# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 27 01:07:07 2020
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 2-oxoheptanedioic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)CCCCC(=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6GT  6GT  '2-oxoheptanedioic acid   '  ligand  22  12  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6GT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6GT  OAA  O  O     0  -0.446  -4.0773  -1.3929   0.0376
 6GT  CAJ  C  C     0   0.551  -3.9921  -0.1900   0.0250
 6GT  OAD  O  OH1   0  -0.598  -5.0551   0.6099   0.0221
 6GT  CAH  C  CH2   0  -0.581  -2.7074   0.5905   0.0122
 6GT  CAF  C  CH2   0  -0.422  -1.4609  -0.2783   0.0236
 6GT  CAG  C  CH2   0  -0.420  -0.1940   0.5683   0.0065
 6GT  CAI  C  CH2   0  -0.562   1.0517  -0.3015   0.0250
 6GT  CAL  C  C     0   0.294   2.3323   0.4687  -0.0027
 6GT  OAC  O  O     0  -0.347   2.4159   1.6673  -0.0395
 6GT  CAK  C  C     0   0.483   3.6181  -0.3768   0.0185
 6GT  OAB  O  O     0  -0.405   3.6025  -1.5779   0.0699
 6GT  OAE  O  OH1   0  -0.571   4.6944   0.3763  -0.0242
 6GT  H1   H  HOH1  0   0.478  -5.8668   0.0813   0.0318
 6GT  H2   H  HCH2  0   0.278  -2.7141   1.2403  -0.8687
 6GT  H3   H  HCH2  0   0.277  -2.7122   1.2668   0.8733
 6GT  H4   H  HCH2  0   0.231  -1.4617  -0.9181   0.9102
 6GT  H5   H  HCH2  0   0.232  -1.4655  -0.9459  -0.8421
 6GT  H6   H  HCH2  0   0.234  -0.1908   1.2042  -0.8829
 6GT  H7   H  HCH2  0   0.234  -0.1908   1.2401   0.8689
 6GT  H8   H  HCH2  0   0.283   1.0623  -0.9476   0.9099
 6GT  H9   H  HCH2  0   0.283   1.0554  -0.9926  -0.8257
 6GT  H10  H  HOH1  0   0.493   5.4928  -0.1744  -0.0111

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6GT  OAA  CAJ  double  1.206  0.020  1.206
 6GT  OAD  CAJ  single  1.330  0.020  1.330
 6GT  CAJ  CAH  single  1.503  0.020  1.503
 6GT  CAH  CAF  single  1.519  0.020  1.519
 6GT  CAF  CAG  single  1.524  0.020  1.524
 6GT  OAC  CAL  double  1.202  0.020  1.202
 6GT  CAG  CAI  single  1.519  0.020  1.519
 6GT  CAL  CAI  single  1.495  0.020  1.495
 6GT  CAL  CAK  single  1.539  0.020  1.539
 6GT  CAK  OAB  double  1.202  0.020  1.202
 6GT  CAK  OAE  single  1.314  0.020  1.314
 6GT  OAD  H1   single  0.850  0.020  0.980
 6GT  CAH  H2   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAH  H3   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAF  H4   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAF  H5   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAG  H6   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAG  H7   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAI  H8   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAI  H9   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  OAE  H10  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6GT  CAH  CAJ  OAD  111.76  3.000
 6GT  CAH  CAJ  OAA  125.33  3.000
 6GT  OAD  CAJ  OAA  122.91  3.000
 6GT  H1   OAD  CAJ  109.96  3.000
 6GT  H3   CAH  H2   105.43  3.000
 6GT  H3   CAH  CAF  110.54  3.000
 6GT  H2   CAH  CAF  110.52  3.000
 6GT  H3   CAH  CAJ  108.08  3.000
 6GT  H2   CAH  CAJ  108.05  3.000
 6GT  CAF  CAH  CAJ  113.84  3.000
 6GT  H5   CAF  H4   106.55  3.000
 6GT  H5   CAF  CAG  109.50  3.000
 6GT  H4   CAF  CAG  109.56  3.000
 6GT  H5   CAF  CAH  109.86  3.000
 6GT  H4   CAF  CAH  109.88  3.000
 6GT  CAG  CAF  CAH  111.37  3.000
 6GT  H7   CAG  H6   106.51  3.000
 6GT  H7   CAG  CAI  109.87  3.000
 6GT  H6   CAG  CAI  109.90  3.000
 6GT  H7   CAG  CAF  109.58  3.000
 6GT  H6   CAG  CAF  109.55  3.000
 6GT  CAI  CAG  CAF  111.31  3.000
 6GT  H9   CAI  H8   104.77  3.000
 6GT  H9   CAI  CAL  107.91  3.000
 6GT  H8   CAI  CAL  108.09  3.000
 6GT  H9   CAI  CAG  110.75  3.000
 6GT  H8   CAI  CAG  110.81  3.000
 6GT  CAL  CAI  CAG  114.03  3.000
 6GT  CAK  CAL  OAC  119.35  3.000
 6GT  CAK  CAL  CAI  115.63  3.000
 6GT  OAC  CAL  CAI  125.02  3.000
 6GT  OAE  CAK  OAB  125.76  3.000
 6GT  OAE  CAK  CAL  111.65  3.000
 6GT  OAB  CAK  CAL  122.59  3.000
 6GT  H10  OAE  CAK  110.38  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6GT  CONST_01  H1   OAD  CAJ  OAA    0.00   0.0  0
 6GT  CONST_02  H10  OAE  CAK  CAL  180.00   0.0  0
 6GT  Var_01    CAF  CAH  CAJ  OAA   -0.30  30.0  3
 6GT  Var_02    CAG  CAF  CAH  CAJ  179.87  30.0  3
 6GT  Var_03    CAI  CAG  CAF  CAH  179.71  30.0  3
 6GT  Var_04    CAL  CAI  CAG  CAF  179.49  30.0  3
 6GT  Var_05    OAC  CAL  CAI  CAG   -0.15  30.0  1
 6GT  Var_06    OAB  CAK  CAL  CAI   -0.85  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6GT  plan-1  CAI  0.020
 6GT  plan-1  CAL  0.020
 6GT  plan-1  OAC  0.020
 6GT  plan-1  CAK  0.020
 6GT  plan-2  OAA  0.020
 6GT  plan-2  CAJ  0.020
 6GT  plan-2  OAD  0.020
 6GT  plan-2  CAH  0.020
 6GT  plan-2  H1   0.020
 6GT  plan-3  CAL  0.020
 6GT  plan-3  CAK  0.020
 6GT  plan-3  OAB  0.020
 6GT  plan-3  OAE  0.020
 6GT  plan-3  H10  0.020

