.1268
 8QF  H4   H  HCH2  0   0.210  54.0718  51.1046   1.5651
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 8QF  H6   H  HCH2  0   0.214  55.1911  48.4125   0.6556
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 8QF  H50  H  H     0   0.510  53.5733  42.2389  -6.9378

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QF  O5   S1   double  1.436  0.020  1.436
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 8QF  O4   C18  single  1.449  0.020  1.449
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 8QF  S    O2   double  1.435  0.020  1.435
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 8QF  Var_14  C18  O4   S1   O5   -176.19  30.0  3
 8QF  Var_15  C18  O4   S1   O6     67.68  30.0  3
 8QF  Var_16  C18  O4   S1   O7    -43.63  30.0  3
 8QF  Var_17  C19  O8   S2   O11   -70.05  30.0  1
 8QF  Var_18  C19  O8   S2   O9    173.95  30.0  1
 8QF  Var_19  C19  O8   S2   O10    63.79  30.0  1
 8QF  Var_20  C23  C22  C21  C1    170.38  30.0  3
 8QF  Var_21  C24  C23  C22  C21   176.74  30.0  3
 8QF  Var_22  C26  C24  C23  C22   -64.79  30.0  3
 8QF  Var_23  C25  C24  C23  C22    57.15  30.0  3
 8QF  Var_24  C27  C24  C23  C22   176.28  30.0  3
 8QF  Var_25  H35  C22  C21  C1    -67.35  30.0  3
 8QF  Var_26  H36  C22  C21  C1     48.94  30.0  3
 8QF  Var_27  H37  C23  C22  C21   -60.64  30.0  3
 8QF  Var_28  H38  C23  C22  C21    53.81  30.0  3
 8QF  Var_29  H33  C21  C22  C23    48.20  30.0  1
 8QF  Var_30  H34  C21  C22  C23   -66.64  30.0  1
 8QF  Var_31  H42  C26  C24  C23   -57.85  30.0  3
 8QF  Var_32  H43  C26  C24  C23    62.71  30.0  3
 8QF  Var_33  H44  C26  C24  C23  -177.35  30.0  3
 8QF  Var_34  H45  C25  C24  C23    54.55  30.0  3
 8QF  Var_35  H46  C25  C24  C23   174.19  30.0  3
 8QF  Var_36  H47  C25  C24  C23   -66.00  30.0  3
 8QF  Var_37  H39  C27  C24  C23   -60.82  30.0  3
 8QF  Var_38  H40  C27  C24  C23    59.14  30.0  3
 8QF  Var_39  H41  C27  C24  C23   179.14  30.0  3
 8QF  Var_40  H35  C22  C23  C24    54.31  30.0  1
 8QF  Var_41  H36  C22  C23  C24   -62.23  30.0  1
 8QF  Var_42  H42  C26  C24  C27    60.68  30.0  3
 8QF  Var_43  H43  C26  C24  C27  -178.76  30.0  3
 8QF  Var_44  H44  C26  C24  C27   -58.83  30.0  3
 8QF  Var_45  H45  C25  C24  C27   -64.09  30.0  3
 8QF  Var_46  H46  C25  C24  C27    55.55  30.0  3
 8QF  Var_47  H47  C25  C24  C27   175.36  30.0  3
 8QF  Var_48  H37  C23  C24  C27    53.68  30.0  3
 8QF  Var_49  H38  C23  C24  C27   -60.58  30.0  3
 8QF  Var_50  H45  C25  C24  C26   177.12  30.0  3
 8QF  Var_51  H46  C25  C24  C26   -63.25  30.0  3
 8QF  Var_52  H47  C25  C24  C26    56.57  30.0  3
 8QF  Var_53  H37  C23  C24  C26   172.61  30.0  3
 8QF  Var_54  H38  C23  C24  C26    58.35  30.0  3
 8QF  Var_55  H39  C27  C24  C26   178.94  30.0  3
 8QF  Var_56  H40  C27  C24  C26   -61.09  30.0  3
 8QF  Var_57  H41  C27  C24  C26    58.91  30.0  3
 8QF  Var_58  H42  C26  C24  C25   179.56  30.0  3
 8QF  Var_59  H43  C26  C24  C25   -59.88  30.0  3
 8QF  Var_60  H44  C26  C24  C25    60.06  30.0  3
 8QF  Var_61  H37  C23  C24  C25   -65.46  30.0  3
 8QF  Var_62  H38  C23  C24  C25  -179.72  30.0  3
 8QF  Var_63  H39  C27  C24  C25    59.54  30.0  3
 8QF  Var_64  H40  C27  C24  C25   179.50  30.0  3
 8QF  Var_65  H41  C27  C24  C25   -60.49  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QF  chir_01  C1   C    C2   C21  negativ
 8QF  chir_02  C2   C3   C1   C6   positiv
 8QF  chir_03  C5   C4   C6   C11  negativ
 8QF  chir_04  C6   C5   C8   C2   positiv
 8QF  chir_05  C10  C15  C9   C11  negativ
 8QF  chir_06  C11  C10  C12  C5   negativ
 8QF  chir_07  C19  O8   C18  C20  positiv
 8QF  chir_08  C14  C13  C15  C20  positiv
 8QF  chir_09  C13  O    C12  C14  negativ
 8QF  chir_10  C18  O4   C19  C17  positiv
 8QF  chir_11  C15  C14  C17  C10  positiv

