# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 13 05:56:42 2020
#   Inital geometry file: a 182 line input string
#   Ligand name: (4~{S})-5-[5-chloranyl-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl]-4-(4-chloranyl-2-methyl-phenyl)-2-(2-methoxyphenyl)-3-propan-2-yl-4~{H}-pyrrolo[3,4-c]pyrazol-6-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccccc1n2nc3C(=O)N([C@@H](c4ccc(Cl)cc4C)c3c2C(C)C)c5cc(Cl)ccc5OCCN(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6ZT  6ZT  (4~{S})-5-[5-chloranyl-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl]-4-(4-chloranyl-2-methyl-phenyl)-2-(2-methoxyphenyl)-3-propan-2-yl-4~{H}-pyrrolo[3,4-c]pyrazol-6-one  ligand  75  41  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_6ZT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6ZT  C2   C   CR6   0  -0.073   4.6379   0.5331   1.9107
 6ZT  C3   C   CR16  0  -0.217   3.2628   0.3618   1.8720
 6ZT  C41  C   CR16  0  -0.230  -7.1755   0.8879   0.9986
 6ZT  C43  C   CR16  0  -0.292  -6.5476   1.8641   0.2409
 6ZT  C45  C   CR16  0  -0.253  -5.1646   1.8412   0.1243
 6ZT  C48  C   CH3   0  -0.440  -4.8430  -2.1235   2.7892
 6ZT  C52  C   CH1   0  -0.354  -2.7305  -0.5647  -1.4963
 6ZT  C58  C   CH3   0  -0.651  -3.3234   0.3634  -2.5586
 6ZT  C12  C   CH2   0  -0.204   2.8466   3.2223  -1.9707
 6ZT  C15  C   CH2   0  -0.294   1.7964   3.2960  -3.0589
 6ZT  C19  C   CH3   0  -0.523  -0.0013   4.4872  -4.0583
 6ZT  C23  C   CH3   0  -0.526  -0.2618   3.7027  -1.8296
 6ZT  C28  C   CR15  0  -0.254   0.4605   0.1750  -0.2309
 6ZT  C30  C   CR55  0  -0.114  -0.9662   0.4281   0.1103
 6ZT  CL1  CL  CL    0  -0.132   5.5715  -0.3263   3.0920
 6ZT  C5   C   CR6   0   0.243   2.5153   1.0456   0.9296
 6ZT  C6   C   CR6   0   0.393   3.1417   1.9062   0.0153
 6ZT  C7   C   CR16  0  -0.391   4.5225   2.0641   0.0663
 6ZT  C9   C   CR16  0  -0.199   5.2684   1.3777   1.0151
 6ZT  O11  O   O2    0  -0.467   2.3271   2.5144  -0.8533
 6ZT  N18  N   NT    0  -0.406   0.6829   4.1918  -2.8146
 6ZT  N27  N   NR5   0  -0.604   1.1185   0.8928   0.8798
 6ZT  C31  C   CR5   0   0.431  -2.2534   0.1836  -0.2888
 6ZT  N32  N   NR5   0  -0.447  -3.0177   0.8303   0.6453
 6ZT  N33  N   N     0  -0.278  -2.3097   1.4483   1.5991
 6ZT  C34  C   CR55  0   0.081  -1.0664   1.1980   1.2565
 6ZT  C35  C   CR5   0   0.533   0.2748   1.5279   1.7577
 6ZT  O36  O   O     0  -0.455   0.6131   2.2007   2.7086
 6ZT  C37  C   CR6   0   0.196  -4.4322   0.8503   0.7505
 6ZT  C38  C   CR6   0   0.396  -5.0588  -0.1299   1.5296
 6ZT  C39  C   CR16  0  -0.389  -6.4466  -0.1050   1.6417
 6ZT  O47  O   O2    0  -0.452  -4.2564  -1.0333   2.1019
 6ZT  C54  C   CH3   0  -0.648  -3.6671  -1.7341  -1.1933
 6ZT  C62  C   CR6   0   0.168   0.8654  -1.2803  -0.2642
 6ZT  C63  C   CR6   0   0.070   1.6594  -1.7934  -1.2937
 6ZT  C64  C   CR16  0  -0.252   2.0129  -3.1414  -1.2574
 6ZT  C66  C   CR6   0  -0.039   1.5935  -3.9494  -0.2158
 6ZT  C67  C   CR16  0  -0.218   0.8116  -3.4484   0.8125
 6ZT  C69  C   CR16  0  -0.302   0.4554  -2.1123   0.7716
 6ZT  CL7  CL  CL    0  -0.129   2.0557  -5.6200  -0.1994
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 6ZT  H2   H   HCR6  0   0.268  -8.2529   0.8923   1.1001
 6ZT  H3   H   HCR6  0   0.263  -7.1223   2.6366  -0.2506
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 6ZT  H5   H   HCH3  0   0.233  -5.5009  -2.7041   2.1383
 6ZT  H6   H   HCH3  0   0.264  -4.0216  -2.7557   3.1153
 6ZT  H7   H   HCH3  0   0.234  -5.4063  -1.7975   3.6668
 6ZT  H8   H   HCH1  0   0.253  -1.8158  -0.9928  -1.9178
 6ZT  H9   H   HCH3  0   0.234  -2.6618   1.2033  -2.7742
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 6ZT  H11  H   HCH3  0   0.231  -4.2891   0.7649  -2.2507
 6ZT  H12  H   HCH2  0   0.239   3.7138   2.6958  -2.3804
 6ZT  H13  H   HCH2  0   0.239   3.1677   4.2234  -1.6674
 6ZT  H14  H   HCH2  0   0.251   2.3228   3.6599  -3.9446
 6ZT  H15  H   HCH2  0   0.202   1.4628   2.2709  -3.3018
 6ZT  H16  H   HCH3  0   0.235  -0.8055   5.2013  -3.8779
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 6ZT  H18  H   HCH3  0   0.193  -0.4459   3.5986  -4.5332
 6ZT  H19  H   HCH3  0   0.187  -0.6699   2.7080  -2.0783
 6ZT  H20  H   HCH3  0   0.242   0.1856   3.6395  -0.8409
 6ZT  H21  H   HCH3  0   0.234  -1.1028   4.3938  -1.7653
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 6ZT  H23  H   HCR6  0   0.297   5.0361   2.7291  -0.6145
 6ZT  H24  H   HCR6  0   0.287   6.3408   1.5133   1.0483
 6ZT  H26  H   HCR6  0   0.289  -6.9720  -0.8474   2.2264
 6ZT  H27  H   HCH3  0   0.226  -4.6552  -1.3967  -0.8819
 6ZT  H28  H   HCH3  0   0.243  -3.7968  -2.3317  -2.0960
 6ZT  H29  H   HCH3  0   0.238  -3.2636  -2.3826  -0.4164
 6ZT  H30  H   HCR6  0   0.274   2.6212  -3.5564  -2.0507
 6ZT  H31  H   HCR6  0   0.279   0.4841  -4.0827   1.6246
 6ZT  H32  H   HCR6  0   0.260  -0.1615  -1.7115   1.5673
 6ZT  H33  H   HCH3  0   0.251   2.7999  -0.1406  -2.0820
 6ZT  H34  H   HCH3  0   0.269   2.7237  -1.5392  -3.1401
 6ZT  H35  H   HCH3  0   0.251   1.3297  -0.4830  -2.9854

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6ZT  C54  C52  single    1.529  0.020  1.529
 6ZT  C58  C52  single    1.530  0.020  1.530
 6ZT  C72  C63  single    1.503  0.020  1.503
 6ZT  C52  C31  single    1.498  0.020  1.498
 6ZT  C64  C63  aromatic  1.394  0.020  1.394
 6ZT  C64  C66  aromatic  1.383  0.020  1.383
 6ZT  C63  C62  aromatic  1.398  0.020  1.398
 6ZT  CL7  C66  single    1.733  0.020  1.733
 6ZT  C41  C43  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6ZT  C41  C39  aromatic  1.390  0.020  1.390
 6ZT  C43  C45  aromatic  1.388  0.020  1.388
 6ZT  C31  C30  aromatic  1.370  0.020  1.370
 6ZT  C31  N32  aromatic  1.369  0.020  1.369
 6ZT  C66  C67  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6ZT  C39  C38  aromatic  1.392  0.020  1.392
 6ZT  C19  N18  single    1.450  0.020  1.450
 6ZT  C23  N18  single    1.450  0.020  1.450
 6ZT  C45  C37  aromatic  1.382  0.020  1.382
 6ZT  C48  O47  single    1.416  0.020  1.416
 6ZT  C38  C37  aromatic  1.400  0.020  1.400
 6ZT  C38  O47  single    1.337  0.020  1.337
 6ZT  C62  C28  single    1.511  0.020  1.511
 6ZT  C62  C69  aromatic  1.390  0.020  1.390
 6ZT  C37  N32  single    1.419  0.020  1.419
 6ZT  N18  C15  single    1.450  0.020  1.450
 6ZT  C28  C30  single    1.489  0.020  1.489
 6ZT  C28  N27  single    1.477  0.020  1.477
 6ZT  C30  C34  aromatic  1.384  0.020  1.384
 6ZT  N32  N33  aromatic  1.339  0.020  1.339
 6ZT  C67  C69  aromatic  1.383  0.020  1.383
 6ZT  N33  C34  aromatic  1.314  0.020  1.314
 6ZT  C34  C35  single    1.469  0.020  1.469
 6ZT  N27  C5   single    1.406  0.020  1.406
 6ZT  N27  C35  single    1.373  0.020  1.373
 6ZT  O11  C6   single    1.337  0.020  1.337
 6ZT  O11  C12  single    1.421  0.020  1.421
 6ZT  C15  C12  single    1.514  0.020  1.514
 6ZT  C6   C5   aromatic  1.403  0.020  1.403
 6ZT  C6   C7   aromatic  1.391  0.020  1.391
 6ZT  C5   C3   aromatic  1.384  0.020  1.384
 6ZT  C35  O36  double    1.213  0.020  1.213
 6ZT  C7   C9   aromatic  1.388  0.020  1.388
 6ZT  C3   C2   aromatic  1.386  0.020  1.386
 6ZT  C2   C9   aromatic  1.383  0.020  1.383
 6ZT  C2   CL1  single    1.734  0.020  1.734
 6ZT  C3   H1   single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C41  H2   single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C43  H3   single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C45  H4   single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C48  H5   single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C48  H6   single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C48  H7   single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C52  H8   single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C58  H9   single    0.970  0.020  1.090
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 6ZT  C58  H11  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C12  H12  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C12  H13  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C15  H14  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C15  H15  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C19  H16  single    0.970  0.020  1.090
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 6ZT  C23  H21  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C28  H22  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C7   H23  single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C9   H24  single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C39  H26  single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C54  H27  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C54  H28  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C54  H29  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C64  H30  single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C67  H31  single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C69  H32  single    0.930  0.020  1.080
 6ZT  C72  H33  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C72  H34  single    0.970  0.020  1.090
 6ZT  C72  H35  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6ZT  C9   C2   CL1  119.89  3.000
 6ZT  CL1  C2   C3   119.47  3.000
 6ZT  C9   C2   C3   120.63  3.000
 6ZT  H1   C3   C5   119.40  3.000
 6ZT  H1   C3   C2   121.01  3.000
 6ZT  C5   C3   C2   119.59  3.000
 6ZT  H2   C41  C39  118.80  3.000
 6ZT  H2   C41  C43  119.96  3.000
 6ZT  C39  C41  C43  121.24  3.000
 6ZT  H3   C43  C45  120.22  3.000
 6ZT  H3   C43  C41  120.73  3.000
 6ZT  C45  C43  C41  119.05  3.000
 6ZT  H4   C45  C37  119.11  3.000
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 6ZT  C37  C45  C43  120.12  3.000
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 6ZT  H32  C69  C62  119.57  3.000
 6ZT  C67  C69  C62  121.61  3.000
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 6ZT  H34  C72  C63  110.83  3.000
 6ZT  H33  C72  C63  111.53  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 6ZT  Var_02    C39  C38  O47  C48     5.57  30.0  1
 6ZT  Var_03    C30  C31  C52  C58  -107.83  30.0  2
 6ZT  Var_04    C5   C6   O11  C12  -168.94  30.0  2
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 6ZT  Var_07    H27  C54  C52  C31    72.52  30.0  3
 6ZT  Var_08    H9   C58  C52  C31    49.47  30.0  3
 6ZT  Var_09    H5   C48  O47  C38    57.81  30.0  3
 6ZT  Var_10    C19  N18  C15  C12   162.14  30.0  1
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 6ZT  Var_12    H16  C19  N18  C15  -177.08  30.0  3
 6ZT  Var_13    H19  C23  N18  C15   -55.99  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 6ZT  chir_01  C28  C62  C30  N27  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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