# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 04:28:40 2020
#   Inital geometry file: a 179 line input string
#   Ligand name: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCCCCCC(=O)SCCNC(=O)CCNC(=O)[C@H](O)C(C)(C)CO[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8Q1  8Q1  'S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate'  ligand  80  35  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_8Q1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8Q1  O4   O  O     0  -0.390    3.7667   0.4117   0.8384
 8Q1  C16  C  CH3   0  -0.662   18.0398   1.0504   0.3599
 8Q1  O3   O  O     0  -0.712  -10.5183   1.9171  -2.1367
 8Q1  C15  C  CH2   0  -0.419   16.7223   0.8690   1.1010
 8Q1  C14  C  CH2   0  -0.406   15.5182   0.8527   0.1670
 8Q1  C13  C  CH2   0  -0.411   14.1900   0.6827   0.8937
 8Q1  O2   O  OH1   0  -0.731  -10.7698   3.6323  -0.1589
 8Q1  C12  C  CH2   0  -0.411   12.9916   0.6580  -0.0471
 8Q1  C11  C  CH2   0  -0.412   11.6599   0.4877   0.6733
 8Q1  C10  C  CH2   0  -0.412   10.4677   0.4564  -0.2750
 8Q1  C9   C  CH2   0  -0.414    9.1322   0.2811   0.4371
 8Q1  C8   C  CH2   0  -0.417    7.9504   0.2401  -0.5232
 8Q1  C7   C  CH2   0  -0.418    6.6130   0.0587   0.1832
 8Q1  C6   C  CH2   0  -0.541    5.4602  -0.0107  -0.8134
 8Q1  C1   C  C     0   0.270    4.1138  -0.1710  -0.1566
 8Q1  C29  C  CT    0  -0.161   -8.3315  -0.1317   1.3759
 8Q1  C30  C  CH3   0  -0.672   -7.2422   0.8211   1.8725
 8Q1  C31  C  CH3   0  -0.644   -9.4377  -0.2216   2.4312
 8Q1  C32  C  CH1   0  -0.034   -7.7415  -1.5579   1.1875
 8Q1  C34  C  C     0   0.520   -6.6106  -1.6072   0.1585
 8Q1  C37  C  CH2   0  -0.237   -4.2060  -1.4545  -0.2448
 8Q1  C38  C  CH2   0  -0.629   -2.9372  -1.5270   0.5893
 8Q1  C39  C  C     0   0.568   -1.7014  -1.4721  -0.2838
 8Q1  C42  C  CH2   0  -0.289    0.5868  -2.2998  -0.5624
 8Q1  C43  C  CH2   0  -0.560    1.5251  -1.1984  -0.0750
 8Q1  N36  N  NH1   0  -0.640   -5.3669  -1.4773   0.6234
 8Q1  N41  N  NH1   0  -0.633   -0.6855  -2.2554   0.1157
 8Q1  O27  O  O2    0  -0.589   -9.5697   1.6175   0.2799
 8Q1  O33  O  OH1   0  -0.660   -8.7122  -2.5026   0.8263
 8Q1  O35  O  O     0  -0.498   -6.8702  -1.7723  -1.0286
 8Q1  O40  O  O     0  -0.495   -1.6376  -0.7575  -1.2736
 8Q1  P24  P  P     0   1.452   -9.9042   2.5599  -0.9601
 8Q1  S44  S  S2    0  -0.004    3.0685  -1.3034  -1.0229
 8Q1  O1   O  OH1   0  -0.741   -8.5331   3.2633  -1.3892
 8Q1  H1   H  HCH3  0   0.225   18.8908   1.0502   1.0421
 8Q1  H2   H  HCH3  0   0.215   18.1978   0.2495  -0.3654
 8Q1  H3   H  HCH3  0   0.215   18.0557   1.9951  -0.1873
 8Q1  H4   H  HCH2  0   0.210   16.7472  -0.0630   1.6746
 8Q1  H5   H  HCH2  0   0.210   16.6000   1.6724   1.8338
 8Q1  H6   H  HCH2  0   0.205   15.4988   1.7822  -0.4137
 8Q1  H7   H  HCH2  0   0.205   15.6390   0.0441  -0.5627
 8Q1  H8   H  HCH2  0   0.206   14.2108  -0.2439   1.4786
 8Q1  H9   H  HCH2  0   0.206   14.0657   1.4951   1.6183
 8Q1  H10  H  HOH1  0   0.504  -11.2080   4.2849  -0.7213
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 8Q1  H25  H  HCH2  0   0.243   -8.1007   0.5049  -0.6840
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 8Q1  H29  H  HCH3  0   0.235   -6.4462   0.9649   1.1406
 8Q1  H30  H  HCH3  0   0.236  -10.2832  -0.8191   2.0908
 8Q1  H31  H  HCH3  0   0.231   -9.0541  -0.6765   3.3466
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 8Q1  H33  H  HCH1  0   0.259   -7.3523  -1.8594   2.1666
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 8Q1  H37  H  HCH2  0   0.272   -2.9410  -2.4293   1.2041
 8Q1  H38  H  HCH2  0   0.259    0.4208  -2.2141  -1.6366
 8Q1  H39  H  HCH2  0   0.270    1.0301  -3.2778  -0.3777
 8Q1  H40  H  HCH2  0   0.287    1.0806  -0.2153  -0.2265
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 8Q1  H43  H  HNH1  0   0.408   -0.7897  -2.8043   0.9533
 8Q1  H44  H  HOH1  0   0.447   -8.7733  -2.5160  -0.1371
 8Q1  H45  H  HOH1  0   0.494   -8.0850   3.7648  -0.6950
 8Q1  C28  C  CH2   0  -0.155   -8.8998   0.3695   0.0495

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8Q1  O3   P24  double  1.475  0.020  1.475
 8Q1  O2   P24  single  1.594  0.020  1.594
 8Q1  P24  O27  single  1.593  0.020  1.593
 8Q1  O27  C28  single  1.435  0.020  1.435
 8Q1  C28  C29  single  1.528  0.020  1.528
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 8Q1  C30  C29  single  1.530  0.020  1.530
 8Q1  C29  C32  single  1.555  0.020  1.555
 8Q1  C29  C31  single  1.531  0.020  1.531
 8Q1  C32  C34  single  1.530  0.020  1.530
 8Q1  O35  C34  double  1.226  0.020  1.226
 8Q1  C34  N36  single  1.334  0.020  1.334
 8Q1  N36  C37  single  1.450  0.020  1.450
 8Q1  C16  C15  single  1.523  0.020  1.523
 8Q1  C14  C15  single  1.524  0.020  1.524
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 8Q1  C42  N41  single  1.442  0.020  1.442
 8Q1  C42  C43  single  1.527  0.020  1.527
 8Q1  C37  C38  single  1.520  0.020  1.520
 8Q1  S44  C43  single  1.814  0.020  1.814
 8Q1  S44  C1   single  1.768  0.020  1.768
 8Q1  O40  C39  double  1.222  0.020  1.222
 8Q1  C12  C13  single  1.524  0.020  1.524
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 8Q1  N41  C39  single  1.344  0.020  1.344
 8Q1  C39  C38  single  1.514  0.020  1.514
 8Q1  C10  C11  single  1.524  0.020  1.524
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 8Q1  C8   C7   single  1.523  0.020  1.523
 8Q1  C8   C9   single  1.523  0.020  1.523
 8Q1  C1   C6   single  1.507  0.020  1.507
 8Q1  C1   O4   double  1.204  0.020  1.204
 8Q1  C7   C6   single  1.525  0.020  1.525
 8Q1  P24  O1   single  1.600  0.020  1.600
 8Q1  C16  H1   single  0.970  0.020  1.090
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 8Q1  O33  H44  single  0.850  0.020  0.980
 8Q1  O1   H45  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8Q1  H3   C16  H2   107.43  3.000
 8Q1  H3   C16  H1   107.59  3.000
 8Q1  H2   C16  H1   107.61  3.000
 8Q1  H3   C16  C15  111.08  3.000
 8Q1  H2   C16  C15  111.17  3.000
 8Q1  H1   C16  C15  111.76  3.000
 8Q1  H5   C15  H4   106.07  3.000
 8Q1  H5   C15  C14  109.26  3.000
 8Q1  H4   C15  C14  109.27  3.000
 8Q1  H5   C15  C16  109.58  3.000
 8Q1  H4   C15  C16  109.69  3.000
 8Q1  C14  C15  C16  112.75  3.000
 8Q1  H7   C14  H6   105.96  3.000
 8Q1  H7   C14  C13  109.35  3.000
 8Q1  H6   C14  C13  109.38  3.000
 8Q1  H7   C14  C15  109.20  3.000
 8Q1  H6   C14  C15  109.24  3.000
 8Q1  C13  C14  C15  113.43  3.000
 8Q1  H9   C13  H8   106.02  3.000
 8Q1  H9   C13  C12  109.33  3.000
 8Q1  H8   C13  C12  109.31  3.000
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 8Q1  H8   C13  C14  109.41  3.000
 8Q1  C12  C13  C14  113.14  3.000
 8Q1  H10  O2   P24  114.08  3.000
 8Q1  H12  C12  H11  105.99  3.000
 8Q1  H12  C12  C11  109.30  3.000
 8Q1  H11  C12  C11  109.36  3.000
 8Q1  H12  C12  C13  109.24  3.000
 8Q1  H11  C12  C13  109.28  3.000
 8Q1  C11  C12  C13  113.41  3.000
 8Q1  H14  C11  H13  106.03  3.000
 8Q1  H14  C11  C10  109.37  3.000
 8Q1  H13  C11  C10  109.32  3.000
 8Q1  H14  C11  C12  109.39  3.000
 8Q1  H13  C11  C12  109.41  3.000
 8Q1  C10  C11  C12  113.07  3.000
 8Q1  H16  C10  H15  106.00  3.000
 8Q1  H16  C10  C9   109.26  3.000
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 8Q1  H16  C10  C11  109.24  3.000
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 8Q1  H17  C9   C10  109.44  3.000
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 8Q1  H19  C8   C9   109.40  3.000
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 8Q1  H22  C7   C6   109.91  3.000
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 8Q1  C6   C7   C8   111.46  3.000
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 8Q1  H23  C6   C1   106.61  3.000
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 8Q1  S44  C1   O4   122.99  3.000
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 8Q1  C31  C29  C30  109.10  3.000
 8Q1  C32  C29  C30  109.90  3.000
 8Q1  C31  C29  C28  110.42  3.000
 8Q1  C32  C29  C28  109.69  3.000
 8Q1  C30  C29  C28  110.02  3.000
 8Q1  H29  C30  H28  107.90  3.000
 8Q1  H29  C30  H27  107.44  3.000
 8Q1  H28  C30  H27  107.01  3.000
 8Q1  H29  C30  C29  112.57  3.000
 8Q1  H28  C30  C29  111.05  3.000
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 8Q1  O33  C32  C29  112.74  3.000
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 8Q1  O35  C34  C32  119.93  3.000
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 8Q1  H35  C37  N36  109.22  3.000
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 8Q1  H37  C38  H36  106.82  3.000
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 8Q1  O40  C39  C38  122.05  3.000
 8Q1  H39  C42  H38  107.43  3.000
 8Q1  H39  C42  N41  107.87  3.000
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 8Q1  H40  C43  C42  110.84  3.000
 8Q1  S44  C43  C42  108.31  3.000
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 8Q1  C42  N41  C39  123.03  3.000
 8Q1  P24  O27  C28  119.18  3.000
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 8Q1  O1   P24  O27  106.79  3.000
 8Q1  O1   P24  O2   107.73  3.000
 8Q1  O27  P24  O2    96.94  3.000
 8Q1  O1   P24  O3   109.54  3.000
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 8Q1  O2   P24  O3   117.91  3.000
 8Q1  C43  S44  C1   102.11  3.000
 8Q1  H45  O1   P24  115.64  3.000
 8Q1  H26  C28  H25  108.12  3.000
 8Q1  H26  C28  O27  108.42  3.000
 8Q1  H25  C28  O27  109.95  3.000
 8Q1  H26  C28  C29  111.12  3.000
 8Q1  H25  C28  C29  110.57  3.000
 8Q1  O27  C28  C29  108.64  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8Q1  CONST_01  C37  N36  C34  C32   180.00   0.0  0
 8Q1  CONST_02  O35  C34  N36  C37     0.00   0.0  0
 8Q1  CONST_03  C42  N41  C39  C38   180.00   0.0  0
 8Q1  CONST_04  O40  C39  N41  C42     0.00   0.0  0
 8Q1  CONST_05  H42  N36  C34  C32     0.00   0.0  0
 8Q1  CONST_06  H43  N41  C39  C38     0.00   0.0  0
 8Q1  Var_01    C7   C6   C1   O4     41.39  30.0  3
 8Q1  Var_02    C13  C14  C15  C16  -179.55  30.0  1
 8Q1  Var_03    C12  C13  C14  C15  -179.62  30.0  3
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 8Q1  Var_05    C10  C11  C12  C13  -179.69  30.0  3
 8Q1  Var_06    C9   C10  C11  C12   179.78  30.0  1
 8Q1  Var_07    C8   C9   C10  C11  -179.53  30.0  3
 8Q1  Var_08    C7   C8   C9   C10   179.74  30.0  1
 8Q1  Var_09    C6   C7   C8   C9   -178.64  30.0  3
 8Q1  Var_10    C1   C6   C7   C8   -179.20  30.0  3
 8Q1  Var_11    C42  C43  S44  C1   -170.67  30.0  3
 8Q1  Var_12    O1   P24  O27  C28   -76.04  30.0  1
 8Q1  Var_13    O27  C28  C29  C30   -65.39  30.0  1
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 8Q1  Var_15    O40  C39  C38  C37    38.12  30.0  1
 8Q1  Var_16    C43  C42  N41  C39    85.39  30.0  1
 8Q1  Var_17    N36  C37  C38  C39  -178.64  30.0  1
 8Q1  Var_18    S44  C43  C42  N41  -178.11  30.0  3
 8Q1  Var_19    H1   C16  C15  C14  -179.46  30.0  3
 8Q1  Var_20    H27  C30  C29  C28    64.27  30.0  3
 8Q1  Var_21    H30  C31  C29  C28    53.88  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 8Q1  chir_01  C32  O33  C29  C34  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8Q1  plan-1  C32  0.020
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 8Q1  plan-3  S44  0.020

