# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr  8 23:39:52 2020
#   Inital geometry file: a 127 line input string
#   Ligand name: 5-[(2E,4aR,7aR)-6-(4-ethoxy-5-fluoro-6-methylpyrimidin-2-yl)-2-imino-3-methyl-4-oxooctahydro-7aH-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl]thiophene-2-carbonitrile
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCOc1nc(nc(C)c1F)N2C[C@H]3C(=O)N(C)C(=N)N[C@]3(C2)c4sc(cc4)C#N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 60U  60U  5-[(2E,4aR,7aR)-6-(4-ethoxy-5-fluoro-6-methylpyrimidin-2-yl)-2-imino-3-methyl-4-oxooctahydro-7aH-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl]thiophene-2-carbonitrile  ligand  50  30  .  2021-08-05  2021-08-05  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_60U
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 60U  C10  C  CR5   0  -0.086   2.5389  -0.7793   0.0147
 60U  C11  C  CR6   0   0.450  -4.0109  -0.6389   0.4167
 60U  C13  C  CH2   0  -0.207   0.0205  -0.4810   0.0922
 60U  C14  C  CH2   0  -0.222  -0.1475   1.7033  -0.9395
 60U  C15  C  CR6   0   0.307  -4.8142   0.4365   0.0304
 60U  C17  C  CR6   0   0.126  -4.2086   1.5524  -0.4961
 60U  C18  C  CR15  0  -0.228   3.5152  -1.0114   0.9429
 60U  N3   N  NT    0  -0.542   2.8586   2.5658   0.1943
 60U  C19  C  CR5   0  -0.259   4.1511  -2.4969  -0.7031
 60U  C22  C  CSP   0   0.063   4.8668  -3.4841  -1.4101
 60U  C7   C  CR6   0   0.632  -2.1913   0.5376  -0.2267
 60U  C1   C  CR5   0  -0.025   1.3940   0.1951   0.1168
 60U  C2   C  CR15  0  -0.434   1.2860   1.1679  -1.0569
 60U  C4   C  C     0   0.621   2.3749   2.0465   1.4055
 60U  C5   C  C     0   0.601   2.3289   2.2496  -1.0315
 60U  N6   N  NH1   0  -0.655   1.4902   1.0104   1.2946
 60U  N8   N  N     0  -0.510  -2.7068  -0.5870   0.2829
 60U  N9   N  NR5   0  -0.511  -0.8498   0.5827  -0.3498
 60U  N12  N  N     0  -0.499  -2.8803   1.6033  -0.6229
 60U  S16  S  S2    0   0.318   2.7433  -1.7671  -1.3759
 60U  N20  N  NS    0  -0.241   5.4511  -4.2907  -1.9918
 60U  N21  N  N     0  -0.681   2.6834   2.4764   2.5608
 60U  C23  C  CR15  0  -0.119   4.4414  -1.9960   0.5367
 60U  O24  O  O     0  -0.439   2.6741   2.8095  -2.0501
 60U  O27  O  O2    0  -0.461  -4.6020  -1.7080   0.9154
 60U  C28  C  CH3   0  -0.734  -5.0074   2.7391  -0.9286
 60U  C29  C  CH2   0  -0.175  -3.7895  -2.8388   1.2627
 60U  C30  C  CH3   0  -0.686  -4.7053  -3.9082   1.8051
 60U  H1   H  HCH2  0   0.251   0.0170  -1.3283  -0.6019
 60U  H2   H  HCH2  0   0.278  -0.2587  -0.8656   1.0746
 60U  H3   H  HCH2  0   0.251  -0.2028   2.5912  -0.3031
 60U  H4   H  HCH2  0   0.270  -0.5488   1.9684  -1.9171
 60U  H5   H  HCR5  0   0.283   3.5758  -0.4980   1.8911
 60U  H6   H  HCR5  0   0.315   1.3901   0.6376  -2.0056
 60U  H7   H  H     0   0.357   3.2693   3.2991   2.5462
 60U  H9   H  HCR5  0   0.297   5.2837  -2.3248   1.1274
 60U  H10  H  HCH3  0   0.263   4.6973   3.2493   0.9262
 60U  H11  H  HCH3  0   0.282   4.3107   3.7464  -0.7168
 60U  H12  H  HCH3  0   0.263   3.4995   4.5295   0.6404
 60U  H13  H  HCH3  0   0.264  -5.4454   3.2464  -0.0676
 60U  H14  H  HCH3  0   0.259  -4.3695   3.4465  -1.4526
 60U  H15  H  HCH3  0   0.259  -5.8280   2.4541  -1.5866
 60U  H16  H  HCH2  0   0.234  -3.2555  -3.1904   0.3775
 60U  H17  H  HCH2  0   0.235  -3.0442  -2.5460   2.0047
 60U  H18  H  HCH3  0   0.236  -5.2194  -3.5789   2.7082
 60U  H19  H  HCH3  0   0.236  -5.4506  -4.2115   1.0698
 60U  H20  H  HCH3  0   0.240  -4.1124  -4.7863   2.0600
 60U  H21  H  HNH1  0   0.403   1.2366   0.5945   2.1784
 60U  C26  C  CH3   0  -0.575   3.8959   3.5839   0.2705
 60U  F25  F  F     0  -0.305  -6.1496   0.3652   0.1706

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 60U  C23  C18  aromatic  1.411  0.020  1.411
 60U  C23  C19  aromatic  1.368  0.020  1.368
 60U  C18  C10  aromatic  1.367  0.020  1.367
 60U  C28  C17  single    1.494  0.020  1.494
 60U  C22  N20  triple    1.153  0.020  1.153
 60U  C22  C19  single    1.409  0.020  1.409
 60U  C19  S16  aromatic  1.723  0.020  1.723
 60U  C10  S16  aromatic  1.718  0.020  1.718
 60U  C10  C1   single    1.507  0.020  1.507
 60U  N12  C17  aromatic  1.335  0.020  1.335
 60U  N12  C7   aromatic  1.329  0.020  1.329
 60U  C17  C15  aromatic  1.374  0.020  1.374
 60U  C13  C1   single    1.531  0.020  1.531
 60U  C13  N9   single    1.444  0.020  1.444
 60U  C1   C2   single    1.528  0.020  1.528
 60U  C1   N6   single    1.436  0.020  1.436
 60U  C7   N9   single    1.348  0.020  1.348
 60U  C7   N8   aromatic  1.338  0.020  1.338
 60U  N9   C14  single    1.448  0.020  1.448
 60U  C15  F25  single    1.345  0.020  1.345
 60U  C15  C11  aromatic  1.397  0.020  1.397
 60U  C2   C14  single    1.535  0.020  1.535
 60U  C2   C5   single    1.503  0.020  1.503
 60U  N8   C11  aromatic  1.312  0.020  1.312
 60U  C11  O27  single    1.319  0.020  1.319
 60U  N6   C4   single    1.367  0.020  1.367
 60U  C5   O24  double    1.213  0.020  1.213
 60U  C5   N3   single    1.372  0.020  1.372
 60U  C29  O27  single    1.435  0.020  1.435
 60U  C29  C30  single    1.509  0.020  1.509
 60U  C4   N3   single    1.404  0.020  1.404
 60U  C4   N21  double    1.271  0.020  1.271
 60U  N3   C26  single    1.455  0.020  1.455
 60U  C13  H1   single    0.970  0.020  1.090
 60U  C13  H2   single    0.970  0.020  1.090
 60U  C14  H3   single    0.970  0.020  1.090
 60U  C14  H4   single    0.970  0.020  1.090
 60U  C18  H5   single    0.930  0.020  1.080
 60U  C2   H6   single    0.970  0.020  1.090
 60U  N21  H7   single    0.890  0.020  1.040
 60U  C23  H9   single    0.930  0.020  1.080
 60U  C26  H10  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C26  H11  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C26  H12  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C28  H13  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C28  H14  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C28  H15  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C29  H16  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C29  H17  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C30  H18  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C30  H19  single    0.970  0.020  1.090
 60U  C30  H20  single    0.970  0.020  1.090
 60U  N6   H21  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 60U  S16  C10  C1   121.13  3.000
 60U  C1   C10  C18  127.34  3.000
 60U  S16  C10  C18  111.53  3.000
 60U  O27  C11  N8   121.06  3.000
 60U  O27  C11  C15  118.08  3.000
 60U  N8   C11  C15  120.86  3.000
 60U  H2   C13  H1   107.28  3.000
 60U  H2   C13  N9   112.39  3.000
 60U  H1   C13  N9   111.96  3.000
 60U  H2   C13  C1   111.76  3.000
 60U  H1   C13  C1   110.77  3.000
 60U  N9   C13  C1   102.73  3.000
 60U  H4   C14  H3   107.82  3.000
 60U  H4   C14  N9   112.03  3.000
 60U  H3   C14  N9   111.51  3.000
 60U  H4   C14  C2   111.12  3.000
 60U  H3   C14  C2   112.02  3.000
 60U  N9   C14  C2   102.37  3.000
 60U  F25  C15  C17  121.37  3.000
 60U  F25  C15  C11  120.10  3.000
 60U  C17  C15  C11  118.53  3.000
 60U  C28  C17  N12  118.29  3.000
 60U  N12  C17  C15  120.37  3.000
 60U  C28  C17  C15  121.34  3.000
 60U  H5   C18  C23  123.19  3.000
 60U  H5   C18  C10  123.75  3.000
 60U  C23  C18  C10  113.06  3.000
 60U  C26  N3   C5   118.89  3.000
 60U  C26  N3   C4   117.33  3.000
 60U  C5   N3   C4   123.54  3.000
 60U  C23  C19  S16  111.85  3.000
 60U  S16  C19  C22  121.05  3.000
 60U  C23  C19  C22  127.10  3.000
 60U  N20  C22  C19  180.00  3.000
 60U  N12  C7   N9   117.50  3.000
 60U  N9   C7   N8   116.51  3.000
 60U  N12  C7   N8   125.99  3.000
 60U  N6   C1   C2   105.86  3.000
 60U  N6   C1   C13  108.90  3.000
 60U  C2   C1   C13  101.85  3.000
 60U  N6   C1   C10  111.83  3.000
 60U  C2   C1   C10  114.42  3.000
 60U  C13  C1   C10  113.26  3.000
 60U  H6   C2   C5   107.34  3.000
 60U  H6   C2   C1   110.57  3.000
 60U  C5   C2   C1   113.34  3.000
 60U  H6   C2   C14  108.96  3.000
 60U  C5   C2   C14  113.32  3.000
 60U  C1   C2   C14  103.26  3.000
 60U  N21  C4   N6   119.17  3.000
 60U  N21  C4   N3   125.15  3.000
 60U  N6   C4   N3   115.68  3.000
 60U  O24  C5   C2   121.05  3.000
 60U  O24  C5   N3   122.28  3.000
 60U  C2   C5   N3   116.67  3.000
 60U  H21  N6   C4   113.82  3.000
 60U  H21  N6   C1   117.88  3.000
 60U  C4   N6   C1   122.71  3.000
 60U  C7   N8   C11  117.07  3.000
 60U  C7   N9   C14  123.08  3.000
 60U  C14  N9   C13  113.73  3.000
 60U  C7   N9   C13  123.18  3.000
 60U  C7   N12  C17  117.17  3.000
 60U  C19  S16  C10   91.42  3.000
 60U  H7   N21  C4   113.78  3.000
 60U  H9   C23  C19  123.34  3.000
 60U  H9   C23  C18  124.52  3.000
 60U  C19  C23  C18  112.14  3.000
 60U  C29  O27  C11  118.45  3.000
 60U  H15  C28  H14  108.72  3.000
 60U  H15  C28  H13  107.20  3.000
 60U  H14  C28  H13  108.26  3.000
 60U  H15  C28  C17  111.69  3.000
 60U  H14  C28  C17  110.04  3.000
 60U  H13  C28  C17  110.82  3.000
 60U  H17  C29  H16  107.66  3.000
 60U  H17  C29  C30  111.11  3.000
 60U  H16  C29  C30  111.11  3.000
 60U  H17  C29  O27  109.85  3.000
 60U  H16  C29  O27  109.54  3.000
 60U  C30  C29  O27  107.57  3.000
 60U  H20  C30  H19  107.79  3.000
 60U  H20  C30  H18  107.83  3.000
 60U  H19  C30  H18  108.69  3.000
 60U  H20  C30  C29  108.97  3.000
 60U  H19  C30  C29  111.69  3.000
 60U  H18  C30  C29  111.71  3.000
 60U  H12  C26  H11  108.56  3.000
 60U  H12  C26  H10  109.28  3.000
 60U  H11  C26  H10  108.26  3.000
 60U  H12  C26  N3   111.43  3.000
 60U  H11  C26  N3   109.27  3.000
 60U  H10  C26  N3   109.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 60U  CONST_01  C19  C23  C18  C10    0.00   0.0  0
 60U  CONST_02  C23  C19  S16  C10    0.00   0.0  0
 60U  CONST_03  N12  C17  C15  C11    0.00   0.0  0
 60U  CONST_04  N12  C7   N8   C11    0.00   0.0  0
 60U  CONST_05  C7   N12  C17  C15    0.00   0.0  0
 60U  CONST_06  C7   N8   C11  C15    0.00   0.0  0
 60U  CONST_07  N8   C7   N12  C17    0.00   0.0  0
 60U  CONST_08  N8   C11  C15  C17    0.00   0.0  0
 60U  CONST_09  S16  C19  C23  C18    0.00   0.0  0
 60U  CONST_10  C19  S16  C10  C18    0.00   0.0  0
 60U  CONST_11  C23  C18  C10  S16    0.00   0.0  0
 60U  CONST_12  N9   C7   N8   C11  180.00   0.0  0
 60U  CONST_13  N9   C7   N12  C17  180.00   0.0  0
 60U  CONST_14  C1   C10  S16  C19  180.00   0.0  0
 60U  CONST_15  C23  C18  C10  C1   180.00   0.0  0
 60U  CONST_17  C4   N3   C5   C2     0.00   0.0  0
 60U  CONST_18  N6   C4   N3   C5     0.00   0.0  0
 60U  CONST_19  C22  C19  S16  C10  180.00   0.0  0
 60U  CONST_20  C28  C17  C15  C11  180.00   0.0  0
 60U  CONST_21  O27  C11  C15  C17  180.00   0.0  0
 60U  CONST_22  C22  C19  C23  C18  180.00   0.0  0
 60U  CONST_23  C28  C17  N12  C7   180.00   0.0  0
 60U  CONST_24  O27  C11  N8   C7   180.00   0.0  0
 60U  CONST_25  F25  C15  C11  N8   180.00   0.0  0
 60U  CONST_26  F25  C15  C17  N12  180.00   0.0  0
 60U  CONST_28  C26  N3   C5   C2   180.00   0.0  0
 60U  CONST_29  O24  C5   N3   C4   180.00   0.0  0
 60U  CONST_30  N21  C4   N3   C5   180.00   0.0  0
 60U  CONST_31  C26  N3   C4   N6   180.00   0.0  0
 60U  CONST_32  H9   C23  C18  C10  180.00   0.0  0
 60U  CONST_33  H5   C18  C23  C19  180.00   0.0  0
 60U  CONST_34  H21  N6   C4   N3   180.00   0.0  0
 60U  CONST_35  C26  N3   C4   N21    0.00   0.0  0
 60U  CONST_36  C26  N3   C5   O24    0.00   0.0  0
 60U  CONST_37  H7   N21  C4   N3     0.00   0.0  0
 60U  Var_01    N12  C7   N9   C13  177.36  30.0  2
 60U  Var_02    C2   C14  N9   C13    9.10  30.0  1
 60U  Var_03    C1   C13  N9   C14   15.85  30.0  1
 60U  Var_04    H13  C28  C17  C15   68.97  30.0  2
 60U  Var_05    H10  C26  N3   C4    50.01  30.0  3
 60U  Var_06    C30  C29  O27  C11  179.89  30.0  1
 60U  Var_07    H18  C30  C29  O27  -61.96  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 60U  chir_01  C1  C13  C2   N6  negativ
 60U  chir_02  C2  C1   C14  C5  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 60U  plan-1  C10  0.020
 60U  plan-1  C18  0.020
 60U  plan-1  C19  0.020
 60U  plan-1  C22  0.020
 60U  plan-1  C1   0.020
 60U  plan-1  S16  0.020
 60U  plan-1  N20  0.020
 60U  plan-1  C23  0.020
 60U  plan-1  H5   0.020
 60U  plan-1  H9   0.020
 60U  plan-2  C11  0.020
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 60U  plan-3  N3   0.020
 60U  plan-3  C1   0.020
 60U  plan-3  C2   0.020
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 60U  plan-3  N21  0.020
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 60U  plan-3  H7   0.020
 60U  plan-3  H21  0.020
 60U  plan-3  C26  0.020

