# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr  6 18:55:08 2020
#   Inital geometry file: a 85 line input string
#   Ligand name: 4,4'-thiene-2,5-diylbis(3-chlorophenol)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Oc1ccc(c(Cl)c1)c2sc(cc2)c3ccc(O)cc3Cl
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 5ET  5ET  4,4'-thiene-2,5-diylbis(3-chlorophenol)  ligand  31  21  .  2021-08-04  2021-08-04  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_5ET
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 5ET  C01  C   CR6   0   0.355  -5.2650   1.0621   0.2556
 5ET  C02  C   CR16  0  -0.316  -4.2550   1.8971   0.7289
 5ET  C03  C   CR16  0  -0.308  -2.9657   1.4164   0.8304
 5ET  C04  C   CR6   0   0.167  -2.6174   0.1096   0.4696
 5ET  C05  C   CR6   0  -0.109  -3.6503  -0.6970  -0.0111
 5ET  C06  C   CR16  0  -0.324  -4.9549  -0.2421  -0.1168
 5ET  CL1  CL  CL    0  -0.121  -3.3365  -2.3154  -0.5412
 5ET  O01  O   OH1   0  -0.622  -6.5094   1.5572   0.1777
 5ET  C07  C   CR5   0  -0.220  -1.2295  -0.3378   0.5967
 5ET  S01  S   S2    0   0.241   0.0408   0.6468  -0.0319
 5ET  C08  C   CR5   0  -0.225   1.2628  -0.4536   0.4913
 5ET  C09  C   CR15  0  -0.208   0.6911  -1.5297   1.1159
 5ET  C10  C   CR15  0  -0.203  -0.7209  -1.4680   1.1716
 5ET  C11  C   CR6   0   0.183   2.6977  -0.1902   0.3692
 5ET  C12  C   CR16  0  -0.313   3.5280  -0.4924   1.4529
 5ET  C13  C   CR16  0  -0.357   4.8975  -0.3160   1.4149
 5ET  C14  C   CR6   0   0.347   5.4946   0.1957   0.2659
 5ET  C15  C   CR16  0  -0.276   4.6995   0.5151  -0.8307
 5ET  C16  C   CR6   0  -0.119   3.3317   0.3176  -0.7684
 5ET  CL2  CL  CL    0  -0.121   2.4175   0.7003  -2.1900
 5ET  O02  O   OH1   0  -0.622   6.8155   0.4037   0.1567
 5ET  H1   H   HCR6  0   0.276  -4.4850   2.9124   1.0244
 5ET  H2   H   HCR6  0   0.267  -2.1960   2.0721   1.2183
 5ET  H3   H   HCR6  0   0.295  -5.7257  -0.9019  -0.4968
 5ET  H4   H   HOH1  0   0.480  -7.1216   0.8952  -0.1633
 5ET  H5   H   HCR5  0   0.267   1.2680  -2.3482   1.5240
 5ET  H6   H   HCR5  0   0.262  -1.3332  -2.2307   1.6299
 5ET  H7   H   HCR6  0   0.270   3.0784  -0.8673   2.3625
 5ET  H8   H   HCR6  0   0.283   5.4950  -0.5658   2.2836
 5ET  H9   H   HCR6  0   0.290   5.1545   0.9072  -1.7305
 5ET  H10  H   HOH1  0   0.480   7.2694   0.1278   0.9611

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 5ET  C02  C03  aromatic  1.380  0.020  1.380
 5ET  C02  C01  aromatic  1.393  0.020  1.393
 5ET  C03  C04  aromatic  1.400  0.020  1.400
 5ET  O01  C01  single    1.342  0.020  1.342
 5ET  C01  C06  aromatic  1.391  0.020  1.391
 5ET  C10  C09  aromatic  1.414  0.020  1.414
 5ET  C10  C07  aromatic  1.366  0.020  1.366
 5ET  C04  C07  single    1.464  0.020  1.464
 5ET  C04  C05  aromatic  1.396  0.020  1.396
 5ET  C09  C08  aromatic  1.369  0.020  1.369
 5ET  C07  S01  aromatic  1.726  0.020  1.726
 5ET  C06  C05  aromatic  1.386  0.020  1.386
 5ET  C05  CL1  single    1.732  0.020  1.732
 5ET  C08  S01  aromatic  1.726  0.020  1.726
 5ET  C08  C11  single    1.464  0.020  1.464
 5ET  C12  C13  aromatic  1.381  0.020  1.381
 5ET  C12  C11  aromatic  1.398  0.020  1.398
 5ET  C13  C14  aromatic  1.392  0.020  1.392
 5ET  C11  C16  aromatic  1.398  0.020  1.398
 5ET  C14  O02  single    1.342  0.020  1.342
 5ET  C14  C15  aromatic  1.392  0.020  1.392
 5ET  C16  C15  aromatic  1.383  0.020  1.383
 5ET  C16  CL2  single    1.733  0.020  1.733
 5ET  C02  H1   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  C03  H2   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  C06  H3   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  O01  H4   single    0.850  0.020  0.980
 5ET  C09  H5   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  C10  H6   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  C12  H7   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  C13  H8   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  C15  H9   single    0.930  0.020  1.080
 5ET  O02  H10  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 5ET  O01  C01  C06  122.49  3.000
 5ET  C06  C01  C02  119.41  3.000
 5ET  O01  C01  C02  118.09  3.000
 5ET  H1   C02  C03  120.36  3.000
 5ET  H1   C02  C01  120.06  3.000
 5ET  C03  C02  C01  119.57  3.000
 5ET  H2   C03  C04  118.74  3.000
 5ET  H2   C03  C02  118.65  3.000
 5ET  C04  C03  C02  122.60  3.000
 5ET  C07  C04  C05  123.70  3.000
 5ET  C05  C04  C03  116.37  3.000
 5ET  C07  C04  C03  119.93  3.000
 5ET  CL1  C05  C06  117.01  3.000
 5ET  CL1  C05  C04  120.75  3.000
 5ET  C06  C05  C04  122.22  3.000
 5ET  H3   C06  C05  119.78  3.000
 5ET  H3   C06  C01  120.41  3.000
 5ET  C05  C06  C01  119.81  3.000
 5ET  H4   O01  C01  110.86  3.000
 5ET  C10  C07  S01  110.56  3.000
 5ET  S01  C07  C04  119.47  3.000
 5ET  C10  C07  C04  129.97  3.000
 5ET  C08  S01  C07   92.70  3.000
 5ET  C11  C08  C09  126.06  3.000
 5ET  C11  C08  S01  123.65  3.000
 5ET  C09  C08  S01  110.11  3.000
 5ET  H5   C09  C10  123.42  3.000
 5ET  H5   C09  C08  122.97  3.000
 5ET  C10  C09  C08  113.61  3.000
 5ET  H6   C10  C09  123.49  3.000
 5ET  H6   C10  C07  123.48  3.000
 5ET  C09  C10  C07  113.03  3.000
 5ET  C16  C11  C12  116.10  3.000
 5ET  C16  C11  C08  125.29  3.000
 5ET  C12  C11  C08  118.59  3.000
 5ET  H7   C12  C13  118.65  3.000
 5ET  H7   C12  C11  118.68  3.000
 5ET  C13  C12  C11  122.67  3.000
 5ET  H8   C13  C14  120.65  3.000
 5ET  H8   C13  C12  119.69  3.000
 5ET  C14  C13  C12  119.66  3.000
 5ET  O02  C14  C15  117.57  3.000
 5ET  C15  C14  C13  119.31  3.000
 5ET  O02  C14  C13  123.12  3.000
 5ET  H9   C15  C16  120.34  3.000
 5ET  H9   C15  C14  119.89  3.000
 5ET  C16  C15  C14  119.78  3.000
 5ET  CL2  C16  C15  116.94  3.000
 5ET  CL2  C16  C11  120.57  3.000
 5ET  C15  C16  C11  122.48  3.000
 5ET  H10  O02  C14  110.56  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 5ET  CONST_01  C04  C03  C02  C01    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_02  C04  C05  C06  C01    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_03  C07  C04  C03  C02  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_04  C05  C04  C03  C02    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_05  C05  C06  C01  C02    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_06  C06  C01  C02  C03    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_09  C06  C05  C04  C03    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_10  C09  C10  C07  C04  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_11  C08  S01  C07  C04  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_14  C07  C04  C05  C06  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_15  C08  C09  C10  C07    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_16  C09  C08  S01  C07    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_17  C11  C08  S01  C07  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_18  C09  C10  C07  S01    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_19  C10  C09  C08  S01    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_22  C10  C07  S01  C08    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_23  C13  C12  C11  C08  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_24  C15  C16  C11  C08  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_27  C11  C08  C09  C10  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_28  C14  C13  C12  C11    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_29  C14  C15  C16  C11    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_30  C15  C14  C13  C12    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_31  C15  C16  C11  C12    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_32  C16  C11  C12  C13    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_33  C16  C15  C14  C13    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_34  CL1  C05  C06  C01  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_35  O01  C01  C02  C03  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_36  CL1  C05  C04  C03  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_37  O01  C01  C06  C05  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_38  C07  C04  C05  CL1    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_39  CL2  C16  C11  C08    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_40  O02  C14  C13  C12  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_41  CL2  C16  C11  C12  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_42  CL2  C16  C15  C14  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_43  O02  C14  C15  C16  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_44  H2   C03  C02  C01  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_45  H3   C06  C01  C02  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_46  H1   C02  C03  C04  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_47  H6   C10  C07  C04    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_48  H5   C09  C10  C07  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_49  H7   C12  C11  C08    0.00  0.0  0
 5ET  CONST_50  H8   C13  C12  C11  180.00  0.0  0
 5ET  CONST_51  H9   C15  C16  C11  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 5ET  plan-1  C04  0.020
 5ET  plan-1  C07  0.020
 5ET  plan-1  S01  0.020
 5ET  plan-1  C08  0.020
 5ET  plan-1  C09  0.020
 5ET  plan-1  C10  0.020
 5ET  plan-1  C11  0.020
 5ET  plan-1  H5   0.020
 5ET  plan-1  H6   0.020
 5ET  plan-2  C01  0.020
 5ET  plan-2  C02  0.020
 5ET  plan-2  C03  0.020
 5ET  plan-2  C04  0.020
 5ET  plan-2  C05  0.020
 5ET  plan-2  C06  0.020
 5ET  plan-2  CL1  0.020
 5ET  plan-2  O01  0.020
 5ET  plan-2  C07  0.020
 5ET  plan-2  H1   0.020
 5ET  plan-2  H2   0.020
 5ET  plan-2  H3   0.020
 5ET  plan-3  C08  0.020
 5ET  plan-3  C11  0.020
 5ET  plan-3  C12  0.020
 5ET  plan-3  C13  0.020
 5ET  plan-3  C14  0.020
 5ET  plan-3  C15  0.020
 5ET  plan-3  C16  0.020
 5ET  plan-3  CL2  0.020
 5ET  plan-3  O02  0.020
 5ET  plan-3  H7   0.020
 5ET  plan-3  H8   0.020
 5ET  plan-3  H9   0.020

