# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar  8 17:00:15 2022
#   Inital geometry file: a 143 line input string
#   Ligand name: (1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-[(3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC[C@@H]1CC[C@@H](N)[C@H](O1)O[C@@H]2[C@@H](N)C[C@@H](N)[C@H](O[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](N)[C@H]3O)[C@H]2O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 84D  84D  '(1R,2S,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-[(3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranoside'  ligand  68  31  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_84D
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 84D  C1   C  CH2   0  -0.464   5.4370  -1.1145   1.2881
 84D  C2   C  CH1   0  -0.132   4.2520  -2.0290   0.9838
 84D  C3   C  CH1   0   0.306   3.2061  -1.2859   0.1532
 84D  O3   O  O2    0  -0.518  -2.0307   0.5675  -0.0108
 84D  C4   C  CH1   0   0.027   4.8456   0.2030  -0.7541
 84D  O4   O  O2    0  -0.503  -2.7818  -1.0760  -1.4256
 84D  C5   C  CH2   0  -0.295   5.2980   0.7226  -2.1052
 84D  C6   C  CH1   0   0.065   1.6829   0.5944   0.5075
 84D  O6   O  OH1   0  -0.666  -5.7074  -1.8890   0.6154
 84D  C7   C  CH1   0  -0.101   1.6853   1.7625   1.4951
 84D  O7   O  OH1   0  -0.708  -3.9821   2.3277  -0.9637
 84D  C8   C  CH2   0  -0.470   0.7096   2.8365   1.0353
 84D  C9   C  CH1   0  -0.108  -0.7123   2.3018   0.9213
 84D  C10  C  CH1   0   0.052  -0.7269   1.1039  -0.0193
 84D  C11  C  CH1   0   0.025   0.2729   0.0171   0.3844
 84D  C12  C  CH1   0   0.221  -2.6780   0.2989  -1.2148
 84D  C13  C  CH1   0   0.026  -4.0620   0.9454  -1.1777
 84D  C14  C  CH1   0  -0.156  -4.9882   0.2469  -0.1688
 84D  N1   N  NH2   0  -0.785  -6.3478   0.7578  -0.1985
 84D  C15  C  CH1   0   0.046  -4.9779  -1.2620  -0.4130
 84D  C16  C  CH1   0  -0.025  -3.5296  -1.7659  -0.4348
 84D  C17  C  CH2   0  -0.163  -3.3974  -3.2395  -0.7475
 84D  N2   N  NH2   0  -0.802  -1.6892   3.2833   0.4632
 84D  N3   N  NH2   0  -0.796   3.0202   2.3282   1.5945
 84D  O2   O  OH1   0  -0.673   0.2928  -1.0133  -0.5760
 84D  O1   O  O2    0  -0.535   2.6057  -0.3502   1.0127
 84D  N4   N  NH2   0  -0.796   3.6177  -2.6433   2.1377
 84D  O    O  O2    0  -0.506   3.7672  -0.6986  -0.9796
 84D  C    C  CH2   0  -0.454   5.9693  -0.4859   0.0050
 84D  N    N  NH2   0  -0.795   4.2397   1.4570  -2.7792
 84D  H1   H  HCH2  0   0.221   5.1306  -0.3299   1.9880
 84D  H2   H  HCH2  0   0.235   6.2209  -1.6881   1.7896
 84D  H3   H  HCH1  0   0.230   4.6114  -2.8437   0.3445
 84D  H4   H  HCH1  0   0.222   2.4670  -1.9949  -0.2270
 84D  H5   H  HCH1  0   0.216   4.4930   1.0601  -0.1618
 84D  H6   H  HCH2  0   0.198   6.2079   1.3159  -1.9355
 84D  H7   H  HCH2  0   0.215   5.5955  -0.1233  -2.7327
 84D  H8   H  HOH1  0   0.459  -1.9411  -4.5238  -0.8088
 84D  H9   H  HCH1  0   0.223   2.0062   0.9708  -0.4736
 84D  H11  H  HCH1  0   0.202   1.3245   1.3731   2.4626
 84D  H12  H  HOH1  0   0.458  -3.2628   2.5436  -0.3253
 84D  H13  H  HCH2  0   0.249   0.7252   3.6734   1.7394
 84D  H14  H  HCH2  0   0.225   1.0368   3.2313   0.0661
 84D  H15  H  HCH1  0   0.241  -1.0373   1.9591   1.9100
 84D  H16  H  HCH1  0   0.221  -0.4633   1.4533  -1.0304
 84D  H17  H  HCH1  0   0.207  -0.0242  -0.3728   1.3707
 84D  H18  H  HCH1  0   0.244  -2.1033   0.6928  -2.0617
 84D  H19  H  HCH1  0   0.213  -4.5009   0.8010  -2.1745
 84D  H20  H  HCH1  0   0.228  -4.5951   0.4219   0.8408
 84D  H21  H  HNH2  0   0.344  -6.3234   1.7529  -0.0124
 84D  H22  H  HNH2  0   0.332  -6.7187   0.6684  -1.1389
 84D  H24  H  HCH1  0   0.210  -5.4313  -1.4619  -1.3966
 84D  H25  H  HCH1  0   0.223  -3.1004  -1.5936   0.5623
 84D  H26  H  HCH2  0   0.202  -3.7741  -3.4352  -1.7605
 84D  H27  H  HCH2  0   0.200  -4.0235  -3.8084  -0.0510
 84D  H28  H  HNH2  0   0.367  -1.8491   3.9722   1.1884
 84D  H29  H  HNH2  0   0.355  -1.3117   3.7965  -0.3268
 84D  H31  H  HNH2  0   0.346   3.0076   3.0873   2.2652
 84D  H32  H  HNH2  0   0.350   3.6505   1.6353   1.9772
 84D  H34  H  HOH1  0   0.446  -0.5340  -1.5085  -0.5415
 84D  H35  H  HNH2  0   0.344   4.2969  -3.2176   2.6215
 84D  H36  H  HNH2  0   0.337   3.3429  -1.9248   2.7962
 84D  H38  H  HCH2  0   0.234   6.7552   0.2400   0.2270
 84D  H39  H  HCH2  0   0.218   6.4202  -1.2565  -0.6304
 84D  H40  H  HNH2  0   0.336   4.0290   2.2970  -2.2541
 84D  H41  H  HNH2  0   0.347   4.5753   1.7761  -3.6790
 84D  H10  H  HOH1  0   0.454  -6.0464  -2.7277   0.2918
 84D  O5   O  OH1   0  -0.667  -2.0380  -3.5874  -0.6142

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 84D  O7   C13  single  1.401  0.020  1.401
 84D  N    C5   single  1.454  0.020  1.454
 84D  C13  C12  single  1.528  0.020  1.528
 84D  C13  C14  single  1.537  0.020  1.537
 84D  N1   C14  single  1.453  0.020  1.453
 84D  C12  O4   single  1.395  0.020  1.395
 84D  C12  O3   single  1.393  0.020  1.393
 84D  C5   C4   single  1.517  0.020  1.517
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 84D  O4   C16  single  1.420  0.020  1.420
 84D  C15  C16  single  1.534  0.020  1.534
 84D  C15  O6   single  1.408  0.020  1.408
 84D  O5   C17  single  1.409  0.020  1.409
 84D  C16  C17  single  1.512  0.020  1.512
 84D  O3   C10  single  1.410  0.020  1.410
 84D  O2   C11  single  1.409  0.020  1.409
 84D  C10  C11  single  1.531  0.020  1.531
 84D  C10  C9   single  1.523  0.020  1.523
 84D  O    C4   single  1.424  0.020  1.424
 84D  O    C3   single  1.394  0.020  1.394
 84D  C4   C    single  1.521  0.020  1.521
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 84D  C6   C7   single  1.530  0.020  1.530
 84D  C9   C8   single  1.523  0.020  1.523
 84D  C8   C7   single  1.522  0.020  1.522
 84D  C3   O1   single  1.405  0.020  1.405
 84D  C3   C2   single  1.528  0.020  1.528
 84D  C    C1   single  1.525  0.020  1.525
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 84D  C2   C1   single  1.527  0.020  1.527
 84D  C2   N4   single  1.453  0.020  1.453
 84D  C1   H1   single  0.970  0.020  1.090
 84D  C1   H2   single  0.970  0.020  1.090
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 84D  O5   H8   single  0.850  0.020  0.980
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 84D  O2   H34  single  0.850  0.020  0.980
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 84D  C    H39  single  0.970  0.020  1.090
 84D  N    H40  single  0.890  0.020  1.040
 84D  N    H41  single  0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 84D  H2   C1   H1   106.46  3.000
 84D  H2   C1   C    110.61  3.000
 84D  H1   C1   C    109.88  3.000
 84D  H2   C1   C2   109.49  3.000
 84D  H1   C1   C2   109.83  3.000
 84D  C    C1   C2   110.49  3.000
 84D  H3   C2   N4   106.98  3.000
 84D  H3   C2   C3   105.59  3.000
 84D  N4   C2   C3   109.78  3.000
 84D  H3   C2   C1   107.87  3.000
 84D  N4   C2   C1   115.70  3.000
 84D  C3   C2   C1   110.37  3.000
 84D  H4   C3   O    105.24  3.000
 84D  H4   C3   O1   110.85  3.000
 84D  O    C3   O1   112.86  3.000
 84D  H4   C3   C2   109.67  3.000
 84D  O1   C3   C2   106.48  3.000
 84D  O    C3   C2   111.78  3.000
 84D  C12  O3   C10  119.86  3.000
 84D  H5   C4   C    108.73  3.000
 84D  H5   C4   O    109.63  3.000
 84D  C    C4   O    110.60  3.000
 84D  H5   C4   C5   107.96  3.000
 84D  C    C4   C5   112.30  3.000
 84D  O    C4   C5   107.57  3.000
 84D  C16  O4   C12  114.36  3.000
 84D  H7   C5   H6   106.30  3.000
 84D  H7   C5   N    108.82  3.000
 84D  H6   C5   N    113.67  3.000
 84D  H7   C5   C4   109.09  3.000
 84D  H6   C5   C4   107.11  3.000
 84D  N    C5   C4   111.65  3.000
 84D  H9   C6   O1   110.83  3.000
 84D  H9   C6   C11  109.19  3.000
 84D  O1   C6   C11  112.24  3.000
 84D  H9   C6   C7   108.31  3.000
 84D  O1   C6   C7   106.17  3.000
 84D  C11  C6   C7   109.99  3.000
 84D  H10  O6   C15  109.00  3.000
 84D  H11  C7   N3   112.20  3.000
 84D  H11  C7   C8   107.71  3.000
 84D  N3   C7   C8   109.57  3.000
 84D  H11  C7   C6   107.22  3.000
 84D  N3   C7   C6   110.05  3.000
 84D  C8   C7   C6   110.04  3.000
 84D  H12  O7   C13  110.89  3.000
 84D  H14  C8   H13  106.81  3.000
 84D  H14  C8   C9   109.80  3.000
 84D  H13  C8   C9   109.28  3.000
 84D  H14  C8   C7   109.25  3.000
 84D  H13  C8   C7   109.65  3.000
 84D  C9   C8   C7   111.92  3.000
 84D  H15  C9   N2   107.17  3.000
 84D  H15  C9   C10  107.97  3.000
 84D  N2   C9   C10  109.20  3.000
 84D  H15  C9   C8   108.61  3.000
 84D  N2   C9   C8   114.36  3.000
 84D  C10  C9   C8   109.34  3.000
 84D  H16  C10  C11  108.11  3.000
 84D  H16  C10  C9   108.37  3.000
 84D  C11  C10  C9   112.91  3.000
 84D  H16  C10  O3   110.33  3.000
 84D  C9   C10  O3   107.72  3.000
 84D  C11  C10  O3   109.40  3.000
 84D  H17  C11  O2   110.82  3.000
 84D  H17  C11  C10  108.14  3.000
 84D  O2   C11  C10  110.41  3.000
 84D  H17  C11  C6   108.08  3.000
 84D  C10  C11  C6   110.83  3.000
 84D  O2   C11  C6   108.55  3.000
 84D  H18  C12  C13  109.96  3.000
 84D  H18  C12  O4   106.04  3.000
 84D  C13  C12  O4   110.69  3.000
 84D  H18  C12  O3   110.77  3.000
 84D  O4   C12  O3   110.81  3.000
 84D  C13  C12  O3   108.56  3.000
 84D  H19  C13  C14  107.16  3.000
 84D  H19  C13  C12  106.51  3.000
 84D  C14  C13  C12  111.67  3.000
 84D  H19  C13  O7   106.92  3.000
 84D  C14  C13  O7   112.48  3.000
 84D  C12  C13  O7   111.68  3.000
 84D  H20  C14  C15  107.58  3.000
 84D  H20  C14  N1   107.33  3.000
 84D  C15  C14  N1   110.50  3.000
 84D  H20  C14  C13  108.39  3.000
 84D  C15  C14  C13  109.86  3.000
 84D  N1   C14  C13  112.99  3.000
 84D  H22  N1   H21  105.41  3.000
 84D  H22  N1   C14  109.27  3.000
 84D  H21  N1   C14  108.62  3.000
 84D  H24  C15  C16  108.44  3.000
 84D  H24  C15  C14  108.61  3.000
 84D  C16  C15  C14  109.45  3.000
 84D  H24  C15  O6   110.99  3.000
 84D  C16  C15  O6   110.69  3.000
 84D  C14  C15  O6   108.63  3.000
 84D  H25  C16  C17  107.83  3.000
 84D  H25  C16  C15  107.72  3.000
 84D  C17  C16  C15  113.94  3.000
 84D  H25  C16  O4   110.56  3.000
 84D  C17  C16  O4   106.44  3.000
 84D  C15  C16  O4   110.34  3.000
 84D  H27  C17  H26  107.32  3.000
 84D  H27  C17  C16  108.94  3.000
 84D  H26  C17  C16  109.54  3.000
 84D  H27  C17  O5   111.27  3.000
 84D  H26  C17  O5   111.96  3.000
 84D  C16  C17  O5   107.78  3.000
 84D  H29  N2   H28  105.79  3.000
 84D  H29  N2   C9   109.61  3.000
 84D  H28  N2   C9   109.79  3.000
 84D  H32  N3   H31  105.69  3.000
 84D  H32  N3   C7   109.36  3.000
 84D  H31  N3   C7   108.99  3.000
 84D  H34  O2   C11  109.82  3.000
 84D  C6   O1   C3   120.34  3.000
 84D  H36  N4   H35  105.89  3.000
 84D  H36  N4   C2   109.56  3.000
 84D  H35  N4   C2   109.05  3.000
 84D  C4   O    C3   116.30  3.000
 84D  H39  C    H38  106.81  3.000
 84D  H39  C    C4   109.46  3.000
 84D  H38  C    C4   109.38  3.000
 84D  H39  C    C1   109.97  3.000
 84D  H38  C    C1   110.73  3.000
 84D  C4   C    C1   110.41  3.000
 84D  H41  N    H40  105.57  3.000
 84D  H41  N    C5   109.27  3.000
 84D  H40  N    C5   109.27  3.000
 84D  H8   O5   C17  108.58  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 84D  Var_01  C4   C  C1  C2  53.39  30.0  1
 84D  Var_02  H40  N  C5  C4  65.66  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 84D  chir_01  C2   C3  C1   N4   negativ
 84D  chir_02  C3   O1  O    C2   negativ
 84D  chir_03  C4   O   C5   C    positiv
 84D  chir_04  C6   O1  C11  C7   negativ
 84D  chir_05  C7   N3  C8   C6   negativ
 84D  chir_06  C9   N2  C10  C8   negativ
 84D  chir_07  C10  O3  C11  C9   positiv
 84D  chir_08  C11  O2  C10  C6   positiv
 84D  chir_09  C12  O4  O3   C13  positiv
 84D  chir_10  C13  O7  C12  C14  negativ
 84D  chir_11  C14  N1  C15  C13  negativ
 84D  chir_12  C15  O6  C16  C14  positiv
 84D  chir_13  C16  O4  C15  C17  negativ

