# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 11 11:59:07 2020
#   Inital geometry file: a 159 line input string
#   Ligand name: 15-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl}-4,5,6,7,9,10,11,12-octahydro-2,16-(azenometheno)pyrrolo[2,1-d][1,3,5,9]tetraazacyclotetradecin-8(3H)-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN1CCN(CC1)Cc2ccc(cc2)c3cn4CCCNC(=O)CCCCNc5ncc3c4n5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6Q1  6Q1  15-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl}-4,5,6,7,9,10,11,12-octahydro-2,16-(azenometheno)pyrrolo[2,1-d][1,3,5,9]tetraazacyclotetradecin-8(3H)-one  ligand  69  34  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6Q1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6Q1  C12   C  CR16  0  -0.287   3.4760  -1.8307  -0.2483
 6Q1  C14   C  CR15  0  -0.061  -0.4973   1.0563  -0.4800
 6Q1  C17   C  CH2   0  -0.452  -3.7443   2.0936  -1.3830
 6Q1  C18   C  CH2   0  -0.316  -4.9498   2.9940  -1.1231
 6Q1  C20   C  C     0   0.570  -6.6586   1.5261  -0.1320
 6Q1  C22   C  CH2   0  -0.579  -7.3892   1.1692   1.1467
 6Q1  C23   C  CH2   0  -0.438  -7.5469  -0.3331   1.3670
 6Q1  C24   C  CH2   0  -0.443  -6.2236  -1.0896   1.5749
 6Q1  C25   C  CH2   0  -0.292  -5.8696  -1.9740   0.3813
 6Q1  N02   N  NT    0  -0.411   8.6083   0.9002   1.2658
 6Q1  C03   C  CH2   0  -0.285   8.7692   0.8836  -0.1738
 6Q1  C04   C  CH2   0  -0.286   7.9661  -0.2467  -0.7883
 6Q1  N05   N  NT    0  -0.414   6.5618  -0.1199  -0.4484
 6Q1  C06   C  CH2   0  -0.338   5.7697  -1.1660  -1.0663
 6Q1  C07   C  CR6   0   0.078   4.2932  -0.9246  -0.9097
 6Q1  C08   C  CR16  0  -0.266   3.7062   0.2321  -1.4220
 6Q1  C09   C  CR16  0  -0.325   2.3493   0.4617  -1.2891
 6Q1  C10   C  CR6   0   0.067   1.5219  -0.4450  -0.6138
 6Q1  C11   C  CR16  0  -0.343   2.1158  -1.5961  -0.0961
 6Q1  C13   C  CR5   0  -0.030   0.0959  -0.1773  -0.4429
 6Q1  N15   N  NR5   0  -0.522  -1.8506   0.9563  -0.2584
 6Q1  C16   C  CH2   0  -0.295  -2.8141   2.0346  -0.1774
 6Q1  N19   N  NH1   0  -0.630  -5.7740   2.5329  -0.0257
 6Q1  N26   N  NH1   0  -0.660  -4.6266  -2.6994   0.5249
 6Q1  C27   C  CR6   0   0.564  -3.4205  -2.1402   0.2914
 6Q1  N28   N  N     0  -0.476  -2.3693  -2.9859   0.2139
 6Q1  C29   C  CR16  0  -0.118  -1.1745  -2.4762  -0.0205
 6Q1  C30   C  CR56  0  -0.070  -0.9743  -1.1073  -0.1791
 6Q1  C31   C  CR56  0   0.550  -2.1560  -0.3494  -0.0788
 6Q1  N32   N  N     0  -0.483  -3.3680  -0.8205   0.1528
 6Q1  C33   C  CH2   0  -0.282   6.3967  -0.0943   0.9926
 6Q1  C34   C  CH2   0  -0.282   7.2066   1.0306   1.6065
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 6Q1  H161  H  HCH2  0   0.263  -2.2629   2.9684  -0.0668
 6Q1  H162  H  HCH2  0   0.253  -3.3941   1.8901   0.7354
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 6Q1  H332  H  HCH2  0   0.242   5.3434   0.0578   1.2349
 6Q1  H331  H  HCH2  0   0.189   6.6999  -1.0538   1.4484
 6Q1  H342  H  HCH2  0   0.234   7.0959   0.9957   2.6932
 6Q1  H341  H  HCH2  0   0.187   6.7938   1.9987   1.2700
 6Q1  O21   O  O     0  -0.506  -6.8937   0.9635  -1.1938
 6Q1  C01   C  CH3   0  -0.518   9.4080   1.9321   1.8827

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6Q1  C01  N02   single    1.444  0.020  1.444
 6Q1  N02  C34   single    1.448  0.020  1.448
 6Q1  N02  C03   single    1.449  0.020  1.449
 6Q1  C34  C33   single    1.516  0.020  1.516
 6Q1  C33  N05   single    1.451  0.020  1.451
 6Q1  C03  C04   single    1.517  0.020  1.517
 6Q1  C04  N05   single    1.450  0.020  1.450
 6Q1  N05  C06   single    1.450  0.020  1.450
 6Q1  C06  C07   single    1.504  0.020  1.504
 6Q1  C07  C08   aromatic  1.395  0.020  1.395
 6Q1  C07  C12   aromatic  1.388  0.020  1.388
 6Q1  C08  C09   aromatic  1.383  0.020  1.383
 6Q1  C12  C11   aromatic  1.389  0.020  1.389
 6Q1  C09  C10   aromatic  1.401  0.020  1.401
 6Q1  C11  C10   aromatic  1.395  0.020  1.395
 6Q1  C10  C13   single    1.461  0.020  1.461
 6Q1  C13  C14   aromatic  1.369  0.020  1.369
 6Q1  C13  C30   aromatic  1.442  0.020  1.442
 6Q1  C14  N15   single    1.375  0.020  1.375
 6Q1  C29  C30   aromatic  1.393  0.020  1.393
 6Q1  C29  N28   aromatic  1.320  0.020  1.320
 6Q1  C30  C31   single    1.408  0.020  1.408
 6Q1  N15  C31   aromatic  1.353  0.020  1.353
 6Q1  N15  C16   single    1.448  0.020  1.448
 6Q1  N28  C27   single    1.351  0.020  1.351
 6Q1  C31  N32   aromatic  1.321  0.020  1.321
 6Q1  C16  C17   single    1.524  0.020  1.524
 6Q1  C27  N32   aromatic  1.328  0.020  1.328
 6Q1  C27  N26   single    1.350  0.020  1.350
 6Q1  C17  C18   single    1.527  0.020  1.527
 6Q1  N26  C25   single    1.446  0.020  1.446
 6Q1  C18  N19   single    1.448  0.020  1.448
 6Q1  C25  C24   single    1.527  0.020  1.527
 6Q1  O21  C20   double    1.224  0.020  1.224
 6Q1  N19  C20   single    1.344  0.020  1.344
 6Q1  C24  C23   single    1.538  0.020  1.538
 6Q1  C20  C22   single    1.515  0.020  1.515
 6Q1  C23  C22   single    1.527  0.020  1.527
 6Q1  C12  H121  single    0.930  0.020  1.080
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 6Q1  C17  H171  single    0.970  0.020  1.090
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 6Q1  C18  H181  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C22  H222  single    0.970  0.020  1.090
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 6Q1  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090
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 6Q1  C24  H241  single    0.970  0.020  1.090
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 6Q1  C25  H252  single    0.970  0.020  1.090
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 6Q1  C04  H041  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C06  H062  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C06  H061  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C08  H081  single    0.930  0.020  1.080
 6Q1  C09  H091  single    0.930  0.020  1.080
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 6Q1  N26  H261  single    0.860  0.020  1.020
 6Q1  C29  H291  single    0.930  0.020  1.080
 6Q1  C33  H332  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C33  H331  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C34  H342  single    0.970  0.020  1.090
 6Q1  C34  H341  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6Q1  H121  C12  C11   119.15  3.000
 6Q1  H121  C12  C07   119.61  3.000
 6Q1  C11   C12  C07   121.24  3.000
 6Q1  H141  C14  N15   119.78  3.000
 6Q1  H141  C14  C13   129.31  3.000
 6Q1  N15   C14  C13   110.89  3.000
 6Q1  H172  C17  H171  107.35  3.000
 6Q1  H172  C17  C16   110.01  3.000
 6Q1  H171  C17  C16   109.85  3.000
 6Q1  H172  C17  C18   108.91  3.000
 6Q1  H171  C17  C18   108.90  3.000
 6Q1  C16   C17  C18   111.72  3.000
 6Q1  H181  C18  H182  106.97  3.000
 6Q1  H181  C18  N19   109.42  3.000
 6Q1  H182  C18  N19   107.38  3.000
 6Q1  H181  C18  C17   109.43  3.000
 6Q1  H182  C18  C17   110.45  3.000
 6Q1  N19   C18  C17   113.00  3.000
 6Q1  O21   C20  N19   122.62  3.000
 6Q1  N19   C20  C22   115.27  3.000
 6Q1  O21   C20  C22   122.07  3.000
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 6Q1  H221  C22  C23   109.04  3.000
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