# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Sep 25 21:03:56 2022
#   Inital geometry file: a 204 line input string
#   Ligand name: (2~{S})-2-[[(2~{R})-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-2-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxypropanoyl]amino]-3-oxidanyl-propanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H](O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[C@H]2O[C@H]([C@H](O)[C@@H]2O)N3C=CC(=O)NC3=O)[C@@H]1NC(C)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 87E  87E  "(2S)-2-[[(2R)-2-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-2-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxypropanoyl]amino]-3-oxidanyl-propanoic acid"  ligand  86  50  .  2022-09-16  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_87E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 87E  N1   N  NR16  0  -0.735  15.5932  11.1014  15.1218
 87E  C2   C  CR6   0   0.733  15.7554   9.8827  15.7263
 87E  O2   O  O     0  -0.468  16.7286   9.6235  16.4006
 87E  N3   N  NH1   0  -0.634   8.5592   6.5381   8.6768
 87E  C4   C  CR16  0  -0.514  13.5200  10.5320  14.1359
 87E  O4   O  OH1   0  -0.651  14.1991   7.9641  18.4056
 87E  C5   C  CH1   0   0.198  14.7844   7.6713  16.1059
 87E  C6   C  CH1   0  -0.035  13.7441   7.4295  17.1973
 87E  P1   P  P     0   1.499  10.1800   6.3742  14.5369
 87E  P2   P  P     0   1.514  10.6749   7.7249  11.9335
 87E  C1   C  CR6   0   0.568  14.5404  11.5341  14.3279
 87E  O1   O  O     0  -0.452  14.5363  12.6584  13.8663
 87E  N2   N  NR6   0  -0.567  14.7210   8.9916  15.5035
 87E  C3   C  CR16  0   0.095  13.6524   9.3320  14.7199
 87E  O3   O  O2    0  -0.492  14.5289   6.7094  15.1219
 87E  N4   N  NH1   0  -0.652   5.9372   5.9073   6.4831
 87E  C7   C  CH1   0  -0.042  13.6494   5.9000  17.1715
 87E  O7   O  O2    0  -0.699  10.1752   7.5870  13.4566
 87E  C8   C  CH1   0  -0.013  13.8401   5.5911  15.6841
 87E  O8   O  O     0  -0.675   9.6912   5.0877  14.0218
 87E  C9   C  CH2   0  -0.196  12.5741   5.3124  14.9140
 87E  O9   O  OH1   0  -0.708   9.4247   7.0594  15.7483
 87E  C10  C  CH1   0   0.266   8.3955   6.5742  11.1253
 87E  O10  O  OH1   0  -0.745  11.4484   6.3465  11.7586
 87E  C11  C  CH1   0  -0.027   6.6978   7.8639  12.1587
 87E  O11  O  O     0  -0.649  11.4129   8.9651  11.6686
 87E  C12  C  CH1   0   0.024   5.7963   7.8040  10.9200
 87E  O12  O  O2    0  -0.597   9.3437   7.6493  11.0641
 87E  C13  C  CH1   0   0.028   6.6592   7.7208   9.6688
 87E  O13  O  O2    0  -0.475   7.5516   6.7232  12.1980
 87E  C14  C  CH1   0  -0.158   7.6495   6.5588   9.7888
 87E  O14  O  O2    0  -0.505   5.8124   7.5174   8.5635
 87E  C15  C  CH2   0  -0.204   5.9338   7.9118  13.4631
 87E  O15  O  OH1   0  -0.663   5.0084   8.9623  10.8285
 87E  C16  C  CH1   0  -0.064   6.1212   8.1753   7.3564
 87E  O16  O  OH1   0  -0.665   5.0597   6.8141  13.5457
 87E  C17  C  C     0   0.530   6.2836   7.1728   6.2196
 87E  O17  O  O     0  -0.490   6.6765   7.5331   5.1191
 87E  C18  C  CH3   0  -0.665   5.0246   9.1750   7.0126
 87E  O18  O  O     0  -0.484   8.4373   4.3192   8.2577
 87E  C20  C  CH3   0  -0.783   9.8075   5.6525   6.8168
 87E  C21  C  CH1   0  -0.184   6.0484   4.8745   5.4875
 87E  C22  C  C     0   0.537   5.2466   5.1929   4.2335
 87E  C23  C  CH2   0  -0.183   5.5600   3.5629   6.1022
 87E  H1   H  HNR6  0   0.424  16.3419  11.7638  15.2859
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 87E  H5   H  HCH1  0   0.274  15.7893   7.5653  16.5204
 87E  H6   H  HCH1  0   0.258  12.7806   7.8602  16.9026
 87E  H7   H  HCR6  0   0.323  12.9044   8.5653  14.5832
 87E  H8   H  HNH1  0   0.412   5.6253   5.6714   7.4127
 87E  H10  H  HCH1  0   0.253  12.6834   5.5390  17.5465
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 87E  H13  H  HCH2  0   0.266  12.8018   5.1846  13.8546
 87E  H14  H  HOH1  0   0.514   8.4594   6.9965  15.7163
 87E  H15  H  HCH1  0   0.279   8.9190   5.6247  11.2598
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 87E  H20  H  HCH1  0   0.293   7.0778   5.6277   9.7731
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 87E  H23  H  HOH1  0   0.460   4.1898   8.8238  11.3135
 87E  H24  H  HCH1  0   0.257   7.0750   8.7100   7.4322
 87E  H25  H  HOH1  0   0.459   4.5136   6.9193  14.3297
 87E  H26  H  HCH3  0   0.245   4.9492   9.9300   7.7946
 87E  H27  H  HCH3  0   0.238   5.2446   9.6807   6.0744
 87E  H28  H  HCH3  0   0.237   4.0583   8.6781   6.9188
 87E  H29  H  HOH1  0   0.481   3.5461   5.8251   3.7039
 87E  H30  H  HCH3  0   0.264  10.4917   4.8130   6.7128
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 87E  H33  H  HCH1  0   0.289   7.0894   4.7522   5.1747
 87E  H34  H  HOH1  0   0.463   5.2588   1.7586   5.4752
 87E  H35  H  HCH2  0   0.234   6.2117   3.3289   6.9522
 87E  H36  H  HCH2  0   0.216   4.5457   3.7061   6.4958
 87E  O5   O  OH1   0  -0.663  14.7222   5.3248  17.8725
 87E  O6   O  O2    0  -0.592  11.6660   6.4080  15.0952
 87E  C19  C  C     0   0.528   8.8828   5.4230   7.9848
 87E  O19  O  OH1   0  -0.589   4.0399   5.6607   4.5217
 87E  O20  O  O     0  -0.426   5.6433   4.9986   3.1149
 87E  O21  O  OH1   0  -0.659   5.6063   2.5764   5.1073
 87E  H9   H  HOH1  0   0.447  14.8131   5.7942  18.7106

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 87E  O20  C22  double  1.203  0.020  1.203
 87E  C22  C21  single  1.522  0.020  1.522
 87E  C22  O19  single  1.326  0.020  1.326
 87E  O17  C17  double  1.223  0.020  1.223
 87E  C21  N4   single  1.439  0.020  1.439
 87E  C21  C23  single  1.529  0.020  1.529
 87E  O21  C23  single  1.402  0.020  1.402
 87E  C17  N4   single  1.338  0.020  1.338
 87E  C17  C16  single  1.524  0.020  1.524
 87E  C16  C18  single  1.523  0.020  1.523
 87E  C16  O14  single  1.409  0.020  1.409
 87E  C20  C19  single  1.507  0.020  1.507
 87E  O14  C13  single  1.407  0.020  1.407
 87E  C19  O18  double  1.221  0.020  1.221
 87E  C19  N3   single  1.352  0.020  1.352
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 87E  C14  C10  single  1.531  0.020  1.531
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 87E  C2   O2   double  1.212  0.020  1.212
 87E  N2   C5   single  1.453  0.020  1.453
 87E  C5   C6   single  1.527  0.020  1.527
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 87E  C7   O5   single  1.405  0.020  1.405
 87E  C6   O4   single  1.397  0.020  1.397
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 87E  Var_27    C9   O6   P1   O8     10.03  30.0  3
 87E  Var_28    O9   P1   O6   C9    140.01  30.0  1
 87E  Var_29    H30  C20  C19  N3    144.27  30.0  3
 87E  Var_30    H31  C20  C19  N3    -97.96  30.0  3
 87E  Var_31    H32  C20  C19  N3     22.02  30.0  3
 87E  Var_32    H12  C9   O6   P1    -54.31  30.0  3
 87E  Var_33    H13  C9   O6   P1     65.35  30.0  3
 87E  Var_34    H30  C20  C19  O18   -37.53  30.0  3
 87E  Var_35    H31  C20  C19  O18    80.24  30.0  3
 87E  Var_36    H32  C20  C19  O18  -159.78  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 87E  chir_01  C5   O3   N2   C6   negativ
 87E  chir_02  C6   O4   C5   C7   negativ
 87E  chir_05  C7   C8   C6   O5   positiv
 87E  chir_06  C8   O3   C7   C9   negativ
 87E  chir_07  C10  C14  O12  O13  negativ
 87E  chir_08  C11  O13  C15  C12  positiv
 87E  chir_09  C12  O15  C11  C13  positiv
 87E  chir_10  C13  O14  C14  C12  positiv
 87E  chir_11  C14  N3   C10  C13  negativ
 87E  chir_12  C16  O14  C17  C18  negativ
 87E  chir_13  C21  N4   C22  C23  positiv
 87E  chir_14  P1   O8   O6   O9   both
 87E  chir_15  P2   O10  O11  O12  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 87E  plan-1  N4   0.020
 87E  plan-1  C16  0.020
 87E  plan-1  C17  0.020
 87E  plan-1  O17  0.020
 87E  plan-1  C21  0.020
 87E  plan-1  H8   0.020
 87E  plan-2  N3   0.020
 87E  plan-2  C14  0.020
 87E  plan-2  O18  0.020
 87E  plan-2  C20  0.020
 87E  plan-2  H2   0.020
 87E  plan-2  C19  0.020
 87E  plan-3  N1   0.020
 87E  plan-3  C4   0.020
 87E  plan-3  C1   0.020
 87E  plan-3  O1   0.020
 87E  plan-4  N1   0.020
 87E  plan-4  C2   0.020
 87E  plan-4  O2   0.020
 87E  plan-4  C5   0.020
 87E  plan-4  C1   0.020
 87E  plan-4  N2   0.020
 87E  plan-4  C3   0.020
 87E  plan-4  H1   0.020
 87E  plan-5  C21  0.020
 87E  plan-5  C22  0.020
 87E  plan-5  H29  0.020
 87E  plan-5  O19  0.020
 87E  plan-5  O20  0.020

