# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 14 17:44:45 2020
#   Inital geometry file: a 106 line input string
#   Ligand name: [(5S)-3,3-difluoro-5-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)piperidin-1-yl](4-fluorophenyl)methanone
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1cc([C@@H]2CN(CC(F)(F)C2)C(=O)c3ccc(F)cc3)n4ncnc4n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 7OP  7OP  '[(5S)-3,3-difluoro-5-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)piperidin-1-yl](4-fluorophenyl)methanone'  ligand  43  27  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_7OP
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 7OP  N3   N  N     0  -0.454  -5.4657  -0.7730   0.0941
 7OP  C4   C  CR56  0   0.579  -4.8472   0.3230   0.5329
 7OP  C6   C  CR6   0   0.540  -2.6935  -0.3918  -0.2257
 7OP  C8   C  CR15  0   0.047  -4.2985   2.1580   1.3557
 7OP  C13  C  CR6   0   0.774   0.5518   1.2973  -1.3780
 7OP  C20  C  CR16  0  -0.250   3.9083  -1.4667  -0.3694
 7OP  C21  C  CR16  0  -0.402   5.2795  -1.3273  -0.5099
 7OP  C22  C  CR16  0  -0.399   5.2689   0.3778   1.2088
 7OP  C26  C  CR6   0   0.532   5.9345  -0.4065   0.2863
 7OP  C23  C  CR16  0  -0.243   3.8941   0.2416   1.3225
 7OP  C18  C  CR6   0  -0.085   3.2046  -0.6748   0.5330
 7OP  C1   C  CR16  0  -0.449  -3.3248  -1.5137  -0.6728
 7OP  C2   C  CR6   0   0.277  -4.7241  -1.6773  -0.4990
 7OP  C12  C  C     0  -0.561  -0.9370   1.0529  -1.2949
 7OP  C16  C  C     0  -0.305  -0.4947   0.0006   0.9592
 7OP  C14  C  C     0  -0.450   1.2195   1.3938  -0.0152
 7OP  C11  C  CR16  0  -0.404  -1.2260  -0.1522  -0.3851
 7OP  N7   N  N     0  -0.492  -5.3627   1.3688   1.1551
 7OP  N9   N  N     0  -0.280  -3.1453   1.7015   0.9127
 7OP  N5   N  N     0  -0.410  -3.4946   0.5206   0.3829
 7OP  N15  N  NR6   0  -0.466   0.9270   0.1829   0.7248
 7OP  O19  O  O     0  -0.461   1.3205  -2.0416   0.8733
 7OP  F25  F  F     0  -0.338   0.8033   2.4343  -2.0856
 7OP  H1   H  HCR5  0   0.283  -4.3603   3.1158   1.8501
 7OP  H5   H  HCR6  0   0.274   3.3862  -2.1930  -0.9784
 7OP  H6   H  HCR6  0   0.287   5.8300  -1.9263  -1.2228
 7OP  H7   H  HCR6  0   0.288   5.8112   1.0809   1.8265
 7OP  H8   H  HCR6  0   0.283   3.3643   0.8489   2.0459
 7OP  H9   H  HCR6  0   0.294  -2.7497  -2.2821  -1.1694
 7OP  H10  H  H     0   0.282  -1.4032   1.9527  -0.8901
 7OP  H11  H  H     0   0.296  -1.3429   0.8843  -2.2946
 7OP  H12  H  H     0   0.281  -0.8598   0.8776   1.4943
 7OP  H13  H  H     0   0.291  -0.6564  -0.8698   1.5897
 7OP  H14  H  H     0   0.312   2.2892   1.5483  -0.1381
 7OP  H15  H  H     0   0.291   0.8188   2.2545   0.5244
 7OP  H16  H  HCR6  0   0.305  -0.8410  -1.0541  -0.8674
 7OP  C10  C  CH3   0  -0.738  -5.3813  -2.9155  -1.0107
 7OP  F24  F  F     0  -0.347   1.1489   0.2784  -2.0750
 7OP  C17  C  C     0   0.531   1.7410  -0.9096   0.7055
 7OP  F27  F  F     0  -0.309   7.2615  -0.2714   0.1604
 7OP  H2   H  HCH3  0   0.266  -4.9334  -3.8019  -0.5597
 7OP  H3   H  HCH3  0   0.262  -6.4466  -2.9101  -0.7950
 7OP  H4   H  HCH3  0   0.266  -5.2412  -3.0019  -2.0894

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 7OP  F25  C13  single    1.363  0.020  1.363
 7OP  O19  C17  double    1.219  0.020  1.219
 7OP  C14  C13  single    1.521  0.020  1.521
 7OP  C14  N15  single    1.449  0.020  1.449
 7OP  C13  F24  single    1.371  0.020  1.371
 7OP  C13  C12  single    1.511  0.020  1.511
 7OP  C17  N15  single    1.363  0.020  1.363
 7OP  C17  C18  single    1.492  0.020  1.492
 7OP  N15  C16  single    1.452  0.020  1.452
 7OP  C12  C11  single    1.537  0.020  1.537
 7OP  C23  C18  aromatic  1.392  0.020  1.392
 7OP  C23  C22  aromatic  1.386  0.020  1.386
 7OP  C18  C20  aromatic  1.392  0.020  1.392
 7OP  C16  C11  single    1.538  0.020  1.538
 7OP  C11  C6   single    1.495  0.020  1.495
 7OP  C22  C26  aromatic  1.382  0.020  1.382
 7OP  C20  C21  aromatic  1.385  0.020  1.385
 7OP  C1   C6   aromatic  1.363  0.020  1.363
 7OP  C1   C2   aromatic  1.420  0.020  1.420
 7OP  C6   N5   aromatic  1.358  0.020  1.358
 7OP  C26  C21  aromatic  1.382  0.020  1.382
 7OP  C26  F27  single    1.340  0.020  1.340
 7OP  N5   N9   aromatic  1.341  0.020  1.341
 7OP  N5   C4   aromatic  1.375  0.020  1.375
 7OP  C10  C2   single    1.492  0.020  1.492
 7OP  C2   N3   aromatic  1.311  0.020  1.311
 7OP  N9   C8   aromatic  1.317  0.020  1.317
 7OP  C4   N3   aromatic  1.333  0.020  1.333
 7OP  C4   N7   aromatic  1.322  0.020  1.322
 7OP  C8   N7   aromatic  1.340  0.020  1.340
 7OP  C8   H1   single    0.930  0.020  1.080
 7OP  C10  H2   single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C10  H3   single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C10  H4   single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C20  H5   single    0.930  0.020  1.080
 7OP  C21  H6   single    0.930  0.020  1.080
 7OP  C22  H7   single    0.930  0.020  1.080
 7OP  C23  H8   single    0.930  0.020  1.080
 7OP  C1   H9   single    0.930  0.020  1.080
 7OP  C12  H10  single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C12  H11  single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C16  H12  single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C16  H13  single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C14  H14  single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C14  H15  single    0.970  0.020  1.090
 7OP  C11  H16  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 7OP  C2   N3   C4   116.97  3.000
 7OP  N5   C4   N7   108.74  3.000
 7OP  N7   C4   N3   128.66  3.000
 7OP  N5   C4   N3   122.60  3.000
 7OP  N5   C6   C11  121.26  3.000
 7OP  N5   C6   C1   115.27  3.000
 7OP  C11  C6   C1   123.47  3.000
 7OP  H1   C8   N9   120.78  3.000
 7OP  H1   C8   N7   123.06  3.000
 7OP  N9   C8   N7   116.16  3.000
 7OP  F25  C13  F24  106.00  3.000
 7OP  F24  C13  C14  108.15  3.000
 7OP  F25  C13  C14  109.35  3.000
 7OP  F24  C13  C12  109.69  3.000
 7OP  C14  C13  C12  113.18  3.000
 7OP  F25  C13  C12  110.20  3.000
 7OP  H5   C20  C18  120.20  3.000
 7OP  H5   C20  C21  119.21  3.000
 7OP  C18  C20  C21  120.59  3.000
 7OP  H6   C21  C26  120.49  3.000
 7OP  H6   C21  C20  120.98  3.000
 7OP  C26  C21  C20  118.53  3.000
 7OP  H7   C22  C23  120.95  3.000
 7OP  H7   C22  C26  120.58  3.000
 7OP  C23  C22  C26  118.47  3.000
 7OP  F27  C26  C22  118.86  3.000
 7OP  F27  C26  C21  118.84  3.000
 7OP  C22  C26  C21  122.30  3.000
 7OP  H8   C23  C18  120.37  3.000
 7OP  H8   C23  C22  119.00  3.000
 7OP  C18  C23  C22  120.62  3.000
 7OP  C23  C18  C20  119.46  3.000
 7OP  C20  C18  C17  118.77  3.000
 7OP  C23  C18  C17  121.59  3.000
 7OP  H9   C1   C2   119.92  3.000
 7OP  H9   C1   C6   119.32  3.000
 7OP  C2   C1   C6   120.76  3.000
 7OP  C1   C2   C10  119.20  3.000
 7OP  C10  C2   N3   118.57  3.000
 7OP  C1   C2   N3   122.23  3.000
 7OP  H11  C12  H10  107.94  3.000
 7OP  H11  C12  C11  110.54  3.000
 7OP  H10  C12  C11  110.27  3.000
 7OP  H11  C12  C13  109.93  3.000
 7OP  H10  C12  C13  107.94  3.000
 7OP  C11  C12  C13  110.16  3.000
 7OP  H13  C16  H12  108.04  3.000
 7OP  H13  C16  N15  109.86  3.000
 7OP  H12  C16  N15  107.82  3.000
 7OP  H13  C16  C11  110.90  3.000
 7OP  H12  C16  C11  110.47  3.000
 7OP  N15  C16  C11  109.69  3.000
 7OP  H15  C14  H14  107.74  3.000
 7OP  H15  C14  N15  109.40  3.000
 7OP  H14  C14  N15  112.02  3.000
 7OP  H15  C14  C13  109.38  3.000
 7OP  H14  C14  C13  109.85  3.000
 7OP  N15  C14  C13  108.42  3.000
 7OP  H16  C11  C16  107.47  3.000
 7OP  H16  C11  C12  108.63  3.000
 7OP  C16  C11  C12  110.49  3.000
 7OP  H16  C11  C6   105.10  3.000
 7OP  C16  C11  C6   112.92  3.000
 7OP  C12  C11  C6   111.91  3.000
 7OP  C8   N7   C4   103.10  3.000
 7OP  N5   N9   C8   102.13  3.000
 7OP  N9   N5   C6   127.96  3.000
 7OP  N9   N5   C4   109.86  3.000
 7OP  C6   N5   C4   122.17  3.000
 7OP  C14  N15  C16  112.64  3.000
 7OP  C16  N15  C17  119.11  3.000
 7OP  C14  N15  C17  122.83  3.000
 7OP  H4   C10  H3   108.81  3.000
 7OP  H4   C10  H2   106.96  3.000
 7OP  H3   C10  H2   108.93  3.000
 7OP  H4   C10  C2   110.37  3.000
 7OP  H3   C10  C2   111.07  3.000
 7OP  H2   C10  C2   110.59  3.000
 7OP  O19  C17  N15  122.44  3.000
 7OP  N15  C17  C18  117.47  3.000
 7OP  O19  C17  C18  120.02  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 7OP  CONST_01  C6   C1   C2   N3      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_02  C6   N5   C4   N3      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_03  N9   N5   C4   N3    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_04  C8   N7   C4   N3    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_05  C1   C6   N5   C4      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_06  C8   N9   N5   C4      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_07  C1   C2   N3   C4      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_08  N9   C8   N7   C4      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_09  C8   N9   N5   C6    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_10  N7   C4   N5   C6    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_11  N5   C4   N7   C8      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_12  C22  C23  C18  C20     0.00   0.0  0
 7OP  CONST_13  C22  C26  C21  C20     0.00   0.0  0
 7OP  CONST_14  C23  C18  C20  C21     0.00   0.0  0
 7OP  CONST_15  C23  C22  C26  C21     0.00   0.0  0
 7OP  CONST_16  C18  C23  C22  C26     0.00   0.0  0
 7OP  CONST_17  C18  C20  C21  C26     0.00   0.0  0
 7OP  CONST_18  N9   N5   C6   C1    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_19  N5   C6   C1   C2      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_20  N5   C4   N3   C2      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_21  N7   C4   N3   C2    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_22  N9   N5   C4   N7      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_23  N5   N9   C8   N7      0.00   0.0  0
 7OP  CONST_24  C11  C6   N5   C4    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_25  C11  C6   C1   C2    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_26  N9   N5   C6   C11     0.00   0.0  0
 7OP  CONST_27  C10  C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_28  C10  C2   C1   C6    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_29  C22  C23  C18  C17   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_30  C21  C20  C18  C17   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_31  F27  C26  C21  C20   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_32  F27  C26  C22  C23   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_34  C16  N15  C17  C18   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_35  H9   C1   C2   N3    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_36  H1   C8   N7   C4    180.00   0.0  0
 7OP  CONST_37  H8   C23  C18  C20   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_38  H7   C22  C26  C21   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_39  H6   C21  C26  C22   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_40  H5   C20  C21  C26   180.00   0.0  0
 7OP  CONST_41  O19  C17  N15  C16     0.00   0.0  0
 7OP  Var_01    C16  N15  C14  C13   -61.72  30.0  1
 7OP  Var_02    N15  C14  C13  C12    56.09  30.0  1
 7OP  Var_03    C11  C12  C13  C14   -51.80  30.0  1
 7OP  Var_04    C11  C16  N15  C14    62.81  30.0  1
 7OP  Var_05    N15  C17  C18  C20  -134.55  30.0  2
 7OP  Var_06    H2   C10  C2   N3   -122.15  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 7OP  chir_01  C11  C12  C16  C6  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 7OP  plan-1  C20  0.020
 7OP  plan-1  C21  0.020
 7OP  plan-1  C22  0.020
 7OP  plan-1  C26  0.020
 7OP  plan-1  C23  0.020
 7OP  plan-1  C18  0.020
 7OP  plan-1  H5   0.020
 7OP  plan-1  H6   0.020
 7OP  plan-1  H7   0.020
 7OP  plan-1  H8   0.020
 7OP  plan-1  C17  0.020
 7OP  plan-1  F27  0.020
 7OP  plan-2  N3   0.020
 7OP  plan-2  C4   0.020
 7OP  plan-2  C6   0.020
 7OP  plan-2  C8   0.020
 7OP  plan-2  C1   0.020
 7OP  plan-2  C2   0.020
 7OP  plan-2  C11  0.020
 7OP  plan-2  N7   0.020
 7OP  plan-2  N9   0.020
 7OP  plan-2  N5   0.020
 7OP  plan-2  H1   0.020
 7OP  plan-2  H9   0.020
 7OP  plan-2  C10  0.020
 7OP  plan-3  C18  0.020
 7OP  plan-3  C16  0.020
 7OP  plan-3  C14  0.020
 7OP  plan-3  N15  0.020
 7OP  plan-3  O19  0.020
 7OP  plan-3  C17  0.020

