# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar  8 17:12:46 2022
#   Inital geometry file: a 41 line input string
#   Ligand name: 2-methylpyrimidin-4-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1nccc(N)n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8GF  8GF  2-methylpyrimidin-4-amine  ligand  15  8  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8GF
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8GF  N1   N  N     0  -0.455  -1.2199   1.0482   0.0099
 8GF  C2   C  CR6   0   0.350  -1.1297  -0.2759   0.0196
 8GF  C4   C  CR6   0   0.497   1.1528  -0.3154   0.0056
 8GF  C5   C  CR16  0  -0.407   1.1655   1.0929  -0.0079
 8GF  C6   C  CR16  0  -0.045  -0.0577   1.7093  -0.0052
 8GF  CAC  C  CH3   0  -0.727  -2.4113  -1.0498  -0.0007
 8GF  N3   N  N     0  -0.474  -0.0058  -0.9817   0.0197
 8GF  NAF  N  NH2   0  -0.828   2.2818  -1.0344   0.0020
 8GF  H1   H  HCR6  0   0.273   2.0867   1.6586  -0.0184
 8GF  H2   H  HCR6  0   0.264  -0.1180   2.7925  -0.0128
 8GF  H3   H  HCH3  0   0.256  -2.7228  -1.2280  -1.0325
 8GF  H4   H  HCH3  0   0.245  -2.2941  -2.0197   0.4786
 8GF  H5   H  HCH3  0   0.246  -3.2100  -0.4976   0.4904
 8GF  H6   H  HNH2  0   0.397   2.2406  -2.0379   0.0353
 8GF  H7   H  HNH2  0   0.407   3.1848  -0.5955   0.0214

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8GF  C6   N1   aromatic  1.337  0.020  1.337
 8GF  C6   C5   aromatic  1.370  0.020  1.370
 8GF  N1   C2   aromatic  1.327  0.020  1.327
 8GF  C5   C4   aromatic  1.408  0.020  1.408
 8GF  C2   CAC  single    1.497  0.020  1.497
 8GF  C2   N3   aromatic  1.327  0.020  1.327
 8GF  C4   N3   aromatic  1.337  0.020  1.337
 8GF  C4   NAF  single    1.338  0.020  1.338
 8GF  C5   H1   single    0.930  0.020  1.080
 8GF  C6   H2   single    0.930  0.020  1.080
 8GF  CAC  H3   single    0.970  0.020  1.090
 8GF  CAC  H4   single    0.970  0.020  1.090
 8GF  CAC  H5   single    0.970  0.020  1.090
 8GF  NAF  H6   single    0.860  0.020  1.020
 8GF  NAF  H7   single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8GF  C6   N1   C2   115.74  3.000
 8GF  N3   C2   CAC  116.74  3.000
 8GF  N3   C2   N1   126.02  3.000
 8GF  CAC  C2   N1   117.22  3.000
 8GF  NAF  C4   N3   117.61  3.000
 8GF  NAF  C4   C5   121.97  3.000
 8GF  N3   C4   C5   120.42  3.000
 8GF  H1   C5   C6   121.70  3.000
 8GF  H1   C5   C4   122.07  3.000
 8GF  C6   C5   C4   116.23  3.000
 8GF  H2   C6   C5   119.93  3.000
 8GF  H2   C6   N1   116.45  3.000
 8GF  C5   C6   N1   123.62  3.000
 8GF  H5   CAC  H4   109.43  3.000
 8GF  H5   CAC  H3   107.44  3.000
 8GF  H4   CAC  H3   107.54  3.000
 8GF  H5   CAC  C2   111.09  3.000
 8GF  H4   CAC  C2   111.25  3.000
 8GF  H3   CAC  C2   109.94  3.000
 8GF  C4   N3   C2   117.97  3.000
 8GF  H7   NAF  H6   118.21  3.000
 8GF  H7   NAF  C4   121.58  3.000
 8GF  H6   NAF  C4   120.11  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 8GF  CONST_01  C4   C5   C6  N1    0.00   0.0  0
 8GF  CONST_02  C4   N3   C2  N1    0.00   0.0  0
 8GF  CONST_03  C5   C6   N1  C2    0.00   0.0  0
 8GF  CONST_04  C5   C4   N3  C2    0.00   0.0  0
 8GF  CONST_05  N3   C2   N1  C6    0.00   0.0  0
 8GF  CONST_06  N3   C4   C5  C6    0.00   0.0  0
 8GF  CONST_07  NAF  C4   N3  C2  180.00   0.0  0
 8GF  CONST_08  CAC  C2   N3  C4  180.00   0.0  0
 8GF  CONST_09  CAC  C2   N1  C6  180.00   0.0  0
 8GF  CONST_10  NAF  C4   C5  C6  180.00   0.0  0
 8GF  CONST_11  H1   C5   C6  N1  180.00   0.0  0
 8GF  CONST_12  H2   C6   N1  C2  180.00   0.0  0
 8GF  CONST_13  H6   NAF  C4  C5  180.00   0.0  0
 8GF  CONST_14  H7   NAF  C4  C5    0.00   0.0  0
 8GF  Var_01    H3   CAC  C2  N1   88.65  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 8GF  plan-1  N1   0.020
 8GF  plan-1  C2   0.020
 8GF  plan-1  C4   0.020
 8GF  plan-1  C5   0.020
 8GF  plan-1  C6   0.020
 8GF  plan-1  CAC  0.020
 8GF  plan-1  N3   0.020
 8GF  plan-1  NAF  0.020
 8GF  plan-1  H1   0.020
 8GF  plan-1  H2   0.020
 8GF  plan-2  C4   0.020
 8GF  plan-2  NAF  0.020
 8GF  plan-2  H6   0.020
 8GF  plan-2  H7   0.020

