# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Sep 21 09:47:51 2022
#   Inital geometry file: a 156 line input string
#   Ligand name: bis[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6YY  6YY  "bis[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate"  ligand  58  45  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_6YY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6YY  O01  O  OH1   0  -0.609  -0.8479  31.2595  -45.0698
 6YY  P02  P  P     0   1.378  -2.3684  30.8243  -45.1885
 6YY  O03  O  O     0  -0.703  -2.9763  30.8631  -46.5227
 6YY  O04  O  O2    0  -0.661  -2.4300  29.3093  -44.5865
 6YY  P05  P  P     0   1.456  -2.0989  28.7839  -43.1130
 6YY  O06  O  O     0  -0.647  -0.9530  29.3926  -42.4362
 6YY  O07  O  O2    0  -0.616  -1.9036  27.2207  -43.5214
 6YY  P08  P  P     0   1.430  -2.3636  25.8975  -42.7567
 6YY  O09  O  OH1   0  -0.628  -1.7712  26.1207  -41.3204
 6YY  O10  O  O2    0  -0.607  -1.3846  24.8132  -43.4175
 6YY  P11  P  P     0   1.458  -1.5202  23.9151  -44.7650
 6YY  O12  O  OH1   0  -0.650  -2.4866  24.7225  -45.7198
 6YY  O13  O  O2    0  -0.590  -2.5043  22.7685  -44.2203
 6YY  P14  P  P     0   1.463  -3.3932  21.7437  -45.1272
 6YY  O15  O  O     0  -0.710  -2.7707  21.4181  -46.4108
 6YY  O16  O  O2    0  -0.619  -4.7768  22.5274  -45.2734
 6YY  P17  P  P     0   1.369  -5.8860  23.0651  -44.2131
 6YY  O18  O  OH1   0  -0.735  -5.1278  23.3951  -42.8935
 6YY  O19  O  O2    0  -0.622  -6.5744  21.6833  -43.7339
 6YY  P20  P  P     0   1.438  -7.7517  20.8322  -44.4175
 6YY  O21  O  OH1   0  -0.671  -8.7455  20.7580  -43.2001
 6YY  O22  O  O2    0  -0.529  -7.0722  19.3607  -44.4115
 6YY  P23  P  P     0   1.443  -6.2520  18.6888  -45.6322
 6YY  O24  O  O     0  -0.726  -5.4871  19.6259  -46.4595
 6YY  O25  O  O2    0  -0.665  -7.4745  17.9197  -46.3413
 6YY  P26  P  P     0   1.456  -7.5477  16.8139  -47.5190
 6YY  O27  O  O     0  -0.799  -8.8338  16.8848  -48.2116
 6YY  O28  O  O2    0  -0.553  -7.2237  15.4369  -46.7504
 6YY  P29  P  P     0   1.388  -8.2247  14.6126  -45.7797
 6YY  O30  O  OH1   0  -0.665  -7.1120  13.8106  -45.0009
 6YY  O31  O  O2    0  -0.530  -8.9585  13.5850  -46.7644
 6YY  P32  P  P     0   1.376  -8.4637  12.2762  -47.6153
 6YY  O33  O  OH1   0  -0.705  -7.0227  12.6595  -48.1492
 6YY  O34  O  O     0  -0.722  -9.5178  11.9139  -48.5695
 6YY  O35  O  OH1   0  -0.621  -8.0297  11.2195  -46.5201
 6YY  O36  O  O     0  -0.669  -9.1911  15.4316  -45.0447
 6YY  O37  O  OH1   0  -0.689  -6.1950  16.9128  -48.3219
 6YY  O38  O  OH1   0  -0.675  -5.5071  17.4876  -44.9339
 6YY  O39  O  O     0  -0.632  -8.2302  21.2812  -45.7263
 6YY  O40  O  O     0  -0.657  -6.7589  24.0451  -44.8604
 6YY  O41  O  OH1   0  -0.630  -3.7472  20.6274  -44.0762
 6YY  O42  O  O     0  -0.672  -0.2095  23.4880  -45.2477
 6YY  O43  O  O     0  -0.593  -3.8039  25.5929  -42.8815
 6YY  O44  O  OH1   0  -0.741  -3.4979  28.7658  -42.3777
 6YY  O45  O  OH1   0  -0.741  -3.0581  31.5909  -43.9854
 6YY  H1   H  HOH1  0   0.520  -0.3177  31.1109  -45.8663
 6YY  H2   H  HOH1  0   0.518  -2.1653  25.5967  -40.6050
 6YY  H3   H  HOH1  0   0.548  -2.0549  25.2714  -46.3941
 6YY  H4   H  HOH1  0   0.508  -4.6459  24.2846  -42.8632
 6YY  H5   H  HOH1  0   0.528  -9.6302  20.4168  -43.4061
 6YY  H6   H  HOH1  0   0.514  -7.4166  13.3282  -44.2161
 6YY  H7   H  HOH1  0   0.500  -7.0113  13.2060  -48.9488
 6YY  H8   H  HOH1  0   0.454  -8.7529  10.6825  -46.1648
 6YY  H9   H  HOH1  0   0.510  -6.1718  17.5830  -49.0227
 6YY  H10  H  HOH1  0   0.531  -4.5830  17.6552  -44.6949
 6YY  H11  H  HOH1  0   0.498  -3.1297  19.8817  -44.0218
 6YY  H12  H  HOH1  0   0.501  -3.5268  29.2493  -41.5385
 6YY  H13  H  HOH1  0   0.497  -3.1979  32.5407  -44.1150

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6YY  O34  P32  double  1.467  0.020  1.467
 6YY  O33  P32  single  1.584  0.020  1.584
 6YY  P32  O31  single  1.638  0.020  1.638
 6YY  P32  O35  single  1.583  0.020  1.583
 6YY  O31  P29  single  1.601  0.020  1.601
 6YY  O27  P26  double  1.462  0.020  1.462
 6YY  O42  P11  double  1.461  0.020  1.461
 6YY  O12  P11  single  1.580  0.020  1.580
 6YY  O15  P14  double  1.463  0.020  1.463
 6YY  P11  O10  single  1.625  0.020  1.625
 6YY  P11  O13  single  1.606  0.020  1.606
 6YY  O28  P26  single  1.610  0.020  1.610
 6YY  O28  P29  single  1.620  0.020  1.620
 6YY  P26  O37  single  1.576  0.020  1.576
 6YY  P26  O25  single  1.617  0.020  1.617
 6YY  P29  O36  double  1.465  0.020  1.465
 6YY  P29  O30  single  1.577  0.020  1.577
 6YY  O10  P08  single  1.603  0.020  1.603
 6YY  P14  O13  single  1.632  0.020  1.632
 6YY  P14  O41  single  1.574  0.020  1.574
 6YY  P14  O16  single  1.597  0.020  1.597
 6YY  O25  P23  single  1.609  0.020  1.609
 6YY  O07  P08  single  1.596  0.020  1.596
 6YY  O07  P05  single  1.627  0.020  1.627
 6YY  P08  O43  double  1.477  0.020  1.477
 6YY  P08  O09  single  1.570  0.020  1.570
 6YY  O16  P17  single  1.626  0.020  1.626
 6YY  O24  P23  double  1.465  0.020  1.465
 6YY  O39  P20  double  1.464  0.020  1.464
 6YY  P23  O38  single  1.576  0.020  1.576
 6YY  P23  O22  single  1.617  0.020  1.617
 6YY  O04  P05  single  1.599  0.020  1.599
 6YY  O04  P02  single  1.631  0.020  1.631
 6YY  O03  P02  double  1.467  0.020  1.467
 6YY  P05  O06  double  1.463  0.020  1.463
 6YY  P05  O44  single  1.581  0.020  1.581
 6YY  O01  P02  single  1.586  0.020  1.586
 6YY  O40  P17  double  1.463  0.020  1.463
 6YY  P17  O19  single  1.616  0.020  1.616
 6YY  P17  O18  single  1.557  0.020  1.557
 6YY  P02  O45  single  1.585  0.020  1.585
 6YY  P20  O22  single  1.621  0.020  1.621
 6YY  P20  O19  single  1.606  0.020  1.606
 6YY  P20  O21  single  1.573  0.020  1.573
 6YY  O01  H1   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O09  H2   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O12  H3   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O18  H4   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O21  H5   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O30  H6   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O33  H7   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O35  H8   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O37  H9   single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O38  H10  single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O41  H11  single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O44  H12  single  0.850  0.020  0.980
 6YY  O45  H13  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6YY  H1   O01  P02  114.91  3.000
 6YY  O45  P02  O04   98.78  3.000
 6YY  O45  P02  O03  119.83  3.000
 6YY  O04  P02  O03  110.16  3.000
 6YY  O45  P02  O01  103.16  3.000
 6YY  O03  P02  O01  117.27  3.000
 6YY  O04  P02  O01  105.28  3.000
 6YY  P05  O04  P02  129.59  3.000
 6YY  O44  P05  O07  102.24  3.000
 6YY  O44  P05  O06  118.86  3.000
 6YY  O07  P05  O06  114.94  3.000
 6YY  O44  P05  O04  104.43  3.000
 6YY  O06  P05  O04  116.85  3.000
 6YY  O07  P05  O04   96.27  3.000
 6YY  P08  O07  P05  129.91  3.000
 6YY  O43  P08  O10  114.90  3.000
 6YY  O43  P08  O09  118.33  3.000
 6YY  O10  P08  O09  104.06  3.000
 6YY  O09  P08  O07  102.22  3.000
 6YY  O43  P08  O07  114.30  3.000
 6YY  O10  P08  O07  100.79  3.000
 6YY  H2   O09  P08  116.39  3.000
 6YY  P11  O10  P08  131.64  3.000
 6YY  O42  P11  O13  116.94  3.000
 6YY  O13  P11  O12  101.24  3.000
 6YY  O42  P11  O12  119.90  3.000
 6YY  O13  P11  O10   99.46  3.000
 6YY  O12  P11  O10  105.65  3.000
 6YY  O42  P11  O10  111.15  3.000
 6YY  H3   O12  P11  115.89  3.000
 6YY  P14  O13  P11  126.41  3.000
 6YY  O41  P14  O16  102.38  3.000
 6YY  O16  P14  O15  113.42  3.000
 6YY  O41  P14  O15  121.58  3.000
 6YY  O16  P14  O13  102.39  3.000
 6YY  O41  P14  O13  101.35  3.000
 6YY  O15  P14  O13  113.30  3.000
 6YY  P17  O16  P14  133.92  3.000
 6YY  O40  P17  O19  116.72  3.000
 6YY  O19  P17  O18   97.89  3.000
 6YY  O40  P17  O18  121.56  3.000
 6YY  O18  P17  O16  106.89  3.000
 6YY  O19  P17  O16  101.60  3.000
 6YY  O40  P17  O16  109.87  3.000
 6YY  H4   O18  P17  116.32  3.000
 6YY  P20  O19  P17  129.73  3.000
 6YY  O39  P20  O22  114.75  3.000
 6YY  O22  P20  O21  102.66  3.000
 6YY  O39  P20  O21  119.98  3.000
 6YY  O21  P20  O19   99.13  3.000
 6YY  O22  P20  O19   99.92  3.000
 6YY  O39  P20  O19  117.24  3.000
 6YY  H5   O21  P20  115.36  3.000
 6YY  P23  O22  P20  125.95  3.000
 6YY  O38  P23  O25  100.95  3.000
 6YY  O38  P23  O24  119.39  3.000
 6YY  O25  P23  O24  116.96  3.000
 6YY  O38  P23  O22  102.82  3.000
 6YY  O24  P23  O22  115.17  3.000
 6YY  O25  P23  O22   98.39  3.000
 6YY  P26  O25  P23  133.02  3.000
 6YY  O37  P26  O28   97.13  3.000
 6YY  O37  P26  O27  120.69  3.000
 6YY  O28  P26  O27  116.39  3.000
 6YY  O37  P26  O25  106.81  3.000
 6YY  O28  P26  O25  103.19  3.000
 6YY  O27  P26  O25  110.59  3.000
 6YY  P29  O28  P26  126.65  3.000
 6YY  O36  P29  O31  111.41  3.000
 6YY  O36  P29  O30  120.14  3.000
 6YY  O31  P29  O30  107.50  3.000
 6YY  O30  P29  O28   96.82  3.000
 6YY  O36  P29  O28  115.08  3.000
 6YY  O31  P29  O28  103.96  3.000
 6YY  H6   O30  P29  115.51  3.000
 6YY  P32  O31  P29  133.94  3.000
 6YY  O35  P32  O34  118.83  3.000
 6YY  O35  P32  O33   98.36  3.000
 6YY  O34  P32  O33  119.61  3.000
 6YY  O35  P32  O31  104.89  3.000
 6YY  O33  P32  O31  104.87  3.000
 6YY  O34  P32  O31  108.55  3.000
 6YY  H7   O33  P32  115.19  3.000
 6YY  H8   O35  P32  114.80  3.000
 6YY  H9   O37  P26  115.59  3.000
 6YY  H10  O38  P23  115.34  3.000
 6YY  H11  O41  P14  116.09  3.000
 6YY  H12  O44  P05  115.06  3.000
 6YY  H13  O45  P02  115.82  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6YY  Var_01  P05  O04  P02  O01    62.32  30.0  2
 6YY  Var_02  O07  P05  O04  P02  -161.24  30.0  3
 6YY  Var_03  O06  P05  O04  P02   -39.16  30.0  3
 6YY  Var_04  O44  P05  O04  P02    94.38  30.0  3
 6YY  Var_05  P05  O04  P02  O03  -170.36  30.0  2
 6YY  Var_06  P08  O07  P05  O04  -140.00  30.0  1
 6YY  Var_07  O10  P08  O07  P05  -159.57  30.0  3
 6YY  Var_08  O43  P08  O07  P05    76.62  30.0  3
 6YY  Var_09  O09  P08  O07  P05   -52.46  30.0  3
 6YY  Var_10  O45  P02  O04  P05   -44.00  30.0  3
 6YY  Var_11  P08  O07  P05  O06    96.48  30.0  1
 6YY  Var_12  P11  O10  P08  O07   -86.92  30.0  1
 6YY  Var_13  O42  P11  O10  P08   157.14  30.0  1
 6YY  Var_14  O12  P11  O10  P08    25.57  30.0  1
 6YY  Var_15  O13  P11  O10  P08   -79.02  30.0  1
 6YY  Var_16  O44  P05  O07  P08   -33.73  30.0  3
 6YY  Var_17  P11  O10  P08  O09   167.42  30.0  1
 6YY  Var_18  P14  O13  P11  O10   162.19  30.0  3
 6YY  Var_19  O43  P08  O10  P11    36.46  30.0  3
 6YY  Var_20  O15  P14  O13  P11    30.92  30.0  1
 6YY  Var_21  O41  P14  O13  P11   162.84  30.0  1
 6YY  Var_22  O16  P14  O13  P11   -91.61  30.0  1
 6YY  Var_23  P14  O13  P11  O12    54.02  30.0  3
 6YY  Var_24  P17  O16  P14  O13   -60.40  30.0  3
 6YY  Var_25  O42  P11  O13  P14   -78.14  30.0  1
 6YY  Var_26  O40  P17  O16  P14   163.72  30.0  3
 6YY  Var_27  O19  P17  O16  P14   -72.07  30.0  3
 6YY  Var_28  O18  P17  O16  P14    29.98  30.0  3
 6YY  Var_29  P17  O16  P14  O15   177.15  30.0  3
 6YY  Var_30  P20  O19  P17  O16   -83.80  30.0  3
 6YY  Var_31  O41  P14  O16  P17    44.35  30.0  1
 6YY  Var_32  O39  P20  O19  P17     5.54  30.0  1
 6YY  Var_33  O22  P20  O19  P17   130.16  30.0  1
 6YY  Var_34  O21  P20  O19  P17  -125.16  30.0  1
 6YY  Var_35  P20  O19  P17  O18   167.05  30.0  3
 6YY  Var_36  P23  O22  P20  O19   -94.93  30.0  3
 6YY  Var_37  O25  P23  O22  P20   -92.02  30.0  1
 6YY  Var_38  O24  P23  O22  P20    33.13  30.0  1
 6YY  Var_39  O38  P23  O22  P20   164.66  30.0  1
 6YY  Var_40  O40  P17  O19  P20    35.66  30.0  2
 6YY  Var_41  P23  O22  P20  O21   163.27  30.0  3
 6YY  Var_42  P26  O25  P23  O22  -169.60  30.0  2
 6YY  Var_43  O27  P26  O25  P23  -153.74  30.0  1
 6YY  Var_44  O28  P26  O25  P23    81.11  30.0  1
 6YY  Var_45  O37  P26  O25  P23   -20.66  30.0  1
 6YY  Var_46  O39  P20  O22  P23    31.39  30.0  2
 6YY  Var_47  P26  O25  P23  O24    66.52  30.0  2
 6YY  Var_48  P29  O28  P26  O25    75.42  30.0  1
 6YY  Var_49  O31  P29  O28  P26    91.40  30.0  3
 6YY  Var_50  O36  P29  O28  P26   -30.72  30.0  3
 6YY  Var_51  O30  P29  O28  P26  -158.61  30.0  3
 6YY  Var_52  O38  P23  O25  P26   -64.71  30.0  3
 6YY  Var_53  P29  O28  P26  O27   -45.88  30.0  1
 6YY  Var_54  P32  O31  P29  O28    68.26  30.0  1
 6YY  Var_55  O34  P32  O31  P29  -167.64  30.0  1
 6YY  Var_56  O33  P32  O31  P29   -38.71  30.0  1
 6YY  Var_57  O35  P32  O31  P29    64.37  30.0  1
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 6YY  Var_59  P32  O31  P29  O30   -33.66  30.0  1
 6YY  Var_60  O36  P29  O31  P32  -167.22  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 6YY  chir_01  P05  O04  O06  O44  both
 6YY  chir_02  P08  O07  O43  O09  both
 6YY  chir_03  P11  O12  O10  O13  both
 6YY  chir_04  P23  O24  O38  O22  both
 6YY  chir_05  P26  O37  O28  O27  both
 6YY  chir_06  P29  O28  O36  O30  both

