# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 22 16:41:22 2016
#
#   Inital geometry file: a 63 line input string
#   Ligand name: 5-(phosphonooxy)-L-norvaline
#   Quantum optimisation: True
#   Method: AM1
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](CCCO[P](O)(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
6GL        6GL '5-(phosphonooxy)-L-norvaline' L-peptide 22 13 .
2016-04-22 2016-04-22
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_6GL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
6GL         PBN    P   P      0    .       3.3327   -0.0770   -0.1585
6GL         OP1    O   O      0    .       2.9393   -1.1290   -1.1647
6GL         OP2    O   OP    -1    .       3.6389    1.2773   -0.7481
6GL         OD     O   O2     0    .       1.8682    0.2050    0.7196
6GL         CD     C   CH2    0    .       0.7576    0.4787   -0.0427
6GL         CG     C   CH2    0    .      -0.4716   -0.2715    0.4984
6GL         CB     C   CH2    0    .      -1.7697    0.2204   -0.1082
6GL         CA     C   CH1    0    .      -3.0150   -0.4961    0.4428
6GL         C      C   C      0    .      -4.2918    0.2657   -0.0238
6GL         OXT    O   OC    -1    .      -4.7608    1.1677    0.7318
6GL         O      O   O      0    .      -4.8381   -0.0499   -1.1253
6GL         N      N   NH2    0    .      -3.0955   -1.9173    0.1321
6GL         H10    H   HCH2   0    .       0.5136    1.5857   -0.0032
6GL         H11    H   HCH2   0    .       0.9316    0.1926   -1.1184
6GL         H12    H   HCH2   0    .      -0.3254   -1.3630    0.2960
6GL         H13    H   HCH2   0    .      -0.5073   -0.1456    1.6111
6GL         H14    H   HCH2   0    .      -1.8896    1.3143    0.1078
6GL         H15    H   HCH2   0    .      -1.7337    0.1040   -1.2224
6GL         H16    H   HCH1   0    .      -2.9765   -0.4230    1.5695
6GL         H18    H   HNH2   0    .      -3.6432   -2.0309   -0.7040
6GL         H1     H   HNH2   0    .      -2.1747   -2.2681   -0.0615
6GL         OP3    O   OP    -1    .       4.2690   -0.5336    0.9319
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
6GL   OP1     PBN   deloc         1.508 0.020     1.508
6GL   N       CA    single        1.457 0.020     1.457
6GL   CB      CA    single        1.539 0.020     1.539
6GL   CB      CG    single        1.515 0.020     1.515
6GL   CD      CG    single        1.538 0.020     1.538
6GL   CD      OD    single        1.375 0.020     1.375
6GL   PBN     OD    single        1.731 0.020     1.731
6GL   PBN     OP2   deloc         1.508 0.020     1.508
6GL   CA      C     single        1.558 0.020     1.558
6GL   C       O     deloc         1.269 0.020     1.269
6GL   C       OXT   deloc         1.267 0.020     1.267
6GL   CD      H10   single        0.970 0.020     1.090
6GL   CD      H11   single        0.970 0.020     1.090
6GL   CG      H12   single        0.970 0.020     1.090
6GL   CG      H13   single        0.970 0.020     1.090
6GL   CB      H14   single        0.970 0.020     1.090
6GL   CB      H15   single        0.970 0.020     1.090
6GL   CA      H16   single        0.970 0.020     1.090
6GL   N       H18   single        0.890 0.020     1.040
6GL   N       H1    single        0.890 0.020     1.040
6GL   PBN     OP3   deloc         1.508 0.020     1.508
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
6GL   OP3     PBN     OD          102.00 3.000
6GL   OP3     PBN     OP2         115.37 3.000
6GL   OD      PBN     OP2         102.93 3.000
6GL   OP3     PBN     OP1         115.67 3.000
6GL   OP2     PBN     OP1         114.74 3.000
6GL   OD      PBN     OP1         103.38 3.000
6GL   CD      OD      PBN         115.77 3.000
6GL   H11     CD      H10         108.32 3.000
6GL   H11     CD      CG          109.60 3.000
6GL   H10     CD      CG          106.96 3.000
6GL   H11     CD      OD          110.75 3.000
6GL   H10     CD      OD          110.41 3.000
6GL   CG      CD      OD          110.70 3.000
6GL   H13     CG      H12         107.05 3.000
6GL   H13     CG      CB          109.50 3.000
6GL   H12     CG      CB          110.86 3.000
6GL   H13     CG      CD          108.66 3.000
6GL   H12     CG      CD          107.91 3.000
6GL   CB      CG      CD          112.68 3.000
6GL   H15     CB      H14         107.23 3.000
6GL   H15     CB      CA          109.48 3.000
6GL   H14     CB      CA          107.39 3.000
6GL   H15     CB      CG          109.68 3.000
6GL   H14     CB      CG          109.35 3.000
6GL   CA      CB      CG          113.51 3.000
6GL   H16     CA      N           106.13 3.000
6GL   H16     CA      C           107.15 3.000
6GL   N       CA      C           111.58 3.000
6GL   H16     CA      CB          107.42 3.000
6GL   C       CA      CB          109.16 3.000
6GL   N       CA      CB          115.00 3.000
6GL   O       C       OXT         122.37 3.000
6GL   OXT     C       CA          118.22 3.000
6GL   O       C       CA          119.40 3.000
6GL   H1      N       H18         107.44 3.000
6GL   H1      N       CA          109.34 3.000
6GL   H18     N       CA          108.51 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
6GL Var_01         CG      CD      OD      PBN         137.54  30.0 1
6GL Var_02         CB      CG      CD      OD          167.52  30.0 3
6GL Var_03         CA      CB      CG      CD         -178.73  30.0 1
6GL Var_04         OP3     PBN     OD      CD         -172.12  30.0 3
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
6GL chir_01   CA      N       CB      C     negativ
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
6GL plan-1     CA 0.020
6GL plan-1      C 0.020
6GL plan-1    OXT 0.020
6GL plan-1      O 0.020
