# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 03:39:26 2020
#   Inital geometry file: a 112 line input string
#   Ligand name: 4-methyl-7-(2-{3-[(methylamino)methyl]phenyl}ethyl)quinolin-2-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNCc1cccc(CCc2ccc3c(C)cc(N)nc3c2)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8J7  8J7  4-methyl-7-(2-{3-[(methylamino)methyl]phenyl}ethyl)quinolin-2-amine  ligand  46  23  .  2021-08-06  2021-08-06  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8J7
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8J7  C10  C  CR66  0   0.229  -3.2452   0.3825   0.3338
 8J7  C11  C  CH3   0  -0.749  -5.2364  -2.7762  -0.4684
 8J7  C12  C  CH2   0  -0.508   0.5593   0.3398   0.6182
 8J7  C13  C  CH2   0  -0.508   1.2295   0.6090  -0.7384
 8J7  C21  C  CR6   0   0.153   2.6618   1.0346  -0.5755
 8J7  C22  C  CR16  0  -0.327   2.9886   2.3806  -0.4162
 8J7  C23  C  CR16  0  -0.226   4.3060   2.7649  -0.2184
 8J7  C24  C  CR16  0  -0.334   5.3132   1.8087  -0.1740
 8J7  C25  C  CR6   0   0.105   5.0112   0.4606  -0.3358
 8J7  C26  C  CR16  0  -0.353   3.6821   0.0904  -0.5311
 8J7  C27  C  CH2   0  -0.318   6.1001  -0.5800  -0.3204
 8J7  C29  C  CH3   0  -0.518   6.7632  -2.7500   0.4908
 8J7  N02  N  NH2   0  -0.838  -6.4375   1.8863   0.3775
 8J7  C02  C  CR6   0   0.444  -5.4606   0.9519   0.2419
 8J7  N01  N  N     0  -0.515  -4.2164   1.3230   0.4245
 8J7  C03  C  CR16  0  -0.452  -5.8311  -0.3954  -0.0529
 8J7  C04  C  CR6   0   0.211  -4.8753  -1.3587  -0.1546
 8J7  C05  C  CR66  0   0.005  -3.5124  -0.9778   0.0468
 8J7  C06  C  CR16  0  -0.323  -2.4356  -1.8828  -0.0281
 8J7  C07  C  CR16  0  -0.304  -1.1457  -1.4616   0.1693
 8J7  C08  C  CR6   0   0.128  -0.8645  -0.1092   0.4547
 8J7  C09  C  CR16  0  -0.379  -1.9065   0.7844   0.5325
 8J7  N28  N  NH1   0  -0.586   5.7412  -1.7238   0.4935
 8J7  H1   H  HCH3  0   0.254  -4.7311  -3.1210  -1.3717
 8J7  H2   H  HCH3  0   0.255  -4.9395  -3.4469   0.3398
 8J7  H3   H  HCH3  0   0.259  -6.3088  -2.8850  -0.6186
 8J7  H4   H  HCH2  0   0.250   1.1319  -0.4238   1.1517
 8J7  H5   H  HCH2  0   0.251   0.6018   1.2469   1.2253
 8J7  H6   H  HCH2  0   0.249   1.1739  -0.2930  -1.3529
 8J7  H7   H  HCH2  0   0.249   0.6656   1.3826  -1.2654
 8J7  H8   H  HCR6  0   0.244   2.2058   3.1296  -0.4464
 8J7  H9   H  HCR6  0   0.250   4.5505   3.8122  -0.0939
 8J7  H10  H  HCR6  0   0.246   6.3400   2.1142  -0.0102
 8J7  H11  H  HCR6  0   0.235   3.4422  -0.9601  -0.6526
 8J7  H12  H  HCH2  0   0.236   6.2683  -0.9386  -1.3422
 8J7  H13  H  HCH2  0   0.210   7.0466  -0.1099  -0.0095
 8J7  H14  H  HCH3  0   0.223   6.8670  -3.1668  -0.5130
 8J7  H15  H  HCH3  0   0.194   7.7562  -2.3997   0.8049
 8J7  H16  H  HCH3  0   0.233   6.4702  -3.5632   1.1547
 8J7  H17  H  HNH2  0   0.384  -6.1537   2.8519   0.3568
 8J7  H18  H  HNH2  0   0.394  -7.3401   1.7000  -0.0254
 8J7  H19  H  HCR6  0   0.263  -6.8769  -0.6395  -0.1964
 8J7  H20  H  HCR6  0   0.254  -2.6245  -2.9277  -0.2405
 8J7  H21  H  HCR6  0   0.245  -0.3317  -2.1744   0.1128
 8J7  H22  H  HCR6  0   0.240  -1.7174   1.8294   0.7519
 8J7  H23  H  HNH1  0   0.344   5.5851  -1.4120   1.4439

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8J7  C11  C04  single    1.496  0.020  1.496
 8J7  C04  C03  aromatic  1.361  0.020  1.361
 8J7  C04  C05  aromatic  1.429  0.020  1.429
 8J7  C03  C02  aromatic  1.428  0.020  1.428
 8J7  C06  C05  aromatic  1.409  0.020  1.409
 8J7  C06  C07  aromatic  1.371  0.020  1.371
 8J7  C05  C10  aromatic  1.416  0.020  1.416
 8J7  C02  N02  single    1.359  0.020  1.359
 8J7  C02  N01  aromatic  1.311  0.020  1.311
 8J7  C07  C08  aromatic  1.410  0.020  1.410
 8J7  C10  N01  aromatic  1.355  0.020  1.355
 8J7  C10  C09  aromatic  1.412  0.020  1.412
 8J7  C08  C09  aromatic  1.375  0.020  1.375
 8J7  C08  C12  single    1.502  0.020  1.502
 8J7  C13  C12  single    1.537  0.020  1.537
 8J7  C13  C21  single    1.503  0.020  1.503
 8J7  C22  C21  aromatic  1.394  0.020  1.394
 8J7  C22  C23  aromatic  1.386  0.020  1.386
 8J7  C21  C26  aromatic  1.391  0.020  1.391
 8J7  C23  C24  aromatic  1.389  0.020  1.389
 8J7  C26  C25  aromatic  1.394  0.020  1.394
 8J7  C24  C25  aromatic  1.391  0.020  1.391
 8J7  C25  C27  single    1.506  0.020  1.506
 8J7  N28  C27  single    1.449  0.020  1.449
 8J7  N28  C29  single    1.448  0.020  1.448
 8J7  C11  H1   single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C11  H2   single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C11  H3   single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C12  H4   single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C12  H5   single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C13  H6   single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C13  H7   single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C22  H8   single    0.930  0.020  1.080
 8J7  C23  H9   single    0.930  0.020  1.080
 8J7  C24  H10  single    0.930  0.020  1.080
 8J7  C26  H11  single    0.930  0.020  1.080
 8J7  C27  H12  single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C27  H13  single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C29  H14  single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C29  H15  single    0.970  0.020  1.090
 8J7  C29  H16  single    0.970  0.020  1.090
 8J7  N02  H17  single    0.890  0.020  1.040
 8J7  N02  H18  single    0.890  0.020  1.040
 8J7  C03  H19  single    0.930  0.020  1.080
 8J7  C06  H20  single    0.930  0.020  1.080
 8J7  C07  H21  single    0.930  0.020  1.080
 8J7  C09  H22  single    0.930  0.020  1.080
 8J7  N28  H23  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8J7  C09  C10  C05  118.76  3.000
 8J7  C09  C10  N01  118.20  3.000
 8J7  C05  C10  N01  123.04  3.000
 8J7  H3   C11  H2   107.99  3.000
 8J7  H3   C11  H1   108.09  3.000
 8J7  H2   C11  H1   107.03  3.000
 8J7  H3   C11  C04  111.19  3.000
 8J7  H2   C11  C04  111.18  3.000
 8J7  H1   C11  C04  111.18  3.000
 8J7  H5   C12  H4   106.76  3.000
 8J7  H5   C12  C08  110.22  3.000
 8J7  H4   C12  C08  109.92  3.000
 8J7  H5   C12  C13  109.16  3.000
 8J7  H4   C12  C13  108.94  3.000
 8J7  C08  C12  C13  111.70  3.000
 8J7  H7   C13  H6   106.67  3.000
 8J7  H7   C13  C21  110.09  3.000
 8J7  H6   C13  C21  110.08  3.000
 8J7  H7   C13  C12  108.94  3.000
 8J7  H6   C13  C12  109.24  3.000
 8J7  C21  C13  C12  111.68  3.000
 8J7  C26  C21  C22  118.67  3.000
 8J7  C26  C21  C13  120.68  3.000
 8J7  C22  C21  C13  120.61  3.000
 8J7  H8   C22  C23  119.91  3.000
 8J7  H8   C22  C21  119.65  3.000
 8J7  C23  C22  C21  120.44  3.000
 8J7  H9   C23  C24  119.89  3.000
 8J7  H9   C23  C22  119.94  3.000
 8J7  C24  C23  C22  120.17  3.000
 8J7  H10  C24  C25  119.77  3.000
 8J7  H10  C24  C23  119.84  3.000
 8J7  C25  C24  C23  120.39  3.000
 8J7  C27  C25  C26  120.49  3.000
 8J7  C27  C25  C24  120.76  3.000
 8J7  C26  C25  C24  118.74  3.000
 8J7  H11  C26  C25  118.95  3.000
 8J7  H11  C26  C21  119.46  3.000
 8J7  C25  C26  C21  121.59  3.000
 8J7  H13  C27  H12  105.72  3.000
 8J7  H13  C27  N28  113.02  3.000
 8J7  H12  C27  N28  107.66  3.000
 8J7  H13  C27  C25  109.22  3.000
 8J7  H12  C27  C25  109.12  3.000
 8J7  N28  C27  C25  111.85  3.000
 8J7  H16  C29  H15  107.86  3.000
 8J7  H16  C29  H14  107.50  3.000
 8J7  H15  C29  H14  107.37  3.000
 8J7  H16  C29  N28  109.75  3.000
 8J7  H15  C29  N28  114.28  3.000
 8J7  H14  C29  N28  109.83  3.000
 8J7  H18  N02  H17  114.99  3.000
 8J7  H18  N02  C02  118.55  3.000
 8J7  H17  N02  C02  117.06  3.000
 8J7  C03  C02  N01  122.82  3.000
 8J7  N01  C02  N02  118.28  3.000
 8J7  C03  C02  N02  118.88  3.000
 8J7  C02  N01  C10  118.32  3.000
 8J7  H19  C03  C04  120.56  3.000
 8J7  H19  C03  C02  119.36  3.000
 8J7  C04  C03  C02  120.07  3.000
 8J7  C05  C04  C03  118.07  3.000
 8J7  C05  C04  C11  120.81  3.000
 8J7  C03  C04  C11  121.13  3.000
 8J7  C06  C05  C04  123.38  3.000
 8J7  C06  C05  C10  118.94  3.000
 8J7  C04  C05  C10  117.68  3.000
 8J7  H20  C06  C07  119.26  3.000
 8J7  H20  C06  C05  119.81  3.000
 8J7  C07  C06  C05  120.93  3.000
 8J7  H21  C07  C08  119.45  3.000
 8J7  H21  C07  C06  119.81  3.000
 8J7  C08  C07  C06  120.74  3.000
 8J7  C09  C08  C07  118.92  3.000
 8J7  C09  C08  C12  121.20  3.000
 8J7  C07  C08  C12  119.85  3.000
 8J7  H22  C09  C08  120.37  3.000
 8J7  H22  C09  C10  117.92  3.000
 8J7  C08  C09  C10  121.71  3.000
 8J7  H23  N28  C29  109.20  3.000
 8J7  H23  N28  C27  108.81  3.000
 8J7  C29  N28  C27  112.55  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8J7  CONST_01  C03  C04  C05  C10     0.00   0.0  0
 8J7  CONST_02  C07  C06  C05  C10     0.00   0.0  0
 8J7  CONST_03  C03  C02  N01  C10     0.00   0.0  0
 8J7  CONST_04  C07  C08  C09  C10     0.00   0.0  0
 8J7  CONST_05  C24  C23  C22  C21     0.00   0.0  0
 8J7  CONST_06  C24  C25  C26  C21     0.00   0.0  0
 8J7  CONST_07  C25  C26  C21  C22     0.00   0.0  0
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 8J7  CONST_09  C26  C21  C22  C23     0.00   0.0  0
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loop_
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