# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 17 01:03:44 2020
#   Inital geometry file: a 132 line input string
#   Ligand name: 7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-6-methoxy-2-methyl-4-(quinolin-4-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indole
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cc2c([nH]c3nc(C)nc(c4ccnc5ccccc45)c23)cc1c6c(C)onc6C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 8FV  8FV  7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-6-methoxy-2-methyl-4-(quinolin-4-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indole  ligand  54  33  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_8FV
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 8FV  C1   C  CH3   0  -0.754   4.8569   0.4763   2.8071
 8FV  C2   C  CR5   0   0.424   5.1397   0.0474   1.4194
 8FV  C3   C  CR5   0  -0.158   4.3586  -0.0848   0.3165
 8FV  C25  C  CR5   0   0.265   5.2645  -0.5512  -0.6826
 8FV  C26  C  CH3   0  -0.747   4.9793  -0.8432  -2.1110
 8FV  N4   N  N     0  -0.443  -1.7942   3.7236   0.2884
 8FV  C5   C  CR6   0   0.379   2.0082  -0.7884  -0.1394
 8FV  C6   C  CH3   0  -0.443   1.6826  -3.0813  -0.6542
 8FV  C7   C  CR16  0  -0.533   0.6591  -0.5077  -0.2790
 8FV  C8   C  CR56  0   0.029   0.2197   0.8020  -0.0843
 8FV  C11  C  CR56  0   0.025  -1.0655   1.4491  -0.1302
 8FV  C10  C  CR56  0   0.498  -0.8470   2.8069   0.2004
 8FV  C9   C  CR56  0   0.352   1.1397   1.8052   0.2576
 8FV  C12  C  CR6   0   0.166  -2.3863   1.1139  -0.3795
 8FV  C15  C  CR16  0  -0.330  -4.2573  -0.6065   1.1986
 8FV  C16  C  CR16  0  -0.248  -5.1141  -1.4212   1.8870
 8FV  C20  C  CR16  0  -0.069  -2.6797  -2.0681  -2.3519
 8FV  C19  C  CR66  0   0.197  -4.0247  -2.3194  -0.5254
 8FV  C18  C  CR16  0  -0.287  -4.9177  -3.1353   0.2062
 8FV  C17  C  CR16  0  -0.257  -5.4520  -2.6946   1.3851
 8FV  C21  C  CR16  0  -0.394  -2.2776  -0.7801  -1.9472
 8FV  N5   N  N     0  -0.186   6.4638  -0.6771  -0.1967
 8FV  O2   O  O     0  -0.348   6.3905  -0.3083   1.1171
 8FV  C4   C  CR6   0  -0.117   2.9337   0.2326   0.1803
 8FV  C24  C  CR16  0  -0.329   2.4935   1.5310   0.3854
 8FV  N1   N  NR15  0  -0.765   0.4709   3.0035   0.4201
 8FV  C22  C  CR6   0   0.339  -3.0221   3.2799   0.0460
 8FV  C23  C  CH3   0  -0.737  -4.1404   4.2694   0.1126
 8FV  N3   N  N     0  -0.442  -3.3485   2.0258  -0.2783
 8FV  C13  C  CR6   0   0.123  -2.7860  -0.2508  -0.7913
 8FV  N2   N  N     0  -0.428  -3.5144  -2.8115  -1.6799
 8FV  C14  C  CR66  0   0.056  -3.6952  -1.0309  -0.0281
 8FV  H3   H  HCH3  0   0.271   5.2018  -0.2678   3.5258
 8FV  H1   H  HCH3  0   0.271   5.3534   1.4191   3.0411
 8FV  H2   H  HCH3  0   0.262   3.7870   0.6142   2.9453
 8FV  H20  H  HCH3  0   0.255   4.5192   0.0200  -2.5924
 8FV  H19  H  HCH3  0   0.259   5.8927  -1.0913  -2.6481
 8FV  H21  H  HCH3  0   0.262   4.2851  -1.6773  -2.2043
 8FV  H6   H  HCH3  0   0.231   0.9076  -3.2674   0.0941
 8FV  H5   H  HCH3  0   0.226   1.2064  -2.8982  -1.6214
 8FV  H4   H  HCH3  0   0.265   2.3079  -3.9666  -0.7351
 8FV  H7   H  HCR6  0   0.267  -0.0540  -1.2836  -0.5166
 8FV  H9   H  HCR6  0   0.262  -4.0100   0.3680   1.5956
 8FV  H10  H  HCR6  0   0.266  -5.5367  -1.0883   2.8255
 8FV  H13  H  HCR6  0   0.271  -2.2834  -2.4810  -3.2733
 8FV  H12  H  HCR6  0   0.264  -5.1605  -4.1130  -0.1895
 8FV  H11  H  HCR6  0   0.266  -6.1350  -3.3240   1.9397
 8FV  H14  H  HCR6  0   0.282  -1.5847  -0.2201  -2.5614
 8FV  H18  H  HCR6  0   0.270   3.2032   2.3124   0.6248
 8FV  H8   H  HNR5  0   0.417   0.8904   3.8834   0.6752
 8FV  H17  H  HCH3  0   0.261  -4.4138   4.5938  -0.8939
 8FV  H15  H  HCH3  0   0.253  -5.0272   3.8246   0.5605
 8FV  H16  H  HCH3  0   0.250  -3.8518   5.1497   0.6819
 8FV  O1   O  O2    0  -0.469   2.5357  -2.0203  -0.2777

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 8FV  N5   O2   aromatic  1.367  0.020  1.367
 8FV  N5   C25  aromatic  1.300  0.020  1.300
 8FV  O2   C2   aromatic  1.335  0.020  1.335
 8FV  C25  C26  single    1.486  0.020  1.486
 8FV  C25  C3   aromatic  1.427  0.020  1.427
 8FV  C2   C1   single    1.480  0.020  1.480
 8FV  C2   C3   aromatic  1.358  0.020  1.358
 8FV  C3   C4   single    1.466  0.020  1.466
 8FV  C24  C4   aromatic  1.386  0.020  1.386
 8FV  C24  C9   aromatic  1.387  0.020  1.387
 8FV  C4   C5   aromatic  1.415  0.020  1.415
 8FV  N1   C9   aromatic  1.382  0.020  1.382
 8FV  N1   C10  aromatic  1.350  0.020  1.350
 8FV  C9   C8   aromatic  1.404  0.020  1.404
 8FV  C10  N4   aromatic  1.321  0.020  1.321
 8FV  C10  C11  aromatic  1.414  0.020  1.414
 8FV  C5   O1   single    1.347  0.020  1.347
 8FV  C5   C7   aromatic  1.385  0.020  1.385
 8FV  N4   C22  aromatic  1.328  0.020  1.328
 8FV  C8   C7   aromatic  1.395  0.020  1.395
 8FV  C8   C11  aromatic  1.440  0.020  1.440
 8FV  O1   C6   single    1.413  0.020  1.413
 8FV  C11  C12  aromatic  1.385  0.020  1.385
 8FV  C22  C23  single    1.495  0.020  1.495
 8FV  C22  N3   aromatic  1.336  0.020  1.336
 8FV  C12  N3   aromatic  1.330  0.020  1.330
 8FV  C12  C13  single    1.480  0.020  1.480
 8FV  C13  C21  aromatic  1.369  0.020  1.369
 8FV  C13  C14  aromatic  1.420  0.020  1.420
 8FV  C15  C14  aromatic  1.414  0.020  1.414
 8FV  C15  C16  aromatic  1.368  0.020  1.368
 8FV  C21  C20  aromatic  1.409  0.020  1.409
 8FV  C14  C19  aromatic  1.420  0.020  1.420
 8FV  C16  C17  aromatic  1.410  0.020  1.410
 8FV  C20  N2   aromatic  1.304  0.020  1.304
 8FV  C19  N2   aromatic  1.355  0.020  1.355
 8FV  C19  C18  aromatic  1.414  0.020  1.414
 8FV  C17  C18  aromatic  1.367  0.020  1.367
 8FV  C1   H3   single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C1   H1   single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C1   H2   single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C26  H20  single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C26  H19  single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C26  H21  single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C6   H6   single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C6   H5   single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C6   H4   single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C7   H7   single    0.930  0.020  1.080
 8FV  C15  H9   single    0.930  0.020  1.080
 8FV  C16  H10  single    0.930  0.020  1.080
 8FV  C20  H13  single    0.930  0.020  1.080
 8FV  C18  H12  single    0.930  0.020  1.080
 8FV  C17  H11  single    0.930  0.020  1.080
 8FV  C21  H14  single    0.930  0.020  1.080
 8FV  C24  H18  single    0.930  0.020  1.080
 8FV  N1   H8   single    0.860  0.020  1.020
 8FV  C23  H17  single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C23  H15  single    0.970  0.020  1.090
 8FV  C23  H16  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 8FV  H2   C1   H1   108.11  3.000
 8FV  H2   C1   H3   108.29  3.000
 8FV  H1   C1   H3   107.72  3.000
 8FV  H2   C1   C2   110.12  3.000
 8FV  H1   C1   C2   111.39  3.000
 8FV  H3   C1   C2   111.10  3.000
 8FV  O2   C2   C3   109.21  3.000
 8FV  C3   C2   C1   132.84  3.000
 8FV  O2   C2   C1   117.94  3.000
 8FV  C4   C3   C25  128.51  3.000
 8FV  C4   C3   C2   127.83  3.000
 8FV  C25  C3   C2   103.61  3.000
 8FV  N5   C25  C26  121.16  3.000
 8FV  C26  C25  C3   127.99  3.000
 8FV  N5   C25  C3   110.83  3.000
 8FV  H21  C26  H19  108.55  3.000
 8FV  H21  C26  H20  107.43  3.000
 8FV  H19  C26  H20  108.47  3.000
 8FV  H21  C26  C25  110.81  3.000
 8FV  H19  C26  C25  110.99  3.000
 8FV  H20  C26  C25  110.48  3.000
 8FV  C22  N4   C10  114.77  3.000
 8FV  O1   C5   C4   115.27  3.000
 8FV  O1   C5   C7   123.80  3.000
 8FV  C4   C5   C7   120.92  3.000
 8FV  H4   C6   H5   108.73  3.000
 8FV  H4   C6   H6   108.67  3.000
 8FV  H5   C6   H6   108.98  3.000
 8FV  H4   C6   O1   106.51  3.000
 8FV  H5   C6   O1   111.90  3.000
 8FV  H6   C6   O1   111.94  3.000
 8FV  H7   C7   C8   119.81  3.000
 8FV  H7   C7   C5   121.30  3.000
 8FV  C8   C7   C5   118.88  3.000
 8FV  C9   C8   C11  105.76  3.000
 8FV  C11  C8   C7   134.32  3.000
 8FV  C9   C8   C7   119.90  3.000
 8FV  C12  C11  C10  114.94  3.000
 8FV  C12  C11  C8   138.43  3.000
 8FV  C10  C11  C8   106.63  3.000
 8FV  N1   C10  C11  109.18  3.000
 8FV  C11  C10  N4   124.81  3.000
 8FV  N1   C10  N4   126.01  3.000
 8FV  N1   C9   C24  129.27  3.000
 8FV  N1   C9   C8   109.34  3.000
 8FV  C24  C9   C8   121.39  3.000
 8FV  C13  C12  N3   117.26  3.000
 8FV  C13  C12  C11  122.04  3.000
 8FV  N3   C12  C11  120.69  3.000
 8FV  H9   C15  C14  119.88  3.000
 8FV  H9   C15  C16  119.69  3.000
 8FV  C14  C15  C16  120.44  3.000
 8FV  H10  C16  C17  119.56  3.000
 8FV  H10  C16  C15  119.86  3.000
 8FV  C17  C16  C15  120.58  3.000
 8FV  H13  C20  N2   117.04  3.000
 8FV  H13  C20  C21  119.20  3.000
 8FV  N2   C20  C21  123.77  3.000
 8FV  C14  C19  N2   122.73  3.000
 8FV  N2   C19  C18  117.99  3.000
 8FV  C14  C19  C18  119.28  3.000
 8FV  H12  C18  C17  121.25  3.000
 8FV  H12  C18  C19  118.29  3.000
 8FV  C17  C18  C19  120.46  3.000
 8FV  H11  C17  C18  120.08  3.000
 8FV  H11  C17  C16  119.62  3.000
 8FV  C18  C17  C16  120.30  3.000
 8FV  H14  C21  C13  121.12  3.000
 8FV  H14  C21  C20  119.53  3.000
 8FV  C13  C21  C20  119.34  3.000
 8FV  O2   N5   C25  106.48  3.000
 8FV  N5   O2   C2   109.87  3.000
 8FV  C24  C4   C5   120.11  3.000
 8FV  C5   C4   C3   120.04  3.000
 8FV  C24  C4   C3   119.85  3.000
 8FV  H18  C24  C4   120.04  3.000
 8FV  H18  C24  C9   121.17  3.000
 8FV  C4   C24  C9   118.78  3.000
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 8FV  H8   N1   C10  125.07  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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