# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 10 20:20:42 2020
#   Inital geometry file: a 131 line input string
#   Ligand name: 6-(2-methoxyphenyl)-N~4~,N~4~-bis[(pyridin-2-yl)methyl]pyrimidine-2,4-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccccc1c2cc(nc(N)n2)N(Cc3ccccn3)Cc4ccccn4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6GK  6GK  6-(2-methoxyphenyl)-N~4~,N~4~-bis[(pyridin-2-yl)methyl]pyrimidine-2,4-diamine  ligand  52  30  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6GK
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6GK  C10  C  CR6   0   0.583   0.7433   0.1430  -0.4128
 6GK  C13  C  CR6   0   0.273   3.4947   1.6246  -0.1814
 6GK  C15  C  CR16  0  -0.153   4.3509   3.8015  -0.6757
 6GK  C17  C  CR16  0  -0.081   3.6402   3.1598   1.5004
 6GK  C20  C  CR16  0  -0.074   1.8756  -4.2738  -0.8472
 6GK  C21  C  CR16  0  -0.300   1.2104  -5.1931  -0.0497
 6GK  C22  C  CR16  0  -0.300   0.7864  -4.7813   1.2045
 6GK  C01  C  CH3   0  -0.438  -4.6924   2.6517   0.9594
 6GK  C02  C  CR6   0   0.361  -3.9701   0.4531   0.4344
 6GK  C07  C  CR16  0  -0.386  -5.1857  -0.1012   0.8299
 6GK  C06  C  CR16  0  -0.244  -5.3753  -1.4771   0.7823
 6GK  C05  C  CR16  0  -0.272  -4.3620  -2.3162   0.3510
 6GK  C04  C  CR16  0  -0.266  -3.1502  -1.7609  -0.0385
 6GK  C03  C  CR6   0  -0.073  -2.9383  -0.3875  -0.0151
 6GK  C08  C  CR6   0   0.267  -1.6295   0.1477  -0.4579
 6GK  C11  C  CR16  0  -0.450  -0.4722  -0.3471   0.1076
 6GK  N01  N  N     0  -0.490  -1.6328   1.0624  -1.4279
 6GK  C09  C  CR6   0   0.508  -0.4328   1.4740  -1.8357
 6GK  N02  N  NH2   0  -0.826  -0.4046   2.3852  -2.8400
 6GK  N03  N  N     0  -0.512   0.7458   1.0537  -1.3832
 6GK  N04  N  NT    0  -0.463   1.9455  -0.2763   0.0355
 6GK  C18  C  CH2   0  -0.410   2.0415  -1.2106   1.1267
 6GK  C19  C  CR6   0   0.251   1.7191  -2.6325   0.7277
 6GK  N06  N  N     0  -0.397   2.1272  -3.0255  -0.4731
 6GK  C23  C  CR16  0  -0.306   1.0445  -3.4785   1.6003
 6GK  C12  C  CH2   0  -0.378   3.1488   0.2145  -0.5915
 6GK  N05  N  N     0  -0.414   3.3167   1.9368   1.0969
 6GK  C16  C  CR16  0  -0.332   4.1627   4.1300   0.6591
 6GK  C14  C  CR16  0  -0.334   4.0076   2.5298  -1.1039
 6GK  H1   H  HCR6  0   0.271   4.7489   4.5276  -1.3727
 6GK  H2   H  HCR6  0   0.259   3.4772   3.3793   2.5500
 6GK  H3   H  HCR6  0   0.268   2.2214  -4.5593  -1.8346
 6GK  H4   H  HCR6  0   0.278   1.0298  -6.1978  -0.4058
 6GK  H5   H  HCR6  0   0.321   0.2572  -5.4598   1.8607
 6GK  H6   H  HCH3  0   0.260  -4.2617   3.6490   0.9159
 6GK  H7   H  HCH3  0   0.229  -5.5911   2.6300   0.3375
 6GK  H8   H  HCH3  0   0.228  -4.9741   2.4349   1.9930
 6GK  H9   H  HCR6  0   0.281  -5.9939   0.5223   1.1871
 6GK  H10  H  HCR6  0   0.262  -6.3279  -1.8859   1.0933
 6GK  H11  H  HCR6  0   0.254  -4.5086  -3.3871   0.3138
 6GK  H12  H  HCR6  0   0.249  -2.3516  -2.4045  -0.3874
 6GK  H13  H  HCR6  0   0.263  -0.5237  -1.0820   0.8948
 6GK  H14  H  HNH2  0   0.387  -1.2475   2.9047  -3.0165
 6GK  H15  H  HNH2  0   0.386   0.4559   2.8862  -2.9829
 6GK  H16  H  HCH2  0   0.297   3.0624  -1.1734   1.5094
 6GK  H17  H  HCH2  0   0.271   1.4085  -0.8997   1.9620
 6GK  H18  H  HCR6  0   0.278   0.7191  -3.1182   2.5680
 6GK  H19  H  HCH2  0   0.266   3.0684   0.1510  -1.6769
 6GK  H20  H  HCH2  0   0.276   3.9657  -0.4494  -0.3030
 6GK  H21  H  HCR6  0   0.268   4.4107   5.1109   1.0404
 6GK  H22  H  HCR6  0   0.261   4.1263   2.2410  -2.1400
 6GK  O01  O  O2    0  -0.455  -3.6979   1.7669   0.4841

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6GK  C01  O01  single    1.413  0.020  1.413
 6GK  N02  C09  single    1.356  0.020  1.356
 6GK  O01  C02  single    1.343  0.020  1.343
 6GK  C09  N01  aromatic  1.333  0.020  1.333
 6GK  C09  N03  aromatic  1.331  0.020  1.331
 6GK  N01  C08  aromatic  1.333  0.020  1.333
 6GK  N03  C10  aromatic  1.331  0.020  1.331
 6GK  C02  C07  aromatic  1.393  0.020  1.393
 6GK  C02  C03  aromatic  1.405  0.020  1.405
 6GK  C14  C15  aromatic  1.385  0.020  1.385
 6GK  C14  C13  aromatic  1.390  0.020  1.390
 6GK  C08  C03  single    1.482  0.020  1.482
 6GK  C08  C11  aromatic  1.380  0.020  1.380
 6GK  C07  C06  aromatic  1.390  0.020  1.390
 6GK  C15  C16  aromatic  1.388  0.020  1.388
 6GK  C10  C11  aromatic  1.410  0.020  1.410
 6GK  C10  N04  single    1.350  0.020  1.350
 6GK  C12  C13  single    1.509  0.020  1.509
 6GK  C12  N04  single    1.443  0.020  1.443
 6GK  C03  C04  aromatic  1.390  0.020  1.390
 6GK  C13  N05  aromatic  1.328  0.020  1.328
 6GK  N04  C18  single    1.440  0.020  1.440
 6GK  C16  C17  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6GK  C06  C05  aromatic  1.385  0.020  1.385
 6GK  N05  C17  aromatic  1.328  0.020  1.328
 6GK  C04  C05  aromatic  1.389  0.020  1.389
 6GK  C18  C19  single    1.512  0.020  1.512
 6GK  C19  N06  aromatic  1.328  0.020  1.328
 6GK  C19  C23  aromatic  1.390  0.020  1.390
 6GK  N06  C20  aromatic  1.327  0.020  1.327
 6GK  C23  C22  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6GK  C20  C21  aromatic  1.387  0.020  1.387
 6GK  C22  C21  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6GK  C15  H1   single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C17  H2   single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C20  H3   single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C21  H4   single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C22  H5   single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C01  H6   single    0.970  0.020  1.090
 6GK  C01  H7   single    0.970  0.020  1.090
 6GK  C01  H8   single    0.970  0.020  1.090
 6GK  C07  H9   single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C06  H10  single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C05  H11  single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C04  H12  single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C11  H13  single    0.930  0.020  1.080
 6GK  N02  H14  single    0.890  0.020  1.040
 6GK  N02  H15  single    0.890  0.020  1.040
 6GK  C18  H16  single    0.970  0.020  1.090
 6GK  C18  H17  single    0.970  0.020  1.090
 6GK  C23  H18  single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C12  H19  single    0.970  0.020  1.090
 6GK  C12  H20  single    0.970  0.020  1.090
 6GK  C16  H21  single    0.930  0.020  1.080
 6GK  C14  H22  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6GK  N04  C10  N03  116.94  3.000
 6GK  N04  C10  C11  122.49  3.000
 6GK  N03  C10  C11  120.57  3.000
 6GK  C14  C13  N05  122.35  3.000
 6GK  N05  C13  C12  116.79  3.000
 6GK  C14  C13  C12  120.84  3.000
 6GK  H1   C15  C14  120.53  3.000
 6GK  H1   C15  C16  120.70  3.000
 6GK  C14  C15  C16  118.76  3.000
 6GK  H2   C17  C16  120.15  3.000
 6GK  H2   C17  N05  116.35  3.000
 6GK  C16  C17  N05  123.51  3.000
 6GK  H3   C20  N06  116.35  3.000
 6GK  H3   C20  C21  120.13  3.000
 6GK  N06  C20  C21  123.52  3.000
 6GK  H4   C21  C22  121.53  3.000
 6GK  H4   C21  C20  120.44  3.000
 6GK  C22  C21  C20  118.03  3.000
 6GK  H5   C22  C23  120.49  3.000
 6GK  H5   C22  C21  120.79  3.000
 6GK  C23  C22  C21  118.72  3.000
 6GK  H8   C01  H7   108.79  3.000
 6GK  H8   C01  H6   108.77  3.000
 6GK  H7   C01  H6   108.73  3.000
 6GK  H8   C01  O01  112.04  3.000
 6GK  H7   C01  O01  112.01  3.000
 6GK  H6   C01  O01  106.39  3.000
 6GK  C03  C02  C07  119.57  3.000
 6GK  C03  C02  O01  116.65  3.000
 6GK  C07  C02  O01  123.76  3.000
 6GK  H9   C07  C06  118.70  3.000
 6GK  H9   C07  C02  121.09  3.000
 6GK  C06  C07  C02  120.21  3.000
 6GK  H10  C06  C05  120.31  3.000
 6GK  H10  C06  C07  118.96  3.000
 6GK  C05  C06  C07  120.72  3.000
 6GK  H11  C05  C04  120.31  3.000
 6GK  H11  C05  C06  120.77  3.000
 6GK  C04  C05  C06  118.92  3.000
 6GK  H12  C04  C03  118.69  3.000
 6GK  H12  C04  C05  119.74  3.000
 6GK  C03  C04  C05  121.57  3.000
 6GK  C08  C03  C04  119.12  3.000
 6GK  C04  C03  C02  119.00  3.000
 6GK  C08  C03  C02  121.89  3.000
 6GK  N01  C08  C11  123.11  3.000
 6GK  C11  C08  C03  119.27  3.000
 6GK  N01  C08  C03  117.58  3.000
 6GK  H13  C11  C08  120.24  3.000
 6GK  H13  C11  C10  123.20  3.000
 6GK  C08  C11  C10  116.56  3.000
 6GK  C09  N01  C08  115.62  3.000
 6GK  N03  C09  N02  116.46  3.000
 6GK  N03  C09  N01  126.58  3.000
 6GK  N02  C09  N01  116.93  3.000
 6GK  H15  N02  H14  115.78  3.000
 6GK  H15  N02  C09  117.23  3.000
 6GK  H14  N02  C09  117.35  3.000
 6GK  C09  N03  C10  117.55  3.000
 6GK  C12  N04  C18  119.64  3.000
 6GK  C18  N04  C10  120.84  3.000
 6GK  C12  N04  C10  119.52  3.000
 6GK  H17  C18  H16  105.32  3.000
 6GK  H17  C18  C19  110.22  3.000
 6GK  H16  C18  C19  108.92  3.000
 6GK  H17  C18  N04  110.85  3.000
 6GK  H16  C18  N04  107.83  3.000
 6GK  C19  C18  N04  113.34  3.000
 6GK  C23  C19  N06  122.46  3.000
 6GK  C23  C19  C18  120.69  3.000
 6GK  N06  C19  C18  116.85  3.000
 6GK  C19  N06  C20  118.37  3.000
 6GK  H18  C23  C19  120.29  3.000
 6GK  H18  C23  C22  120.81  3.000
 6GK  C19  C23  C22  118.90  3.000
 6GK  H20  C12  H19  106.43  3.000
 6GK  H20  C12  N04  107.60  3.000
 6GK  H19  C12  N04  110.57  3.000
 6GK  H20  C12  C13  108.97  3.000
 6GK  H19  C12  C13  110.00  3.000
 6GK  N04  C12  C13  113.02  3.000
 6GK  C17  N05  C13  118.45  3.000
 6GK  H21  C16  C17  120.49  3.000
 6GK  H21  C16  C15  121.53  3.000
 6GK  C17  C16  C15  117.98  3.000
 6GK  H22  C14  C15  120.92  3.000
 6GK  H22  C14  C13  120.13  3.000
 6GK  C15  C14  C13  118.95  3.000
 6GK  C02  O01  C01  118.84  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6GK  CONST_01  N01  C09  N03  C10     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_02  N01  C08  C11  C10     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_03  C03  C08  C11  C10   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_04  C16  C15  C14  C13     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_05  C16  C17  N05  C13     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_06  N05  C13  C14  C15     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_07  N05  C17  C16  C15     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_08  C14  C15  C16  C17     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_09  C14  C13  N05  C17     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_10  C23  C19  N06  C20     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_11  C23  C22  C21  C20     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_12  C19  N06  C20  C21     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_13  C19  C23  C22  C21     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_14  N06  C19  C23  C22     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_15  N06  C20  C21  C22     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_16  C05  C06  C07  C02     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_19  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_20  C08  C03  C02  C07   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_21  C04  C03  C02  C07     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_22  C04  C05  C06  C07     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_23  C03  C02  C07  C06     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_24  C03  C04  C05  C06     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_25  C08  C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_28  C09  N01  C08  C03   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_29  N03  C09  N01  C08     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_30  N03  C10  C11  C08     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_31  C09  N01  C08  C11     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_32  C09  N03  C10  C11     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_33  N02  C09  N03  C10   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_34  C12  C13  C14  C15   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_35  C12  C13  N05  C17   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_36  C18  C19  N06  C20   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_37  C18  C19  C23  C22   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_38  C06  C07  C02  O01   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_39  C08  C03  C02  O01     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_40  C04  C03  C02  O01   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_41  N02  C09  N01  C08   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_42  N04  C10  C11  C08   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_43  N04  C10  N03  C09   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_44  H1   C15  C14  C13   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_45  H2   C17  N05  C13   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_46  H5   C22  C21  C20   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_47  H18  C23  C22  C21   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_48  H3   C20  C21  C22   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_49  H10  C06  C07  C02   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_50  H12  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_51  H11  C05  C06  C07   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_52  H9   C07  C06  C05   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_53  H13  C11  C08  C03     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_54  H4   C21  C20  N06   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_55  H22  C14  C13  N05   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_56  H21  C16  C17  N05   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_57  C12  N04  C10  C11   180.00   0.0  0
 6GK  CONST_58  C18  N04  C10  C11     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_59  C12  N04  C10  N03     0.00   0.0  0
 6GK  CONST_60  C18  N04  C10  N03   180.00   0.0  0
 6GK  Var_01    C13  C12  N04  C10    76.39  30.0  2
 6GK  Var_02    C19  C18  N04  C10    76.16  30.0  3
 6GK  Var_03    C07  C02  O01  C01    -0.16  30.0  2
 6GK  Var_04    C14  C13  C12  N04  -141.32  30.0  2
 6GK  Var_05    N06  C19  C18  N04    37.29  30.0  2
 6GK  Var_06    H6   C01  O01  C02   179.85  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6GK  plan-1  C02  0.020
 6GK  plan-1  C07  0.020
 6GK  plan-1  C06  0.020
 6GK  plan-1  C05  0.020
 6GK  plan-1  C04  0.020
 6GK  plan-1  C03  0.020
 6GK  plan-1  C08  0.020
 6GK  plan-1  H9   0.020
 6GK  plan-1  H10  0.020
 6GK  plan-1  H11  0.020
 6GK  plan-1  H12  0.020
 6GK  plan-1  O01  0.020
 6GK  plan-2  C10  0.020
 6GK  plan-2  C03  0.020
 6GK  plan-2  C08  0.020
 6GK  plan-2  C11  0.020
 6GK  plan-2  N01  0.020
 6GK  plan-2  C09  0.020
 6GK  plan-2  N02  0.020
 6GK  plan-2  N03  0.020
 6GK  plan-2  N04  0.020
 6GK  plan-2  H13  0.020
 6GK  plan-3  C20  0.020
 6GK  plan-3  C21  0.020
 6GK  plan-3  C22  0.020
 6GK  plan-3  C18  0.020
 6GK  plan-3  C19  0.020
 6GK  plan-3  N06  0.020
 6GK  plan-3  C23  0.020
 6GK  plan-3  H3   0.020
 6GK  plan-3  H4   0.020
 6GK  plan-3  H5   0.020
 6GK  plan-3  H18  0.020
 6GK  plan-4  C13  0.020
 6GK  plan-4  C15  0.020
 6GK  plan-4  C17  0.020
 6GK  plan-4  C12  0.020
 6GK  plan-4  N05  0.020
 6GK  plan-4  C16  0.020
 6GK  plan-4  C14  0.020
 6GK  plan-4  H1   0.020
 6GK  plan-4  H2   0.020
 6GK  plan-4  H21  0.020
 6GK  plan-4  H22  0.020
 6GK  plan-5  C09  0.020
 6GK  plan-5  N02  0.020
 6GK  plan-5  H14  0.020
 6GK  plan-5  H15  0.020
 6GK  plan-6  C10  0.020
 6GK  plan-6  N04  0.020
 6GK  plan-6  C18  0.020
 6GK  plan-6  C12  0.020

