# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr  9 23:39:12 2020
#   Inital geometry file: a 114 line input string
#   Ligand name: 5-[2-(piperidin-4-yl)-1,3-thiazol-5-yl]-3-[(pyridin-4-yl)methoxy]pyridin-2-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1ncc(cc1OCc2ccncc2)c3sc(nc3)C4CCNCC4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 6G2  6G2  5-[2-(piperidin-4-yl)-1,3-thiazol-5-yl]-3-[(pyridin-4-yl)methoxy]pyridin-2-amine  ligand  47  26  .  2022-03-10  2022-03-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_6G2
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 6G2  C1   C  CR6   0   0.371   2.3652   2.4781   0.3718
 6G2  C2   C  CR16  0  -0.145   0.0731   2.5108   0.4257
 6G2  C3   C  CR6   0   0.076  -0.0405   1.1426   0.2663
 6G2  C11  C  CH2   0  -0.417  -5.8612  -0.5343   1.1560
 6G2  C12  C  CR16  0  -0.367   1.1581   0.4122   0.1527
 6G2  C13  C  CR6   0   0.298   2.3618   1.0652   0.2131
 6G2  C14  C  CH2   0  -0.266   3.6409  -0.9136  -0.0637
 6G2  C15  C  CR6   0   0.186   5.0915  -1.2773  -0.1595
 6G2  C16  C  CR16  0  -0.363   5.7182  -1.4133  -1.3905
 6G2  N2   N  N     0  -0.437   1.2364   3.1564   0.4690
 6G2  N1   N  NH2   0  -0.823   3.5416   3.1517   0.4682
 6G2  C8   C  CH2   0  -0.419  -5.5321  -1.3844  -1.1829
 6G2  C4   C  CR5   0  -0.286  -1.3269   0.4631   0.2243
 6G2  N3   N  N     0  -0.382  -2.9166  -1.2188   0.3499
 6G2  C7   C  CH1   0  -0.325  -5.1491  -0.2913  -0.1802
 6G2  C6   C  CR5   0   0.093  -3.6678  -0.2218   0.0088
 6G2  C5   C  CR15  0  -0.063  -1.6119  -0.8491   0.4735
 6G2  N4   N  NH1   0  -0.575  -7.7334  -1.6929  -0.0353
 6G2  C9   C  CH2   0  -0.320  -7.0510  -1.4904  -1.3022
 6G2  N5   N  N     0  -0.404   7.8018  -1.9207  -0.3337
 6G2  C10  C  CH2   0  -0.320  -7.3668  -0.6821   0.9423
 6G2  S1   S  S2    0   0.220  -2.8015   1.2609  -0.1940
 6G2  O1   O  O2    0  -0.470   3.5785   0.4924   0.1167
 6G2  C17  C  CR16  0  -0.056   7.0671  -1.7364  -1.4238
 6G2  C18  C  CR16  0  -0.057   7.2010  -1.7843   0.8431
 6G2  C19  C  CR16  0  -0.356   5.8589  -1.4657   0.9828
 6G2  H1   H  HCR6  0   0.253  -0.8111   3.1320   0.5304
 6G2  H2   H  HCH2  0   0.226  -5.4620  -1.4438   1.6157
 6G2  H3   H  HCH2  0   0.236  -5.6627   0.2892   1.8469
 6G2  H4   H  HCR6  0   0.291   1.1152  -0.6590   0.0072
 6G2  H5   H  HCH2  0   0.254   3.1117  -1.2092  -0.9754
 6G2  H6   H  HCH2  0   0.253   3.1726  -1.4281   0.7824
 6G2  H7   H  HCR6  0   0.272   5.1708  -1.2761  -2.3143
 6G2  H8   H  HNH2  0   0.389   3.4931   4.1497   0.3460
 6G2  H9   H  HNH2  0   0.394   4.3750   2.7226   0.1038
 6G2  H10  H  HCH2  0   0.237  -5.0942  -1.1691  -2.1609
 6G2  H11  H  HCH2  0   0.226  -5.1203  -2.3414  -0.8488
 6G2  H12  H  HCH1  0   0.251  -5.4914   0.6721  -0.5771
 6G2  H13  H  HCR5  0   0.267  -0.8782  -1.5880   0.7667
 6G2  H14  H  HNH1  0   0.339  -7.4909  -2.6080   0.3280
 6G2  H16  H  HCH2  0   0.217  -7.4418  -0.5728  -1.7562
 6G2  H17  H  HCH2  0   0.239  -7.3144  -2.3064  -1.9782
 6G2  H18  H  HCH2  0   0.239  -7.8547  -0.9176   1.8904
 6G2  H19  H  HCH2  0   0.217  -7.7786   0.2776   0.6102
 6G2  H20  H  HCR6  0   0.268   7.5728  -1.8535  -2.3758
 6G2  H21  H  HCR6  0   0.268   7.8151  -1.9404   1.7230
 6G2  H22  H  HCR6  0   0.272   5.4246  -1.3746   1.9702

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 6G2  C10  C11  single    1.528  0.020  1.528
 6G2  C10  N4   single    1.453  0.020  1.453
 6G2  N3   C5   aromatic  1.362  0.020  1.362
 6G2  N3   C6   aromatic  1.294  0.020  1.294
 6G2  C11  C7   single    1.534  0.020  1.534
 6G2  C7   C6   single    1.495  0.020  1.495
 6G2  C7   C8   single    1.532  0.020  1.532
 6G2  C9   N4   single    1.453  0.020  1.453
 6G2  C9   C8   single    1.527  0.020  1.527
 6G2  C5   C4   aromatic  1.366  0.020  1.366
 6G2  C6   S1   aromatic  1.729  0.020  1.729
 6G2  C17  C16  aromatic  1.387  0.020  1.387
 6G2  C17  N5   aromatic  1.327  0.020  1.327
 6G2  C16  C15  aromatic  1.388  0.020  1.388
 6G2  N5   C18  aromatic  1.328  0.020  1.328
 6G2  C4   S1   aromatic  1.728  0.020  1.728
 6G2  C4   C3   single    1.455  0.020  1.455
 6G2  C15  C14  single    1.499  0.020  1.499
 6G2  C15  C19  aromatic  1.389  0.020  1.389
 6G2  C14  O1   single    1.419  0.020  1.419
 6G2  C12  C3   aromatic  1.408  0.020  1.408
 6G2  C12  C13  aromatic  1.371  0.020  1.371
 6G2  C18  C19  aromatic  1.386  0.020  1.386
 6G2  C3   C2   aromatic  1.382  0.020  1.382
 6G2  O1   C13  single    1.348  0.020  1.348
 6G2  C13  C1   aromatic  1.422  0.020  1.422
 6G2  C2   N2   aromatic  1.331  0.020  1.331
 6G2  C1   N2   aromatic  1.321  0.020  1.321
 6G2  C1   N1   single    1.359  0.020  1.359
 6G2  C2   H1   single    0.930  0.020  1.080
 6G2  C11  H2   single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C11  H3   single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C12  H4   single    0.930  0.020  1.080
 6G2  C14  H5   single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C14  H6   single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C16  H7   single    0.930  0.020  1.080
 6G2  N1   H8   single    0.890  0.020  1.040
 6G2  N1   H9   single    0.890  0.020  1.040
 6G2  C8   H10  single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C8   H11  single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C7   H12  single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C5   H13  single    0.930  0.020  1.080
 6G2  N4   H14  single    0.890  0.020  1.040
 6G2  C9   H16  single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C9   H17  single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C10  H18  single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C10  H19  single    0.970  0.020  1.090
 6G2  C17  H20  single    0.930  0.020  1.080
 6G2  C18  H21  single    0.930  0.020  1.080
 6G2  C19  H22  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 6G2  N1   C1   N2   118.69  3.000
 6G2  N1   C1   C13  120.17  3.000
 6G2  N2   C1   C13  121.11  3.000
 6G2  H1   C2   N2   115.54  3.000
 6G2  H1   C2   C3   120.70  3.000
 6G2  N2   C2   C3   123.76  3.000
 6G2  C4   C3   C12  120.52  3.000
 6G2  C12  C3   C2   116.92  3.000
 6G2  C4   C3   C2   122.56  3.000
 6G2  H3   C11  H2   107.12  3.000
 6G2  H3   C11  C10  109.89  3.000
 6G2  H2   C11  C10  109.74  3.000
 6G2  H3   C11  C7   110.31  3.000
 6G2  H2   C11  C7   109.17  3.000
 6G2  C10  C11  C7   110.55  3.000
 6G2  H4   C12  C13  120.83  3.000
 6G2  H4   C12  C3   119.38  3.000
 6G2  C13  C12  C3   119.79  3.000
 6G2  O1   C13  C12  125.94  3.000
 6G2  O1   C13  C1   115.34  3.000
 6G2  C12  C13  C1   118.71  3.000
 6G2  H6   C14  H5   108.04  3.000
 6G2  H6   C14  O1   110.39  3.000
 6G2  H5   C14  O1   110.62  3.000
 6G2  H6   C14  C15  110.44  3.000
 6G2  H5   C14  C15  110.43  3.000
 6G2  O1   C14  C15  106.93  3.000
 6G2  C19  C15  C16  117.82  3.000
 6G2  C19  C15  C14  121.01  3.000
 6G2  C16  C15  C14  121.17  3.000
 6G2  H7   C16  C17  120.04  3.000
 6G2  H7   C16  C15  121.07  3.000
 6G2  C17  C16  C15  118.88  3.000
 6G2  C2   N2   C1   119.70  3.000
 6G2  H9   N1   H8   114.77  3.000
 6G2  H9   N1   C1   118.70  3.000
 6G2  H8   N1   C1   116.18  3.000
 6G2  H11  C8   H10  107.14  3.000
 6G2  H11  C8   C9   109.73  3.000
 6G2  H10  C8   C9   110.01  3.000
 6G2  H11  C8   C7   109.28  3.000
 6G2  H10  C8   C7   110.17  3.000
 6G2  C9   C8   C7   110.45  3.000
 6G2  S1   C4   C5   108.04  3.000
 6G2  S1   C4   C3   123.07  3.000
 6G2  C5   C4   C3   128.89  3.000
 6G2  C5   N3   C6   111.77  3.000
 6G2  H12  C7   C6   108.31  3.000
 6G2  H12  C7   C8   108.18  3.000
 6G2  C6   C7   C8   111.32  3.000
 6G2  H12  C7   C11  108.04  3.000
 6G2  C8   C7   C11  109.94  3.000
 6G2  C6   C7   C11  110.94  3.000
 6G2  S1   C6   C7   121.43  3.000
 6G2  S1   C6   N3   113.62  3.000
 6G2  C7   C6   N3   124.94  3.000
 6G2  H13  C5   N3   119.27  3.000
 6G2  H13  C5   C4   124.35  3.000
 6G2  N3   C5   C4   116.38  3.000
 6G2  H14  N4   C10  109.05  3.000
 6G2  H14  N4   C9   109.02  3.000
 6G2  C10  N4   C9   111.79  3.000
 6G2  H17  C9   H16  106.45  3.000
 6G2  H17  C9   N4   108.81  3.000
 6G2  H16  C9   N4   108.09  3.000
 6G2  H17  C9   C8   109.89  3.000
 6G2  H16  C9   C8   109.20  3.000
 6G2  N4   C9   C8   114.11  3.000
 6G2  C18  N5   C17  117.58  3.000
 6G2  H19  C10  H18  106.51  3.000
 6G2  H19  C10  N4   108.09  3.000
 6G2  H18  C10  N4   108.75  3.000
 6G2  H19  C10  C11  109.15  3.000
 6G2  H18  C10  C11  109.86  3.000
 6G2  N4   C10  C11  114.20  3.000
 6G2  C6   S1   C4    90.19  3.000
 6G2  C14  O1   C13  118.01  3.000
 6G2  H20  C17  N5   116.61  3.000
 6G2  H20  C17  C16  119.98  3.000
 6G2  N5   C17  C16  123.42  3.000
 6G2  H21  C18  C19  119.97  3.000
 6G2  H21  C18  N5   116.61  3.000
 6G2  C19  C18  N5   123.42  3.000
 6G2  H22  C19  C18  119.98  3.000
 6G2  H22  C19  C15  121.13  3.000
 6G2  C18  C19  C15  118.89  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 6G2  CONST_01  C3   C12  C13  C1     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_02  C3   C2   N2   C1     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_05  C13  C12  C3   C2     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_06  C13  C1   N2   C2     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_07  N3   C5   C4   C3   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_08  C6   S1   C4   C3   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_11  N2   C2   C3   C12    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_12  N2   C1   C13  C12    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_13  C4   C3   C12  C13  180.00   0.0  0
 6G2  CONST_14  N5   C17  C16  C15    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_15  N5   C18  C19  C15    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_16  C18  N5   C17  C16    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_17  C18  C19  C15  C16    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_18  C4   C3   C2   N2   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_19  C6   N3   C5   C4     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_20  N3   C6   S1   C4     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_21  S1   C4   C5   N3     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_22  C5   C4   S1   C6     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_23  S1   C6   N3   C5     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_24  C19  C15  C16  C17    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_25  C19  C18  N5   C17    0.00   0.0  0
 6G2  CONST_26  C7   C6   S1   C4   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_27  C5   N3   C6   C7   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_28  N1   C1   N2   C2   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_29  O1   C13  C12  C3   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_30  N1   C1   C13  C12  180.00   0.0  0
 6G2  CONST_31  C17  C16  C15  C14  180.00   0.0  0
 6G2  CONST_32  C18  C19  C15  C14  180.00   0.0  0
 6G2  CONST_33  O1   C13  C1   N2   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_34  H4   C12  C13  C1   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_35  H1   C2   N2   C1   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_36  H13  C5   C4   C3     0.00   0.0  0
 6G2  CONST_37  H20  C17  C16  C15  180.00   0.0  0
 6G2  CONST_38  H21  C18  C19  C15  180.00   0.0  0
 6G2  CONST_39  H22  C19  C15  C16  180.00   0.0  0
 6G2  CONST_40  H7   C16  C17  N5   180.00   0.0  0
 6G2  CONST_41  H8   N1   C1   C13  180.00   0.0  0
 6G2  Var_01    C9   N4   C10  C11  -53.28  30.0  1
 6G2  Var_02    C10  N4   C9   C8    53.57  30.0  1
 6G2  Var_03    N4   C10  C11  C7    53.94  30.0  1
 6G2  Var_04    N4   C9   C8   C7   -54.51  30.0  1
 6G2  Var_05    C15  C14  O1   C13  179.14  30.0  1
 6G2  Var_06    O1   C14  C15  C16  -95.54  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 6G2  chir_01  C7  C11  C6  C8  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 6G2  plan-1  C3   0.020
 6G2  plan-1  C4   0.020
 6G2  plan-1  N3   0.020
 6G2  plan-1  C7   0.020
 6G2  plan-1  C6   0.020
 6G2  plan-1  C5   0.020
 6G2  plan-1  S1   0.020
 6G2  plan-1  H13  0.020
 6G2  plan-2  C1   0.020
 6G2  plan-2  C2   0.020
 6G2  plan-2  C3   0.020
 6G2  plan-2  C12  0.020
 6G2  plan-2  C13  0.020
 6G2  plan-2  N2   0.020
 6G2  plan-2  N1   0.020
 6G2  plan-2  C4   0.020
 6G2  plan-2  O1   0.020
 6G2  plan-2  H1   0.020
 6G2  plan-2  H4   0.020
 6G2  plan-3  C14  0.020
 6G2  plan-3  C15  0.020
 6G2  plan-3  C16  0.020
 6G2  plan-3  N5   0.020
 6G2  plan-3  C17  0.020
 6G2  plan-3  C18  0.020
 6G2  plan-3  C19  0.020
 6G2  plan-3  H7   0.020
 6G2  plan-3  H20  0.020
 6G2  plan-3  H21  0.020
 6G2  plan-3  H22  0.020
 6G2  plan-4  C1   0.020
 6G2  plan-4  N1   0.020
 6G2  plan-4  H8   0.020
 6G2  plan-4  H9   0.020

