# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Sun Jun 14 19:57:07 2020
#   Inital geometry file: a 156 line input string
#   Ligand name: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[(3~{S})-3-azanyl-3-(4-prop-2-ynoxyphenyl)propanoyl]sulfamate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](CC(=O)N[S](=O)(=O)OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)n2cnc3c(N)ncnc23)c4ccc(OCC#C)cc4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8Q2  8Q2  '[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[(3~{S})-3-azanyl-3-(4-prop-2-ynoxyphenyl)propanoyl]sulfamate'  ligand  63  38  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8Q2
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8Q2  C1   C  CR56  0   0.486  -2.8561   2.3298   0.7330
 8Q2  C2   C  CR56  0   0.002  -1.5843   2.6736   1.1631
 8Q2  C3   C  CR6   0   0.458  -1.2967   4.0490   1.2304
 8Q2  C4   C  CR15  0   0.114  -1.6512   0.5649   1.1974
 8Q2  N1   N  N     0  -0.474  -2.2641   4.9090   0.8939
 8Q2  N2   N  N     0  -0.460  -3.8309   3.1749   0.3987
 8Q2  C5   C  CSP1  0  -0.516   9.4321   3.8638  -1.0185
 8Q2  C6   C  CSP   0   0.281   8.4200   3.2357  -1.1660
 8Q2  C7   C  CH2   0  -0.341   7.1975   2.4752  -1.3806
 8Q2  C8   C  CR6   0   0.370   5.4283   1.5709  -0.0868
 8Q2  C9   C  CR16  0  -0.327   4.8681   1.3773   1.1769
 8Q2  C10  C  CR16  0  -0.287   3.6765   0.6906   1.3054
 8Q2  C11  C  CR16  0  -0.359   4.7762   1.0676  -1.2060
 8Q2  C12  C  CR16  0  -0.315   3.5769   0.3779  -1.0526
 8Q2  C13  C  CR6   0   0.131   3.0081   0.1750   0.1946
 8Q2  C14  C  CH1   0  -0.174   1.7219  -0.6046   0.3881
 8Q2  N3   N  NH2   0  -0.782   0.7838  -0.5924  -0.7165
 8Q2  C15  C  CH2   0  -0.571   2.0517  -2.0654   0.7317
 8Q2  C16  C  C     0   0.596   0.7768  -2.8183   1.0075
 8Q2  O2   O  O     0  -0.430   0.0788  -2.6294   1.9757
 8Q2  N4   N  NC1   0  -0.822   0.4353  -3.7365   0.0355
 8Q2  S1   S  S     0   1.620  -0.9751  -4.6185   0.0365
 8Q2  O3   O  OS    0  -0.633  -0.9910  -5.2839  -1.2421
 8Q2  O4   O  OS    0  -0.612  -1.1175  -5.3578   1.2592
 8Q2  O5   O  OC2   0  -0.569  -2.1082  -3.5172   0.1081
 8Q2  C18  C  CH1   0   0.007  -3.5092  -1.8054  -0.7656
 8Q2  O6   O  O2    0  -0.490  -3.6399  -1.2236   0.5268
 8Q2  C19  C  CH1   0  -0.039  -3.6423  -0.6466  -1.7556
 8Q2  O7   O  OH1   0  -0.654  -4.1962  -1.0996  -2.9562
 8Q2  C20  C  CH1   0  -0.049  -4.5391   0.3235  -0.9793
 8Q2  O8   O  OH1   0  -0.663  -5.8740  -0.0987  -1.0019
 8Q2  C21  C  CH1   0   0.179  -4.0315   0.1132   0.4441
 8Q2  N5   N  NR5   0  -0.550  -2.8787   0.9634   0.7404
 8Q2  N6   N  N     0  -0.451  -0.8478   1.5562   1.4504
 8Q2  C22  C  CR16  0   0.039  -3.4468   4.4344   0.5104
 8Q2  N7   N  NH2   0  -0.816  -0.1062   4.5138   1.6113
 8Q2  H1   H  HCR5  0   0.293  -1.4024  -0.4742   1.3348
 8Q2  H2   H  H     0   0.282  10.3291   4.4221  -0.8761
 8Q2  H3   H  HCH2  0   0.269   6.5338   3.0336  -2.0504
 8Q2  H4   H  HCH2  0   0.269   7.4383   1.5272  -1.8749
 8Q2  H6   H  HCR6  0   0.251   3.2555   0.5535   2.2951
 8Q2  H7   H  HCR6  0   0.284   5.1710   1.1989  -2.2041
 8Q2  H8   H  HCR6  0   0.241   3.0907   0.0052  -1.9457
 8Q2  H9   H  HCH1  0   0.275   1.2040  -0.1682   1.2461
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 8Q2  H13  H  HCH2  0   0.277   2.6213  -2.5197  -0.0823
 8Q2  H14  H  HCH2  0   0.300   2.6757  -2.1055   1.6255
 8Q2  H15  H  HNC1  0   0.454   1.0187  -3.8447  -0.7854
 8Q2  H18  H  HCH1  0   0.266  -4.3227  -2.5240  -0.9151
 8Q2  H19  H  HCH1  0   0.249  -2.6624  -0.1773  -1.9179
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 8Q2  H21  H  HCH1  0   0.270  -4.4294   1.3591  -1.3176
 8Q2  H22  H  HOH1  0   0.454  -6.0840  -0.3748  -1.9023
 8Q2  H23  H  HCH1  0   0.293  -4.8044   0.3183   1.1891
 8Q2  H24  H  HCR6  0   0.252  -4.1890   5.1839   0.2572
 8Q2  H25  H  HNH2  0   0.408   0.6303   3.8873   1.8837
 8Q2  H26  H  HNH2  0   0.404   0.0651   5.5032   1.6582
 8Q2  C17  C  CH2   0  -0.224  -2.1817  -2.5028  -0.9171
 8Q2  H5   H  HCR6  0   0.264   5.3701   1.7723   2.0513
 8Q2  O1   O  O2    0  -0.472   6.5930   2.2582  -0.1212
 8Q2  H16  H  HCH2  0   0.277  -1.3425  -1.8096  -0.8035
 8Q2  H17  H  HCH2  0   0.273  -2.1378  -2.9564  -1.9104

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8Q2  O4   S1   deloc     1.436  0.020  1.436
 8Q2  N2   C22  aromatic  1.322  0.020  1.322
 8Q2  N2   C1   aromatic  1.333  0.020  1.333
 8Q2  C22  N1   aromatic  1.331  0.020  1.331
 8Q2  O6   C21  single    1.396  0.020  1.396
 8Q2  O6   C18  single    1.423  0.020  1.423
 8Q2  O8   C20  single    1.400  0.020  1.400
 8Q2  C21  N5   single    1.463  0.020  1.463
 8Q2  C21  C20  single    1.526  0.020  1.526
 8Q2  O2   C16  double    1.208  0.020  1.208
 8Q2  O5   S1   single    1.582  0.020  1.582
 8Q2  O5   C17  single    1.444  0.020  1.444
 8Q2  C1   N5   aromatic  1.367  0.020  1.367
 8Q2  C1   C2   aromatic  1.386  0.020  1.386
 8Q2  N1   C3   aromatic  1.337  0.020  1.337
 8Q2  S1   O3   deloc     1.441  0.020  1.441
 8Q2  S1   N4   single    1.663  0.020  1.663
 8Q2  N5   C4   aromatic  1.369  0.020  1.369
 8Q2  C18  C17  single    1.507  0.020  1.507
 8Q2  C18  C19  single    1.530  0.020  1.530
 8Q2  C20  C19  single    1.532  0.020  1.532
 8Q2  C16  N4   single    1.380  0.020  1.380
 8Q2  C16  C15  single    1.506  0.020  1.506
 8Q2  C2   C3   aromatic  1.407  0.020  1.407
 8Q2  C2   N6   aromatic  1.369  0.020  1.369
 8Q2  C3   N7   single    1.334  0.020  1.334
 8Q2  C4   N6   aromatic  1.301  0.020  1.301
 8Q2  C19  O7   single    1.398  0.020  1.398
 8Q2  C15  C14  single    1.536  0.020  1.536
 8Q2  C14  C13  single    1.516  0.020  1.516
 8Q2  C14  N3   single    1.449  0.020  1.449
 8Q2  C13  C10  aromatic  1.395  0.020  1.395
 8Q2  C13  C12  aromatic  1.386  0.020  1.386
 8Q2  C10  C9   aromatic  1.381  0.020  1.381
 8Q2  C12  C11  aromatic  1.392  0.020  1.392
 8Q2  C9   C8   aromatic  1.396  0.020  1.396
 8Q2  C11  C8   aromatic  1.390  0.020  1.390
 8Q2  C8   O1   single    1.353  0.020  1.353
 8Q2  O1   C7   single    1.414  0.020  1.414
 8Q2  C7   C6   single    1.456  0.020  1.456
 8Q2  C6   C5   triple    1.200  0.020  1.200
 8Q2  C4   H1   single    0.929  0.020  1.085
 8Q2  C5   H2   single    0.913  0.020  1.066
 8Q2  C7   H3   single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  C7   H4   single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  C9   H5   single    0.929  0.020  1.085
 8Q2  C10  H6   single    0.929  0.020  1.085
 8Q2  C11  H7   single    0.929  0.020  1.085
 8Q2  C12  H8   single    0.929  0.020  1.085
 8Q2  C14  H9   single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  N3   H10  single    0.868  0.020  1.013
 8Q2  N3   H11  single    0.868  0.020  1.013
 8Q2  C15  H13  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  C15  H14  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  N4   H15  single    0.868  0.020  1.013
 8Q2  C17  H16  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  C17  H17  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  C18  H18  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  C19  H19  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  O7   H20  single    0.832  0.020  0.971
 8Q2  C20  H21  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  O8   H22  single    0.832  0.020  0.971
 8Q2  C21  H23  single    0.939  0.020  1.096
 8Q2  C22  H24  single    0.929  0.020  1.085
 8Q2  N7   H25  single    0.868  0.020  1.013
 8Q2  N7   H26  single    0.868  0.020  1.013

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8Q2  N5   C1   N2   128.56  3.000
 8Q2  N5   C1   C2   105.16  3.000
 8Q2  N2   C1   C2   126.28  3.000
 8Q2  N6   C2   C3   132.69  3.000
 8Q2  N6   C2   C1   110.88  3.000
 8Q2  C3   C2   C1   116.42  3.000
 8Q2  N7   C3   N1   119.57  3.000
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 8Q2  N1   C3   C2   117.95  3.000
 8Q2  H1   C4   N6   124.58  3.000
 8Q2  H1   C4   N5   122.04  3.000
 8Q2  N6   C4   N5   113.38  3.000
 8Q2  C22  N1   C3   119.08  3.000
 8Q2  C22  N2   C1   111.75  3.000
 8Q2  H2   C5   C6   180.00  3.000
 8Q2  C7   C6   C5   180.00  3.000
 8Q2  H4   C7   H3   107.34  3.000
 8Q2  H4   C7   O1   111.29  3.000
 8Q2  H3   C7   O1   111.33  3.000
 8Q2  H4   C7   C6   109.50  3.000
 8Q2  H3   C7   C6   109.42  3.000
 8Q2  O1   C7   C6   107.94  3.000
 8Q2  C11  C8   C9   119.37  3.000
 8Q2  C11  C8   O1   124.58  3.000
 8Q2  C9   C8   O1   116.05  3.000
 8Q2  H5   C9   C10  120.41  3.000
 8Q2  H5   C9   C8   119.63  3.000
 8Q2  C10  C9   C8   119.96  3.000
 8Q2  H6   C10  C13  119.60  3.000
 8Q2  H6   C10  C9   118.87  3.000
 8Q2  C13  C10  C9   121.53  3.000
 8Q2  H7   C11  C12  118.45  3.000
 8Q2  H7   C11  C8   121.87  3.000
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 8Q2  H8   C12  C13  120.50  3.000
 8Q2  H8   C12  C11  117.81  3.000
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 8Q2  C14  C13  C12  122.57  3.000
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 8Q2  H9   C14  N3   106.75  3.000
 8Q2  C15  C14  N3   108.51  3.000
 8Q2  H9   C14  C13  107.27  3.000
 8Q2  N3   C14  C13  116.58  3.000
 8Q2  C15  C14  C13  109.59  3.000
 8Q2  H11  N3   H10  106.92  3.000
 8Q2  H11  N3   C14  111.70  3.000
 8Q2  H10  N3   C14  110.40  3.000
 8Q2  H14  C15  H13  107.27  3.000
 8Q2  H14  C15  C16  108.41  3.000
 8Q2  H13  C15  C16  111.71  3.000
 8Q2  H14  C15  C14  109.94  3.000
 8Q2  H13  C15  C14  109.91  3.000
 8Q2  C16  C15  C14  109.55  3.000
 8Q2  N4   C16  O2   121.69  3.000
 8Q2  N4   C16  C15  114.40  3.000
 8Q2  O2   C16  C15  123.88  3.000
 8Q2  H15  N4   S1   115.61  3.000
 8Q2  H15  N4   C16  119.96  3.000
 8Q2  S1   N4   C16  124.21  3.000
 8Q2  O5   S1   O4   104.41  3.000
 8Q2  O5   S1   O3   110.71  3.000
 8Q2  O4   S1   O3   121.10  3.000
 8Q2  O3   S1   N4   104.69  3.000
 8Q2  O5   S1   N4   103.78  3.000
 8Q2  O4   S1   N4   110.95  3.000
 8Q2  C17  O5   S1   119.56  3.000
 8Q2  H18  C18  C19  110.11  3.000
 8Q2  H18  C18  O6   108.89  3.000
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 8Q2  C19  C18  C17  111.23  3.000
 8Q2  O6   C18  C17  111.18  3.000
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 8Q2  H19  C19  C20  109.05  3.000
 8Q2  H19  C19  O7   111.41  3.000
 8Q2  C20  C19  O7   114.11  3.000
 8Q2  H19  C19  C18  109.97  3.000
 8Q2  O7   C19  C18  110.17  3.000
 8Q2  C20  C19  C18  101.69  3.000
 8Q2  H20  O7   C19  108.89  3.000
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 8Q2  H21  C20  O8   112.06  3.000
 8Q2  C21  C20  O8   106.90  3.000
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 8Q2  C21  C20  C19  101.00  3.000
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 8Q2  H23  C21  N5   108.07  3.000
 8Q2  H23  C21  C20  112.01  3.000
 8Q2  N5   C21  C20  111.78  3.000
 8Q2  H23  C21  O6   109.75  3.000
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 8Q2  N5   C21  O6   108.88  3.000
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 8Q2  C4   N5   C1   106.15  3.000
 8Q2  C21  N5   C1   126.37  3.000
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 8Q2  H24  C22  N1   115.40  3.000
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 8Q2  H25  N7   C3   120.97  3.000
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 8Q2  H16  C17  C18  111.83  3.000
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 8Q2  H16  C17  O5   109.40  3.000
 8Q2  C18  C17  O5   107.37  3.000
 8Q2  C8   O1   C7   117.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 8Q2  CONST_02  N6   C4   N5   C1      0.00   0.0  0
 8Q2  CONST_03  N1   C3   C2   C1      0.00   0.0  0
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 8Q2  CONST_05  C22  N2   C1   C2      0.00   0.0  0
 8Q2  CONST_06  C4   N5   C1   C2      0.00   0.0  0
 8Q2  CONST_07  C22  N1   C3   C2      0.00   0.0  0
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 8Q2  Var_01    C9   C8   O1   C7    179.87  30.0  2
 8Q2  Var_02    C18  C17  O5   S1    167.48  30.0  3
 8Q2  Var_03    H3   C7   O1   C8     59.51  30.0  3
 8Q2  Var_04    O1   C7   C6   C5   -176.72  30.0  1
 8Q2  Var_05    O2   C16  C15  C14   -69.03  30.0  1
 8Q2  Var_06    O4   S1   N4   C16   -55.84  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8Q2  chir_01  C14  C15  C13  N3   negativ
 8Q2  chir_02  C18  O6   C17  C19  positiv
 8Q2  chir_03  C19  O7   C18  C20  positiv
 8Q2  chir_04  C20  O8   C19  C21  positiv
 8Q2  chir_05  C21  O6   N5   C20  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8Q2  plan-1  C8   0.020
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 8Q2  plan-1  C10  0.020
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 8Q2  plan-1  C12  0.020
 8Q2  plan-1  C13  0.020
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 8Q2  plan-2  N2   0.020
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 8Q2  plan-2  N5   0.020
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 8Q2  plan-4  C15  0.020
 8Q2  plan-4  C16  0.020
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