# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 18 03:34:20 2020
#   Inital geometry file: a 134 line input string
#   Ligand name: (3alpha,5alpha,8alpha)-17-(pyridin-3-yl)androst-16-en-3-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@]12CC[C@@H](O)C[C@@H]1CC[C@@H]3[C@@H]2CC[C@@]4(C)[C@H]3CC=C4c5cccnc5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8QD  8QD  (3alpha,5alpha,8alpha)-17-(pyridin-3-yl)androst-16-en-3-ol  ligand  59  26  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8QD
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8QD  C10   C  CR16  0  -0.210  -5.0615  -0.2953   1.3034
 8QD  C15   C  CR5   0  -0.144  -1.6077  -0.2891  -0.4722
 8QD  C17   C  CH2   0  -0.413  -1.1286   1.1147  -0.1141
 8QD  C20   C  CT    0  -0.047   2.7637   0.4413  -0.4310
 8QD  C21   C  CH3   0  -0.698   2.8946   0.4016  -1.9607
 8QD  C22   C  CH2   0  -0.411   3.2755   1.7984   0.0817
 8QD  C24   C  CH1   0   0.049   5.6170   0.8898   0.4611
 8QD  C26   C  CH2   0  -0.447   5.1124  -0.4747   0.0169
 8QD  C01   C  CH1   0  -0.199   3.6142  -0.6540   0.2558
 8QD  C02   C  CH2   0  -0.418   3.1448  -2.0569  -0.1048
 8QD  C03   C  CH2   0  -0.417   1.6862  -2.2586   0.2852
 8QD  C04   C  CH1   0  -0.234   0.7790  -1.1957  -0.3267
 8QD  C05   C  CR15  0  -0.192  -0.6424  -1.2866   0.1969
 8QD  C06   C  CH2   0  -0.467  -1.4221  -2.6007   0.2063
 8QD  C07   C  CR15  0  -0.294  -2.8165  -2.0821   0.4249
 8QD  C08   C  CR5   0   0.167  -2.9262  -0.7816   0.1207
 8QD  C09   C  CR6   0  -0.009  -4.1468   0.0123   0.2927
 8QD  C11   C  CR16  0  -0.312  -6.2129   0.4575   1.4447
 8QD  C12   C  CR16  0  -0.077  -6.4206   1.5205   0.5779
 8QD  N13   N  N     0  -0.399  -5.5619   1.8416  -0.3811
 8QD  C14   C  CR16  0  -0.121  -4.4635   1.1092  -0.5130
 8QD  C18   C  CH2   0  -0.449   0.3350   1.3080  -0.5315
 8QD  C19   C  CH1   0  -0.173   1.2899   0.2268  -0.0047
 8QD  C23   C  CH2   0  -0.484   4.7697   1.9973  -0.1554
 8QD  O25   O  OH1   0  -0.678   5.5726   0.9233   1.8785
 8QD  H101  H  HCR6  0   0.263  -4.8633  -1.1118   1.9862
 8QD  H171  H  HCH2  0   0.225  -1.7327   1.8931  -0.5881
 8QD  H172  H  HCH2  0   0.219  -1.2234   1.2587   0.9675
 8QD  H211  H  HCH3  0   0.228   2.5110   1.3212  -2.4072
 8QD  H213  H  HCH3  0   0.234   3.9303   0.3062  -2.2872
 8QD  H212  H  HCH3  0   0.232   2.3439  -0.4255  -2.4076
 8QD  H222  H  HCH2  0   0.225   2.7366   2.6173  -0.4010
 8QD  H221  H  HCH2  0   0.213   3.0601   1.8793   1.1527
 8QD  H241  H  HCH1  0   0.203   6.6553   1.0123   0.1195
 8QD  H262  H  HCH2  0   0.219   5.3536  -0.6058  -1.0422
 8QD  H261  H  HCH2  0   0.228   5.6636  -1.2585   0.5466
 8QD  H011  H  HCH1  0   0.209   3.4490  -0.5322   1.3350
 8QD  H022  H  HCH2  0   0.210   3.2797  -2.2370  -1.1771
 8QD  H021  H  HCH2  0   0.220   3.7697  -2.7949   0.4071
 8QD  H031  H  HCH2  0   0.227   1.3477  -3.2536  -0.0175
 8QD  H032  H  HCH2  0   0.202   1.5978  -2.2214   1.3781
 8QD  H041  H  HCH1  0   0.214   0.7770  -1.3489  -1.4120
 8QD  H051  H  HCR5  0   0.220  -0.5950  -0.9819   1.2537
 8QD  H061  H  HCH2  0   0.234  -1.3482  -3.1533  -0.7390
 8QD  H062  H  HCH2  0   0.243  -1.0997  -3.2880   0.9910
 8QD  H071  H  HCR5  0   0.239  -3.6297  -2.7091   0.7720
 8QD  H111  H  HCR6  0   0.270  -6.9330   0.2357   2.2205
 8QD  H121  H  HCR6  0   0.263  -7.3086   2.1368   0.6644
 8QD  H141  H  HCR6  0   0.248  -3.8003   1.4089  -1.3157
 8QD  H181  H  HCH2  0   0.220   0.3960   1.3553  -1.6220
 8QD  H182  H  HCH2  0   0.237   0.6599   2.2873  -0.1759
 8QD  H191  H  HCH1  0   0.197   1.2759   0.3033   1.0948
 8QD  H231  H  HCH2  0   0.224   4.9768   2.0362  -1.2290
 8QD  H232  H  HCH2  0   0.232   5.0853   2.9685   0.2408
 8QD  H251  H  HOH1  0   0.443   5.8018   1.8137   2.1622
 8QD  C16   C  CH3   0  -0.665  -1.6731  -0.4753  -1.9979
 8QD  H161  H  HCH3  0   0.234  -2.4672   0.1323  -2.4338
 8QD  H163  H  HCH3  0   0.233  -0.7476  -0.1857  -2.4949
 8QD  H162  H  HCH3  0   0.235  -1.8754  -1.5131  -2.2660

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8QD  C02  C03   single    1.523  0.020  1.523
 8QD  C02  C01   single    1.523  0.020  1.523
 8QD  C03  C04   single    1.526  0.020  1.526
 8QD  C26  C01   single    1.528  0.020  1.528
 8QD  C26  C24   single    1.521  0.020  1.521
 8QD  C21  C20   single    1.536  0.020  1.536
 8QD  C01  C20   single    1.548  0.020  1.548
 8QD  C06  C05   single    1.528  0.020  1.528
 8QD  C06  C07   single    1.504  0.020  1.504
 8QD  C04  C05   single    1.517  0.020  1.517
 8QD  C04  C19   single    1.545  0.020  1.545
 8QD  C20  C19   single    1.549  0.020  1.549
 8QD  C20  C22   single    1.538  0.020  1.538
 8QD  C24  C23   single    1.525  0.020  1.525
 8QD  C24  O25   single    1.418  0.020  1.418
 8QD  C16  C15   single    1.538  0.020  1.538
 8QD  C05  C15   single    1.541  0.020  1.541
 8QD  C07  C08   double    1.340  0.020  1.340
 8QD  C19  C18   single    1.536  0.020  1.536
 8QD  C23  C22   single    1.526  0.020  1.526
 8QD  C15  C08   single    1.527  0.020  1.527
 8QD  C15  C17   single    1.526  0.020  1.526
 8QD  C18  C17   single    1.534  0.020  1.534
 8QD  C08  C09   single    1.466  0.020  1.466
 8QD  C09  C10   aromatic  1.397  0.020  1.397
 8QD  C09  C14   aromatic  1.397  0.020  1.397
 8QD  C10  C11   aromatic  1.383  0.020  1.383
 8QD  C14  N13   aromatic  1.327  0.020  1.327
 8QD  C11  C12   aromatic  1.387  0.020  1.387
 8QD  N13  C12   aromatic  1.327  0.020  1.327
 8QD  C10  H101  single    0.930  0.020  1.080
 8QD  C17  H171  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C17  H172  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C21  H211  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C21  H213  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C21  H212  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C22  H222  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C22  H221  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C24  H241  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C26  H262  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C26  H261  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C01  H011  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C02  H022  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C02  H021  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C03  H031  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C03  H032  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C04  H041  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C05  H051  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C06  H061  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C06  H062  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C07  H071  single    0.930  0.020  1.080
 8QD  C11  H111  single    0.930  0.020  1.080
 8QD  C12  H121  single    0.930  0.020  1.080
 8QD  C14  H141  single    0.930  0.020  1.080
 8QD  C16  H161  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C16  H163  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C16  H162  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C18  H181  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C18  H182  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C19  H191  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090
 8QD  O25  H251  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8QD  H101  C10  C11   119.90  3.000
 8QD  H101  C10  C09   120.15  3.000
 8QD  C11   C10  C09   119.95  3.000
 8QD  C16   C15  C08   108.01  3.000
 8QD  C08   C15  C05    99.41  3.000
 8QD  C16   C15  C05   112.26  3.000
 8QD  C08   C15  C17   118.47  3.000
 8QD  C05   C15  C17   107.28  3.000
 8QD  C16   C15  C17   110.94  3.000
 8QD  H172  C17  H171  106.66  3.000
 8QD  H172  C17  C18   109.55  3.000
 8QD  H171  C17  C18   108.63  3.000
 8QD  H172  C17  C15   108.99  3.000
 8QD  H171  C17  C15   112.32  3.000
 8QD  C18   C17  C15   110.59  3.000
 8QD  C19   C20  C01   107.62  3.000
 8QD  C19   C20  C22   110.30  3.000
 8QD  C01   C20  C22   107.08  3.000
 8QD  C22   C20  C21   109.05  3.000
 8QD  C19   C20  C21   110.59  3.000
 8QD  C01   C20  C21   112.14  3.000
 8QD  H212  C21  H213  106.92  3.000
 8QD  H212  C21  H211  107.10  3.000
 8QD  H213  C21  H211  106.56  3.000
 8QD  H212  C21  C20   112.65  3.000
 8QD  H213  C21  C20   112.43  3.000
 8QD  H211  C21  C20   110.83  3.000
 8QD  H221  C22  H222  106.23  3.000
 8QD  H221  C22  C23   109.56  3.000
 8QD  H222  C22  C23   108.46  3.000
 8QD  H221  C22  C20   109.00  3.000
 8QD  H222  C22  C20   110.48  3.000
 8QD  C23   C22  C20   112.89  3.000
 8QD  H241  C24  O25   109.71  3.000
 8QD  H241  C24  C23   108.55  3.000
 8QD  O25   C24  C23   111.69  3.000
 8QD  H241  C24  C26   108.81  3.000
 8QD  O25   C24  C26   107.62  3.000
 8QD  C23   C24  C26   110.44  3.000
 8QD  H261  C26  H262  105.75  3.000
 8QD  H261  C26  C01   109.51  3.000
 8QD  H262  C26  C01   110.71  3.000
 8QD  H261  C26  C24   109.50  3.000
 8QD  H262  C26  C24   108.48  3.000
 8QD  C01   C26  C24   112.64  3.000
 8QD  H011  C01  C02   106.77  3.000
 8QD  H011  C01  C26   106.75  3.000
 8QD  C02   C01  C26   111.93  3.000
 8QD  H011  C01  C20   105.95  3.000
 8QD  C26   C01  C20   112.73  3.000
 8QD  C02   C01  C20   112.18  3.000
 8QD  H021  C02  H022  106.06  3.000
 8QD  H021  C02  C03   109.74  3.000
 8QD  H022  C02  C03   110.28  3.000
 8QD  H021  C02  C01   109.55  3.000
 8QD  H022  C02  C01   110.20  3.000
 8QD  C03   C02  C01   110.89  3.000
 8QD  H032  C03  H031  106.36  3.000
 8QD  H032  C03  C04   109.15  3.000
 8QD  H031  C03  C04   109.80  3.000
 8QD  H032  C03  C02   109.13  3.000
 8QD  H031  C03  C02   110.24  3.000
 8QD  C04   C03  C02   111.99  3.000
 8QD  H041  C04  C19   109.61  3.000
 8QD  H041  C04  C05   109.36  3.000
 8QD  C19   C04  C05   107.04  3.000
 8QD  H041  C04  C03   107.51  3.000
 8QD  C19   C04  C03   111.17  3.000
 8QD  C05   C04  C03   112.14  3.000
 8QD  H051  C05  C06   104.72  3.000
 8QD  H051  C05  C04   105.92  3.000
 8QD  C06   C05  C04   122.12  3.000
 8QD  H051  C05  C15   105.34  3.000
 8QD  C04   C05  C15   113.46  3.000
 8QD  C06   C05  C15   103.87  3.000
 8QD  H062  C06  H061  106.39  3.000
 8QD  H062  C06  C07   112.73  3.000
 8QD  H061  C06  C07   111.18  3.000
 8QD  H062  C06  C05   113.27  3.000
 8QD  H061  C06  C05   113.16  3.000
 8QD  C07   C06  C05   100.23  3.000
 8QD  H071  C07  C08   124.93  3.000
 8QD  H071  C07  C06   122.87  3.000
 8QD  C08   C07  C06   112.18  3.000
 8QD  C09   C08  C07   124.54  3.000
 8QD  C09   C08  C15   126.13  3.000
 8QD  C07   C08  C15   109.29  3.000
 8QD  C14   C09  C08   123.10  3.000
 8QD  C14   C09  C10   116.19  3.000
 8QD  C08   C09  C10   120.70  3.000
 8QD  H111  C11  C12   120.38  3.000
 8QD  H111  C11  C10   121.07  3.000
 8QD  C12   C11  C10   118.55  3.000
 8QD  H121  C12  N13   116.75  3.000
 8QD  H121  C12  C11   120.55  3.000
 8QD  N13   C12  C11   122.70  3.000
 8QD  C14   N13  C12   118.30  3.000
 8QD  H141  C14  N13   115.32  3.000
 8QD  H141  C14  C09   120.36  3.000
 8QD  N13   C14  C09   124.31  3.000
 8QD  H182  C18  H181  105.64  3.000
 8QD  H182  C18  C19   109.57  3.000
 8QD  H181  C18  C19   109.75  3.000
 8QD  H182  C18  C17   107.97  3.000
 8QD  H181  C18  C17   109.27  3.000
 8QD  C19   C18  C17   114.28  3.000
 8QD  H191  C19  C18   106.58  3.000
 8QD  H191  C19  C04   105.52  3.000
 8QD  C18   C19  C04   111.78  3.000
 8QD  H191  C19  C20   106.08  3.000
 8QD  C18   C19  C20   113.55  3.000
 8QD  C04   C19  C20   112.62  3.000
 8QD  H232  C23  H231  105.60  3.000
 8QD  H232  C23  C24   109.73  3.000
 8QD  H231  C23  C24   108.50  3.000
 8QD  H232  C23  C22   109.97  3.000
 8QD  H231  C23  C22   110.03  3.000
 8QD  C24   C23  C22   112.75  3.000
 8QD  H251  O25  C24   108.00  3.000
 8QD  H162  C16  H163  107.36  3.000
 8QD  H162  C16  H161  107.26  3.000
 8QD  H163  C16  H161  106.74  3.000
 8QD  H162  C16  C15   111.52  3.000
 8QD  H163  C16  C15   112.58  3.000
 8QD  H161  C16  C15   111.09  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8QD  CONST_01  N13   C14  C09  C10    0.00   0.0  0
 8QD  CONST_02  N13   C12  C11  C10    0.00   0.0  0
 8QD  CONST_03  C12   C11  C10  C09    0.00   0.0  0
 8QD  CONST_04  C12   N13  C14  C09    0.00   0.0  0
 8QD  CONST_05  C14   C09  C10  C11    0.00   0.0  0
 8QD  CONST_06  C14   N13  C12  C11    0.00   0.0  0
 8QD  CONST_07  C11   C10  C09  C08  180.00   0.0  0
 8QD  CONST_08  N13   C14  C09  C08  180.00   0.0  0
 8QD  CONST_09  H141  C14  C09  C10  180.00   0.0  0
 8QD  CONST_10  H121  C12  C11  C10  180.00   0.0  0
 8QD  CONST_11  H101  C10  C09  C08    0.00   0.0  0
 8QD  CONST_12  H111  C11  C10  C09  180.00   0.0  0
 8QD  Var_01    C07   C08  C09  C10   29.95  30.0  2
 8QD  Var_02    C06   C07  C08  C15    5.07  30.0  1
 8QD  Var_03    C19   C18  C17  C15  -52.74  30.0  1
 8QD  Var_04    C24   C23  C22  C20  -56.28  30.0  1
 8QD  Var_05    C04   C03  C02  C01   54.98  30.0  1
 8QD  Var_06    C08   C07  C06  C05   19.08  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8QD  chir_01  C15  C05  C08  C17  negativ
 8QD  chir_02  C20  C19  C01  C22  positiv
 8QD  chir_03  C24  O25  C26  C23  negativ
 8QD  chir_04  C01  C20  C26  C02  positiv
 8QD  chir_05  C04  C03  C05  C19  negativ
 8QD  chir_06  C05  C06  C04  C15  negativ
 8QD  chir_07  C19  C04  C20  C18  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8QD  plan-1  C10   0.020
 8QD  plan-1  C08   0.020
 8QD  plan-1  C09   0.020
 8QD  plan-1  C11   0.020
 8QD  plan-1  C12   0.020
 8QD  plan-1  N13   0.020
 8QD  plan-1  C14   0.020
 8QD  plan-1  H101  0.020
 8QD  plan-1  H111  0.020
 8QD  plan-1  H121  0.020
 8QD  plan-1  H141  0.020

