# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 23:47:52 2020
#   Inital geometry file: a 130 line input string
#   Ligand name: 9-[(1S)-2,2-difluorocyclopropane-1-carbonyl]-6-[(4-methoxyphenyl)methyl]-8,9,10,11-tetrahydropyrido[4',3':4,5]thieno[3,2-e][1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidin-5(6H)-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(CN2C(=O)n3ncnc3c4c5CCN(Cc5sc24)C(=O)[C@@H]6CC6(F)F)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8Q7  8Q7  9-[(1S)-2,2-difluorocyclopropane-1-carbonyl]-6-[(4-methoxyphenyl)methyl]-8,9,10,11-tetrahydropyrido[4',3':4,5]thieno[3,2-e][1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidin-5(6H)-one  ligand  52  33  .  2022-07-24  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_8Q7
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8Q7  N1   N  NR6   0  -0.589  -2.1909   1.1700  -1.4287
 8Q7  C4   C  CR56  0   0.552  -0.7683   3.1106  -0.0524
 8Q7  C6   C  CR6   0   0.752  -2.7132   2.4418  -1.4280
 8Q7  C8   C  CR15  0   0.016  -1.2861   5.1223   0.1190
 8Q7  C13  C  CH2   0  -0.325   2.0846  -1.0199   0.7178
 8Q7  C15  C  CH2   0  -0.341   2.7075   0.8569   2.1441
 8Q7  C20  C  CR16  0  -0.283  -3.3430  -2.2444  -1.3932
 8Q7  C21  C  CR16  0  -0.329  -3.9447  -3.1724  -0.5640
 8Q7  C22  C  CR6   0   0.377  -4.7763  -2.7489   0.4736
 8Q7  C24  C  CR16  0  -0.267  -4.3936  -0.4681  -0.1943
 8Q7  C26  C  CH3   0  -0.438  -6.1600  -3.3366   2.3096
 8Q7  C28  C  CH1   0  -0.548   4.7968  -1.3090  -0.1660
 8Q7  C23  C  CR16  0  -0.367  -4.9989  -1.3843   0.6546
 8Q7  C3   C  CR56  0   0.009  -0.2759   1.7812  -0.0666
 8Q7  C12  C  CR5   0   0.210   0.8868   1.2047   0.5287
 8Q7  C19  C  CR6   0   0.081  -3.5548  -0.8791  -1.2221
 8Q7  C11  C  CR5   0  -0.296   0.9827  -0.1176   0.2505
 8Q7  C2   C  CR56  0   0.089  -1.0303   0.8679  -0.7615
 8Q7  C16  C  CH2   0  -0.505   1.8976   1.9004   1.3836
 8Q7  C31  C  CH2   0  -0.588   4.7388  -2.7902   0.2320
 8Q7  C30  C  CT    0   0.741   6.0189  -2.0923   0.0707
 8Q7  C18  C  CH2   0  -0.428  -2.9056   0.1132  -2.1489
 8Q7  N7   N  N     0  -0.466  -0.3395   4.2245   0.4872
 8Q7  N9   N  N     0  -0.243  -2.2648   4.6509  -0.6053
 8Q7  N5   N  N     0  -0.470  -1.9339   3.3517  -0.7194
 8Q7  N14  N  NT    0  -0.462   3.1543  -0.1974   1.2469
 8Q7  O17  O  O     0  -0.445  -3.7385   2.7648  -1.9749
 8Q7  O29  O  O     0  -0.478   5.2491   0.6330   1.1054
 8Q7  F32  F  F     0  -0.312   6.7728  -1.8482   1.1561
 8Q7  F33  F  F     0  -0.318   6.8294  -2.3852  -0.9617
 8Q7  S10  S  S2    0   0.288  -0.3386  -0.7045  -0.7070
 8Q7  H1   H  HCR5  0   0.285  -1.2443   6.1635   0.4009
 8Q7  H2   H  HCH2  0   0.282   1.7169  -1.7038   1.4895
 8Q7  H3   H  HCH2  0   0.299   2.4464  -1.6305  -0.1057
 8Q7  H4   H  HCH2  0   0.278   3.5659   1.3073   2.6328
 8Q7  H5   H  HCH2  0   0.268   2.0871   0.3975   2.9177
 8Q7  H6   H  HCR6  0   0.261  -2.6950  -2.5929  -2.1891
 8Q7  H7   H  HCR6  0   0.265  -3.7670  -4.2306  -0.7092
 8Q7  H8   H  HCR6  0   0.258  -4.5940   0.5852  -0.0368
 8Q7  H9   H  HCH3  0   0.230  -7.0517  -2.8104   1.9597
 8Q7  H10  H  HCH3  0   0.261  -6.4673  -4.2574   2.7988
 8Q7  H11  H  HCH3  0   0.230  -5.6425  -2.7073   3.0381
 8Q7  H12  H  HCH1  0   0.346   4.5615  -1.0982  -1.2060
 8Q7  H13  H  HCR6  0   0.282  -5.6386  -1.0167   1.4454
 8Q7  H14  H  HCH2  0   0.265   1.4045   2.5711   2.0891
 8Q7  H15  H  HCH2  0   0.264   2.5539   2.5213   0.7676
 8Q7  H16  H  HCH2  0   0.295   4.4204  -3.0271   1.2403
 8Q7  H17  H  HCH2  0   0.300   4.4219  -3.4934  -0.5274
 8Q7  H18  H  HCH2  0   0.312  -3.6413   0.5988  -2.7856
 8Q7  H19  H  HCH2  0   0.299  -2.1963  -0.3838  -2.8147
 8Q7  C27  C  C     0   0.575   4.4229  -0.2048   0.7835
 8Q7  O25  O  O2    0  -0.469  -5.3136  -3.7137   1.2412

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8Q7  N9   C8   aromatic  1.306  0.020  1.306
 8Q7  N9   N5   aromatic  1.346  0.020  1.346
 8Q7  C8   N7   aromatic  1.356  0.020  1.356
 8Q7  O17  C6   double    1.206  0.020  1.206
 8Q7  N5   C6   single    1.392  0.020  1.392
 8Q7  N5   C4   aromatic  1.364  0.020  1.364
 8Q7  C6   N1   single    1.375  0.020  1.375
 8Q7  N7   C4   aromatic  1.310  0.020  1.310
 8Q7  C4   C3   aromatic  1.418  0.020  1.418
 8Q7  N1   C18  single    1.465  0.020  1.465
 8Q7  N1   C2   single    1.372  0.020  1.372
 8Q7  C24  C23  aromatic  1.388  0.020  1.388
 8Q7  C24  C19  aromatic  1.389  0.020  1.389
 8Q7  C18  C19  single    1.505  0.020  1.505
 8Q7  C3   C2   aromatic  1.373  0.020  1.373
 8Q7  C3   C12  aromatic  1.428  0.020  1.428
 8Q7  C23  C22  aromatic  1.394  0.020  1.394
 8Q7  C19  C20  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8Q7  C2   S10  aromatic  1.719  0.020  1.719
 8Q7  C26  O25  single    1.414  0.020  1.414
 8Q7  C12  C16  single    1.496  0.020  1.496
 8Q7  C12  C11  aromatic  1.355  0.020  1.355
 8Q7  C22  O25  single    1.345  0.020  1.345
 8Q7  C22  C21  aromatic  1.396  0.020  1.396
 8Q7  C20  C21  aromatic  1.382  0.020  1.382
 8Q7  C16  C15  single    1.524  0.020  1.524
 8Q7  S10  C11  aromatic  1.734  0.020  1.734
 8Q7  C11  C13  single    1.499  0.020  1.499
 8Q7  C15  N14  single    1.455  0.020  1.455
 8Q7  C13  N14  single    1.449  0.020  1.449
 8Q7  N14  C27  single    1.351  0.020  1.351
 8Q7  C27  O29  double    1.220  0.020  1.220
 8Q7  C27  C28  single    1.503  0.020  1.503
 8Q7  F32  C30  single    1.344  0.020  1.344
 8Q7  C28  C30  single    1.471  0.020  1.471
 8Q7  C28  C31  single    1.535  0.020  1.535
 8Q7  C30  F33  single    1.345  0.020  1.345
 8Q7  C30  C31  single    1.467  0.020  1.467
 8Q7  C8   H1   single    0.930  0.020  1.080
 8Q7  C13  H2   single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C13  H3   single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C15  H4   single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C15  H5   single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C20  H6   single    0.930  0.020  1.080
 8Q7  C21  H7   single    0.930  0.020  1.080
 8Q7  C24  H8   single    0.930  0.020  1.080
 8Q7  C26  H9   single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C26  H10  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C26  H11  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C28  H12  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C23  H13  single    0.930  0.020  1.080
 8Q7  C16  H14  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C16  H15  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C31  H16  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C31  H17  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C18  H18  single    0.970  0.020  1.090
 8Q7  C18  H19  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8Q7  C18  N1   C2   119.52  3.000
 8Q7  C2   N1   C6   121.64  3.000
 8Q7  C18  N1   C6   118.83  3.000
 8Q7  N5   C4   N7   109.31  3.000
 8Q7  N7   C4   C3   133.46  3.000
 8Q7  N5   C4   C3   117.23  3.000
 8Q7  O17  C6   N5   122.12  3.000
 8Q7  N5   C6   N1   113.10  3.000
 8Q7  O17  C6   N1   124.78  3.000
 8Q7  H1   C8   N9   121.47  3.000
 8Q7  H1   C8   N7   122.74  3.000
 8Q7  N9   C8   N7   115.78  3.000
 8Q7  H3   C13  H2   107.15  3.000
 8Q7  H3   C13  N14  110.47  3.000
 8Q7  H2   C13  N14  110.19  3.000
 8Q7  H3   C13  C11  110.28  3.000
 8Q7  H2   C13  C11  110.42  3.000
 8Q7  N14  C13  C11  108.35  3.000
 8Q7  H5   C15  H4   107.74  3.000
 8Q7  H5   C15  N14  107.83  3.000
 8Q7  H4   C15  N14  109.60  3.000
 8Q7  H5   C15  C16  109.84  3.000
 8Q7  H4   C15  C16  111.14  3.000
 8Q7  N14  C15  C16  110.59  3.000
 8Q7  H6   C20  C19  119.77  3.000
 8Q7  H6   C20  C21  119.01  3.000
 8Q7  C19  C20  C21  121.22  3.000
 8Q7  H7   C21  C22  119.61  3.000
 8Q7  H7   C21  C20  120.27  3.000
 8Q7  C22  C21  C20  120.11  3.000
 8Q7  O25  C22  C23  124.34  3.000
 8Q7  O25  C22  C21  116.41  3.000
 8Q7  C23  C22  C21  119.25  3.000
 8Q7  H8   C24  C19  120.46  3.000
 8Q7  H8   C24  C23  118.17  3.000
 8Q7  C19  C24  C23  121.38  3.000
 8Q7  H11  C26  H10  108.77  3.000
 8Q7  H11  C26  H9   108.82  3.000
 8Q7  H10  C26  H9   108.74  3.000
 8Q7  H11  C26  O25  111.95  3.000
 8Q7  H10  C26  O25  106.46  3.000
 8Q7  H9   C26  O25  112.01  3.000
 8Q7  H12  C28  C30  115.92  3.000
 8Q7  H12  C28  C31  115.28  3.000
 8Q7  C30  C28  C31   58.37  3.000
 8Q7  H12  C28  C27  114.08  3.000
 8Q7  C31  C28  C27  122.38  3.000
 8Q7  C30  C28  C27  119.74  3.000
 8Q7  H13  C23  C24  118.74  3.000
 8Q7  H13  C23  C22  121.46  3.000
 8Q7  C24  C23  C22  119.80  3.000
 8Q7  C2   C3   C12  112.94  3.000
 8Q7  C12  C3   C4   131.09  3.000
 8Q7  C2   C3   C4   115.97  3.000
 8Q7  C16  C12  C11  121.58  3.000
 8Q7  C11  C12  C3   111.48  3.000
 8Q7  C16  C12  C3   126.93  3.000
 8Q7  C18  C19  C24  121.41  3.000
 8Q7  C18  C19  C20  120.35  3.000
 8Q7  C24  C19  C20  118.23  3.000
 8Q7  S10  C11  C12  112.94  3.000
 8Q7  S10  C11  C13  121.91  3.000
 8Q7  C12  C11  C13  125.14  3.000
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 8Q7  S10  C2   N1   123.86  3.000
 8Q7  C3   C2   N1   124.34  3.000
 8Q7  H15  C16  H14  106.64  3.000
 8Q7  H15  C16  C12  110.35  3.000
 8Q7  H14  C16  C12  110.49  3.000
 8Q7  H15  C16  C15  110.54  3.000
 8Q7  H14  C16  C15  109.77  3.000
 8Q7  C12  C16  C15  109.02  3.000
 8Q7  H17  C31  H16  115.14  3.000
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 8Q7  O29  C27  C28  120.18  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
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_chem_comp_chir.atom_id_1
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loop_
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_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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