# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr  9 23:00:46 2020
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 2-oxoheptanedioic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)CCCCC(=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6GT  6GT  '2-oxoheptanedioic acid   '  ligand  20  12  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_6GT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6GT  OAA  O  O      0  -0.610  -4.0352  -1.3911  -0.1123
 6GT  CAJ  C  C      0   0.410  -4.0645  -0.1511   0.0149
 6GT  OAD  O  OC    -1  -0.635  -5.0897   0.5540   0.1346
 6GT  CAH  C  CH2    0  -0.581  -2.7235   0.6051   0.0164
 6GT  CAF  C  CH2    0  -0.402  -1.4708  -0.2556   0.0031
 6GT  CAG  C  CH2    0  -0.409  -0.1895   0.5711   0.0086
 6GT  CAI  C  CH2    0  -0.545   1.0529  -0.3046   0.0113
 6GT  CAL  C  C      0   0.235   2.3585   0.4418   0.0275
 6GT  OAC  O  O      0  -0.401   2.4101   1.6503   0.0255
 6GT  CAK  C  C      0   0.343   3.6696  -0.3999   0.0493
 6GT  OAB  O  O      0  -0.579   3.5171  -1.6334   0.0301
 6GT  OAE  O  OC    -1  -0.585   4.7239   0.2499   0.0834
 6GT  H2   H  HCH2   0   0.218  -2.7138   1.2767  -0.8513
 6GT  H3   H  HCH2   0   0.213  -2.7042   1.2714   0.8867
 6GT  H4   H  HCH2   0   0.201  -1.4723  -0.9245   0.8696
 6GT  H5   H  HCH2   0   0.202  -1.4780  -0.9065  -0.8762
 6GT  H6   H  HCH2   0   0.210  -0.1790   1.2311  -0.8644
 6GT  H7   H  HCH2   0   0.210  -0.1834   1.2275   0.8844
 6GT  H8   H  HCH2   0   0.252   1.0426  -0.9825   0.8718
 6GT  H9   H  HCH2   0   0.252   1.0560  -0.9714  -0.8580

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6GT  OAA  CAJ  deloc   1.247  0.020  1.247
 6GT  OAD  CAJ  deloc   1.250  0.020  1.250
 6GT  CAJ  CAH  single  1.540  0.020  1.540
 6GT  CAH  CAF  single  1.520  0.020  1.520
 6GT  CAF  CAG  single  1.525  0.020  1.525
 6GT  OAC  CAL  double  1.210  0.020  1.210
 6GT  CAG  CAI  single  1.520  0.020  1.520
 6GT  CAL  CAI  single  1.504  0.020  1.504
 6GT  CAL  CAK  single  1.558  0.020  1.558
 6GT  CAK  OAB  deloc   1.243  0.020  1.243
 6GT  CAK  OAE  deloc   1.239  0.020  1.239
 6GT  CAH  H2   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAH  H3   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAF  H4   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAF  H5   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAG  H6   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAG  H7   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAI  H8   single  0.970  0.020  1.090
 6GT  CAI  H9   single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6GT  CAH  CAJ  OAD  115.93  3.000
 6GT  CAH  CAJ  OAA  117.91  3.000
 6GT  OAD  CAJ  OAA  126.16  3.000
 6GT  H3   CAH  H2   104.81  3.000
 6GT  H3   CAH  CAF  109.68  3.000
 6GT  H2   CAH  CAF  109.41  3.000
 6GT  H3   CAH  CAJ  108.34  3.000
 6GT  H2   CAH  CAJ  107.91  3.000
 6GT  CAF  CAH  CAJ  116.09  3.000
 6GT  H5   CAF  H4   105.82  3.000
 6GT  H5   CAF  CAG  109.33  3.000
 6GT  H4   CAF  CAG  109.25  3.000
 6GT  H5   CAF  CAH  109.79  3.000
 6GT  H4   CAF  CAH  109.75  3.000
 6GT  CAG  CAF  CAH  112.67  3.000
 6GT  H7   CAG  H6   106.05  3.000
 6GT  H7   CAG  CAI  109.85  3.000
 6GT  H6   CAG  CAI  109.94  3.000
 6GT  H7   CAG  CAF  109.43  3.000
 6GT  H6   CAG  CAF  109.40  3.000
 6GT  CAI  CAG  CAF  111.99  3.000
 6GT  H9   CAI  H8   104.28  3.000
 6GT  H9   CAI  CAL  107.95  3.000
 6GT  H8   CAI  CAL  107.87  3.000
 6GT  H9   CAI  CAG  110.58  3.000
 6GT  H8   CAI  CAG  110.50  3.000
 6GT  CAL  CAI  CAG  115.07  3.000
 6GT  CAK  CAL  OAC  120.25  3.000
 6GT  CAK  CAL  CAI  117.55  3.000
 6GT  OAC  CAL  CAI  122.20  3.000
 6GT  OAE  CAK  OAB  128.70  3.000
 6GT  OAE  CAK  CAL  115.67  3.000
 6GT  OAB  CAK  CAL  115.63  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6GT  Var_01  CAF  CAH  CAJ  OAA    -6.02  30.0  3
 6GT  Var_02  CAG  CAF  CAH  CAJ  -179.87  30.0  3
 6GT  Var_03  CAI  CAG  CAF  CAH   179.34  30.0  3
 6GT  Var_04  CAL  CAI  CAG  CAF  -179.55  30.0  3
 6GT  Var_05  OAC  CAL  CAI  CAG    -0.68  30.0  1
 6GT  Var_06  OAB  CAK  CAL  CAI     1.09  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6GT  plan-1  CAI  0.020
 6GT  plan-1  CAL  0.020
 6GT  plan-1  OAC  0.020
 6GT  plan-1  CAK  0.020
 6GT  plan-2  OAA  0.020
 6GT  plan-2  CAJ  0.020
 6GT  plan-2  OAD  0.020
 6GT  plan-2  CAH  0.020
 6GT  plan-3  CAL  0.020
 6GT  plan-3  CAK  0.020
 6GT  plan-3  OAB  0.020
 6GT  plan-3  OAE  0.020

