# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar  8 16:10:58 2022
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: 7,8-dichloro-9-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carbolin-1-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cn1c2C(=O)NCCc2c3ccc(Cl)c(Cl)c13
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6OJ  6OJ  7,8-dichloro-9-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carbolin-1-one  ligand  27  17  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6OJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6OJ  C01   C   CH3   0  -0.548   0.6447   2.4699  -0.1757
 6OJ  N02   N   NR5   0  -0.597   0.7312   1.0300   0.0052
 6OJ  C03   C   CR5   0   0.160   1.9006   0.2991   0.0473
 6OJ  C04   C   C     0   0.515   3.2741   0.8184   0.1965
 6OJ  N05   N   NH1   0  -0.643   4.2136  -0.1318   0.0246
 6OJ  C06   C   CH2   0  -0.285   3.9566  -1.4617  -0.5035
 6OJ  C07   C   CH2   0  -0.526   2.7130  -2.0611   0.1323
 6OJ  C08   C   CR5   0   0.053   1.6313  -1.0402   0.0677
 6OJ  C09   C   CR56  0   0.017   0.2220  -1.1715   0.0490
 6OJ  C10   C   CR16  0  -0.356  -0.6190  -2.2871   0.0582
 6OJ  C11   C   CR16  0  -0.245  -1.9777  -2.0968   0.0223
 6OJ  C12   C   CR6   0  -0.040  -2.5055  -0.7975  -0.0144
 6OJ  C13   C   CR6   0  -0.081  -1.6999   0.3280  -0.0207
 6OJ  C14   C   CR56  0   0.474  -0.3084   0.1428   0.0072
 6OJ  CL1   CL  CL    0  -0.083  -2.4243   1.8910  -0.0265
 6OJ  CL2   CL  CL    0  -0.097  -4.2227  -0.6258  -0.0429
 6OJ  O17   O   O     0  -0.486   3.5468   1.9734   0.5042
 6OJ  H011  H   HCH3  0   0.254   0.0622   2.7099  -1.0610
 6OJ  H012  H   HCH3  0   0.254   0.1964   2.9490   0.6918
 6OJ  H013  H   HCH3  0   0.280   1.6433   2.8648  -0.3055
 6OJ  H05   H   HNH1  0   0.405   5.1730   0.1719   0.0951
 6OJ  H06A  H   HCH2  0   0.243   3.8283  -1.4207  -1.5899
 6OJ  H06B  H   HCH2  0   0.266   4.8316  -2.0751  -0.2990
 6OJ  H07A  H   HCH2  0   0.263   2.4335  -2.9702  -0.4022
 6OJ  H07B  H   HCH2  0   0.259   2.9109  -2.3482   1.1698
 6OJ  H10   H   HCR6  0   0.263  -0.2091  -3.2881   0.0908
 6OJ  H11   H   HCR6  0   0.283  -2.6541  -2.9397   0.0259

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6OJ  C01  N02   single    1.454  0.020  1.454
 6OJ  N02  C03   aromatic  1.380  0.020  1.380
 6OJ  N02  C14   aromatic  1.367  0.020  1.367
 6OJ  C03  C04   single    1.476  0.020  1.476
 6OJ  C03  C08   aromatic  1.366  0.020  1.366
 6OJ  C04  N05   single    1.347  0.020  1.347
 6OJ  C04  O17   double    1.226  0.020  1.226
 6OJ  N05  C06   single    1.454  0.020  1.454
 6OJ  C06  C07   single    1.520  0.020  1.520
 6OJ  C07  C08   single    1.489  0.020  1.489
 6OJ  C08  C09   aromatic  1.415  0.020  1.415
 6OJ  C09  C10   aromatic  1.397  0.020  1.397
 6OJ  C09  C14   aromatic  1.418  0.020  1.418
 6OJ  C10  C11   aromatic  1.372  0.020  1.372
 6OJ  C11  C12   aromatic  1.403  0.020  1.403
 6OJ  C12  C13   aromatic  1.384  0.020  1.384
 6OJ  C12  CL2   single    1.726  0.020  1.726
 6OJ  C13  C14   aromatic  1.404  0.020  1.404
 6OJ  C13  CL1   single    1.723  0.020  1.723
 6OJ  C01  H011  single    0.970  0.020  1.090
 6OJ  C01  H012  single    0.970  0.020  1.090
 6OJ  C01  H013  single    0.970  0.020  1.090
 6OJ  N05  H05   single    0.860  0.020  1.020
 6OJ  C06  H06A  single    0.970  0.020  1.090
 6OJ  C07  H07A  single    0.970  0.020  1.090
 6OJ  C06  H06B  single    0.970  0.020  1.090
 6OJ  C07  H07B  single    0.970  0.020  1.090
 6OJ  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 6OJ  C11  H11   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6OJ  H013  C01  H012  108.39  3.000
 6OJ  H013  C01  H011  108.45  3.000
 6OJ  H012  C01  H011  109.36  3.000
 6OJ  H013  C01  N02   108.76  3.000
 6OJ  H012  C01  N02   111.20  3.000
 6OJ  H011  C01  N02   110.61  3.000
 6OJ  C14   N02  C03   107.51  3.000
 6OJ  C14   N02  C01   126.72  3.000
 6OJ  C03   N02  C01   125.37  3.000
 6OJ  C08   C03  C04   121.79  3.000
 6OJ  C08   C03  N02   110.65  3.000
 6OJ  C04   C03  N02   127.26  3.000
 6OJ  O17   C04  N05   122.78  3.000
 6OJ  O17   C04  C03   124.32  3.000
 6OJ  N05   C04  C03   112.83  3.000
 6OJ  H05   N05  C06   117.96  3.000
 6OJ  H05   N05  C04   116.23  3.000
 6OJ  C06   N05  C04   124.63  3.000
 6OJ  H06B  C06  H06A  107.58  3.000
 6OJ  H06B  C06  C07   110.92  3.000
 6OJ  H06A  C06  C07   109.51  3.000
 6OJ  H06B  C06  N05   107.77  3.000
 6OJ  H06A  C06  N05   110.30  3.000
 6OJ  C07   C06  N05   110.70  3.000
 6OJ  H07B  C07  H07A  106.98  3.000
 6OJ  H07B  C07  C08   110.63  3.000
 6OJ  H07A  C07  C08   111.35  3.000
 6OJ  H07B  C07  C06   110.61  3.000
 6OJ  H07A  C07  C06   109.47  3.000
 6OJ  C08   C07  C06   107.82  3.000
 6OJ  C09   C08  C07   131.32  3.000
 6OJ  C09   C08  C03   106.68  3.000
 6OJ  C07   C08  C03   121.98  3.000
 6OJ  C14   C09  C10   121.01  3.000
 6OJ  C14   C09  C08   106.67  3.000
 6OJ  C10   C09  C08   132.32  3.000
 6OJ  H10   C10  C11   120.27  3.000
 6OJ  H10   C10  C09   120.72  3.000
 6OJ  C11   C10  C09   119.01  3.000
 6OJ  H11   C11  C12   119.14  3.000
 6OJ  H11   C11  C10   120.75  3.000
 6OJ  C12   C11  C10   120.11  3.000
 6OJ  CL2   C12  C13   119.87  3.000
 6OJ  CL2   C12  C11   117.83  3.000
 6OJ  C13   C12  C11   122.29  3.000
 6OJ  CL1   C13  C14   122.45  3.000
 6OJ  CL1   C13  C12   119.54  3.000
 6OJ  C14   C13  C12   118.00  3.000
 6OJ  C13   C14  C09   119.58  3.000
 6OJ  C13   C14  N02   131.93  3.000
 6OJ  C09   C14  N02   108.49  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6OJ  CONST_01  C09   C08  C03  N02     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_02  C08   C09  C14  N02     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_03  C10   C09  C14  N02   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_04  C12   C13  C14  N02   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_05  C09   C14  N02  C03     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_06  C13   C14  N02  C03   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_07  C10   C09  C08  C03   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_08  C14   C09  C08  C03     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_09  C14   N02  C03  C08     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_10  C11   C10  C09  C08   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_11  C13   C14  C09  C08   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_12  C12   C11  C10  C09     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_13  C12   C13  C14  C09     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_14  C13   C14  C09  C10     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_15  C13   C12  C11  C10     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_16  C14   C09  C10  C11     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_17  C14   C13  C12  C11     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_18  C06   N05  C04  C03     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_19  C04   C03  N02  C01     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_20  C08   C03  N02  C01   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_21  C09   C14  N02  C01   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_22  C13   C14  N02  C01     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_23  CL1   C13  C14  N02     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_24  CL1   C13  C14  C09   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_25  CL2   C12  C11  C10   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_26  CL1   C13  C12  C11   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_27  CL2   C12  C13  C14   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_28  O17   C04  N05  C06   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_29  H10   C10  C09  C08     0.00   0.0  0
 6OJ  CONST_30  H11   C11  C10  C09   180.00   0.0  0
 6OJ  CONST_31  H05   N05  C04  C03   180.00   0.0  0
 6OJ  Var_01    N05   C04  C03  N02  -171.74  30.0  1
 6OJ  Var_02    C06   C07  C08  C03   -27.52  30.0  1
 6OJ  Var_03    C07   C06  N05  C04   -44.75  30.0  1
 6OJ  Var_04    C08   C07  C06  N05    48.40  30.0  1
 6OJ  Var_05    H011  C01  N02  C03   120.95  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6OJ  plan-1  C03  0.020
 6OJ  plan-1  C04  0.020
 6OJ  plan-1  N05  0.020
 6OJ  plan-1  C06  0.020
 6OJ  plan-1  O17  0.020
 6OJ  plan-1  H05  0.020
 6OJ  plan-2  C01  0.020
 6OJ  plan-2  N02  0.020
 6OJ  plan-2  C03  0.020
 6OJ  plan-2  C04  0.020
 6OJ  plan-2  C07  0.020
 6OJ  plan-2  C08  0.020
 6OJ  plan-2  C09  0.020
 6OJ  plan-2  C10  0.020
 6OJ  plan-2  C11  0.020
 6OJ  plan-2  C12  0.020
 6OJ  plan-2  C13  0.020
 6OJ  plan-2  C14  0.020
 6OJ  plan-2  CL1  0.020
 6OJ  plan-2  CL2  0.020
 6OJ  plan-2  H10  0.020
 6OJ  plan-2  H11  0.020

