# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 18 15:19:27 2020
#   Inital geometry file: a 164 line input string
#   Ligand name: (2~{S})-3-azanyl-2-[[(1~{R})-5-[2-[4-[[2-(hydroxymethyl)imidazol-1-yl]methyl]phenyl]ethynyl]-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]amino]-3-methyl-~{N}-oxidanyl-butanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)(N)[C@H](N[C@@H]1CCc2cc(ccc12)C#Cc3ccc(Cn4ccnc4CO)cc3)C(=O)NO
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8Q8  8Q8  (2~{S})-3-azanyl-2-[[(1~{R})-5-[2-[4-[[2-(hydroxymethyl)imidazol-1-yl]methyl]phenyl]ethynyl]-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]amino]-3-methyl-~{N}-oxidanyl-butanamide  ligand  66  35  .  2022-07-24  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_8Q8
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8Q8  C1   C  CH3   0  -0.653    7.8459   0.0082   1.3603
 8Q8  C8   C  CR56  0   0.115    2.7615   2.1452  -0.4003
 8Q8  C7   C  CH2   0  -0.512    3.5557   3.3774  -0.0668
 8Q8  C6   C  CH2   0  -0.477    4.6758   3.3457  -1.1213
 8Q8  C5   C  CR15  0  -0.175    4.8997   1.8553  -1.4169
 8Q8  C4   C  CH1   0  -0.205    6.0474  -0.1107  -0.4504
 8Q8  C3   C  CH3   0  -0.635    8.4635   0.0611  -1.0555
 8Q8  C2   C  CT    0   0.068    7.4960  -0.5217  -0.0279
 8Q8  N1   N  NH2   0  -0.790    7.6832  -1.9666  -0.0149
 8Q8  C9   C  CR56  0   0.106    3.5011   1.3025  -1.2267
 8Q8  C10  C  CR16  0  -0.328    2.9436   0.1322  -1.7166
 8Q8  N2   N  NH1   0  -0.572    5.8887   1.3245  -0.4823
 8Q8  C13  C  CR16  0  -0.367    1.4763   1.8111  -0.0213
 8Q8  C12  C  CR6   0  -0.113    0.9156   0.6138  -0.4865
 8Q8  C11  C  CR16  0  -0.327    1.6537  -0.2175  -1.3393
 8Q8  C27  C  C     0   0.512    4.9832  -0.7514   0.4461
 8Q8  N5   N  NH1   0  -0.366    4.5126  -1.9332   0.0032
 8Q8  O3   O  OH1   0  -0.542    3.4725  -2.5415   0.6365
 8Q8  C15  C  CSP   0   0.128   -1.5567  -0.0130   0.1568
 8Q8  C16  C  CR6   0  -0.122   -2.9039  -0.3362   0.4771
 8Q8  C26  C  CR16  0  -0.282   -3.7352   0.6094   1.0894
 8Q8  C25  C  CR16  0  -0.266   -5.0513   0.2994   1.3774
 8Q8  C19  C  CR6   0   0.078   -5.5725  -0.9542   1.0653
 8Q8  C18  C  CR16  0  -0.291   -4.7451  -1.8948   0.4629
 8Q8  C17  C  CR16  0  -0.284   -3.4238  -1.5963   0.1724
 8Q8  C20  C  CH2   0  -0.361   -7.0063  -1.2881   1.3778
 8Q8  N3   N  NR5   0  -0.435   -7.9323  -0.2962   0.8627
 8Q8  C23  C  CR5   0   0.427   -8.0956   0.0924  -0.4278
 8Q8  C24  C  CH2   0  -0.242   -7.2992  -0.4387  -1.5687
 8Q8  O1   O  OH1   0  -0.662   -7.4098  -1.8445  -1.6079
 8Q8  N4   N  N     0  -0.459   -9.0233   1.0129  -0.5307
 8Q8  C22  C  CR15  0  -0.228   -9.4762   1.2343   0.7369
 8Q8  C21  C  CR15  0  -0.106   -8.8136   0.4288   1.6155
 8Q8  H1   H  HCH3  0   0.227    7.6996   1.0863   1.4272
 8Q8  H2   H  HCH3  0   0.231    7.2511  -0.4640   2.1434
 8Q8  H3   H  HCH3  0   0.232    8.8953  -0.1967   1.5753
 8Q8  H4   H  HCH2  0   0.261    2.9585   4.2889  -0.1119
 8Q8  H5   H  HCH2  0   0.254    3.9550   3.3149   0.9505
 8Q8  H6   H  HCH2  0   0.254    4.3317   3.8432  -2.0298
 8Q8  H7   H  HCH2  0   0.246    5.5925   3.8418  -0.8009
 8Q8  H8   H  HCR5  0   0.253    5.2709   1.6839  -2.4310
 8Q8  H9   H  HCH1  0   0.252    5.9212  -0.4812  -1.4750
 8Q8  H10  H  HCH3  0   0.228    9.4871  -0.2225  -0.8080
 8Q8  H11  H  HCH3  0   0.220    8.2459  -0.3115  -2.0599
 8Q8  H12  H  HCH3  0   0.232    8.4003   1.1467  -1.0817
 8Q8  H13  H  HNH2  0   0.344    7.0823  -2.4120   0.6674
 8Q8  H14  H  HNH2  0   0.339    7.4512  -2.3708  -0.9152
 8Q8  H16  H  HCR6  0   0.267    3.4912  -0.5011  -2.4044
 8Q8  H17  H  HNH1  0   0.354    5.6907   1.6608   0.4535
 8Q8  H19  H  HCR6  0   0.254    0.8937   2.4652   0.6157
 8Q8  H20  H  HCR6  0   0.269    1.1992  -1.1204  -1.7271
 8Q8  H21  H  HNH1  0   0.409    4.7077  -2.2792  -0.9251
 8Q8  H22  H  HOH1  0   0.467    2.6716  -2.0668   0.3653
 8Q8  H23  H  HCR6  0   0.263   -3.3439   1.5876   1.3355
 8Q8  H24  H  HCR6  0   0.259   -5.6780   1.0479   1.8478
 8Q8  H25  H  HCR6  0   0.264   -5.1352  -2.8732   0.2117
 8Q8  H26  H  HCR6  0   0.262   -2.7944  -2.3368  -0.3032
 8Q8  H27  H  HCH2  0   0.285   -7.2625  -2.2704   0.9854
 8Q8  H28  H  HCH2  0   0.287   -7.1516  -1.3253   2.4578
 8Q8  H29  H  HCH2  0   0.234   -7.6858   0.0324  -2.4788
 8Q8  H30  H  HCH2  0   0.231   -6.2537  -0.1248  -1.4681
 8Q8  H31  H  HOH1  0   0.461   -6.6565  -2.1914  -2.0938
 8Q8  H32  H  HCR5  0   0.249  -10.2530   1.9521   0.9503
 8Q8  H33  H  HCR5  0   0.291   -8.8904   0.3026   2.6830
 8Q8  O2   O  O     0  -0.458    4.6012  -0.2343   1.4804
 8Q8  C14  C  CSP   0   0.144   -0.4175   0.2677  -0.1306

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8Q8  O3   N5   single    1.361  0.020  1.361
 8Q8  O2   C27  double    1.218  0.020  1.218
 8Q8  C3   C2   single    1.527  0.020  1.527
 8Q8  N5   C27  single    1.347  0.020  1.347
 8Q8  C27  C4   single    1.532  0.020  1.532
 8Q8  C1   C2   single    1.527  0.020  1.527
 8Q8  C2   C4   single    1.564  0.020  1.564
 8Q8  C2   N1   single    1.457  0.020  1.457
 8Q8  C4   N2   single    1.444  0.020  1.444
 8Q8  N2   C5   single    1.461  0.020  1.461
 8Q8  C5   C6   single    1.536  0.020  1.536
 8Q8  C5   C9   single    1.516  0.020  1.516
 8Q8  C6   C7   single    1.539  0.020  1.539
 8Q8  C9   C10  aromatic  1.386  0.020  1.386
 8Q8  C9   C8   aromatic  1.393  0.020  1.393
 8Q8  C10  C11  aromatic  1.389  0.020  1.389
 8Q8  C7   C8   single    1.503  0.020  1.503
 8Q8  C11  C12  aromatic  1.401  0.020  1.401
 8Q8  C8   C13  aromatic  1.381  0.020  1.381
 8Q8  C13  C12  aromatic  1.402  0.020  1.402
 8Q8  C12  C14  single    1.423  0.020  1.423
 8Q8  C14  C15  triple    1.208  0.020  1.208
 8Q8  C15  C16  single    1.422  0.020  1.422
 8Q8  C26  C16  aromatic  1.400  0.020  1.400
 8Q8  C26  C25  aromatic  1.383  0.020  1.383
 8Q8  C16  C17  aromatic  1.397  0.020  1.397
 8Q8  C25  C19  aromatic  1.393  0.020  1.393
 8Q8  C17  C18  aromatic  1.385  0.020  1.385
 8Q8  C19  C18  aromatic  1.390  0.020  1.390
 8Q8  C19  C20  single    1.505  0.020  1.505
 8Q8  C20  N3   single    1.451  0.020  1.451
 8Q8  O1   C24  single    1.411  0.020  1.411
 8Q8  N3   C23  aromatic  1.358  0.020  1.358
 8Q8  N3   C21  aromatic  1.367  0.020  1.367
 8Q8  C24  C23  single    1.489  0.020  1.489
 8Q8  C23  N4   aromatic  1.311  0.020  1.311
 8Q8  C21  C22  aromatic  1.364  0.020  1.364
 8Q8  N4   C22  aromatic  1.364  0.020  1.364
 8Q8  C1   H1   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C1   H2   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C1   H3   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C7   H4   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C7   H5   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C6   H6   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C6   H7   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C5   H8   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C4   H9   single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C3   H10  single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C3   H11  single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C3   H12  single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  N1   H13  single    0.890  0.020  1.040
 8Q8  N1   H14  single    0.890  0.020  1.040
 8Q8  C10  H16  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  N2   H17  single    0.890  0.020  1.040
 8Q8  C13  H19  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  C11  H20  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  N5   H21  single    0.860  0.020  1.020
 8Q8  O3   H22  single    0.850  0.020  0.980
 8Q8  C26  H23  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  C25  H24  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  C18  H25  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  C17  H26  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  C20  H27  single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C20  H28  single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C24  H29  single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  C24  H30  single    0.970  0.020  1.090
 8Q8  O1   H31  single    0.850  0.020  0.980
 8Q8  C22  H32  single    0.930  0.020  1.080
 8Q8  C21  H33  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8Q8  H3   C1   H2   107.57  3.000
 8Q8  H3   C1   H1   107.63  3.000
 8Q8  H2   C1   H1   108.11  3.000
 8Q8  H3   C1   C2   109.55  3.000
 8Q8  H2   C1   C2   112.18  3.000
 8Q8  H1   C1   C2   111.61  3.000
 8Q8  C13  C8   C9   120.71  3.000
 8Q8  C13  C8   C7   128.98  3.000
 8Q8  C9   C8   C7   110.30  3.000
 8Q8  H5   C7   H4   106.61  3.000
 8Q8  H5   C7   C6   111.73  3.000
 8Q8  H4   C7   C6   112.80  3.000
 8Q8  H5   C7   C8   110.61  3.000
 8Q8  H4   C7   C8   112.74  3.000
 8Q8  C6   C7   C8   102.45  3.000
 8Q8  H7   C6   H6   107.59  3.000
 8Q8  H7   C6   C5   112.06  3.000
 8Q8  H6   C6   C5   109.15  3.000
 8Q8  H7   C6   C7   113.65  3.000
 8Q8  H6   C6   C7   109.36  3.000
 8Q8  C5   C6   C7   104.95  3.000
 8Q8  H8   C5   N2   107.86  3.000
 8Q8  H8   C5   C9   111.87  3.000
 8Q8  N2   C5   C9   114.33  3.000
 8Q8  H8   C5   C6   112.34  3.000
 8Q8  C9   C5   C6   101.26  3.000
 8Q8  N2   C5   C6   109.15  3.000
 8Q8  H9   C4   C27  108.99  3.000
 8Q8  H9   C4   N2   107.60  3.000
 8Q8  C27  C4   N2   110.62  3.000
 8Q8  H9   C4   C2   105.67  3.000
 8Q8  N2   C4   C2   111.65  3.000
 8Q8  C27  C4   C2   112.05  3.000
 8Q8  H12  C3   H11  107.85  3.000
 8Q8  H12  C3   H10  108.63  3.000
 8Q8  H11  C3   H10  107.86  3.000
 8Q8  H12  C3   C2   111.12  3.000
 8Q8  H11  C3   C2   111.23  3.000
 8Q8  H10  C3   C2   110.05  3.000
 8Q8  N1   C2   C3   107.64  3.000
 8Q8  N1   C2   C4   112.46  3.000
 8Q8  C3   C2   C4   107.74  3.000
 8Q8  N1   C2   C1   107.86  3.000
 8Q8  C4   C2   C1   111.52  3.000
 8Q8  C3   C2   C1   109.53  3.000
 8Q8  H14  N1   H13  106.69  3.000
 8Q8  H14  N1   C2   110.99  3.000
 8Q8  H13  N1   C2   111.47  3.000
 8Q8  C10  C9   C5   129.40  3.000
 8Q8  C10  C9   C8   120.47  3.000
 8Q8  C5   C9   C8   110.11  3.000
 8Q8  H16  C10  C11  119.65  3.000
 8Q8  H16  C10  C9   120.98  3.000
 8Q8  C11  C10  C9   119.36  3.000
 8Q8  H17  N2   C4   109.31  3.000
 8Q8  H17  N2   C5   109.75  3.000
 8Q8  C4   N2   C5   116.72  3.000
 8Q8  H19  C13  C12  119.74  3.000
 8Q8  H19  C13  C8   121.06  3.000
 8Q8  C12  C13  C8   119.20  3.000
 8Q8  C11  C12  C13  119.88  3.000
 8Q8  C13  C12  C14  119.98  3.000
 8Q8  C11  C12  C14  120.11  3.000
 8Q8  H20  C11  C12  119.45  3.000
 8Q8  H20  C11  C10  120.17  3.000
 8Q8  C12  C11  C10  120.35  3.000
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 8Q8  N5   C27  C4   114.66  3.000
 8Q8  O2   C27  C4   122.50  3.000
 8Q8  H21  N5   O3   114.98  3.000
 8Q8  H21  N5   C27  122.37  3.000
 8Q8  O3   N5   C27  120.40  3.000
 8Q8  H22  O3   N5   106.39  3.000
 8Q8  C16  C15  C14  180.00  3.000
 8Q8  C17  C16  C26  118.93  3.000
 8Q8  C17  C16  C15  120.57  3.000
 8Q8  C26  C16  C15  120.50  3.000
 8Q8  H23  C26  C25  119.97  3.000
 8Q8  H23  C26  C16  119.70  3.000
 8Q8  C25  C26  C16  120.33  3.000
 8Q8  H24  C25  C19  120.17  3.000
 8Q8  H24  C25  C26  119.09  3.000
 8Q8  C19  C25  C26  120.74  3.000
 8Q8  C20  C19  C18  120.46  3.000
 8Q8  C20  C19  C25  120.63  3.000
 8Q8  C18  C19  C25  118.91  3.000
 8Q8  H25  C18  C17  119.32  3.000
 8Q8  H25  C18  C19  119.83  3.000
 8Q8  C17  C18  C19  120.84  3.000
 8Q8  H26  C17  C18  119.96  3.000
 8Q8  H26  C17  C16  119.79  3.000
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 8Q8  H28  C20  H27  107.15  3.000
 8Q8  H28  C20  N3   106.85  3.000
 8Q8  H27  C20  N3   109.80  3.000
 8Q8  H28  C20  C19  109.89  3.000
 8Q8  H27  C20  C19  110.46  3.000
 8Q8  N3   C20  C19  112.49  3.000
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 8Q8  C21  N3   C20  125.32  3.000
 8Q8  C23  N3   C20  127.57  3.000
 8Q8  N4   C23  C24  124.66  3.000
 8Q8  N4   C23  N3   111.15  3.000
 8Q8  C24  C23  N3   124.18  3.000
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 8Q8  H30  C24  O1   111.26  3.000
 8Q8  H29  C24  O1   112.20  3.000
 8Q8  H30  C24  C23  109.73  3.000
 8Q8  H29  C24  C23  107.12  3.000
 8Q8  O1   C24  C23  109.56  3.000
 8Q8  H31  O1   C24  108.20  3.000
 8Q8  C22  N4   C23  106.01  3.000
 8Q8  H32  C22  C21  127.98  3.000
 8Q8  H32  C22  N4   122.05  3.000
 8Q8  C21  C22  N4   109.97  3.000
 8Q8  H33  C21  C22  132.28  3.000
 8Q8  H33  C21  N3   121.96  3.000
 8Q8  C22  C21  N3   105.76  3.000
 8Q8  C15  C14  C12  180.00  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 8Q8  CONST_03  C12  C11  C10  C9     0.00   0.0  0
 8Q8  CONST_04  C12  C13  C8   C9     0.00   0.0  0
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 8Q8  CONST_08  C19  C18  C17  C16    0.00   0.0  0
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 8Q8  CONST_10  C18  C19  C25  C26    0.00   0.0  0
 8Q8  CONST_11  C17  C16  C26  C25    0.00   0.0  0
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 8Q8  CONST_21  C18  C17  C16  C15  180.00   0.0  0
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 8Q8  CONST_23  C20  C19  C18  C17  180.00   0.0  0
 8Q8  CONST_24  N4   C23  N3   C20  180.00   0.0  0
 8Q8  CONST_25  C22  C21  N3   C20  180.00   0.0  0
 8Q8  CONST_26  C21  N3   C23  C24  180.00   0.0  0
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 8Q8  CONST_37  O3   N5   C27  C4   180.00   0.0  0
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 8Q8  CONST_39  H21  N5   C27  C4     0.00   0.0  0
 8Q8  Var_01    C5   C6   C7   C8   -30.04  30.0  1
 8Q8  Var_02    C9   C8   C7   C6    15.98  30.0  1
 8Q8  Var_03    N3   C20  C19  C25   51.79  30.0  2
 8Q8  Var_04    C23  N3   C20  C19   58.79  30.0  2
 8Q8  Var_05    O1   C24  C23  N3    55.86  30.0  2
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 8Q8  Var_07    H13  N1   C2   C1    60.49  30.0  3
 8Q8  Var_08    H1   C1   C2   C4   -54.45  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8Q8  chir_01  C5  N2  C6  C9   positiv
 8Q8  chir_02  C4  N2  C2  C27  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8Q8  plan-1  C20  0.020
 8Q8  plan-1  N3   0.020
 8Q8  plan-1  C23  0.020
 8Q8  plan-1  C24  0.020
 8Q8  plan-1  N4   0.020
 8Q8  plan-1  C22  0.020
 8Q8  plan-1  C21  0.020
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 8Q8  plan-2  C16  0.020
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 8Q8  plan-2  C17  0.020
 8Q8  plan-2  C20  0.020
 8Q8  plan-2  H23  0.020
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 8Q8  plan-2  H25  0.020
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 8Q8  plan-3  C11  0.020
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 8Q8  plan-4  N5   0.020
 8Q8  plan-4  O3   0.020
 8Q8  plan-4  H21  0.020
 8Q8  plan-4  O2   0.020

