# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 10 18:51:33 2020
#   Inital geometry file: a 127 line input string
#   Ligand name: N,4-dimethyl-N-{2-oxo-2-[4-(pyridin-2-yl)piperazin-1-yl]ethyl}benzene-1-sulfonamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(CC(=O)N1CCN(CC1)c2ccccn2)[S](=O)(=O)c3ccc(C)cc3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6GQ  6GQ  N,4-dimethyl-N-{2-oxo-2-[4-(pyridin-2-yl)piperazin-1-yl]ethyl}benzene-1-sulfonamide  ligand  51  27  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6GQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6GQ  O2   O  O     0  -0.474   0.1514  -2.9951  -0.1902
 6GQ  O1   O  OS    0  -0.649  -3.8005  -2.2688  -1.4195
 6GQ  N    N  N     0  -0.545  -2.1577  -1.7788   0.3937
 6GQ  C    C  CH3   0  -0.702  -6.0597   3.5941   0.7728
 6GQ  O    O  OS    0  -0.646  -1.8013  -0.8038  -1.8638
 6GQ  C8   C  CH2   0  -0.440  -0.9452  -1.1348   0.8356
 6GQ  C5   C  CR16  0  -0.212  -3.2796   1.4510  -0.6780
 6GQ  C4   C  CR6   0  -0.194  -3.8149   0.1803  -0.5210
 6GQ  N3   N  N     0  -0.472   4.9906   1.9866   0.6021
 6GQ  C2   C  CR16  0  -0.258  -5.7937   1.1157   0.4502
 6GQ  N1   N  NT    0  -0.463   1.4805  -1.4763   0.8206
 6GQ  C6   C  CR16  0  -0.267  -4.0156   2.5513  -0.2640
 6GQ  C9   C  C     0   0.572   0.2822  -1.9565   0.4334
 6GQ  C7   C  CH3   0  -0.505  -2.9291  -2.5179   1.3785
 6GQ  S    S  S     0   1.371  -2.8688  -1.2434  -0.9799
 6GQ  C3   C  CR16  0  -0.210  -5.0764   0.0066   0.0388
 6GQ  C1   C  CR6   0   0.117  -5.2766   2.4042   0.3078
 6GQ  C13  C  CH2   0  -0.317   1.7172  -0.2331   1.5278
 6GQ  C12  C  CH2   0  -0.269   2.5843   0.6906   0.6917
 6GQ  N2   N  NT    0  -0.513   3.8141   0.0266   0.2945
 6GQ  C11  C  CH2   0  -0.278   3.6071  -1.2468  -0.3651
 6GQ  C10  C  CH2   0  -0.295   2.7146  -2.1488   0.4727
 6GQ  C14  C  CR6   0   0.549   4.9337   0.7818   0.0339
 6GQ  C18  C  CR16  0  -0.045   6.0700   2.7378   0.4317
 6GQ  C17  C  CR16  0  -0.345   7.1693   2.3557  -0.3138
 6GQ  C16  C  CR16  0  -0.122   7.1069   1.1101  -0.9294
 6GQ  C15  C  CR16  0  -0.389   5.9917   0.3146  -0.7716
 6GQ  H1   H  HCH3  0   0.252  -6.0343   3.6693   1.8616
 6GQ  H2   H  HCH3  0   0.241  -5.6582   4.5220   0.3691
 6GQ  H3   H  HCH3  0   0.245  -7.1071   3.5192   0.4810
 6GQ  H4   H  HCH2  0   0.277  -0.8625  -0.1179   0.4455
 6GQ  H5   H  HCH2  0   0.296  -0.9879  -1.0250   1.9217
 6GQ  H6   H  HCR6  0   0.262  -2.3080   1.5978  -1.1302
 6GQ  H7   H  HCR6  0   0.239  -6.7770   0.9753   0.8816
 6GQ  H8   H  HCR6  0   0.238  -3.5999   3.5420  -0.3990
 6GQ  H9   H  HCH3  0   0.232  -3.4590  -1.8588   2.0710
 6GQ  H10  H  HCH3  0   0.261  -3.6449  -3.1746   0.8936
 6GQ  H11  H  HCH3  0   0.255  -2.2453  -3.1443   1.9477
 6GQ  H12  H  HCR6  0   0.260  -5.5084  -0.9792   0.1494
 6GQ  H13  H  HCH2  0   0.265   0.7871   0.2744   1.7676
 6GQ  H14  H  HCH2  0   0.247   2.2169  -0.4548   2.4757
 6GQ  H15  H  HCH2  0   0.213   2.0191   1.0121  -0.1945
 6GQ  H16  H  HCH2  0   0.272   2.8233   1.5778   1.2702
 6GQ  H17  H  HCH2  0   0.224   3.1677  -1.1108  -1.3627
 6GQ  H18  H  HCH2  0   0.249   4.5547  -1.7665  -0.4901
 6GQ  H19  H  HCH2  0   0.240   3.2377  -2.4265   1.3931
 6GQ  H20  H  HCH2  0   0.270   2.4977  -3.0600  -0.0775
 6GQ  H21  H  HCR6  0   0.237   6.0533   3.7055   0.9227
 6GQ  H22  H  HCR6  0   0.238   8.0254   3.0067  -0.4184
 6GQ  H23  H  HCR6  0   0.246   7.9251   0.7594  -1.5457
 6GQ  H24  H  HCR6  0   0.241   5.9488  -0.6366  -1.2801

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6GQ  C16  C17  aromatic  1.391  0.020  1.391
 6GQ  C16  C15  aromatic  1.379  0.020  1.379
 6GQ  C17  C18  aromatic  1.382  0.020  1.382
 6GQ  C15  C14  aromatic  1.409  0.020  1.409
 6GQ  C18  N3   aromatic  1.326  0.020  1.326
 6GQ  C14  N3   aromatic  1.333  0.020  1.333
 6GQ  C14  N2   single    1.375  0.020  1.375
 6GQ  N2   C12  single    1.453  0.020  1.453
 6GQ  N2   C11  single    1.449  0.020  1.449
 6GQ  C12  C13  single    1.518  0.020  1.518
 6GQ  C13  N1   single    1.450  0.020  1.450
 6GQ  C11  C10  single    1.521  0.020  1.521
 6GQ  O    S    double    1.454  0.020  1.454
 6GQ  O1   S    double    1.453  0.020  1.453
 6GQ  S    N    single    1.637  0.020  1.637
 6GQ  S    C4   single    1.770  0.020  1.770
 6GQ  N1   C10  single    1.448  0.020  1.448
 6GQ  N1   C9   single    1.348  0.020  1.348
 6GQ  N    C7   single    1.453  0.020  1.453
 6GQ  N    C8   single    1.442  0.020  1.442
 6GQ  C4   C5   aromatic  1.388  0.020  1.388
 6GQ  C4   C3   aromatic  1.391  0.020  1.391
 6GQ  C5   C6   aromatic  1.387  0.020  1.387
 6GQ  C8   C9   single    1.531  0.020  1.531
 6GQ  C9   O2   double    1.218  0.020  1.218
 6GQ  C3   C2   aromatic  1.383  0.020  1.383
 6GQ  C6   C1   aromatic  1.392  0.020  1.392
 6GQ  C2   C1   aromatic  1.396  0.020  1.396
 6GQ  C1   C    single    1.498  0.020  1.498
 6GQ  C    H1   single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C    H2   single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C    H3   single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C8   H4   single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C8   H5   single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C5   H6   single    0.930  0.020  1.080
 6GQ  C2   H7   single    0.930  0.020  1.080
 6GQ  C6   H8   single    0.930  0.020  1.080
 6GQ  C7   H9   single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C7   H10  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C7   H11  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C3   H12  single    0.930  0.020  1.080
 6GQ  C13  H13  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C13  H14  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C12  H15  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C12  H16  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C11  H17  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C11  H18  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C10  H19  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C10  H20  single    0.970  0.020  1.090
 6GQ  C18  H21  single    0.930  0.020  1.080
 6GQ  C17  H22  single    0.930  0.020  1.080
 6GQ  C16  H23  single    0.930  0.020  1.080
 6GQ  C15  H24  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6GQ  S    N    C7   120.30  3.000
 6GQ  C7   N    C8   117.76  3.000
 6GQ  S    N    C8   118.44  3.000
 6GQ  H3   C    H2   108.28  3.000
 6GQ  H3   C    H1   107.11  3.000
 6GQ  H2   C    H1   107.61  3.000
 6GQ  H3   C    C1   111.38  3.000
 6GQ  H2   C    C1   111.65  3.000
 6GQ  H1   C    C1   110.61  3.000
 6GQ  H5   C8   H4   105.33  3.000
 6GQ  H5   C8   C9   110.27  3.000
 6GQ  H4   C8   C9   110.19  3.000
 6GQ  H5   C8   N    108.46  3.000
 6GQ  H4   C8   N    111.71  3.000
 6GQ  C9   C8   N    110.73  3.000
 6GQ  H6   C5   C6   119.59  3.000
 6GQ  H6   C5   C4   121.20  3.000
 6GQ  C6   C5   C4   119.20  3.000
 6GQ  C3   C4   S    119.25  3.000
 6GQ  C3   C4   C5   120.64  3.000
 6GQ  S    C4   C5   120.06  3.000
 6GQ  C18  N3   C14  119.46  3.000
 6GQ  H7   C2   C1   119.79  3.000
 6GQ  H7   C2   C3   119.03  3.000
 6GQ  C1   C2   C3   121.18  3.000
 6GQ  C10  N1   C13  112.11  3.000
 6GQ  C10  N1   C9   121.56  3.000
 6GQ  C13  N1   C9   126.22  3.000
 6GQ  H8   C6   C1   119.71  3.000
 6GQ  H8   C6   C5   119.00  3.000
 6GQ  C1   C6   C5   121.29  3.000
 6GQ  N1   C9   C8   116.50  3.000
 6GQ  C8   C9   O2   120.39  3.000
 6GQ  N1   C9   O2   123.10  3.000
 6GQ  H11  C7   H10  107.44  3.000
 6GQ  H11  C7   H9   108.69  3.000
 6GQ  H10  C7   H9   109.15  3.000
 6GQ  H11  C7   N    108.29  3.000
 6GQ  H10  C7   N    110.79  3.000
 6GQ  H9   C7   N    112.34  3.000
 6GQ  C4   S    O    107.87  3.000
 6GQ  C4   S    N    106.12  3.000
 6GQ  O    S    N    106.87  3.000
 6GQ  C4   S    O1   107.65  3.000
 6GQ  N    S    O1   107.55  3.000
 6GQ  O    S    O1   120.00  3.000
 6GQ  H12  C3   C2   119.54  3.000
 6GQ  H12  C3   C4   121.13  3.000
 6GQ  C2   C3   C4   119.33  3.000
 6GQ  C6   C1   C2   118.36  3.000
 6GQ  C2   C1   C    120.52  3.000
 6GQ  C6   C1   C    121.12  3.000
 6GQ  H14  C13  H13  107.12  3.000
 6GQ  H14  C13  C12  109.85  3.000
 6GQ  H13  C13  C12  109.05  3.000
 6GQ  H14  C13  N1   108.87  3.000
 6GQ  H13  C13  N1   111.63  3.000
 6GQ  C12  C13  N1   110.27  3.000
 6GQ  H16  C12  H15  107.68  3.000
 6GQ  H16  C12  N2   109.43  3.000
 6GQ  H15  C12  N2   110.40  3.000
 6GQ  H16  C12  C13  109.24  3.000
 6GQ  H15  C12  C13  109.17  3.000
 6GQ  N2   C12  C13  110.86  3.000
 6GQ  C14  N2   C11  120.84  3.000
 6GQ  C11  N2   C12  113.90  3.000
 6GQ  C14  N2   C12  119.33  3.000
 6GQ  H18  C11  H17  107.65  3.000
 6GQ  H18  C11  C10  106.93  3.000
 6GQ  H17  C11  C10  109.82  3.000
 6GQ  H18  C11  N2   110.35  3.000
 6GQ  H17  C11  N2   111.21  3.000
 6GQ  C10  C11  N2   110.75  3.000
 6GQ  H20  C10  H19  107.97  3.000
 6GQ  H20  C10  C11  109.62  3.000
 6GQ  H19  C10  C11  109.47  3.000
 6GQ  H20  C10  N1   109.94  3.000
 6GQ  H19  C10  N1   108.85  3.000
 6GQ  C11  C10  N1   110.93  3.000
 6GQ  C15  C14  N2   122.50  3.000
 6GQ  N2   C14  N3   116.75  3.000
 6GQ  C15  C14  N3   120.74  3.000
 6GQ  H21  C18  C17  120.18  3.000
 6GQ  H21  C18  N3   115.75  3.000
 6GQ  C17  C18  N3   124.07  3.000
 6GQ  H22  C17  C16  122.15  3.000
 6GQ  H22  C17  C18  121.05  3.000
 6GQ  C16  C17  C18  116.79  3.000
 6GQ  H23  C16  C15  119.30  3.000
 6GQ  H23  C16  C17  120.54  3.000
 6GQ  C15  C16  C17  120.15  3.000
 6GQ  H24  C15  C16  119.12  3.000
 6GQ  H24  C15  C14  122.11  3.000
 6GQ  C16  C15  C14  118.77  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6GQ  CONST_01  C2   C3   C4   C5      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_02  C2   C1   C6   C5      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_03  C1   C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_04  C1   C2   C3   C4      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_05  C16  C17  C18  N3      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_06  C16  C15  C14  N3      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_07  C3   C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_08  C3   C2   C1   C6      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_09  C17  C16  C15  C14     0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_10  C17  C18  N3   C14     0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_11  C15  C16  C17  C18     0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_12  C15  C14  N3   C18     0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_13  C16  C15  C14  N2    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_14  C18  N3   C14  N2    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_15  C5   C6   C1   C     180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_16  C3   C2   C1   C     180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_17  S    C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_18  S    C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_19  H12  C3   C4   C5    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_20  H8   C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_21  H7   C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_22  H22  C17  C18  N3    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_23  H24  C15  C14  N3    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_24  H6   C5   C4   C3    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_25  H23  C16  C15  C14   180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_26  H21  C18  N3   C14   180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_27  C13  N1   C9   O2    180.00   0.0  0
 6GQ  CONST_28  C10  N1   C9   O2      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_29  C13  N1   C9   C8      0.00   0.0  0
 6GQ  CONST_30  C10  N1   C9   C8    180.00   0.0  0
 6GQ  Var_01    C12  N2   C14  N3     23.51  30.0  2
 6GQ  Var_02    N2   C12  C13  N1    -54.39  30.0  1
 6GQ  Var_03    N2   C11  C10  N1     53.27  30.0  1
 6GQ  Var_04    C14  N2   C12  C13  -153.50  30.0  1
 6GQ  Var_05    C11  C10  N1   C13   -57.09  30.0  1
 6GQ  Var_06    C10  C11  N2   C12   -52.55  30.0  1
 6GQ  Var_07    C10  N1   C13  C12    57.50  30.0  1
 6GQ  Var_08    C5   C4   S    O1   -149.02  30.0  2
 6GQ  Var_09    H1   C    C1   C2     75.02  30.0  2
 6GQ  Var_10    N1   C9   C8   N    -178.33  30.0  3
 6GQ  Var_11    C4   S    N    C8    -81.73  30.0  1
 6GQ  Var_12    S    N    C8   C9    -99.44  30.0  3
 6GQ  Var_13    H9   C7   N    C8     73.48  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6GQ  plan-1  C    0.020
 6GQ  plan-1  C5   0.020
 6GQ  plan-1  C4   0.020
 6GQ  plan-1  C2   0.020
 6GQ  plan-1  C6   0.020
 6GQ  plan-1  S    0.020
 6GQ  plan-1  C3   0.020
 6GQ  plan-1  C1   0.020
 6GQ  plan-1  H6   0.020
 6GQ  plan-1  H7   0.020
 6GQ  plan-1  H8   0.020
 6GQ  plan-1  H12  0.020
 6GQ  plan-2  N3   0.020
 6GQ  plan-2  N2   0.020
 6GQ  plan-2  C14  0.020
 6GQ  plan-2  C18  0.020
 6GQ  plan-2  C17  0.020
 6GQ  plan-2  C16  0.020
 6GQ  plan-2  C15  0.020
 6GQ  plan-2  H21  0.020
 6GQ  plan-2  H22  0.020
 6GQ  plan-2  H23  0.020
 6GQ  plan-2  H24  0.020
 6GQ  plan-3  O2   0.020
 6GQ  plan-3  C8   0.020
 6GQ  plan-3  N1   0.020
 6GQ  plan-3  C9   0.020
 6GQ  plan-3  C13  0.020
 6GQ  plan-3  C10  0.020

