# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 14 14:52:28 2020
#   Inital geometry file: a 59 line input string
#   Ligand name: (5R)-5-phenyl-1,3-oxazolidine-2,4-dione
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O=C1NC(=O)[C@H](O1)c2ccccc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 7Q1  7Q1  (5R)-5-phenyl-1,3-oxazolidine-2,4-dione  ligand  20  13  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_7Q1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 7Q1  C01  C  CR16  0  -0.257   3.4749   0.6043  -0.3981
 7Q1  C02  C  CR16  0  -0.241   3.2243  -0.4933   0.4141
 7Q1  C03  C  CR16  0  -0.294   1.9247  -0.7870   0.8018
 7Q1  C04  C  CR6   0   0.114   0.8692   0.0097   0.3736
 7Q1  C05  C  CR16  0  -0.297   1.1200   1.1069  -0.4438
 7Q1  C06  C  CR16  0  -0.237   2.4215   1.4034  -0.8229
 7Q1  C07  C  CR15  0  -0.187  -0.5285  -0.3757   0.7632
 7Q1  C08  C  CR5   0   0.549  -1.2137  -1.2030  -0.3158
 7Q1  O09  O  O     0  -0.395  -0.8393  -2.2443  -0.7815
 7Q1  N10  N  NR15  0  -0.690  -2.3340  -0.4934  -0.6307
 7Q1  C11  C  CR5   0   0.708  -2.4397   0.6664   0.1013
 7Q1  O12  O  O     0  -0.426  -3.3073   1.4866   0.0535
 7Q1  O13  O  O     0  -0.450  -1.3822   0.7527   0.9158
 7Q1  H1   H  HCR6  0   0.263   4.4884   0.8398  -0.6950
 7Q1  H2   H  HCR6  0   0.264   4.0404  -1.1181   0.7525
 7Q1  H3   H  HCR6  0   0.264   1.7335  -1.6358   1.4467
 7Q1  H4   H  HCR6  0   0.262   0.3140   1.7439  -0.7857
 7Q1  H5   H  HCR6  0   0.264   2.6118   2.2624  -1.4527
 7Q1  H6   H  HCR5  0   0.338  -0.5246  -0.9460   1.6973
 7Q1  H7   H  HNR5  0   0.446  -3.0208  -0.7702  -1.3202

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 7Q1  O09  C08  double    1.201  0.020  1.201
 7Q1  C02  C01  aromatic  1.388  0.020  1.388
 7Q1  C02  C03  aromatic  1.388  0.020  1.388
 7Q1  C01  C06  aromatic  1.389  0.020  1.389
 7Q1  C03  C04  aromatic  1.390  0.020  1.390
 7Q1  C06  C05  aromatic  1.388  0.020  1.388
 7Q1  C08  N10  single    1.363  0.020  1.363
 7Q1  C08  C07  single    1.523  0.020  1.523
 7Q1  C04  C05  aromatic  1.391  0.020  1.391
 7Q1  C04  C07  single    1.501  0.020  1.501
 7Q1  N10  C11  single    1.376  0.020  1.376
 7Q1  C07  O13  single    1.423  0.020  1.423
 7Q1  C11  O13  single    1.338  0.020  1.338
 7Q1  C11  O12  double    1.195  0.020  1.195
 7Q1  C01  H1   single    0.930  0.020  1.080
 7Q1  C02  H2   single    0.930  0.020  1.080
 7Q1  C03  H3   single    0.930  0.020  1.080
 7Q1  C05  H4   single    0.930  0.020  1.080
 7Q1  C06  H5   single    0.930  0.020  1.080
 7Q1  C07  H6   single    0.970  0.020  1.090
 7Q1  N10  H7   single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 7Q1  H1   C01  C06  120.09  3.000
 7Q1  H1   C01  C02  120.11  3.000
 7Q1  C06  C01  C02  119.80  3.000
 7Q1  H2   C02  C03  119.79  3.000
 7Q1  H2   C02  C01  120.22  3.000
 7Q1  C03  C02  C01  119.99  3.000
 7Q1  H3   C03  C04  119.90  3.000
 7Q1  H3   C03  C02  119.84  3.000
 7Q1  C04  C03  C02  120.25  3.000
 7Q1  C07  C04  C05  121.52  3.000
 7Q1  C07  C04  C03  118.68  3.000
 7Q1  C05  C04  C03  119.75  3.000
 7Q1  H4   C05  C06  119.09  3.000
 7Q1  H4   C05  C04  121.03  3.000
 7Q1  C06  C05  C04  119.88  3.000
 7Q1  H5   C06  C05  119.58  3.000
 7Q1  H5   C06  C01  120.10  3.000
 7Q1  C05  C06  C01  120.33  3.000
 7Q1  H6   C07  O13  108.89  3.000
 7Q1  H6   C07  C08  108.87  3.000
 7Q1  O13  C07  C08  103.70  3.000
 7Q1  H6   C07  C04  110.60  3.000
 7Q1  O13  C07  C04  112.50  3.000
 7Q1  C08  C07  C04  112.00  3.000
 7Q1  N10  C08  O09  128.19  3.000
 7Q1  N10  C08  C07  104.52  3.000
 7Q1  O09  C08  C07  127.29  3.000
 7Q1  H7   N10  C11  122.76  3.000
 7Q1  H7   N10  C08  124.96  3.000
 7Q1  C11  N10  C08  112.28  3.000
 7Q1  O13  C11  O12  123.65  3.000
 7Q1  O12  C11  N10  127.83  3.000
 7Q1  O13  C11  N10  108.53  3.000
 7Q1  C11  O13  C07  110.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 7Q1  CONST_01  C04  C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 7Q1  CONST_02  C04  C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 7Q1  CONST_03  C05  C06  C01  C02    0.00   0.0  0
 7Q1  CONST_04  C05  C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 7Q1  CONST_05  C06  C01  C02  C03    0.00   0.0  0
 7Q1  CONST_06  C06  C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 7Q1  CONST_07  C07  C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_08  C07  C04  C05  C06  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_09  C11  N10  C08  C07    0.00   0.0  0
 7Q1  CONST_10  C11  N10  C08  O09  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_11  H3   C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_12  H4   C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_13  H5   C06  C01  C02  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_14  H1   C01  C02  C03  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_15  H2   C02  C03  C04  180.00   0.0  0
 7Q1  CONST_16  H7   N10  C08  C07  180.00   0.0  0
 7Q1  Var_01    N10  C11  O13  C07   -0.73  30.0  1
 7Q1  Var_02    O13  C11  N10  C08    0.31  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 7Q1  chir_01  C07  C08  C04  O13  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 7Q1  plan-1  C01  0.020
 7Q1  plan-1  C02  0.020
 7Q1  plan-1  C03  0.020
 7Q1  plan-1  C04  0.020
 7Q1  plan-1  C05  0.020
 7Q1  plan-1  C06  0.020
 7Q1  plan-1  C07  0.020
 7Q1  plan-1  H1   0.020
 7Q1  plan-1  H2   0.020
 7Q1  plan-1  H3   0.020
 7Q1  plan-1  H4   0.020
 7Q1  plan-1  H5   0.020
 7Q1  plan-2  C07  0.020
 7Q1  plan-2  C08  0.020
 7Q1  plan-2  O09  0.020
 7Q1  plan-2  N10  0.020
 7Q1  plan-2  C11  0.020
 7Q1  plan-2  H7   0.020
 7Q1  plan-3  N10  0.020
 7Q1  plan-3  C11  0.020
 7Q1  plan-3  O12  0.020
 7Q1  plan-3  O13  0.020

