# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 20:17:49 2020
#   Inital geometry file: a 135 line input string
#   Ligand name: 1-[[3-(4-ethyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCN1CCN(CC1=O)C(=O)c2cc(CN3C(=O)NC(=O)c4ccccc34)ccc2F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6WY  6WY  1-[[3-(4-ethyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione  ligand  52  31  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6WY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6WY  OAE  O  O     0  -0.469   2.4142   1.8138  -1.7950
 6WY  CAZ  C  CR6   0   0.720   3.3415   1.2922  -1.2117
 6WY  NAS  N  NR16  0  -0.732   4.5948   1.2377  -1.7732
 6WY  CAY  C  CR6   0   0.566   5.7340   0.7014  -1.2310
 6WY  OAD  O  O     0  -0.438   6.7934   0.7471  -1.8232
 6WY  CBA  C  CR66  0  -0.149   5.5361   0.0828   0.0779
 6WY  CAK  C  CR16  0  -0.274   6.6145  -0.5335   0.7115
 6WY  CAG  C  CR16  0  -0.261   6.4547  -1.1449   1.9359
 6WY  CAH  C  CR16  0  -0.234   5.1938  -1.1445   2.5254
 6WY  CAL  C  CR16  0  -0.332   4.1137  -0.5371   1.9135
 6WY  CBB  C  CR66  0   0.444   4.2696   0.0996   0.6776
 6WY  NBE  N  NR6   0  -0.607   3.2134   0.7369   0.0359
 6WY  CAR  C  CH2   0  -0.433   1.8874   0.8534   0.6352
 6WY  CAV  C  CR6   0   0.151   0.9036  -0.1491   0.0914
 6WY  CAM  C  CR16  0  -0.280  -0.3109   0.2873  -0.4180
 6WY  CAI  C  CR16  0  -0.278   1.1725  -1.5155   0.1014
 6WY  CAJ  C  CR16  0  -0.396   0.2486  -2.4268  -0.3848
 6WY  CAW  C  CR6   0   0.544  -0.9487  -1.9571  -0.8861
 6WY  FAF  F  F     0  -0.299  -1.8508  -2.8347  -1.3430
 6WY  CAX  C  CR6   0  -0.293  -1.2562  -0.6084  -0.9084
 6WY  CAU  C  C     0   0.541  -2.5161  -0.1247  -1.5570
 6WY  OAC  O  O     0  -0.469  -2.7123  -0.3369  -2.7426
 6WY  N    N  NT    0  -0.455  -3.3611   0.5825  -0.7806
 6WY  CAP  C  CH2   0  -0.359  -4.5633   1.1758  -1.3234
 6WY  CAO  C  CH2   0  -0.266  -5.7635   0.4039  -0.8278
 6WY  CA   C  CH2   0  -0.401  -3.2993   0.6712   0.6587
 6WY  C    C  C     0   0.545  -4.6184   0.3762   1.3585
 6WY  O    O  O     0  -0.509  -4.6126   0.2908   2.5799
 6WY  NBC  N  NT    0  -0.453  -5.7241   0.2286   0.6154
 6WY  CAN  C  CH2   0  -0.313  -6.9899  -0.0898   1.2611
 6WY  CAA  C  CH3   0  -0.657  -7.7430   1.1499   1.7168
 6WY  H1   H  HNR6  0   0.429   4.6766   1.6672  -2.6867
 6WY  H2   H  HCR6  0   0.273   7.5805  -0.5247   0.2249
 6WY  H3   H  HCR6  0   0.269   7.2909  -1.6237   2.4256
 6WY  H4   H  HCR6  0   0.277   5.0419  -1.6311   3.4796
 6WY  H5   H  HCR6  0   0.289   3.1574  -0.5831   2.4124
 6WY  H6   H  HCH2  0   0.300   1.9841   0.7563   1.7134
 6WY  H7   H  HCH2  0   0.306   1.5211   1.8635   0.4632
 6WY  H8   H  HCR6  0   0.278  -0.5271   1.3489  -0.4444
 6WY  H9   H  HCR6  0   0.270   2.1095  -1.8918   0.4923
 6WY  H10  H  HCR6  0   0.288   0.4547  -3.4888  -0.3703
 6WY  H11  H  HCH2  0   0.273  -4.6165   2.2178  -0.9958
 6WY  H12  H  HCH2  0   0.288  -4.5357   1.1677  -2.4091
 6WY  H13  H  HCH2  0   0.261  -6.6716   0.9502  -1.0898
 6WY  H14  H  HCH2  0   0.255  -5.8184  -0.5717  -1.3193
 6WY  H15  H  HCH2  0   0.302  -2.5724  -0.0321   1.0600
 6WY  H16  H  HCH2  0   0.290  -2.9835   1.6720   0.9725
 6WY  H17  H  HCH2  0   0.251  -7.5869  -0.6525   0.5415
 6WY  H18  H  HCH2  0   0.254  -6.8047  -0.7551   2.1031
 6WY  H19  H  HCH3  0   0.233  -7.1798   1.6938   2.4746
 6WY  H20  H  HCH3  0   0.227  -7.9409   1.8274   0.8846
 6WY  H21  H  HCH3  0   0.235  -8.7033   0.8675   2.1488

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6WY  OAD  CAY  double    1.215  0.020  1.215
 6WY  NAS  CAY  single    1.371  0.020  1.371
 6WY  NAS  CAZ  single    1.374  0.020  1.374
 6WY  CAY  CBA  single    1.461  0.020  1.461
 6WY  OAE  CAZ  double    1.213  0.020  1.213
 6WY  CAZ  NBE  single    1.372  0.020  1.372
 6WY  CBA  CAK  aromatic  1.394  0.020  1.394
 6WY  CBA  CBB  aromatic  1.401  0.020  1.401
 6WY  CAK  CAG  aromatic  1.378  0.020  1.378
 6WY  NBE  CBB  single    1.391  0.020  1.391
 6WY  NBE  CAR  single    1.460  0.020  1.460
 6WY  CBB  CAL  aromatic  1.399  0.020  1.399
 6WY  CAR  CAV  single    1.506  0.020  1.506
 6WY  CAG  CAH  aromatic  1.392  0.020  1.392
 6WY  CAL  CAH  aromatic  1.382  0.020  1.382
 6WY  CAM  CAV  aromatic  1.387  0.020  1.387
 6WY  CAM  CAX  aromatic  1.392  0.020  1.392
 6WY  CAV  CAI  aromatic  1.393  0.020  1.393
 6WY  O    C    double    1.224  0.020  1.224
 6WY  C    CA   single    1.522  0.020  1.522
 6WY  C    NBC  single    1.340  0.020  1.340
 6WY  CAP  N    single    1.446  0.020  1.446
 6WY  CAP  CAO  single    1.511  0.020  1.511
 6WY  CA   N    single    1.443  0.020  1.443
 6WY  N    CAU  single    1.348  0.020  1.348
 6WY  CAU  CAX  single    1.497  0.020  1.497
 6WY  CAU  OAC  double    1.220  0.020  1.220
 6WY  CAX  CAW  aromatic  1.383  0.020  1.383
 6WY  CAN  NBC  single    1.456  0.020  1.456
 6WY  CAN  CAA  single    1.520  0.020  1.520
 6WY  CAI  CAJ  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6WY  NBC  CAO  single    1.454  0.020  1.454
 6WY  CAW  CAJ  aromatic  1.380  0.020  1.380
 6WY  CAW  FAF  single    1.339  0.020  1.339
 6WY  NAS  H1   single    0.860  0.020  1.020
 6WY  CAK  H2   single    0.930  0.020  1.080
 6WY  CAG  H3   single    0.930  0.020  1.080
 6WY  CAH  H4   single    0.930  0.020  1.080
 6WY  CAL  H5   single    0.930  0.020  1.080
 6WY  CAR  H6   single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAR  H7   single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAM  H8   single    0.930  0.020  1.080
 6WY  CAI  H9   single    0.930  0.020  1.080
 6WY  CAJ  H10  single    0.930  0.020  1.080
 6WY  CAP  H11  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAP  H12  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAO  H13  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAO  H14  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CA   H15  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CA   H16  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAN  H17  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAN  H18  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAA  H19  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAA  H20  single    0.970  0.020  1.090
 6WY  CAA  H21  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6WY  NBE  CAZ  NAS  116.15  3.000
 6WY  NBE  CAZ  OAE  122.68  3.000
 6WY  NAS  CAZ  OAE  121.17  3.000
 6WY  H1   NAS  CAY  117.10  3.000
 6WY  H1   NAS  CAZ  115.17  3.000
 6WY  CAY  NAS  CAZ  127.71  3.000
 6WY  CBA  CAY  OAD  124.81  3.000
 6WY  CBA  CAY  NAS  114.04  3.000
 6WY  OAD  CAY  NAS  121.15  3.000
 6WY  CBB  CBA  CAK  120.65  3.000
 6WY  CBB  CBA  CAY  120.04  3.000
 6WY  CAK  CBA  CAY  119.30  3.000
 6WY  H2   CAK  CAG  120.47  3.000
 6WY  H2   CAK  CBA  118.86  3.000
 6WY  CAG  CAK  CBA  120.68  3.000
 6WY  H3   CAG  CAH  120.61  3.000
 6WY  H3   CAG  CAK  120.62  3.000
 6WY  CAH  CAG  CAK  118.77  3.000
 6WY  H4   CAH  CAL  118.59  3.000
 6WY  H4   CAH  CAG  120.03  3.000
 6WY  CAL  CAH  CAG  121.38  3.000
 6WY  H5   CAL  CBB  121.76  3.000
 6WY  H5   CAL  CAH  117.97  3.000
 6WY  CBB  CAL  CAH  120.27  3.000
 6WY  NBE  CBB  CAL  122.12  3.000
 6WY  CAL  CBB  CBA  118.25  3.000
 6WY  NBE  CBB  CBA  119.63  3.000
 6WY  CAR  NBE  CBB  122.49  3.000
 6WY  CAR  NBE  CAZ  115.21  3.000
 6WY  CBB  NBE  CAZ  122.30  3.000
 6WY  H7   CAR  H6   105.64  3.000
 6WY  H7   CAR  CAV  109.93  3.000
 6WY  H6   CAR  CAV  110.91  3.000
 6WY  H7   CAR  NBE  108.36  3.000
 6WY  H6   CAR  NBE  108.62  3.000
 6WY  CAV  CAR  NBE  113.08  3.000
 6WY  CAI  CAV  CAM  118.70  3.000
 6WY  CAI  CAV  CAR  121.62  3.000
 6WY  CAM  CAV  CAR  119.67  3.000
 6WY  H8   CAM  CAX  119.11  3.000
 6WY  H8   CAM  CAV  119.45  3.000
 6WY  CAX  CAM  CAV  121.43  3.000
 6WY  H9   CAI  CAJ  118.37  3.000
 6WY  H9   CAI  CAV  120.71  3.000
 6WY  CAJ  CAI  CAV  120.93  3.000
 6WY  H10  CAJ  CAW  120.27  3.000
 6WY  H10  CAJ  CAI  120.92  3.000
 6WY  CAW  CAJ  CAI  118.81  3.000
 6WY  CAX  CAW  FAF  118.93  3.000
 6WY  FAF  CAW  CAJ  119.03  3.000
 6WY  CAX  CAW  CAJ  122.03  3.000
 6WY  CAU  CAX  CAW  120.59  3.000
 6WY  CAW  CAX  CAM  118.09  3.000
 6WY  CAU  CAX  CAM  121.08  3.000
 6WY  N    CAU  OAC  123.37  3.000
 6WY  OAC  CAU  CAX  119.99  3.000
 6WY  N    CAU  CAX  116.58  3.000
 6WY  CA   N    CAP  112.62  3.000
 6WY  CA   N    CAU  125.43  3.000
 6WY  CAP  N    CAU  121.34  3.000
 6WY  H12  CAP  H11  107.93  3.000
 6WY  H12  CAP  CAO  110.14  3.000
 6WY  H11  CAP  CAO  110.48  3.000
 6WY  H12  CAP  N    110.55  3.000
 6WY  H11  CAP  N    108.59  3.000
 6WY  CAO  CAP  N    109.13  3.000
 6WY  H14  CAO  H13  107.26  3.000
 6WY  H14  CAO  NBC  109.86  3.000
 6WY  H13  CAO  NBC  108.73  3.000
 6WY  H14  CAO  CAP  110.37  3.000
 6WY  H13  CAO  CAP  109.05  3.000
 6WY  NBC  CAO  CAP  111.45  3.000
 6WY  H16  CA   H15  107.00  3.000
 6WY  H16  CA   C    107.17  3.000
 6WY  H15  CA   C    106.50  3.000
 6WY  H16  CA   N    110.74  3.000
 6WY  H15  CA   N    110.90  3.000
 6WY  C    CA   N    114.17  3.000
 6WY  NBC  C    O    123.31  3.000
 6WY  NBC  C    CA   118.78  3.000
 6WY  O    C    CA   117.91  3.000
 6WY  CAN  NBC  C    119.69  3.000
 6WY  CAN  NBC  CAO  116.28  3.000
 6WY  C    NBC  CAO  124.00  3.000
 6WY  H18  CAN  H17  106.73  3.000
 6WY  H18  CAN  CAA  110.53  3.000
 6WY  H17  CAN  CAA  110.31  3.000
 6WY  H18  CAN  NBC  109.18  3.000
 6WY  H17  CAN  NBC  107.21  3.000
 6WY  CAA  CAN  NBC  112.65  3.000
 6WY  H21  CAA  H20  107.66  3.000
 6WY  H21  CAA  H19  108.00  3.000
 6WY  H20  CAA  H19  108.32  3.000
 6WY  H21  CAA  CAN  110.11  3.000
 6WY  H20  CAA  CAN  111.56  3.000
 6WY  H19  CAA  CAN  111.06  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6WY  CONST_01  CAH  CAG  CAK  CBA     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_02  CAH  CAL  CBB  CBA     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_03  CAL  CBB  CBA  CAK     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_04  CAL  CAH  CAG  CAK     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_05  CBB  CBA  CAK  CAG     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_06  CBB  CAL  CAH  CAG     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_07  CAW  CAX  CAM  CAV     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_08  CAW  CAJ  CAI  CAV     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_09  CAJ  CAI  CAV  CAM     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_10  CAJ  CAW  CAX  CAM     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_11  CAX  CAM  CAV  CAI     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_12  CAX  CAW  CAJ  CAI     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_13  CBB  NBE  CAZ  NAS     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_14  NBE  CAZ  NAS  CAY     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_15  CA   C    NBC  CAO     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_16  CAX  CAM  CAV  CAR   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_17  CAJ  CAI  CAV  CAR   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_18  CAU  CAX  CAM  CAV   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_19  FAF  CAW  CAX  CAM   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_20  FAF  CAW  CAJ  CAI   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_21  CAU  CAX  CAW  CAJ   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_22  CAP  N    CAU  CAX   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_23  CA   N    CAU  CAX     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_24  CAY  NAS  CAZ  OAE   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_25  CBB  NBE  CAZ  OAE   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_26  CAR  NBE  CAZ  NAS   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_27  O    C    NBC  CAO   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_28  CAN  NBC  C    CA    180.00   0.0  0
 6WY  CONST_29  H2   CAK  CBA  CAY     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_30  H3   CAG  CAK  CBA   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_31  H5   CAL  CBB  CBA   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_32  H4   CAH  CAG  CAK   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_33  H10  CAJ  CAI  CAV   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_34  H9   CAI  CAV  CAM   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_35  H8   CAM  CAV  CAI   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_36  H1   NAS  CAZ  NBE   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_37  CAP  N    CAU  OAC     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_38  CA   N    CAU  OAC   180.00   0.0  0
 6WY  CONST_39  CAR  NBE  CAZ  OAE     0.00   0.0  0
 6WY  CONST_40  CAN  NBC  C    O       0.00   0.0  0
 6WY  Var_01    NBC  CAO  CAP  N      50.09  30.0  1
 6WY  Var_02    NBC  C    CA   N      -7.93  30.0  1
 6WY  Var_03    C    CA   N    CAP    42.00  30.0  1
 6WY  Var_04    C    NBC  CAO  CAP   -17.90  30.0  1
 6WY  Var_05    CA   N    CAP  CAO   -63.60  30.0  1
 6WY  Var_06    CAV  CAR  NBE  CAZ    78.57  30.0  3
 6WY  Var_07    CAM  CAV  CAR  NBE  -126.50  30.0  2
 6WY  Var_08    N    CAU  CAX  CAM   -63.15  30.0  2
 6WY  Var_09    CAA  CAN  NBC  CAO   -91.05  30.0  2
 6WY  Var_10    H19  CAA  CAN  NBC   -63.18  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6WY  plan-1  CAR  0.020
 6WY  plan-1  CAV  0.020
 6WY  plan-1  CAM  0.020
 6WY  plan-1  CAI  0.020
 6WY  plan-1  CAJ  0.020
 6WY  plan-1  CAW  0.020
 6WY  plan-1  FAF  0.020
 6WY  plan-1  CAX  0.020
 6WY  plan-1  CAU  0.020
 6WY  plan-1  H8   0.020
 6WY  plan-1  H9   0.020
 6WY  plan-1  H10  0.020
 6WY  plan-2  OAE  0.020
 6WY  plan-2  CAZ  0.020
 6WY  plan-2  NAS  0.020
 6WY  plan-2  CAY  0.020
 6WY  plan-2  OAD  0.020
 6WY  plan-2  CBA  0.020
 6WY  plan-2  CAK  0.020
 6WY  plan-2  CAG  0.020
 6WY  plan-2  CAH  0.020
 6WY  plan-2  CAL  0.020
 6WY  plan-2  CBB  0.020
 6WY  plan-2  NBE  0.020
 6WY  plan-2  CAR  0.020
 6WY  plan-2  H1   0.020
 6WY  plan-2  H2   0.020
 6WY  plan-2  H3   0.020
 6WY  plan-2  H4   0.020
 6WY  plan-2  H5   0.020
 6WY  plan-3  CAX  0.020
 6WY  plan-3  CAU  0.020
 6WY  plan-3  OAC  0.020
 6WY  plan-3  N    0.020
 6WY  plan-3  CAP  0.020
 6WY  plan-3  CA   0.020
 6WY  plan-4  CAO  0.020
 6WY  plan-4  CA   0.020
 6WY  plan-4  C    0.020
 6WY  plan-4  O    0.020
 6WY  plan-4  NBC  0.020
 6WY  plan-4  CAN  0.020

