# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr 12 06:04:29 2020
#   Inital geometry file: a 87 line input string
#   Ligand name: (3aR,5R,6S,7R,7aR)-2-(butylamino)-5-(hydroxymethyl)-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCNC1=N[C@@H]2[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]2S1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 71I  71I  (3aR,5R,6S,7R,7aR)-2-(butylamino)-5-(hydroxymethyl)-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol  ligand  38  18  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_71I
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 71I  O1   O  OH1   0  -0.667   3.6585   2.9600   0.1116
 71I  C1   C  CH2   0  -0.161   3.9935   1.6033   0.2737
 71I  C2   C  CH1   0  -0.018   2.7336   0.7714   0.1908
 71I  O2   O  O2    0  -0.459   2.2004   0.9357  -1.1147
 71I  C3   C  CH1   0  -0.010   2.9927  -0.7158   0.4411
 71I  O3   O  OH1   0  -0.672   3.5092  -0.9488   1.7330
 71I  C4   C  CH1   0   0.071   1.6702  -1.4647   0.3503
 71I  O4   O  OH1   0  -0.667   1.8397  -2.8513   0.4916
 71I  C5   C  CR15  0  -0.182   0.9771  -1.2162  -0.9901
 71I  C6   C  CR15  0  -0.087   1.0313   0.2676  -1.3890
 71I  N1   N  N     0  -0.425  -0.4024  -1.6264  -0.9304
 71I  C7   C  CR5   0   0.332  -1.1761  -0.6526  -0.6322
 71I  S1   S  S2    0  -0.045  -0.4685   0.9770  -0.5463
 71I  N2   N  NH1   0  -0.645  -2.4948  -0.7790  -0.4045
 71I  C8   C  CH2   0  -0.252  -3.3591   0.2800   0.0773
 71I  C9   C  CH2   0  -0.455  -4.7962  -0.2094   0.1567
 71I  C10  C  CH2   0  -0.424  -5.7425   0.8648   0.6756
 71I  C11  C  CH3   0  -0.661  -7.1787   0.3733   0.7872
 71I  H1   H  HOH1  0   0.457   4.4468   3.4823   0.2838
 71I  H2   H  HCH2  0   0.200   4.7051   1.2618  -0.4914
 71I  H3   H  HCH2  0   0.208   4.4556   1.4186   1.2495
 71I  H4   H  HCH1  0   0.230   2.0144   1.1407   0.9380
 71I  H5   H  HCH1  0   0.227   3.6783  -1.0917  -0.3320
 71I  H6   H  HOH1  0   0.464   4.4694  -0.9196   1.7012
 71I  H7   H  HCH1  0   0.203   1.0216  -1.0658   1.1474
 71I  H8   H  HOH1  0   0.448   2.2835  -3.0070   1.3321
 71I  H9   H  HCR5  0   0.261   1.5106  -1.7862  -1.7586
 71I  H10  H  HCR5  0   0.308   0.8596   0.3755  -2.4609
 71I  H11  H  HNH1  0   0.392  -2.8113  -1.7283  -0.2719
 71I  H12  H  HCH2  0   0.230  -3.0407   0.6321   1.0656
 71I  H13  H  HCH2  0   0.238  -3.3027   1.1336  -0.6037
 71I  H14  H  HCH2  0   0.232  -5.1200  -0.5439  -0.8336
 71I  H15  H  HCH2  0   0.227  -4.8406  -1.0832   0.8158
 71I  H16  H  HCH2  0   0.219  -5.3973   1.2105   1.6545
 71I  H17  H  HCH2  0   0.219  -5.7056   1.7342   0.0127
 71I  H18  H  HCH3  0   0.229  -7.8377   1.1590   1.1580
 71I  H19  H  HCH3  0   0.219  -7.5630   0.0500  -0.1818
 71I  H20  H  HCH3  0   0.219  -7.2561  -0.4732   1.4718

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 71I  O1   C1   single  1.407  0.020  1.407
 71I  C1   C2   single  1.512  0.020  1.512
 71I  C2   O2   single  1.420  0.020  1.420
 71I  C2   C3   single  1.530  0.020  1.530
 71I  O2   C6   single  1.374  0.020  1.374
 71I  C3   O3   single  1.411  0.020  1.411
 71I  C3   C4   single  1.523  0.020  1.523
 71I  C4   O4   single  1.404  0.020  1.404
 71I  C4   C5   single  1.529  0.020  1.529
 71I  C5   C6   single  1.537  0.020  1.537
 71I  C5   N1   single  1.440  0.020  1.440
 71I  C6   S1   single  1.861  0.020  1.861
 71I  N1   C7   double  1.279  0.020  1.279
 71I  C7   S1   single  1.779  0.020  1.779
 71I  C7   N2   single  1.344  0.020  1.344
 71I  N2   C8   single  1.449  0.020  1.449
 71I  C8   C9   single  1.520  0.020  1.520
 71I  C9   C10  single  1.523  0.020  1.523
 71I  C10  C11  single  1.522  0.020  1.522
 71I  O1   H1   single  0.850  0.020  0.980
 71I  C1   H2   single  0.970  0.020  1.090
 71I  C1   H3   single  0.970  0.020  1.090
 71I  C2   H4   single  0.970  0.020  1.090
 71I  C3   H5   single  0.970  0.020  1.090
 71I  O3   H6   single  0.850  0.020  0.980
 71I  C4   H7   single  0.970  0.020  1.090
 71I  O4   H8   single  0.850  0.020  0.980
 71I  C5   H9   single  0.970  0.020  1.090
 71I  C6   H10  single  0.970  0.020  1.090
 71I  N2   H11  single  0.890  0.020  1.040
 71I  C8   H12  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C8   H13  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C9   H14  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C9   H15  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C10  H16  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C10  H17  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C11  H18  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C11  H19  single  0.970  0.020  1.090
 71I  C11  H20  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 71I  H1   O1   C1   107.94  3.000
 71I  H3   C1   H2   107.14  3.000
 71I  H3   C1   C2   107.91  3.000
 71I  H2   C1   C2   109.28  3.000
 71I  H3   C1   O1   111.45  3.000
 71I  H2   C1   O1   111.93  3.000
 71I  C2   C1   O1   109.02  3.000
 71I  H4   C2   C3   109.00  3.000
 71I  H4   C2   O2   109.87  3.000
 71I  C3   C2   O2   109.05  3.000
 71I  H4   C2   C1   108.82  3.000
 71I  C3   C2   C1   112.62  3.000
 71I  O2   C2   C1   107.44  3.000
 71I  C6   O2   C2   116.54  3.000
 71I  H5   C3   C4   109.36  3.000
 71I  H5   C3   O3   111.05  3.000
 71I  C4   C3   O3   106.94  3.000
 71I  H5   C3   C2   108.84  3.000
 71I  C4   C3   C2   108.74  3.000
 71I  O3   C3   C2   111.86  3.000
 71I  H6   O3   C3   109.29  3.000
 71I  H7   C4   C5   107.95  3.000
 71I  H7   C4   O4   110.83  3.000
 71I  C5   C4   O4   107.66  3.000
 71I  H7   C4   C3   106.86  3.000
 71I  C5   C4   C3   111.47  3.000
 71I  O4   C4   C3   112.02  3.000
 71I  H8   O4   C4   107.64  3.000
 71I  H9   C5   N1   110.33  3.000
 71I  H9   C5   C6   107.64  3.000
 71I  N1   C5   C6   108.63  3.000
 71I  H9   C5   C4   108.03  3.000
 71I  N1   C5   C4   110.57  3.000
 71I  C6   C5   C4   111.60  3.000
 71I  H10  C6   S1   106.28  3.000
 71I  H10  C6   C5   110.17  3.000
 71I  S1   C6   C5   102.83  3.000
 71I  H10  C6   O2   106.38  3.000
 71I  S1   C6   O2   114.20  3.000
 71I  C5   C6   O2   116.58  3.000
 71I  C7   N1   C5   111.85  3.000
 71I  N2   C7   S1   117.92  3.000
 71I  N2   C7   N1   124.15  3.000
 71I  S1   C7   N1   117.91  3.000
 71I  C7   S1   C6    87.11  3.000
 71I  H11  N2   C8   117.16  3.000
 71I  H11  N2   C7   114.73  3.000
 71I  C8   N2   C7   124.93  3.000
 71I  H13  C8   H12  107.20  3.000
 71I  H13  C8   C9   109.43  3.000
 71I  H12  C8   C9   109.32  3.000
 71I  H13  C8   N2   109.43  3.000
 71I  H12  C8   N2   111.17  3.000
 71I  C9   C8   N2   110.23  3.000
 71I  H15  C9   H14  106.78  3.000
 71I  H15  C9   C10  109.42  3.000
 71I  H14  C9   C10  109.89  3.000
 71I  H15  C9   C8   109.06  3.000
 71I  H14  C9   C8   109.32  3.000
 71I  C10  C9   C8   112.22  3.000
 71I  H17  C10  H16  106.28  3.000
 71I  H17  C10  C11  109.44  3.000
 71I  H16  C10  C11  109.52  3.000
 71I  H17  C10  C9   109.46  3.000
 71I  H16  C10  C9   109.38  3.000
 71I  C11  C10  C9   112.55  3.000
 71I  H20  C11  H19  107.59  3.000
 71I  H20  C11  H18  107.62  3.000
 71I  H19  C11  H18  107.61  3.000
 71I  H20  C11  C10  111.30  3.000
 71I  H19  C11  C10  111.27  3.000
 71I  H18  C11  C10  111.25  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 71I  CONST_01  S1   C7   N1   C5     0.00   0.0  0
 71I  CONST_02  N2   C7   N1   C5   180.00   0.0  0
 71I  CONST_03  C8   N2   C7   N1   180.00   0.0  0
 71I  CONST_04  C8   N2   C7   S1     0.00   0.0  0
 71I  CONST_05  H11  N2   C7   N1     0.00   0.0  0
 71I  Var_01    N1   C7   S1   C6    13.04  30.0  1
 71I  Var_02    C9   C8   N2   C7   177.49  30.0  3
 71I  Var_03    C10  C9   C8   N2   179.28  30.0  3
 71I  Var_04    C11  C10  C9   C8  -178.74  30.0  3
 71I  Var_05    H18  C11  C10  C9  -179.86  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 71I  chir_01  C2  C1  O2  C3  negativ
 71I  chir_02  C3  O3  C2  C4  positiv
 71I  chir_03  C4  O4  C5  C3  positiv
 71I  chir_04  C5  N1  C4  C6  positiv
 71I  chir_05  C6  S1  O2  C5  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 71I  plan-1  C5   0.020
 71I  plan-1  N1   0.020
 71I  plan-1  C7   0.020
 71I  plan-1  S1   0.020
 71I  plan-1  N2   0.020
 71I  plan-1  C8   0.020
 71I  plan-1  H11  0.020

