# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar  8 16:41:37 2022
#   Inital geometry file: a 138 line input string
#   Ligand name: (~{Z})-~{N}-[2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)prop-2-enamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cc(\C=C/C(=O)NCC[C@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]2O)cc(OC)c1OC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 7BT  7BT  (~{Z})-~{N}-[2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)prop-2-enamide  ligand  59  30  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_7BT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 7BT  C4   C  CH1   0  -0.020  -4.3851   1.4834   0.6738
 7BT  C5   C  CH1   0  -0.008  -3.3048   0.4600   1.0351
 7BT  C6   C  CH2   0  -0.167  -2.7744   0.6536   2.4388
 7BT  C3   C  CH1   0  -0.003  -4.9075   1.1581  -0.7263
 7BT  CBB  C  CH3   0  -0.449   1.8804  -1.1819   2.4810
 7BT  CAU  C  CR6   0   0.346   3.3125  -0.1046   0.9316
 7BT  CAT  C  CR16  0  -0.452   2.7081  -0.7230  -0.1563
 7BT  CAV  C  CR6   0   0.169   4.3227   0.8409   0.7284
 7BT  OAZ  O  O2    0  -0.480   4.8947   1.4638   1.7907
 7BT  CBC  C  CH3   0  -0.409   6.0411   0.8026   2.3111
 7BT  CAW  C  CR6   0   0.345   4.7360   1.1471  -0.5712
 7BT  OBA  O  O2    0  -0.464   5.7238   2.0535  -0.6676
 7BT  CBD  C  CH3   0  -0.440   6.1640   2.4332  -1.9565
 7BT  CAX  C  CR16  0  -0.473   4.1236   0.5291  -1.6580
 7BT  CAF  C  CR6   0   0.130   3.0969  -0.3896  -1.4499
 7BT  CAE  C  C1    0  -0.229   2.4776  -1.0189  -2.6238
 7BT  CAC  C  C1    0  -0.351   1.2054  -1.3881  -2.7890
 7BT  CAB  C  C     0   0.476   0.0856  -1.1146  -1.8423
 7BT  OAD  O  O     0  -0.478  -0.0644  -0.0369  -1.2829
 7BT  NAA  N  NH1   0  -0.628  -0.7515  -2.1513  -1.6692
 7BT  CAG  C  CH2   0  -0.281  -1.8788  -2.0945  -0.7629
 7BT  CAS  C  CH2   0  -0.496  -3.0602  -1.3208  -1.3425
 7BT  C1   C  CH1   0  -0.014  -4.2281  -1.2331  -0.3573
 7BT  O5   O  O2    0  -0.498  -3.8204  -0.8531   0.9431
 7BT  O6   O  OH1   0  -0.658  -1.6677  -0.1950   2.6348
 7BT  O4   O  OH1   0  -0.671  -5.4677   1.4584   1.5748
 7BT  O3   O  OH1   0  -0.673  -6.0039   1.9579  -1.1008
 7BT  C2   C  CH1   0   0.041  -5.3553  -0.2985  -0.8138
 7BT  O2   O  OH1   0  -0.678  -5.7255  -0.6520  -2.1239
 7BT  H1   H  HCH1  0   0.231  -3.9174   2.4785   0.6492
 7BT  H2   H  HCH1  0   0.225  -2.4627   0.5963   0.3387
 7BT  H3   H  HCH2  0   0.202  -2.5002   1.7110   2.5545
 7BT  H4   H  HCH2  0   0.199  -3.5701   0.4443   3.1646
 7BT  H5   H  HCH1  0   0.223  -4.0741   1.3077  -1.4269
 7BT  H6   H  HCH3  0   0.230   0.9634  -0.8014   2.0225
 7BT  H7   H  HCH3  0   0.230   2.0469  -2.2075   2.1426
 7BT  H8   H  HCH3  0   0.261   1.7562  -1.1902   3.5613
 7BT  H9   H  HCR6  0   0.272   1.9561  -1.4828  -0.0056
 7BT  H10  H  HCH3  0   0.238   6.3937   1.3900   3.1570
 7BT  H11  H  HCH3  0   0.221   5.8043  -0.2051   2.6608
 7BT  H12  H  HCH3  0   0.222   6.8420   0.7385   1.5710
 7BT  H13  H  HCH3  0   0.229   6.5766   1.5884  -2.5137
 7BT  H14  H  HCH3  0   0.230   5.3610   2.8840  -2.5451
 7BT  H15  H  HCH3  0   0.262   6.9482   3.1712  -1.8086
 7BT  H16  H  HCR6  0   0.280   4.4263   0.7579  -2.6712
 7BT  H17  H  H     0   0.266   3.1543  -1.2176  -3.4490
 7BT  H18  H  H     0   0.280   0.9420  -1.9115  -3.7022
 7BT  H19  H  HNH1  0   0.403  -0.5894  -3.0014  -2.1841
 7BT  H20  H  HCH2  0   0.249  -2.1710  -3.1212  -0.5397
 7BT  H21  H  HCH2  0   0.255  -1.5493  -1.6442   0.1730
 7BT  H22  H  HCH2  0   0.239  -2.7158  -0.3314  -1.6486
 7BT  H23  H  HCH2  0   0.251  -3.4057  -1.8206  -2.2490
 7BT  H24  H  HCH1  0   0.247  -4.6437  -2.2391  -0.2369
 7BT  H25  H  HOH1  0   0.454  -1.3900  -0.1125   3.5512
 7BT  H26  H  HOH1  0   0.456  -5.2520   2.0068   2.3335
 7BT  H27  H  HOH1  0   0.455  -5.6795   2.8220  -1.3714
 7BT  H28  H  HCH1  0   0.224  -6.2001  -0.4407  -0.1234
 7BT  H29  H  HOH1  0   0.450  -6.4000  -0.0298  -2.4162
 7BT  OAY  O  O2    0  -0.466   2.9912  -0.3474   2.2144

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 7BT  CAC  CAE  double    1.335  0.020  1.335
 7BT  CAC  CAB  single    1.492  0.020  1.492
 7BT  NAA  CAG  single    1.448  0.020  1.448
 7BT  NAA  CAB  single    1.344  0.020  1.344
 7BT  CAE  CAF  single    1.469  0.020  1.469
 7BT  CAG  CAS  single    1.526  0.020  1.526
 7BT  CAB  OAD  double    1.223  0.020  1.223
 7BT  O5   C1   single    1.415  0.020  1.415
 7BT  O5   C5   single    1.414  0.020  1.414
 7BT  O6   C6   single    1.408  0.020  1.408
 7BT  C1   CAS  single    1.530  0.020  1.530
 7BT  C1   C2   single    1.534  0.020  1.534
 7BT  CAX  CAF  aromatic  1.393  0.020  1.393
 7BT  CAX  CAW  aromatic  1.392  0.020  1.392
 7BT  C6   C5   single    1.513  0.020  1.513
 7BT  CAF  CAT  aromatic  1.391  0.020  1.391
 7BT  C5   C4   single    1.531  0.020  1.531
 7BT  O4   C4   single    1.409  0.020  1.409
 7BT  OBA  CAW  single    1.344  0.020  1.344
 7BT  OBA  CBD  single    1.414  0.020  1.414
 7BT  C2   O2   single    1.407  0.020  1.407
 7BT  C2   C3   single    1.526  0.020  1.526
 7BT  CAW  CAV  aromatic  1.398  0.020  1.398
 7BT  CAT  CAU  aromatic  1.390  0.020  1.390
 7BT  C4   C3   single    1.529  0.020  1.529
 7BT  CAV  CAU  aromatic  1.398  0.020  1.398
 7BT  CAV  OAZ  single    1.358  0.020  1.358
 7BT  C3   O3   single    1.408  0.020  1.408
 7BT  CBC  OAZ  single    1.422  0.020  1.422
 7BT  CAU  OAY  single    1.345  0.020  1.345
 7BT  CBB  OAY  single    1.415  0.020  1.415
 7BT  C4   H1   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  C5   H2   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  C6   H3   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  C6   H4   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  C3   H5   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBB  H6   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBB  H7   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBB  H8   single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CAT  H9   single    0.930  0.020  1.080
 7BT  CBC  H10  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBC  H11  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBC  H12  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBD  H13  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBD  H14  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CBD  H15  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CAX  H16  single    0.930  0.020  1.080
 7BT  CAE  H17  single    0.930  0.020  1.080
 7BT  CAC  H18  single    0.930  0.020  1.080
 7BT  NAA  H19  single    0.860  0.020  1.020
 7BT  CAG  H20  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CAG  H21  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CAS  H22  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  CAS  H23  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  C1   H24  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  O6   H25  single    0.850  0.020  0.980
 7BT  O4   H26  single    0.850  0.020  0.980
 7BT  O3   H27  single    0.850  0.020  0.980
 7BT  C2   H28  single    0.970  0.020  1.090
 7BT  O2   H29  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 7BT  H1   C4   O4   110.93  3.000
 7BT  H1   C4   C3   108.50  3.000
 7BT  O4   C4   C3   108.62  3.000
 7BT  H1   C4   C5   108.05  3.000
 7BT  C3   C4   C5   108.35  3.000
 7BT  O4   C4   C5   112.29  3.000
 7BT  H2   C5   O5   110.65  3.000
 7BT  H2   C5   C6   107.62  3.000
 7BT  O5   C5   C6   107.88  3.000
 7BT  H2   C5   C4   107.92  3.000
 7BT  C6   C5   C4   112.38  3.000
 7BT  O5   C5   C4   110.37  3.000
 7BT  H4   C6   H3   107.15  3.000
 7BT  H4   C6   O6   111.28  3.000
 7BT  H3   C6   O6   111.66  3.000
 7BT  H4   C6   C5   109.58  3.000
 7BT  H3   C6   C5   107.97  3.000
 7BT  O6   C6   C5   109.12  3.000
 7BT  H5   C3   C2   108.41  3.000
 7BT  H5   C3   O3   110.10  3.000
 7BT  C2   C3   O3   107.36  3.000
 7BT  H5   C3   C4   107.20  3.000
 7BT  O3   C3   C4   112.87  3.000
 7BT  C2   C3   C4   110.84  3.000
 7BT  H8   CBB  H7   108.54  3.000
 7BT  H8   CBB  H6   108.87  3.000
 7BT  H7   CBB  H6   108.94  3.000
 7BT  H8   CBB  OAY  106.34  3.000
 7BT  H7   CBB  OAY  112.06  3.000
 7BT  H6   CBB  OAY  111.97  3.000
 7BT  CAV  CAU  CAT  120.09  3.000
 7BT  CAV  CAU  OAY  115.68  3.000
 7BT  CAT  CAU  OAY  124.24  3.000
 7BT  H9   CAT  CAF  119.55  3.000
 7BT  H9   CAT  CAU  120.45  3.000
 7BT  CAF  CAT  CAU  119.98  3.000
 7BT  CAW  CAV  OAZ  120.15  3.000
 7BT  OAZ  CAV  CAU  120.05  3.000
 7BT  CAW  CAV  CAU  119.79  3.000
 7BT  CBC  OAZ  CAV  114.37  3.000
 7BT  H12  CBC  H11  108.75  3.000
 7BT  H12  CBC  H10  108.71  3.000
 7BT  H11  CBC  H10  108.62  3.000
 7BT  H12  CBC  OAZ  111.74  3.000
 7BT  H11  CBC  OAZ  111.79  3.000
 7BT  H10  CBC  OAZ  107.13  3.000
 7BT  CAX  CAW  OBA  124.52  3.000
 7BT  OBA  CAW  CAV  115.58  3.000
 7BT  CAX  CAW  CAV  119.90  3.000
 7BT  CBD  OBA  CAW  118.37  3.000
 7BT  H15  CBD  H14  108.86  3.000
 7BT  H15  CBD  H13  108.77  3.000
 7BT  H14  CBD  H13  108.76  3.000
 7BT  H15  CBD  OBA  106.44  3.000
 7BT  H14  CBD  OBA  111.90  3.000
 7BT  H13  CBD  OBA  112.01  3.000
 7BT  H16  CAX  CAF  119.05  3.000
 7BT  H16  CAX  CAW  120.93  3.000
 7BT  CAF  CAX  CAW  120.02  3.000
 7BT  CAE  CAF  CAX  118.28  3.000
 7BT  CAX  CAF  CAT  120.19  3.000
 7BT  CAE  CAF  CAT  121.51  3.000
 7BT  H17  CAE  CAC  116.71  3.000
 7BT  H17  CAE  CAF  115.03  3.000
 7BT  CAC  CAE  CAF  128.25  3.000
 7BT  H18  CAC  CAB  116.13  3.000
 7BT  H18  CAC  CAE  117.96  3.000
 7BT  CAB  CAC  CAE  125.89  3.000
 7BT  NAA  CAB  OAD  122.98  3.000
 7BT  OAD  CAB  CAC  122.93  3.000
 7BT  NAA  CAB  CAC  114.08  3.000
 7BT  H19  NAA  CAG  118.60  3.000
 7BT  H19  NAA  CAB  119.02  3.000
 7BT  CAG  NAA  CAB  122.38  3.000
 7BT  H21  CAG  H20  107.12  3.000
 7BT  H21  CAG  CAS  110.53  3.000
 7BT  H20  CAG  CAS  110.33  3.000
 7BT  H21  CAG  NAA  108.57  3.000
 7BT  H20  CAG  NAA  107.44  3.000
 7BT  CAS  CAG  NAA  112.63  3.000
 7BT  H23  CAS  H22  106.38  3.000
 7BT  H23  CAS  C1   108.63  3.000
 7BT  H22  CAS  C1   111.67  3.000
 7BT  H23  CAS  CAG  109.17  3.000
 7BT  H22  CAS  CAG  108.77  3.000
 7BT  C1   CAS  CAG  112.04  3.000
 7BT  H24  C1   C2   108.27  3.000
 7BT  H24  C1   O5   104.78  3.000
 7BT  C2   C1   O5   108.77  3.000
 7BT  H24  C1   CAS  107.92  3.000
 7BT  C2   C1   CAS  113.84  3.000
 7BT  O5   C1   CAS  112.78  3.000
 7BT  C1   O5   C5   114.48  3.000
 7BT  H25  O6   C6   107.94  3.000
 7BT  H26  O4   C4   108.81  3.000
 7BT  H27  O3   C3   108.82  3.000
 7BT  H28  C2   O2   110.48  3.000
 7BT  H28  C2   C1   107.38  3.000
 7BT  O2   C2   C1   108.51  3.000
 7BT  H28  C2   C3   108.22  3.000
 7BT  O2   C2   C3   111.75  3.000
 7BT  C1   C2   C3   110.41  3.000
 7BT  H29  O2   C2   107.73  3.000
 7BT  CAU  OAY  CBB  118.29  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 7BT  CONST_01  CAX  CAF  CAT  CAU     0.00   0.0  0
 7BT  CONST_02  CAX  CAW  CAV  CAU     0.00   0.0  0
 7BT  CONST_03  CAW  CAX  CAF  CAT     0.00   0.0  0
 7BT  CONST_04  CAW  CAV  CAU  CAT     0.00   0.0  0
 7BT  CONST_05  CAF  CAX  CAW  CAV     0.00   0.0  0
 7BT  CONST_06  CAF  CAT  CAU  CAV     0.00   0.0  0
 7BT  CONST_07  CAF  CAT  CAU  OAY   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_08  CAW  CAV  CAU  OAY   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_09  CAE  CAF  CAT  CAU   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_10  OBA  CAW  CAV  CAU   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_11  OAZ  CAV  CAU  CAT   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_12  CAX  CAW  CAV  OAZ   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_13  CAE  CAF  CAX  CAW   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_14  CAF  CAX  CAW  OBA   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_15  H16  CAX  CAF  CAT   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_16  H9   CAT  CAU  CAV   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_17  CAG  NAA  CAB  CAC   180.00   0.0  0
 7BT  CONST_18  CAG  NAA  CAB  OAD     0.00   0.0  0
 7BT  CONST_19  H19  NAA  CAB  CAC     0.00   0.0  0
 7BT  Var_01    CAT  CAU  OAY  CBB    -6.63  30.0  2
 7BT  Var_02    CAC  CAE  CAF  CAT    36.07  30.0  2
 7BT  Var_03    CAW  CAV  OAZ  CBC   -89.74  30.0  2
 7BT  Var_04    CAX  CAW  OBA  CBD     1.25  30.0  2
 7BT  Var_05    CAB  CAC  CAE  CAF     6.42   0.0  2
 7BT  Var_06    C1   CAS  CAG  NAA  -178.28  30.0  3
 7BT  Var_07    H6   CBB  OAY  CAU   -57.41  30.0  3
 7BT  Var_08    H10  CBC  OAZ  CAV  -179.33  30.0  3
 7BT  Var_09    H13  CBD  OBA  CAW   -61.82  30.0  3
 7BT  Var_10    NAA  CAB  CAC  CAE  -138.27  30.0  2
 7BT  Var_11    CAS  CAG  NAA  CAB    77.87  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 7BT  chir_01  C4  C5  O4  C3   positiv
 7BT  chir_02  C5  O5  C4  C6   negativ
 7BT  chir_03  C3  O3  C4  C2   negativ
 7BT  chir_04  C1  O5  C2  CAS  negativ
 7BT  chir_05  C2  O2  C1  C3   negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 7BT  plan-1  CAU  0.020
 7BT  plan-1  CAT  0.020
 7BT  plan-1  CAV  0.020
 7BT  plan-1  OAZ  0.020
 7BT  plan-1  CAW  0.020
 7BT  plan-1  OBA  0.020
 7BT  plan-1  CAX  0.020
 7BT  plan-1  CAF  0.020
 7BT  plan-1  CAE  0.020
 7BT  plan-1  H9   0.020
 7BT  plan-1  H16  0.020
 7BT  plan-1  OAY  0.020
 7BT  plan-2  CAC  0.020
 7BT  plan-2  CAB  0.020
 7BT  plan-2  OAD  0.020
 7BT  plan-2  NAA  0.020
 7BT  plan-2  CAG  0.020
 7BT  plan-2  H19  0.020
 7BT  plan-3  CAF  0.020
 7BT  plan-3  CAE  0.020
 7BT  plan-3  CAC  0.020
 7BT  plan-3  CAB  0.020
 7BT  plan-3  H17  0.020
 7BT  plan-3  H18  0.020

