# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Aug  2 02:44:30 2021
#   Inital geometry file: a 222 line input string
#   Ligand name: (2~{R})-2-[5-[3-chloranyl-2-methyl-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]phenyl]-6-(5-fluoranylfuran-2-yl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]oxy-3-[2-[[2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]pyrazol-3-yl]methoxy]phenyl]propanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN1CCN(CCOc2ccc(c(C)c2Cl)c3c(sc4ncnc(O[C@H](Cc5ccccc5OCc6ccnn6CC(F)(F)F)C(O)=O)c34)c7oc(F)cc7)CC1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 70R  70R  '(2~{R})-2-[5-[3-chloranyl-2-methyl-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]phenyl]-6-(5-fluoranylfuran-2-yl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]oxy-3-[2-[[2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]pyrazol-3-yl]methoxy]phenyl]propanoic acid'  ligand  94  57  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_70R
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 70R  N1   N   N     0  -0.270  -21.6643  12.6091   -7.0101
 70R  N3   N   N     0  -0.465  -14.6394  14.6947   -4.4320
 70R  C4   C   CR6   0   0.371  -16.4607  10.1307   -6.1249
 70R  C5   C   CH2   0  -0.249  -18.7908  10.5844   -6.0089
 70R  C6   C   CR5   0   0.444  -19.7078  11.6507   -6.5037
 70R  C7   C   CR15  0  -0.549  -19.4317  12.9025   -6.9974
 70R  C8   C   CR15  0  -0.052  -20.6924  13.4481   -7.2951
 70R  C10  C   CT    0   0.989  -22.3048  10.5785   -4.6569
 70R  C13  C   CR16  0  -0.268  -14.1969   8.6302   -5.5182
 70R  C15  C   CR6   0   0.525  -13.6889  13.8366   -4.7226
 70R  C17  C   CR56  0  -0.005  -12.4114  14.7624   -2.9848
 70R  C20  C   CR5   0  -0.360  -10.3566  13.4069   -3.1969
 70R  C21  C   CR5   0   0.409   -9.0218  12.9076   -3.0122
 70R  C22  C   CR15  0  -0.373   -8.1522  12.1707   -3.7563
 70R  C24  C   CR5   0   0.608   -7.2015  12.7311   -1.8633
 70R  C26  C   CR6   0   0.141  -10.9086  10.6177   -4.7335
 70R  C28  C   CR6   0  -0.229  -10.5615   9.6969   -5.7158
 70R  C1   C   CH1   0  -0.067  -15.0548  13.0476   -6.4658
 70R  O1   O   O2    0  -0.473  -17.5036  10.9227   -6.4603
 70R  S1   S   S2    0   0.273  -10.9024  14.6935   -2.1537
 70R  C2   C   CH2   0  -0.552  -15.0697  11.8219   -7.3817
 70R  N2   N   NR5   0  -0.362  -21.0558  11.5185   -6.5350
 70R  O2   O   O2    0  -0.445  -13.8616  12.9701   -5.7046
 70R  C3   C   CR6   0   0.024  -15.2080  10.5532   -6.5905
 70R  O3   O   O     0  -0.434   -8.4177  13.2549   -1.8344
 70R  N4   N   N     0  -0.415  -13.3722  15.6228   -2.6644
 70R  N5   N   NT    0  -0.425   -8.0649   7.6368   -9.6164
 70R  N6   N   NT    0  -0.410   -5.9672   5.7253   -9.2326
 70R  C9   C   CH2   0  -0.502  -21.8519  10.4092   -6.0928
 70R  C11  C   CR16  0  -0.376  -16.5786   8.9692   -5.3696
 70R  C12  C   CR16  0  -0.254  -15.4425   8.2248   -5.0705
 70R  C14  C   CR16  0  -0.267  -14.0942   9.7930   -6.2724
 70R  C16  C   CR16  0   0.053  -14.4440  15.5424   -3.4210
 70R  C18  C   CR56  0  -0.017  -12.4749  13.8164   -4.0102
 70R  C19  C   CR5   0   0.210  -11.2863  13.0253   -4.1245
 70R  C23  C   CR15  0  -0.428   -6.9496  12.0493   -2.9981
 70R  C25  C   CR6   0  -0.065  -11.0408  11.9612   -5.1179
 70R  C29  C   CR6   0   0.482  -10.3829  10.0476   -7.0587
 70R  C30  C   CH2   0  -0.181   -9.8039   9.3773   -9.2650
 70R  C31  C   CH2   0  -0.307   -9.3747   8.1281  -10.0034
 70R  C32  C   CH2   0  -0.299   -8.1118   6.6656   -8.5361
 70R  C33  C   CH2   0  -0.284   -6.7104   6.2676   -8.1136
 70R  C34  C   CH3   0  -0.518   -4.6424   5.3056   -8.8400
 70R  C35  C   CH2   0  -0.282   -5.9267   6.6906  -10.3120
 70R  C36  C   CH2   0  -0.292   -7.3296   7.0788  -10.7381
 70R  C37  C   CR16  0  -0.404  -10.5630  11.3788   -7.4205
 70R  C38  C   CR16  0  -0.237  -10.8818  12.3140   -6.4512
 70R  C39  C   C     0   0.523  -15.1271  14.3192   -7.2916
 70R  CL1  CL  CL    0  -0.095  -10.3471   8.0290   -5.2942
 70R  F1   F   F     0  -0.298  -23.0805  11.6523   -4.4920
 70R  F2   F   F     0  -0.304  -21.2656  10.7175   -3.8225
 70R  F3   F   F     0  -0.301  -23.0015   9.5104   -4.2583
 70R  F4   F   F     0  -0.249   -6.4760  12.9602   -0.7987
 70R  H1   H   HCH2  0   0.254  -19.0940   9.6015   -6.3903
 70R  H2   H   HCH2  0   0.260  -18.8169  10.5292   -4.9146
 70R  H3   H   HCR5  0   0.267  -18.4664  13.3589   -7.1395
 70R  H4   H   HCR5  0   0.267  -20.9162  14.4174   -7.7137
 70R  H5   H   HCR6  0   0.237  -13.3122   8.0523   -5.2862
 70R  H6   H   HCR5  0   0.278   -8.3297  11.7676   -4.7392
 70R  H7   H   HCH1  0   0.298  -15.9308  13.0362   -5.8138
 70R  H8   H   HCH2  0   0.277  -14.1463  11.7993   -7.9652
 70R  H9   H   HCH2  0   0.284  -15.8918  11.9346   -8.0899
 70R  H11  H   HOH1  0   0.490  -14.0381  15.6501   -8.0722
 70R  H13  H   HCH2  0   0.329  -22.7246  10.3225   -6.7388
 70R  H14  H   HCH2  0   0.311  -21.2857   9.4814   -6.1784
 70R  H15  H   HCR6  0   0.285  -17.5388   8.6275   -5.0075
 70R  H16  H   HCR6  0   0.260  -15.5453   7.3225   -4.4818
 70R  H17  H   HCR6  0   0.250  -13.1262  10.1281   -6.6209
 70R  H18  H   HCR6  0   0.273  -15.2531  16.2302   -3.2078
 70R  H19  H   HCR5  0   0.291   -6.0432  11.5336   -3.2657
 70R  H20  H   HCH3  0   0.256  -10.1711   9.8696   -2.8596
 70R  H21  H   HCH3  0   0.257  -11.5394  10.9649   -2.7091
 70R  H22  H   HCH3  0   0.254  -11.7885   9.3167   -3.2682
 70R  H23  H   HCH2  0   0.229   -9.0168  10.1342   -9.3415
 70R  H24  H   HCH2  0   0.230  -10.7097   9.7770   -9.7339
 70R  H25  H   HCH2  0   0.250   -9.3437   8.4150  -11.0573
 70R  H26  H   HCH2  0   0.218  -10.1533   7.3546   -9.9223
 70R  H27  H   HCH2  0   0.245   -8.6299   7.0888   -7.6771
 70R  H28  H   HCH2  0   0.189   -8.6677   5.7611   -8.8391
 70R  H29  H   HCH2  0   0.234   -6.7776   5.5122   -7.3265
 70R  H30  H   HCH2  0   0.186   -6.2022   7.1461   -7.6773
 70R  H31  H   HCH3  0   0.232   -4.7061   4.5453   -8.0601
 70R  H32  H   HCH3  0   0.232   -4.1190   4.8686   -9.6917
 70R  H33  H   HCH3  0   0.190   -4.0224   6.1306   -8.4543
 70R  H34  H   HCH2  0   0.234   -5.3999   6.2551  -11.1646
 70R  H35  H   HCH2  0   0.186   -5.3753   7.6022  -10.0200
 70R  H36  H   HCH2  0   0.238   -7.2625   7.8261  -11.5316
 70R  H37  H   HCH2  0   0.191   -7.8354   6.1948  -11.1622
 70R  H38  H   HCR6  0   0.291  -10.4495  11.7017   -8.4458
 70R  H39  H   HCR6  0   0.255  -10.9981  13.3490   -6.7458
 70R  O5   O   OH1   0  -0.574  -13.9449  14.8555   -7.5239
 70R  O6   O   O     0  -0.430  -16.1694  14.7389   -7.7263
 70R  C27  C   CH3   0  -0.739  -11.1143  10.1719   -3.3184
 70R  O4   O   O2    0  -0.456  -10.0581   9.0646   -7.9023

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 70R  C36  C35  single    1.517  0.020  1.517
 70R  C36  N5   single    1.453  0.020  1.453
 70R  C35  N6   single    1.449  0.020  1.449
 70R  C31  N5   single    1.452  0.020  1.452
 70R  C31  C30  single    1.513  0.020  1.513
 70R  N5   C32  single    1.453  0.020  1.453
 70R  N6   C34  single    1.444  0.020  1.444
 70R  N6   C33  single    1.449  0.020  1.449
 70R  C30  O4   single    1.421  0.020  1.421
 70R  C32  C33  single    1.517  0.020  1.517
 70R  O6   C39  double    1.205  0.020  1.205
 70R  O4   C29  single    1.335  0.020  1.335
 70R  C2   C3   single    1.502  0.020  1.502
 70R  C2   C1   single    1.530  0.020  1.530
 70R  C39  O5   single    1.319  0.020  1.319
 70R  C39  C1   single    1.518  0.020  1.518
 70R  C37  C29  aromatic  1.391  0.020  1.391
 70R  C37  C38  aromatic  1.384  0.020  1.384
 70R  C29  C28  aromatic  1.399  0.020  1.399
 70R  C3   C14  aromatic  1.385  0.020  1.385
 70R  C3   C4   aromatic  1.402  0.020  1.402
 70R  C8   C7   aromatic  1.406  0.020  1.406
 70R  C8   N1   aromatic  1.315  0.020  1.315
 70R  C7   C6   aromatic  1.374  0.020  1.374
 70R  C14  C13  aromatic  1.390  0.020  1.390
 70R  O1   C4   single    1.352  0.020  1.352
 70R  O1   C5   single    1.405  0.020  1.405
 70R  C1   O2   single    1.417  0.020  1.417
 70R  N1   N2   aromatic  1.336  0.020  1.336
 70R  C6   N2   aromatic  1.355  0.020  1.355
 70R  C6   C5   single    1.491  0.020  1.491
 70R  C4   C11  aromatic  1.390  0.020  1.390
 70R  C38  C25  aromatic  1.388  0.020  1.388
 70R  N2   C9   single    1.435  0.020  1.435
 70R  C13  C12  aromatic  1.384  0.020  1.384
 70R  C9   C10  single    1.515  0.020  1.515
 70R  C11  C12  aromatic  1.391  0.020  1.391
 70R  O2   C15  single    1.321  0.020  1.321
 70R  C28  CL1  single    1.734  0.020  1.734
 70R  C28  C26  aromatic  1.390  0.020  1.390
 70R  C25  C26  aromatic  1.404  0.020  1.404
 70R  C25  C19  single    1.476  0.020  1.476
 70R  C15  N3   aromatic  1.313  0.020  1.313
 70R  C15  C18  aromatic  1.408  0.020  1.408
 70R  C26  C27  single    1.498  0.020  1.498
 70R  C10  F1   single    1.335  0.020  1.335
 70R  C10  F3   single    1.336  0.020  1.336
 70R  C10  F2   single    1.340  0.020  1.340
 70R  N3   C16  aromatic  1.334  0.020  1.334
 70R  C19  C18  aromatic  1.432  0.020  1.432
 70R  C19  C20  aromatic  1.368  0.020  1.368
 70R  C18  C17  aromatic  1.397  0.020  1.397
 70R  C22  C23  aromatic  1.427  0.020  1.427
 70R  C22  C21  aromatic  1.361  0.020  1.361
 70R  C16  N4   aromatic  1.314  0.020  1.314
 70R  C20  C21  single    1.437  0.020  1.437
 70R  C20  S1   aromatic  1.744  0.020  1.744
 70R  C17  N4   aromatic  1.329  0.020  1.329
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 70R  CONST_12  C25  C19  C18  C15     0.00   0.0  0
 70R  CONST_13  C20  C19  C18  C15   180.00   0.0  0
 70R  CONST_14  N4   C17  C18  C15     0.00   0.0  0
 70R  CONST_15  S1   C17  C18  C15   180.00   0.0  0
 70R  CONST_16  C25  C19  C18  C17   180.00   0.0  0
 70R  CONST_17  C20  C19  C18  C17     0.00   0.0  0
 70R  CONST_18  C19  C20  S1   C17     0.00   0.0  0
 70R  CONST_19  C21  C20  S1   C17   180.00   0.0  0
 70R  CONST_22  C23  C22  C21  C20   180.00   0.0  0
 70R  CONST_23  C24  O3   C21  C20   180.00   0.0  0
 70R  CONST_24  C18  C17  S1   C20     0.00   0.0  0
 70R  CONST_25  N4   C17  S1   C20   180.00   0.0  0
 70R  CONST_26  C24  C23  C22  C21     0.00   0.0  0
 70R  CONST_27  C25  C19  C20  C21     0.00   0.0  0
 70R  CONST_28  C18  C19  C20  C21   180.00   0.0  0
 70R  CONST_29  C23  C24  O3   C21     0.00   0.0  0
 70R  CONST_30  O3   C24  C23  C22     0.00   0.0  0
 70R  CONST_33  C24  O3   C21  C22     0.00   0.0  0
 70R  CONST_34  C37  C29  C28  C26     0.00   0.0  0
 70R  CONST_35  C37  C38  C25  C26     0.00   0.0  0
 70R  CONST_37  C38  C37  C29  C28     0.00   0.0  0
 70R  CONST_38  C38  C25  C26  C28     0.00   0.0  0
 70R  CONST_39  C19  C25  C26  C28   180.00   0.0  0
 70R  CONST_40  C25  C19  C20  S1    180.00   0.0  0
 70R  CONST_41  C18  C19  C20  S1      0.00   0.0  0
 70R  CONST_43  C19  C18  C17  S1      0.00   0.0  0
 70R  CONST_44  C16  N4   C17  S1    180.00   0.0  0
 70R  CONST_45  C12  C13  C14  C3      0.00   0.0  0
 70R  CONST_46  C12  C11  C4   C3      0.00   0.0  0
 70R  CONST_47  C23  C22  C21  O3      0.00   0.0  0
 70R  CONST_48  C19  C20  C21  O3    180.00   0.0  0
 70R  CONST_49  C19  C18  C17  N4    180.00   0.0  0
 70R  CONST_50  C14  C3   C4   C11     0.00   0.0  0
 70R  CONST_51  C14  C13  C12  C11     0.00   0.0  0
 70R  CONST_52  C18  C15  N3   C16     0.00   0.0  0
 70R  CONST_53  C18  C17  N4   C16     0.00   0.0  0
 70R  CONST_55  C37  C38  C25  C19   180.00   0.0  0
 70R  CONST_56  C29  C37  C38  C25     0.00   0.0  0
 70R  CONST_57  C29  C28  C26  C25     0.00   0.0  0
 70R  CONST_58  C5   C6   N2   N1    180.00   0.0  0
 70R  CONST_59  C8   C7   C6   C5    180.00   0.0  0
 70R  CONST_60  C9   N2   C6   C7    180.00   0.0  0
 70R  CONST_61  C9   N2   N1   C8    180.00   0.0  0
 70R  CONST_62  C2   C3   C14  C13   180.00   0.0  0
 70R  CONST_63  O2   C15  C18  C17   180.00   0.0  0
 70R  CONST_64  F4   C24  O3   C21   180.00   0.0  0
 70R  CONST_65  F4   C24  C23  C22   180.00   0.0  0
 70R  CONST_66  O4   C29  C28  C26   180.00   0.0  0
 70R  CONST_67  C14  C3   C4   O1    180.00   0.0  0
 70R  CONST_68  C12  C11  C4   O1    180.00   0.0  0
 70R  CONST_69  C11  C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 70R  CONST_70  C16  N3   C15  O2    180.00   0.0  0
 70R  CONST_71  C19  C18  C15  O2      0.00   0.0  0
 70R  CONST_72  C38  C37  C29  O4    180.00   0.0  0
 70R  CONST_73  C27  C26  C25  C19     0.00   0.0  0
 70R  CONST_74  CL1  C28  C26  C25   180.00   0.0  0
 70R  CONST_75  C29  C28  C26  C27   180.00   0.0  0
 70R  CONST_76  C38  C25  C26  C27   180.00   0.0  0
 70R  CONST_77  CL1  C28  C29  C37   180.00   0.0  0
 70R  CONST_78  H3   C7   C8   N1    180.00   0.0  0
 70R  CONST_79  H17  C14  C3   C4    180.00   0.0  0
 70R  CONST_80  H16  C12  C11  C4    180.00   0.0  0
 70R  CONST_81  H4   C8   C7   C6    180.00   0.0  0
 70R  CONST_82  H15  C11  C12  C13   180.00   0.0  0
 70R  CONST_83  H18  C16  N3   C15   180.00   0.0  0
 70R  CONST_84  H6   C22  C21  C20     0.00   0.0  0
 70R  CONST_85  H19  C23  C22  C21   180.00   0.0  0
 70R  CONST_86  H39  C38  C25  C26   180.00   0.0  0
 70R  CONST_87  H38  C37  C29  C28   180.00   0.0  0
 70R  CONST_88  H5   C13  C14  C3    180.00   0.0  0
 70R  CONST_89  H11  O5   C39  C1    180.00   0.0  0
 70R  Var_01    N6   C35  C36  N5     58.54  30.0  1
 70R  Var_02    N6   C33  C32  N5    -57.74  30.0  1
 70R  Var_03    C35  C36  N5   C32   -58.11  30.0  1
 70R  Var_04    C35  N6   C33  C32    57.02  30.0  1
 70R  Var_05    C36  C35  N6   C33   -57.39  30.0  1
 70R  Var_06    C36  N5   C32  C33    57.73  30.0  1
 70R  Var_07    C10  C9   N2   N1    -84.94  30.0  2
 70R  Var_08    C1   C2   C3   C4     80.35  30.0  1
 70R  Var_09    C6   C5   O1   C4    178.56  30.0  3
 70R  Var_10    C3   C4   O1   C5   -178.69  30.0  2
 70R  Var_11    O1   C5   C6   C7    -15.76  30.0  2
 70R  Var_12    C18  C15  O2   C1   -176.45  30.0  2
 70R  Var_13    C37  C29  O4   C30     3.40  30.0  2
 70R  Var_14    H20  C27  C26  C28    69.32  30.0  2
 70R  Var_15    H31  C34  N6   C33    59.10  30.0  3
 70R  Var_16    F1   C10  C9   N2     62.02  30.0  3
 70R  Var_17    N5   C31  C30  O4    -69.23  30.0  1
 70R  Var_18    C31  C30  O4   C29   176.51  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 70R  chir_01  C1  C2  C39  O2  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 70R  plan-1  N1   0.020
 70R  plan-1  C5   0.020
 70R  plan-1  C6   0.020
 70R  plan-1  C7   0.020
 70R  plan-1  C8   0.020
 70R  plan-1  N2   0.020
 70R  plan-1  C9   0.020
 70R  plan-1  H3   0.020
 70R  plan-1  H4   0.020
 70R  plan-2  C20  0.020
 70R  plan-2  C21  0.020
 70R  plan-2  C22  0.020
 70R  plan-2  C24  0.020
 70R  plan-2  O3   0.020
 70R  plan-2  C23  0.020
 70R  plan-2  F4   0.020
 70R  plan-2  H6   0.020
 70R  plan-2  H19  0.020
 70R  plan-3  C4   0.020
 70R  plan-3  C13  0.020
 70R  plan-3  O1   0.020
 70R  plan-3  C2   0.020
 70R  plan-3  C3   0.020
 70R  plan-3  C11  0.020
 70R  plan-3  C12  0.020
 70R  plan-3  C14  0.020
 70R  plan-3  H5   0.020
 70R  plan-3  H15  0.020
 70R  plan-3  H16  0.020
 70R  plan-3  H17  0.020
 70R  plan-4  C26  0.020
 70R  plan-4  C28  0.020
 70R  plan-4  C19  0.020
 70R  plan-4  C25  0.020
 70R  plan-4  C29  0.020
 70R  plan-4  C37  0.020
 70R  plan-4  C38  0.020
 70R  plan-4  CL1  0.020
 70R  plan-4  H38  0.020
 70R  plan-4  H39  0.020
 70R  plan-4  C27  0.020
 70R  plan-4  O4   0.020
 70R  plan-5  N3   0.020
 70R  plan-5  C15  0.020
 70R  plan-5  C17  0.020
 70R  plan-5  C20  0.020
 70R  plan-5  C21  0.020
 70R  plan-5  S1   0.020
 70R  plan-5  O2   0.020
 70R  plan-5  N4   0.020
 70R  plan-5  C16  0.020
 70R  plan-5  C18  0.020
 70R  plan-5  C19  0.020
 70R  plan-5  C25  0.020
 70R  plan-5  H18  0.020
 70R  plan-6  C1   0.020
 70R  plan-6  C39  0.020
 70R  plan-6  H11  0.020
 70R  plan-6  O5   0.020
 70R  plan-6  O6   0.020

