# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Jul 28 22:57:02 2022
#   Inital geometry file: a 114 line input string
#   Ligand name: (2~{S})-2-azanyl-6-(4-oxidanylidenenonanoylamino)hexanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[C@H](N)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6G4  6G4  "4-oxononanoyl lysine"  peptide  48  21  .  2022-09-22  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT (side chain)
;

data_comp_6G4
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6G4  N    N  NH2    0  -0.798    7.0925   1.5802  -0.6909
 6G4  CA   C  CH1    0  -0.203    6.8954   0.4059   0.1442
 6G4  C    C  C      0   0.404    8.0324  -0.6143  -0.0755
 6G4  CB   C  CH2    0  -0.424    5.5555  -0.3220  -0.0642
 6G4  CG   C  CH2    0  -0.424    4.3305   0.5426   0.2022
 6G4  CD   C  CH2    0  -0.469    3.0196  -0.2146   0.0294
 6G4  CE   C  CH2    0  -0.230    1.8213   0.6831   0.2887
 6G4  NZ   N  NH1    0  -0.650    0.5763  -0.0315   0.0924
 6G4  O1   O  O      0  -0.610    8.6022  -0.6012  -1.1848
 6G4  O11  O  O      0  -0.412   -4.2747  -1.6260  -0.4477
 6G4  C5   C  C      0   0.406   -4.3508  -0.4578  -0.1390
 6G4  C6   C  CH2    0  -0.552   -5.6717   0.2558   0.0052
 6G4  C7   C  CH2    0  -0.415   -6.9061  -0.6040  -0.2080
 6G4  C8   C  CH2    0  -0.409   -8.1905   0.1968  -0.0322
 6G4  C9   C  CH2    0  -0.419   -9.4502  -0.6369  -0.2284
 6G4  C10  C  CH3    0  -0.662  -10.7262   0.1715  -0.0387
 6G4  C4   C  CH2    0  -0.546   -3.1319   0.3901   0.1262
 6G4  C3   C  CH2    0  -0.586   -1.8139  -0.3424  -0.0311
 6G4  C1   C  C      0   0.569   -0.6211   0.5550   0.2400
 6G4  O2   O  O      0  -0.507   -0.7338   1.7284   0.5710
 6G4  O3   O  OC    -1  -0.623    8.2548  -1.4047   0.8644
 6G4  H1   H  HNH2   0   0.325    7.1709   1.2821  -1.6551
 6G4  H2   H  HNH2   0   0.333    6.2847   2.1876  -0.6378
 6G4  H4   H  HCH1   0   0.199    6.9292   0.7328   1.1904
 6G4  H5   H  HCH2   0   0.206    5.5144  -0.7074  -1.0902
 6G4  H6   H  HCH2   0   0.211    5.5286  -1.1931   0.5975
 6G4  H7   H  HCH2   0   0.216    4.3858   0.9491   1.2181
 6G4  H8   H  HCH2   0   0.207    4.3246   1.4039  -0.4737
 6G4  H9   H  HCH2   0   0.227    2.9627  -0.6198  -0.9861
 6G4  H10  H  HCH2   0   0.228    2.9941  -1.0699   0.7122
 6G4  H11  H  HCH2   0   0.227    1.8687   1.0732   1.3096
 6G4  H12  H  HCH2   0   0.226    1.8589   1.5479  -0.3805
 6G4  H13  H  HNH1   0   0.399    0.6176  -0.9979  -0.1894
 6G4  H15  H  HCH2   0   0.262   -5.6926   0.7201   0.9978
 6G4  H16  H  HCH2   0   0.264   -5.6668   1.0996  -0.6949
 6G4  H17  H  HCH2   0   0.221   -6.8855  -1.0443  -1.2089
 6G4  H18  H  HCH2   0   0.220   -6.9008  -1.4410   0.4960
 6G4  H19  H  HCH2   0   0.209   -8.2061   0.6453   0.9675
 6G4  H20  H  HCH2   0   0.210   -8.1977   1.0346  -0.7385
 6G4  H21  H  HCH2   0   0.211   -9.4399  -1.0791  -1.2294
 6G4  H22  H  HCH2   0   0.211   -9.4420  -1.4764   0.4738
 6G4  H23  H  HCH3   0   0.216  -10.7844   0.9933  -0.7547
 6G4  H24  H  HCH3   0   0.226  -11.6160  -0.4453  -0.1709
 6G4  H25  H  HCH3   0   0.216  -10.7713   0.6051   0.9622
 6G4  H26  H  HCH2   0   0.272   -3.1783   1.2555  -0.5417
 6G4  H27  H  HCH2   0   0.272   -3.2290   0.8068   1.1330
 6G4  H28  H  HCH2   0   0.273   -1.7676  -1.1990   0.6468
 6G4  H29  H  HCH2   0   0.272   -1.7210  -0.7547  -1.0394

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6G4  N    CA   single  1.458  0.019  1.458
 6G4  O1   C    deloc   1.247  0.020  1.247
 6G4  CA   C    single  1.525  0.021  1.525
 6G4  CA   CB   single  1.530  0.020  1.530
 6G4  CG   CB   single  1.523  0.020  1.523
 6G4  CG   CD   single  1.524  0.020  1.524
 6G4  O2   C1   double  1.224  0.020  1.224
 6G4  CE   CD   single  1.520  0.020  1.520
 6G4  CE   NZ   single  1.449  0.020  1.449
 6G4  O11  C5   double  1.211  0.020  1.211
 6G4  C1   NZ   single  1.341  0.020  1.341
 6G4  C1   C3   single  1.517  0.020  1.517
 6G4  C3   C4   single  1.516  0.020  1.516
 6G4  C5   C4   single  1.508  0.020  1.508
 6G4  C5   C6   single  1.508  0.020  1.508
 6G4  C7   C6   single  1.519  0.020  1.519
 6G4  C7   C8   single  1.524  0.020  1.524
 6G4  C9   C8   single  1.523  0.020  1.523
 6G4  C9   C10  single  1.522  0.020  1.522
 6G4  C    O3   deloc   1.248  0.020  1.248
 6G4  N    H1   single  0.890  0.020  1.040
 6G4  N    H2   single  0.890  0.020  1.040
 6G4  CA   H4   single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CB   H5   single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CB   H6   single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CG   H7   single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CG   H8   single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CD   H9   single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CD   H10  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CE   H11  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  CE   H12  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  NZ   H13  single  0.860  0.020  1.020
 6G4  C6   H15  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C6   H16  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C7   H17  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C7   H18  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C8   H19  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C8   H20  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C9   H21  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C9   H22  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C10  H23  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C10  H24  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C10  H25  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C4   H26  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C4   H27  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C3   H28  single  0.970  0.020  1.090
 6G4  C3   H29  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6G4  H2   N    H1   106.77  3.000
 6G4  H2   N    CA   110.26  3.000
 6G4  H1   N    CA   108.64  3.000
 6G4  H4   CA   CB   107.28  3.000
 6G4  H4   CA   C    108.07  3.000
 6G4  CB   CA   C    110.10  1.900
 6G4  H4   CA   N    107.64  3.000
 6G4  CB   CA   N    110.50  1.700
 6G4  C    CA   N    111.00  2.800
 6G4  O3   C    O1   126.52  3.000
 6G4  O3   C    CA   116.28  3.000
 6G4  O1   C    CA   117.14  3.000
 6G4  H6   CB   H5   106.56  3.000
 6G4  H6   CB   CG   109.05  3.000
 6G4  H5   CB   CG   109.45  3.000
 6G4  H6   CB   CA   108.43  3.000
 6G4  H5   CB   CA   109.00  3.000
 6G4  CG   CB   CA   114.09  3.000
 6G4  H8   CG   H7   106.31  3.000
 6G4  H8   CG   CD   108.44  3.000
 6G4  H7   CG   CD   109.45  3.000
 6G4  H8   CG   CB   110.06  3.000
 6G4  H7   CG   CB   109.40  3.000
 6G4  CD   CG   CB   112.96  3.000
 6G4  H10  CD   H9   106.74  3.000
 6G4  H10  CD   CE   109.68  3.000
 6G4  H9   CD   CE   109.63  3.000
 6G4  H10  CD   CG   109.73  3.000
 6G4  H9   CD   CG   109.50  3.000
 6G4  CE   CD   CG   111.44  3.000
 6G4  H12  CE   H11  106.71  3.000
 6G4  H12  CE   NZ   109.66  3.000
 6G4  H11  CE   NZ   109.85  3.000
 6G4  H12  CE   CD   109.60  3.000
 6G4  H11  CE   CD   109.62  3.000
 6G4  NZ   CE   CD   111.29  3.000
 6G4  H13  NZ   C1   119.13  3.000
 6G4  H13  NZ   CE   118.41  3.000
 6G4  C1   NZ   CE   122.44  3.000
 6G4  C4   C5   C6   115.14  3.000
 6G4  C6   C5   O11  122.41  3.000
 6G4  C4   C5   O11  122.45  3.000
 6G4  H16  C6   H15  104.62  3.000
 6G4  H16  C6   C7   110.46  3.000
 6G4  H15  C6   C7   110.57  3.000
 6G4  H16  C6   C5   107.41  3.000
 6G4  H15  C6   C5   107.68  3.000
 6G4  C7   C6   C5   115.49  3.000
 6G4  H18  C7   H17  106.32  3.000
 6G4  H18  C7   C8   109.39  3.000
 6G4  H17  C7   C8   109.45  3.000
 6G4  H18  C7   C6   109.80  3.000
 6G4  H17  C7   C6   109.94  3.000
 6G4  C8   C7   C6   111.79  3.000
 6G4  H20  C8   H19  105.96  3.000
 6G4  H20  C8   C9   109.27  3.000
 6G4  H19  C8   C9   109.25  3.000
 6G4  H20  C8   C7   109.45  3.000
 6G4  H19  C8   C7   109.42  3.000
 6G4  C9   C8   C7   113.24  3.000
 6G4  H22  C9   H21  106.07  3.000
 6G4  H22  C9   C10  109.49  3.000
 6G4  H21  C9   C10  109.66  3.000
 6G4  H22  C9   C8   109.33  3.000
 6G4  H21  C9   C8   109.34  3.000
 6G4  C10  C9   C8   112.74  3.000
 6G4  H25  C10  H24  107.58  3.000
 6G4  H25  C10  H23  107.47  3.000
 6G4  H24  C10  H23  107.62  3.000
 6G4  H25  C10  C9   111.09  3.000
 6G4  H24  C10  C9   111.62  3.000
 6G4  H23  C10  C9   111.27  3.000
 6G4  H27  C4   H26  104.88  3.000
 6G4  H27  C4   C3   110.90  3.000
 6G4  H26  C4   C3   110.83  3.000
 6G4  H27  C4   C5   107.71  3.000
 6G4  H26  C4   C5   107.64  3.000
 6G4  C3   C4   C5   114.37  3.000
 6G4  H29  C3   H28  105.83  3.000
 6G4  H29  C3   C1   108.73  3.000
 6G4  H28  C3   C1   108.62  3.000
 6G4  H29  C3   C4   110.60  3.000
 6G4  H28  C3   C4   110.55  3.000
 6G4  C1   C3   C4   112.28  3.000
 6G4  O2   C1   C3   122.87  3.000
 6G4  C3   C1   NZ   115.06  3.000
 6G4  O2   C1   NZ   122.07  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6G4  CONST_01  O2   C1   NZ  CE      0.00   0.0  0
 6G4  CONST_02  C3   C1   NZ  CE    180.00   0.0  0
 6G4  CONST_03  H13  NZ   C1  C3      0.00   0.0  0
 6G4  CONST_04  H13  NZ   C1  O2    180.00   0.0  0
 6G4  Var_01    CD   CG   CB  CA   -178.26  30.0  1
 6G4  Var_02    CE   CD   CG  CB   -179.40  30.0  3
 6G4  Var_03    NZ   CE   CD  CG    178.63  30.0  1
 6G4  Var_04    C1   NZ   CE  CD   -178.84  30.0  3
 6G4  Var_05    C4   C3   C1  NZ   -178.84  30.0  3
 6G4  Var_06    C3   C4   C5  O11     0.20  30.0  3
 6G4  Var_07    C7   C6   C5  O11     2.38  30.0  3
 6G4  Var_08    C1   C3   C4  C5    179.74  30.0  2
 6G4  Var_09    C8   C7   C6  C5    179.55  30.0  1
 6G4  Var_10    C3   C4   C5  C6   -179.67  30.0  3
 6G4  Var_11    C9   C8   C7  C6   -179.56  30.0  3
 6G4  Var_12    C4   C5   C6  C7   -177.75  30.0  1
 6G4  Var_13    C10  C9   C8  C7    179.52  30.0  1
 6G4  Var_14    O2   C1   C3  C4      1.25  30.0  1
 6G4  Var_15    H7   CG   CB  CA    -56.08  30.0  1
 6G4  Var_16    H8   CG   CB  CA     60.38  30.0  1
 6G4  Var_17    H9   CD   CG  CB    -57.93  30.0  3
 6G4  Var_18    H10  CD   CG  CB     58.92  30.0  3
 6G4  Var_19    H11  CE   CD  CG    -59.64  30.0  1
 6G4  Var_20    H12  CE   CD  CG     57.15  30.0  1
 6G4  Var_21    H5   CB   CG  CD     59.33  30.0  3
 6G4  Var_22    H6   CB   CG  CD    -56.88  30.0  3
 6G4  Var_23    H13  NZ   CE  CD     -0.52  30.0  3
 6G4  Var_24    H7   CG   CD  CE     58.44  30.0  1
 6G4  Var_25    H8   CG   CD  CE    -57.13  30.0  1
 6G4  Var_26    H9   CD   CE  NZ     57.23  30.0  3
 6G4  Var_27    H10  CD   CE  NZ    -59.66  30.0  3
 6G4  Var_28    H28  C3   C1  NZ     58.59  30.0  3
 6G4  Var_29    H29  C3   C1  NZ    -56.12  30.0  3
 6G4  Var_30    H26  C4   C5  O11   123.82  30.0  3
 6G4  Var_31    H27  C4   C5  O11  -123.57  30.0  3
 6G4  Var_32    H15  C6   C5  O11   126.46  30.0  3
 6G4  Var_33    H16  C6   C5  O11  -121.35  30.0  3
 6G4  Var_34    H28  C3   C4  C5    -58.79  30.0  2
 6G4  Var_35    H29  C3   C4  C5     58.08  30.0  2
 6G4  Var_36    H17  C7   C6  C5    -58.68  30.0  1
 6G4  Var_37    H18  C7   C6  C5     57.96  30.0  1
 6G4  Var_38    H26  C4   C5  C6    -56.05  30.0  3
 6G4  Var_39    H27  C4   C5  C6     56.56  30.0  3
 6G4  Var_40    H19  C8   C7  C6    -57.43  30.0  3
 6G4  Var_41    H20  C8   C7  C6     58.27  30.0  3
 6G4  Var_42    H21  C9   C8  C7    -58.23  30.0  1
 6G4  Var_43    H22  C9   C8  C7     57.49  30.0  1
 6G4  Var_44    H15  C6   C7  C8     56.99  30.0  3
 6G4  Var_45    H16  C6   C7  C8    -58.33  30.0  3
 6G4  Var_46    H23  C10  C9  C8     60.47  30.0  3
 6G4  Var_47    H24  C10  C9  C8   -179.29  30.0  3
 6G4  Var_48    H25  C10  C9  C8    -59.22  30.0  3
 6G4  Var_49    H17  C7   C8  C9     58.40  30.0  1
 6G4  Var_50    H18  C7   C8  C9    -57.72  30.0  1
 6G4  Var_51    H19  C8   C9  C10    57.30  30.0  3
 6G4  Var_52    H20  C8   C9  C10   -58.20  30.0  3
 6G4  Var_53    H15  C6   C5  C4    -53.66  30.0  3
 6G4  Var_54    H16  C6   C5  C4     58.52  30.0  3
 6G4  Var_55    H11  CE   NZ  C1     59.57  30.0  1
 6G4  Var_56    H12  CE   NZ  C1    -57.41  30.0  1
 6G4  Var_57    H26  C4   C3  C1     57.85  30.0  3
 6G4  Var_58    H27  C4   C3  C1    -58.22  30.0  3
 6G4  Var_59    H28  C3   C1  O2   -121.32  30.0  3
 6G4  Var_60    H29  C3   C1  O2    123.96  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 6G4  chir_01  CA  N  C  CB  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6G4  plan-1  CE   0.020
 6G4  plan-1  NZ   0.020
 6G4  plan-1  C3   0.020
 6G4  plan-1  C1   0.020
 6G4  plan-1  O2   0.020
 6G4  plan-1  H13  0.020
 6G4  plan-2  O11  0.020
 6G4  plan-2  C5   0.020
 6G4  plan-2  C6   0.020
 6G4  plan-2  C4   0.020
 6G4  plan-3  CA   0.020
 6G4  plan-3  C    0.020
 6G4  plan-3  O1   0.020
 6G4  plan-3  O3   0.020

