# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 10 07:26:34 2020
#   Inital geometry file: a 111 line input string
#   Ligand name: 3-(furan-2-yl)-N-[5-(furan-2-yl)-2-methoxyphenyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(cc1Nc2ncnc3[nH]nc(c4occc4)c23)c5occc5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6JS  6JS  3-(furan-2-yl)-N-[5-(furan-2-yl)-2-methoxyphenyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine  ligand  43  28  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6JS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6JS  C4   C  CR56  0   0.538  -2.3572  -2.8236  -0.3119
 6JS  C5   C  CR56  0  -0.225  -2.1098  -1.4561  -0.1337
 6JS  C6   C  CR6   0   0.508  -0.7363  -1.0905  -0.1729
 6JS  N1   N  N     0  -0.492   0.1695  -2.0464  -0.3478
 6JS  N3   N  N     0  -0.449  -1.4478  -3.7855  -0.4888
 6JS  CAK  C  CR15  0  -0.350  -5.0720   1.0691   0.1053
 6JS  CAL  C  CR15  0  -0.329  -4.8740   2.4406   0.4374
 6JS  CAM  C  CR15  0   0.004  -3.5555   2.5812   0.7043
 6JS  OAN  O  O     0  -0.447  -2.9298   1.3917   0.5650
 6JS  CAJ  C  CR5   0   0.335  -3.8524   0.4769   0.1988
 6JS  CAI  C  CR5   0   0.169  -3.4149  -0.8870   0.0010
 6JS  NAH  N  N     0  -0.261  -4.3289  -1.8279  -0.0876
 6JS  NAG  N  NR15  0  -0.502  -3.6886  -2.9796  -0.2793
 6JS  C2   C  CR16  0   0.068  -0.2232  -3.3117  -0.4911
 6JS  NAO  N  NH1   0  -0.785  -0.3457   0.1923  -0.0506
 6JS  CAP  C  CR6   0   0.305   0.9341   0.7546  -0.0888
 6JS  CAQ  C  CR16  0  -0.356   2.1176   0.0532   0.0931
 6JS  CAU  C  CR6   0   0.302   0.9867   2.1491  -0.2979
 6JS  OBA  O  O2    0  -0.480  -0.1990   2.7632  -0.4638
 6JS  CBB  C  CH3   0  -0.436  -0.2216   4.1653  -0.6528
 6JS  CAT  C  CR16  0  -0.357   2.2137   2.7944  -0.3187
 6JS  CAS  C  CR16  0  -0.333   3.3878   2.0789  -0.1454
 6JS  CAR  C  CR6   0   0.010   3.3548   0.7048   0.0625
 6JS  CAV  C  CR5   0   0.396   4.5937  -0.0354   0.2441
 6JS  OAZ  O  O     0  -0.420   4.5073  -1.3656   0.4645
 6JS  CAY  C  CR15  0  -0.003   5.7587  -1.8507   0.5991
 6JS  CAX  C  CR15  0  -0.333   6.6610  -0.8507   0.4696
 6JS  CAW  C  CR15  0  -0.396   5.9049   0.3351   0.2383
 6JS  H2   H  HCR5  0   0.274  -5.6191   3.2181   0.4688
 6JS  H3   H  HCR5  0   0.283  -2.9458   3.4171   1.0037
 6JS  H5   H  HCR6  0   0.260   0.5754  -4.0323  -0.6292
 6JS  H6   H  HNH1  0   0.442  -1.0924   0.8649   0.0495
 6JS  H7   H  HCR6  0   0.285   2.0657  -1.0110   0.2489
 6JS  H8   H  HCH3  0   0.235   0.1858   4.6969   0.2105
 6JS  H9   H  HCH3  0   0.238   0.3293   4.4617  -1.5483
 6JS  H10  H  HCH3  0   0.261  -1.2652   4.4420  -0.7779
 6JS  H11  H  HCR6  0   0.289   2.2739   3.8622  -0.4774
 6JS  H12  H  HCR6  0   0.254   4.3281   2.6131  -0.1760
 6JS  H13  H  HCR5  0   0.279   5.8505  -2.9090   0.7804
 6JS  H14  H  HCR5  0   0.266   7.7332  -0.9422   0.5283
 6JS  H15  H  HCR5  0   0.260   6.2948   1.3286   0.0861
 6JS  H4   H  HNR5  0   0.426  -4.2081  -3.8390  -0.3725
 6JS  H1   H  HCR5  0   0.270  -5.9963   0.5899  -0.1720

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6JS  CAY  CAX  aromatic  1.353  0.020  1.353
 6JS  CAY  OAZ  aromatic  1.349  0.020  1.349
 6JS  CAX  CAW  aromatic  1.425  0.020  1.425
 6JS  OAZ  CAV  aromatic  1.351  0.020  1.351
 6JS  CAW  CAV  aromatic  1.363  0.020  1.363
 6JS  CAV  CAR  single    1.455  0.020  1.455
 6JS  CAR  CAS  aromatic  1.390  0.020  1.390
 6JS  CAR  CAQ  aromatic  1.399  0.020  1.399
 6JS  CAS  CAT  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6JS  CAQ  CAP  aromatic  1.388  0.020  1.388
 6JS  CAT  CAU  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6JS  CAU  CAP  aromatic  1.411  0.020  1.411
 6JS  CAU  OBA  single    1.346  0.020  1.346
 6JS  CAP  NAO  single    1.398  0.020  1.398
 6JS  N1   C2   aromatic  1.333  0.020  1.333
 6JS  N1   C6   aromatic  1.328  0.020  1.328
 6JS  C2   N3   aromatic  1.313  0.020  1.313
 6JS  CBB  OBA  single    1.415  0.020  1.415
 6JS  NAO  C6   single    1.346  0.020  1.346
 6JS  C6   C5   aromatic  1.422  0.020  1.422
 6JS  N3   C4   aromatic  1.336  0.020  1.336
 6JS  C5   C4   aromatic  1.401  0.020  1.401
 6JS  C5   CAI  aromatic  1.430  0.020  1.430
 6JS  C4   NAG  aromatic  1.341  0.020  1.341
 6JS  OAN  CAM  aromatic  1.351  0.020  1.351
 6JS  OAN  CAJ  aromatic  1.350  0.020  1.350
 6JS  CAM  CAL  aromatic  1.353  0.020  1.353
 6JS  CAI  CAJ  single    1.446  0.020  1.446
 6JS  CAI  NAH  aromatic  1.315  0.020  1.315
 6JS  CAJ  CAK  aromatic  1.359  0.020  1.359
 6JS  NAG  NAH  aromatic  1.332  0.020  1.332
 6JS  CAL  CAK  aromatic  1.425  0.020  1.425
 6JS  CAK  H1   single    0.930  0.020  1.080
 6JS  CAL  H2   single    0.930  0.020  1.080
 6JS  CAM  H3   single    0.930  0.020  1.080
 6JS  C2   H5   single    0.930  0.020  1.080
 6JS  NAO  H6   single    0.860  0.020  1.020
 6JS  CAQ  H7   single    0.930  0.020  1.080
 6JS  CBB  H8   single    0.970  0.020  1.090
 6JS  CBB  H9   single    0.970  0.020  1.090
 6JS  CBB  H10  single    0.970  0.020  1.090
 6JS  CAT  H11  single    0.930  0.020  1.080
 6JS  CAS  H12  single    0.930  0.020  1.080
 6JS  CAY  H13  single    0.930  0.020  1.080
 6JS  CAX  H14  single    0.930  0.020  1.080
 6JS  CAW  H15  single    0.930  0.020  1.080
 6JS  NAG  H4   single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6JS  NAG  C4   N3   126.56  3.000
 6JS  NAG  C4   C5   106.61  3.000
 6JS  N3   C4   C5   126.83  3.000
 6JS  CAI  C5   C6   141.42  3.000
 6JS  CAI  C5   C4   103.84  3.000
 6JS  C6   C5   C4   114.71  3.000
 6JS  NAO  C6   N1   119.98  3.000
 6JS  NAO  C6   C5   121.51  3.000
 6JS  N1   C6   C5   118.51  3.000
 6JS  C2   N1   C6   119.77  3.000
 6JS  C2   N3   C4   112.05  3.000
 6JS  H1   CAK  CAJ  126.43  3.000
 6JS  H1   CAK  CAL  127.39  3.000
 6JS  CAJ  CAK  CAL  106.18  3.000
 6JS  H2   CAL  CAM  126.40  3.000
 6JS  H2   CAL  CAK  127.25  3.000
 6JS  CAM  CAL  CAK  106.35  3.000
 6JS  H3   CAM  OAN  116.73  3.000
 6JS  H3   CAM  CAL  133.42  3.000
 6JS  OAN  CAM  CAL  109.85  3.000
 6JS  CAJ  OAN  CAM  107.95  3.000
 6JS  CAI  CAJ  OAN  118.01  3.000
 6JS  CAI  CAJ  CAK  132.31  3.000
 6JS  OAN  CAJ  CAK  109.67  3.000
 6JS  NAH  CAI  CAJ  118.29  3.000
 6JS  NAH  CAI  C5   110.07  3.000
 6JS  CAJ  CAI  C5   131.63  3.000
 6JS  NAG  NAH  CAI  107.13  3.000
 6JS  H4   NAG  NAH  120.18  3.000
 6JS  H4   NAG  C4   127.47  3.000
 6JS  NAH  NAG  C4   112.35  3.000
 6JS  H5   C2   N3   116.57  3.000
 6JS  H5   C2   N1   115.31  3.000
 6JS  N3   C2   N1   128.12  3.000
 6JS  H6   NAO  CAP  114.30  3.000
 6JS  H6   NAO  C6   115.41  3.000
 6JS  CAP  NAO  C6   130.25  3.000
 6JS  CAU  CAP  CAQ  119.15  3.000
 6JS  CAU  CAP  NAO  115.82  3.000
 6JS  CAQ  CAP  NAO  125.01  3.000
 6JS  H7   CAQ  CAR  120.42  3.000
 6JS  H7   CAQ  CAP  118.51  3.000
 6JS  CAR  CAQ  CAP  121.07  3.000
 6JS  CAT  CAU  OBA  124.44  3.000
 6JS  OBA  CAU  CAP  115.87  3.000
 6JS  CAT  CAU  CAP  119.68  3.000
 6JS  CBB  OBA  CAU  118.87  3.000
 6JS  H10  CBB  H9   108.71  3.000
 6JS  H10  CBB  H8   108.98  3.000
 6JS  H9   CBB  H8   109.12  3.000
 6JS  H10  CBB  OBA  106.44  3.000
 6JS  H9   CBB  OBA  111.73  3.000
 6JS  H8   CBB  OBA  111.76  3.000
 6JS  H11  CAT  CAS  118.76  3.000
 6JS  H11  CAT  CAU  120.74  3.000
 6JS  CAS  CAT  CAU  120.50  3.000
 6JS  H12  CAS  CAR  120.86  3.000
 6JS  H12  CAS  CAT  118.55  3.000
 6JS  CAR  CAS  CAT  120.59  3.000
 6JS  CAV  CAR  CAS  120.10  3.000
 6JS  CAS  CAR  CAQ  119.00  3.000
 6JS  CAV  CAR  CAQ  120.90  3.000
 6JS  CAW  CAV  OAZ  109.26  3.000
 6JS  CAW  CAV  CAR  132.90  3.000
 6JS  OAZ  CAV  CAR  117.84  3.000
 6JS  CAY  OAZ  CAV  108.12  3.000
 6JS  H13  CAY  CAX  133.24  3.000
 6JS  H13  CAY  OAZ  116.67  3.000
 6JS  CAX  CAY  OAZ  110.09  3.000
 6JS  H14  CAX  CAW  127.40  3.000
 6JS  H14  CAX  CAY  126.55  3.000
 6JS  CAW  CAX  CAY  106.06  3.000
 6JS  H15  CAW  CAX  126.71  3.000
 6JS  H15  CAW  CAV  126.81  3.000
 6JS  CAX  CAW  CAV  106.48  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6JS  CONST_01  N1   C2   N3   C4      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_02  N1   C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_03  CAJ  CAI  C5   C4    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_04  NAH  CAI  C5   C4      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_05  CAI  NAH  NAG  C4      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_06  C2   N1   C6   C5      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_07  C2   N3   C4   C5      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_08  NAH  NAG  C4   C5      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_09  OAN  CAJ  CAI  C5      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_10  CAK  CAJ  CAI  C5    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_11  NAG  NAH  CAI  C5      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_12  N3   C2   N1   C6      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_13  N3   C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_14  NAG  C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_15  CAJ  CAI  C5   C6      0.00   0.0  0
 6JS  CONST_16  NAH  CAI  C5   C6    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_17  CAI  C5   C6   N1    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_18  CAI  C5   C4   N3    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_19  NAH  NAG  C4   N3    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_20  CAM  OAN  CAJ  CAK     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_21  NAH  CAI  CAJ  CAK     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_22  OAN  CAM  CAL  CAK     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_23  CAJ  OAN  CAM  CAL     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_24  OAN  CAJ  CAK  CAL     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_25  CAI  CAJ  CAK  CAL   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_26  CAI  CAJ  OAN  CAM   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_27  CAJ  CAK  CAL  CAM     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_28  NAH  CAI  CAJ  OAN   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_29  NAG  NAH  CAI  CAJ   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_30  NAG  C4   C5   CAI     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_31  C2   N3   C4   NAG   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_32  CAV  CAR  CAQ  CAP   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_33  CAS  CAR  CAQ  CAP     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_34  CAS  CAT  CAU  CAP     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_35  OAZ  CAV  CAR  CAQ     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_36  CAW  CAV  CAR  CAQ   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_37  CAT  CAS  CAR  CAQ     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_38  CAT  CAU  CAP  CAQ     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_39  CAR  CAS  CAT  CAU     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_40  CAR  CAQ  CAP  CAU     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_41  CAV  CAR  CAS  CAT   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_42  OAZ  CAV  CAR  CAS   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_43  CAW  CAV  CAR  CAS     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_44  CAY  OAZ  CAV  CAR   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_45  CAX  CAW  CAV  CAR   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_46  CAX  CAY  OAZ  CAV     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_47  CAY  CAX  CAW  CAV     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_48  CAW  CAX  CAY  OAZ     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_49  CAX  CAW  CAV  OAZ     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_50  CAW  CAV  OAZ  CAY     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_51  NAO  C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_52  NAO  C6   C5   CAI     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_53  NAO  C6   N1   C2    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_54  CAR  CAQ  CAP  NAO   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_55  CAT  CAU  CAP  NAO   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_56  OBA  CAU  CAP  CAQ   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_57  CAS  CAT  CAU  OBA   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_58  H5   C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_59  H4   NAG  C4   C5    180.00   0.0  0
 6JS  CONST_60  H3   CAM  CAL  CAK   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_61  H1   CAK  CAL  CAM   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_62  H2   CAL  CAM  OAN   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_63  H11  CAT  CAU  CAP   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_64  H12  CAS  CAR  CAQ   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_65  H7   CAQ  CAP  CAU   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_66  H15  CAW  CAV  CAR     0.00   0.0  0
 6JS  CONST_67  H13  CAY  OAZ  CAV   180.00   0.0  0
 6JS  CONST_68  H14  CAX  CAW  CAV   180.00   0.0  0
 6JS  Var_01    CAP  NAO  C6   C5   -178.57  30.0  2
 6JS  Var_02    CAQ  CAP  NAO  C6    -18.50  30.0  3
 6JS  Var_03    CAT  CAU  OBA  CBB    -1.05  30.0  1
 6JS  Var_04    H8   CBB  OBA  CAU   -61.92  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6JS  plan-1  CAK  0.020
 6JS  plan-1  CAL  0.020
 6JS  plan-1  CAM  0.020
 6JS  plan-1  OAN  0.020
 6JS  plan-1  CAJ  0.020
 6JS  plan-1  CAI  0.020
 6JS  plan-1  H2   0.020
 6JS  plan-1  H3   0.020
 6JS  plan-1  H1   0.020
 6JS  plan-2  CAR  0.020
 6JS  plan-2  CAV  0.020
 6JS  plan-2  OAZ  0.020
 6JS  plan-2  CAY  0.020
 6JS  plan-2  CAX  0.020
 6JS  plan-2  CAW  0.020
 6JS  plan-2  H13  0.020
 6JS  plan-2  H14  0.020
 6JS  plan-2  H15  0.020
 6JS  plan-3  NAO  0.020
 6JS  plan-3  CAP  0.020
 6JS  plan-3  CAQ  0.020
 6JS  plan-3  CAU  0.020
 6JS  plan-3  OBA  0.020
 6JS  plan-3  CAT  0.020
 6JS  plan-3  CAS  0.020
 6JS  plan-3  CAR  0.020
 6JS  plan-3  CAV  0.020
 6JS  plan-3  H7   0.020
 6JS  plan-3  H11  0.020
 6JS  plan-3  H12  0.020
 6JS  plan-4  C4   0.020
 6JS  plan-4  C5   0.020
 6JS  plan-4  C6   0.020
 6JS  plan-4  N1   0.020
 6JS  plan-4  N3   0.020
 6JS  plan-4  CAJ  0.020
 6JS  plan-4  CAI  0.020
 6JS  plan-4  NAH  0.020
 6JS  plan-4  NAG  0.020
 6JS  plan-4  C2   0.020
 6JS  plan-4  NAO  0.020
 6JS  plan-4  H5   0.020
 6JS  plan-4  H4   0.020

